genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22350256--22350288	12	2.8	12	90	0	57	24	33	9	33	1.87
22359032--22359062	8	3.9	8	95	0	53	9	9	25	54	1.63
22359336--22359370	11	3.2	11	100	0	70	74	8	0	17	1.06
22361806--22361872	32	2.1	31	83	8	82	41	11	7	38	1.70
22361817--22361882	32	2.1	32	97	0	123	37	13	9	39	1.77
22363901--22364340	219	2.0	219	95	0	799	26	26	15	31	1.95
22372143--22372202	25	2.4	23	81	13	66	35	1	1	61	1.16
22373896--22373971	28	2.8	28	79	2	82	21	13	25	40	1.89
22378359--22378405	10	4.5	10	84	10	58	36	0	2	61	1.08
22378361--22378405	12	4.2	11	83	16	58	33	0	2	64	1.06
22385958--22386000	18	2.4	17	77	11	50	60	4	9	25	1.47
22387761--22387814	25	2.2	25	82	0	63	24	24	20	31	1.98
22390537--22390642	20	5.3	20	68	7	74	44	16	25	14	1.85
22390596--22390650	19	2.8	21	81	13	80	49	20	20	10	1.78
22393294--22393318	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
22394363--22394521	43	3.7	43	80	7	146	23	17	27	31	1.97
22402205--22402282	39	2.0	39	87	0	111	44	23	3	28	1.70
22402813--22402915	30	3.5	29	83	10	120	26	25	28	20	1.99
22403040--22403103	26	2.5	26	86	0	92	45	21	15	17	1.85
22403298--22403545	27	9.2	27	79	3	205	22	16	18	43	1.88
22405511--22405631	30	4.1	29	77	5	109	28	22	24	24	2.00
22405741--22405840	26	3.8	26	81	5	121	42	24	20	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22406011--22406253	27	9.0	27	84	6	271	21	18	17	42	1.89
22425129--22425413	27	10.6	27	87	0	381	41	21	17	18	1.90
22438432--22438467	17	2.1	17	94	0	63	33	19	8	38	1.82
22443313--22443371	25	2.4	25	88	8	93	59	22	0	18	1.38
22446214--22446610	147	2.6	148	85	6	523	43	4	10	41	1.60
22448672--22448711	20	2.0	21	90	5	64	27	0	10	62	1.27
22450662--22450717	29	1.9	29	85	0	76	48	17	23	10	1.79
22451601--22451638	19	2.0	20	89	5	60	55	5	5	34	1.45
22455479--22455521	20	2.1	21	87	8	63	60	2	4	32	1.30
22456722--22456770	20	2.5	20	75	15	57	14	22	6	57	1.59
22456973--22457158	50	3.7	50	82	3	216	22	28	23	26	1.99
22478515--22478768	136	1.9	136	83	3	332	20	20	27	31	1.97
22482165--22482205	21	2.0	21	85	0	55	7	46	2	43	1.44
22483416--22483463	22	2.1	22	81	11	53	41	0	16	41	1.48
22500797--22500858	32	1.9	32	96	0	115	43	11	6	38	1.66
22500974--22501155	64	2.9	64	90	4	271	50	7	10	31	1.64
22502688--22502791	49	2.1	49	87	3	147	30	8	11	49	1.69
22504447--22504583	44	3.1	44	95	2	238	36	31	4	27	1.77
22505115--22505354	41	6.0	39	76	8	159	35	27	21	15	1.94
22505141--22505330	38	4.9	38	75	8	143	36	25	21	16	1.94
22511723--22511763	21	2.0	21	90	0	64	46	19	2	31	1.63
22512186--22512535	41	8.8	41	82	3	306	36	27	19	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22512312--22512548	38	6.1	38	83	3	224	35	29	19	15	1.92
22513543--22513582	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
22519346--22519402	30	1.9	30	88	0	87	42	22	14	21	1.88
22525531--22525570	20	2.0	20	90	0	62	40	22	27	10	1.86
22528418--22528452	14	2.6	14	90	4	54	42	2	2	51	1.31
22532366--22532397	16	2.0	16	93	0	55	46	18	6	28	1.73
22534349--22534393	19	2.3	20	92	3	74	40	6	4	48	1.49
22552071--22552538	259	1.8	255	84	5	645	33	14	7	44	1.73
22558158--22558194	14	2.6	14	86	0	56	43	2	35	18	1.65
22559514--22559567	26	2.1	26	82	6	65	33	11	24	31	1.90
22560141--22560454	94	3.4	94	78	3	285	28	15	19	36	1.92
22562779--22562816	19	2.0	19	89	0	58	36	5	15	42	1.70
22563122--22563148	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
22565780--22565828	23	2.1	23	92	0	80	26	8	22	42	1.81
22581834--22581899	33	2.0	33	100	0	132	45	9	12	33	1.73
22582486--22582522	14	2.6	15	83	12	51	2	35	0	62	1.10
22584219--22584267	18	2.6	19	93	6	82	48	0	28	22	1.50
22591634--22591674	21	2.0	21	100	0	82	24	19	9	46	1.80
22591669--22591813	30	4.8	30	73	6	96	26	23	14	35	1.93
22591688--22591812	60	2.1	60	81	3	144	25	24	12	37	1.91
22591802--22591869	29	2.3	29	87	2	100	14	27	14	42	1.85
22591861--22591935	31	2.5	31	88	2	107	25	25	10	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22598475--22598674	51	4.0	50	75	10	183	30	28	17	24	1.97
22598477--22598662	102	1.8	101	85	5	243	31	27	16	24	1.96
22603868--22604068	51	4.0	51	78	8	212	30	28	16	24	1.96
22603868--22604060	102	1.9	102	83	3	246	31	27	17	24	1.97
22614100--22614124	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
22619042--22619173	70	1.9	67	83	4	165	40	14	13	31	1.85
22621636--22621700	19	3.4	18	81	12	69	26	3	4	66	1.26
22622076--22622143	26	2.5	26	81	11	84	30	1	0	67	0.99
22626172--22626221	3	16.7	3	95	0	91	70	0	30	0	0.88
22631422--22631463	21	2.0	21	86	13	59	4	16	2	76	1.07
22631482--22631509	13	2.2	13	100	0	56	21	7	0	71	1.09
22631663--22631722	20	3.2	19	76	19	63	26	1	5	66	1.21
22634158--22634298	29	4.8	29	78	4	113	36	14	26	22	1.92
22648489--22648587	25	4.0	25	78	1	101	31	15	28	25	1.95
22648685--22648744	26	2.3	26	82	0	75	36	21	21	20	1.95
22656838--22656893	27	2.0	27	83	13	69	50	1	3	44	1.29
22657033--22657291	130	2.0	130	93	0	437	39	12	15	32	1.85
22659298--22659479	51	3.6	48	79	10	204	24	16	27	31	1.96
22659298--22659484	101	1.8	101	87	5	279	24	16	27	32	1.96
22659301--22659518	101	2.1	101	83	5	262	26	15	26	31	1.95
22672224--22672310	41	2.1	41	82	4	104	35	27	21	14	1.93
22672320--22672496	38	4.7	38	81	2	203	30	28	23	16	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22672299--22672496	76	2.6	76	84	4	265	31	29	22	16	1.96
22679197--22679470	27	10.1	27	84	1	343	40	22	16	20	1.91
22679636--22679742	26	4.1	26	86	4	126	20	16	23	39	1.92
22705137--22705226	33	2.8	33	90	6	123	35	20	17	26	1.95
22705158--22705226	33	2.1	33	100	0	138	33	21	17	27	1.96
22706448--22706480	14	2.4	14	100	0	66	21	18	30	30	1.97
22706483--22706642	45	3.6	45	88	3	241	21	14	29	34	1.93
22719834--22719862	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
22729309--22729486	54	3.3	54	84	2	223	41	14	13	30	1.85
22729380--22729468	19	4.8	19	68	18	71	44	12	15	26	1.82
22733755--22733891	54	2.5	54	87	4	195	41	13	11	32	1.81
22733820--22733858	19	2.1	19	95	0	69	48	12	10	28	1.74
22733846--22733912	35	1.9	35	90	0	107	38	13	10	37	1.79
22736573--22736597	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
22737385--22737440	25	2.2	25	87	6	78	58	1	1	37	1.19
22738144--22738177	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
22748407--22748467	27	2.3	26	83	5	70	45	24	13	16	1.83
22754293--22754343	26	1.9	27	88	4	77	49	13	9	27	1.74
22755799--22755827	11	2.7	11	94	5	51	58	0	34	6	1.25
22759935--22759973	5	7.8	5	100	0	78	38	0	0	61	0.96
22760362--22760428	28	2.3	30	76	7	75	43	1	7	47	1.40
22760364--22760418	28	1.9	29	85	3	76	47	1	9	41	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22762738--22762798	29	2.1	29	96	0	113	59	13	13	14	1.63
22767349--22767439	29	3.1	29	76	9	87	23	14	21	40	1.90
22770351--22770433	27	3.0	27	77	10	78	33	14	21	30	1.93
22773871--22773917	19	2.3	20	85	10	60	25	4	2	68	1.19
22773909--22774028	59	2.0	62	82	8	149	40	6	15	36	1.74
22776685--22776721	19	1.9	20	88	5	58	64	0	0	35	0.94
22779920--22780096	29	6.1	28	72	9	133	33	22	18	25	1.96
22779931--22780096	58	2.9	58	81	0	197	33	21	18	26	1.96
22792403--22792523	43	2.9	41	80	7	127	19	32	28	20	1.97
22797386--22797423	11	3.4	11	89	10	51	21	23	0	55	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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