genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27537972--27538022	18	2.8	18	96	0	93	37	19	11	31	1.88
27539242--27539275	17	1.9	18	88	5	52	52	8	0	38	1.33
27541816--27541888	19	3.8	19	94	0	128	38	9	15	36	1.80
27542095--27542139	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
27547378--27547410	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
27548747--27549049	88	3.4	88	93	0	507	27	28	25	19	1.99
27548858--27548999	43	3.3	42	70	5	131	26	28	27	17	1.98
27548747--27549049	44	6.9	44	65	6	155	27	28	25	19	1.99
27549060--27549181	44	2.8	44	86	5	167	27	18	26	28	1.98
27549530--27549805	88	3.1	88	92	1	426	30	20	24	24	1.99
27549547--27549838	45	6.6	44	71	12	206	30	21	22	25	1.99
27551870--27551896	14	1.9	14	100	0	54	55	7	7	29	1.55
27551998--27552029	13	2.5	13	100	0	64	28	40	9	21	1.84
27557169--27557196	8	3.5	8	100	0	56	25	0	0	75	0.81
27557291--27557356	33	2.0	34	90	3	107	46	22	16	13	1.82
27562460--27562654	107	1.8	106	81	9	245	29	20	10	39	1.86
27562561--27562627	21	3.2	21	70	16	57	29	22	13	34	1.92
27577895--27577957	21	3.0	21	88	2	90	30	3	33	33	1.74
27579090--27579148	30	2.0	30	83	6	75	28	15	25	30	1.96
27579750--27579792	13	3.3	13	86	0	59	23	11	9	55	1.64
27581057--27581105	25	2.0	25	92	8	82	24	14	16	44	1.84
27583083--27583111	6	5.0	6	91	8	51	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27582974--27583105	65	2.0	69	83	8	175	50	4	4	40	1.43
27587671--27587966	147	2.0	147	93	0	511	28	25	15	30	1.96
27601749--27601813	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
27607738--27607766	10	2.9	10	100	0	58	62	10	10	17	1.54
27607956--27608033	25	3.2	25	82	8	106	2	15	8	73	1.19
27613651--27613675	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
27620409--27620514	20	5.3	20	73	4	97	39	16	28	16	1.89
27620409--27620535	40	3.2	40	85	0	173	39	16	27	16	1.90
27620422--27620535	20	5.7	20	73	4	104	39	15	27	17	1.90
27620561--27620629	32	2.2	32	100	0	138	43	24	2	28	1.69
27624266--27624323	29	2.0	29	96	0	107	17	22	6	53	1.67
27625135--27625173	20	2.0	20	94	0	69	46	12	28	12	1.79
27629889--27629943	3	18.3	3	100	0	110	0	34	0	65	0.93
27630655--27630731	38	2.0	38	94	0	136	22	16	16	44	1.87
27632810--27632834	9	2.8	9	100	0	50	36	8	0	56	1.29
27644599--27644666	34	2.0	34	100	0	136	52	14	11	20	1.73
27647185--27647346	35	4.6	35	83	2	182	44	30	11	14	1.79
27647182--27647346	70	2.3	70	83	5	215	43	30	11	14	1.81
27650794--27650842	20	2.5	20	86	0	62	16	6	0	77	0.96
27650812--27650858	6	7.2	6	86	13	58	14	0	0	85	0.61
27650814--27650858	7	6.6	7	87	12	67	13	0	0	86	0.57
27650814--27650858	14	3.2	14	90	9	74	13	0	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27650812--27650858	20	2.3	20	92	7	78	14	0	0	85	0.61
27652109--27652250	71	2.0	72	90	1	223	29	19	17	33	1.95
27655363--27655498	47	2.9	46	76	8	134	42	18	22	16	1.88
27655587--27655705	42	2.8	42	82	2	123	31	13	23	31	1.93
27656472--27656529	24	2.4	24	91	0	89	34	10	24	31	1.89
27656906--27657463	123	4.4	123	75	12	428	31	15	24	28	1.96
27657166--27657262	51	1.9	51	86	0	140	30	18	22	27	1.97
27657275--27657384	51	2.1	52	83	5	134	29	14	27	29	1.95
27656994--27657514	261	2.0	261	86	2	733	29	16	24	28	1.96
27657576--27657844	132	2.0	131	80	8	305	28	20	24	25	1.99
27657757--27658405	88	7.4	88	85	1	696	28	20	24	26	1.99
27658089--27658319	43	5.3	43	70	4	174	28	19	25	26	1.99
27658220--27658364	45	3.3	44	68	7	114	28	16	26	28	1.97
27657757--27658402	265	2.4	265	81	2	769	28	20	23	26	1.99
27658639--27658890	44	5.8	44	74	6	169	29	21	22	26	1.99
27658684--27658883	88	2.3	89	88	3	289	30	20	22	27	1.98
27659738--27659776	6	6.2	6	91	5	51	15	2	0	82	0.79
27659746--27659776	7	4.6	7	96	4	55	12	0	0	87	0.55
27661063--27661200	71	1.9	72	91	2	226	28	17	18	35	1.93
27662354--27662379	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
27662354--27662585	39	5.9	39	100	0	464	5	28	15	51	1.64
27662393--27662418	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27662432--27662457	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
27662471--27662496	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
27662510--27662535	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
27662549--27662574	13	2.0	13	100	0	52	0	30	7	61	1.24
27670085--27670175	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
27670156--27670208	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
27676381--27676455	26	2.8	25	75	18	71	54	1	5	38	1.31
27677642--27677691	20	2.5	20	80	0	55	46	16	8	30	1.75
27679428--27679462	17	1.9	19	88	11	56	65	11	2	20	1.37
27679521--27679569	20	2.5	20	81	15	57	75	6	10	8	1.18
27679970--27680075	51	2.1	52	80	5	117	45	15	1	37	1.57
27687865--27687926	19	3.2	20	71	11	58	33	3	9	53	1.50
27688587--27688624	19	2.0	19	90	10	60	55	0	0	44	0.99
27689239--27689268	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
27689614--27689670	19	2.9	19	84	7	62	45	15	1	36	1.57
27689767--27689806	19	2.2	19	86	4	55	47	10	5	37	1.59
27694043--27694094	26	2.0	26	100	0	104	42	23	7	26	1.81
27697067--27697092	9	2.9	9	100	0	52	42	34	0	23	1.54
27700776--27700874	42	2.4	42	86	3	137	25	22	31	21	1.98
27702867--27702909	17	2.6	17	85	3	52	69	0	4	25	1.07
27703130--27703183	20	2.7	20	91	0	90	44	9	11	35	1.72
27715019--27715070	26	2.0	27	85	11	72	30	5	0	63	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27725150--27725201	23	2.3	23	86	0	77	42	0	7	50	1.31
27728913--27729088	44	4.0	44	100	0	352	45	11	18	25	1.82
27730620--27730664	23	2.0	23	90	0	72	42	0	8	48	1.34
27753673--27753813	25	5.7	26	76	7	116	32	21	28	17	1.96
27761537--27761649	25	4.6	25	73	17	85	36	23	21	19	1.95
27764372--27764449	28	2.8	28	80	1	86	47	17	12	21	1.81
27767585--27767681	42	2.3	42	81	10	101	26	28	21	22	1.99
27768583--27768738	37	4.2	37	86	0	197	37	30	12	19	1.89
27768675--27768734	17	3.4	17	69	13	57	36	30	13	20	1.90
27771217--27771255	19	2.1	19	95	0	69	28	10	10	51	1.68
27775974--27776101	37	3.5	35	77	16	125	36	28	15	19	1.92
27777395--27777429	16	2.2	16	89	0	52	51	5	8	34	1.56
27778003--27778118	39	2.9	39	79	3	126	41	18	5	34	1.73
27783197--27783228	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
27783446--27783646	51	4.0	51	78	8	239	29	27	17	24	1.98
27783454--27783638	101	1.8	102	90	3	302	30	26	18	24	1.98
27783449--27783672	101	2.2	102	81	5	267	29	27	16	25	1.97
27783864--27783895	16	2.0	16	93	0	55	43	9	6	40	1.62
27786476--27786603	67	1.9	67	85	3	177	37	13	14	34	1.86
27788620--27788658	21	1.9	20	94	5	69	25	12	5	56	1.57
27791590--27791628	2	20.0	2	89	5	62	51	46	0	2	1.14
27791589--27791628	21	1.9	21	94	0	71	52	45	0	2	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27791592--27791628	19	1.9	19	94	0	65	51	45	0	2	1.15
27794814--27794876	31	2.0	31	100	0	126	52	22	0	25	1.47
27819601--27819634	14	2.5	13	90	4	50	79	0	0	20	0.73
27824373--27824430	18	3.2	17	73	17	55	58	3	0	37	1.15
27832389--27833194	267	3.0	267	87	3	1180	27	20	26	26	1.99
27832394--27833180	260	3.0	260	89	1	1144	26	20	26	26	1.99
27833201--27833527	44	7.5	44	70	11	190	29	20	21	27	1.98
27833203--27833618	44	9.6	44	69	13	152	29	20	22	27	1.99
27834994--27835026	10	3.5	10	92	8	52	27	0	0	72	0.85
27835037--27835070	16	2.1	16	94	0	59	32	0	8	58	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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