genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24511266--24511670	211	1.9	212	89	5	638	40	13	16	30	1.86
24512226--24512631	102	4.0	100	71	12	264	31	15	13	40	1.85
24516864--24516960	42	2.3	42	78	7	108	16	22	17	43	1.88
24526523--24526571	6	8.3	6	75	20	50	18	4	0	77	0.92
24526508--24526564	22	2.5	24	77	8	64	21	7	0	71	1.08
24527005--24527042	8	4.6	8	90	6	58	89	2	0	7	0.57
24527004--24527042	17	2.3	17	95	0	69	89	2	0	7	0.56
24528666--24528709	23	1.9	23	100	0	88	6	22	38	31	1.81
24535060--24535126	31	2.2	31	83	5	82	23	10	19	46	1.81
24535365--24535427	31	2.0	31	90	0	99	34	4	9	50	1.56
24539313--24539369	22	2.6	22	80	5	62	68	0	5	26	1.11
24545052--24545084	17	1.9	17	93	0	57	39	9	18	33	1.82
24550289--24550359	22	3.2	22	79	13	74	36	14	5	43	1.68
24559734--24559794	30	2.0	30	96	0	113	37	4	9	47	1.58
24571329--24571470	9	14.4	9	70	19	70	64	0	2	32	1.08
24571280--24571507	39	5.7	39	85	6	296	62	0	2	34	1.12
24571359--24571388	8	3.6	8	91	8	51	70	0	0	30	0.88
24571283--24571507	80	2.8	80	95	2	391	63	0	2	33	1.12
24571439--24571468	8	3.6	8	91	8	51	70	0	0	30	0.88
24578954--24578999	23	1.9	25	82	8	60	56	8	6	28	1.54
24582939--24583013	27	2.8	27	97	0	141	25	17	28	29	1.97
24583200--24583246	18	2.6	18	82	0	58	27	25	8	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24587432--24587533	42	2.4	42	83	3	116	24	19	17	38	1.93
24593640--24593838	85	2.3	89	79	10	221	29	18	14	37	1.90
24593996--24594020	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
24594034--24594078	19	2.4	19	84	0	54	53	2	2	42	1.25
24594048--24594095	19	2.5	19	89	0	69	56	2	4	37	1.30
24594133--24594192	21	2.9	22	78	19	74	60	3	10	26	1.45
24598741--24598798	26	2.1	28	81	6	66	24	12	5	58	1.54
24605616--24606211	298	2.0	298	99	0	1183	28	22	21	27	1.99
24606311--24606335	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
24607694--24607890	89	2.2	89	84	7	265	38	20	9	32	1.84
24607949--24608027	19	4.2	19	77	16	67	65	1	2	30	1.13
24607967--24608026	28	2.1	28	84	0	75	66	1	1	30	1.11
24608054--24608140	46	1.9	45	92	2	147	64	3	5	26	1.32
24608316--24608360	20	2.2	21	84	11	58	31	2	8	57	1.41
24617280--24617517	121	2.0	121	90	0	377	38	23	11	26	1.89
24618849--24618901	26	2.1	25	82	3	61	64	0	0	35	0.94
24632417--24632493	37	2.1	36	81	11	86	33	10	2	53	1.49
24632743--24632784	15	2.8	16	82	10	52	38	2	0	59	1.10
24633195--24633236	15	2.8	16	82	10	52	38	2	0	59	1.10
24632648--24633553	452	2.0	453	99	0	1805	29	21	11	37	1.89
24653990--24654355	182	2.0	182	99	0	723	44	16	16	22	1.86
24655292--24655357	30	2.2	30	94	0	114	18	42	0	39	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24657768--24657833	30	2.2	30	94	0	114	18	42	0	39	1.50
24662275--24662319	23	1.9	23	82	13	56	48	2	0	48	1.13
24662993--24663064	38	1.9	38	88	2	110	37	1	0	61	1.05
24663332--24663376	23	1.9	23	82	13	56	48	2	0	48	1.13
24664066--24664128	27	2.4	26	84	7	74	38	3	1	57	1.24
24666463--24666539	18	4.2	19	73	17	63	37	1	1	59	1.14
24667743--24667781	21	2.0	21	85	10	55	33	5	12	48	1.63
24668122--24668232	24	4.7	23	69	17	75	56	0	1	40	1.16
24672117--24672174	28	2.2	26	84	12	73	68	12	0	18	1.19
24672138--24672184	22	2.1	22	84	0	58	70	8	2	19	1.24
24675105--24675138	7	4.9	7	88	0	50	64	0	0	35	0.94
24681363--24681404	17	2.5	17	88	0	66	26	0	9	64	1.24
24683533--24683849	158	2.0	159	99	0	627	40	6	7	46	1.58
24686543--24686583	21	2.0	21	85	0	55	36	7	0	56	1.27
24686557--24686659	3	33.3	3	76	9	73	29	5	1	63	1.29
24687247--24687272	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
24693121--24693711	265	2.2	266	86	2	794	51	17	12	17	1.76
24693121--24693716	133	4.5	132	84	2	723	51	17	12	17	1.76
24695016--24695054	15	2.4	16	79	12	53	56	0	2	41	1.13
24697764--24697814	25	2.1	25	85	3	68	50	9	7	31	1.64
24704853--24704893	18	2.2	20	86	8	59	17	14	0	68	1.22
24704864--24704921	24	2.4	25	86	11	77	18	6	5	68	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24705176--24705238	27	2.3	26	71	7	63	25	7	11	55	1.62
24705942--24705968	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
24713756--24713962	101	2.0	102	99	0	407	41	11	5	41	1.64
24715248--24715709	230	2.0	231	99	0	917	35	8	8	47	1.63
24730015--24730061	18	2.7	19	75	18	57	53	12	0	34	1.39
24730920--24730971	20	2.7	20	96	3	97	53	3	9	32	1.51
24731468--24731496	4	7.2	4	100	0	58	48	0	0	51	1.00
24734910--24734941	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
24734902--24734954	24	2.1	26	86	10	74	56	0	0	43	0.99
24734912--24734969	24	2.4	22	78	16	53	55	0	1	43	1.10
24734913--24734971	28	2.1	27	81	12	66	54	0	1	44	1.10
24739738--24739788	2	26.0	2	88	4	77	45	3	0	50	1.20
24742444--24742477	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
24743798--24743849	19	2.8	18	75	11	52	65	1	0	32	1.04
24744602--24744773	57	3.0	57	99	0	335	33	8	4	53	1.52
24748835--24748868	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
24749361--24749394	14	2.4	14	90	0	50	70	2	0	26	1.01
24749332--24749408	36	2.1	36	80	0	82	61	7	5	25	1.45
24766701--24766914	107	2.0	108	99	0	421	42	8	5	42	1.58
24768821--24768993	89	2.0	87	87	6	251	23	26	16	34	1.96
24773602--24774271	223	3.0	223	90	2	1042	24	17	17	40	1.91
24791640--24791711	3	23.7	3	83	8	92	33	1	1	63	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24792324--24792355	12	2.7	12	95	0	55	18	9	0	71	1.12
24793314--24793343	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
24800793--24800873	42	1.9	42	89	0	126	19	48	12	19	1.80
24806314--24806351	18	2.1	18	85	9	51	60	15	18	5	1.53
24811408--24811438	16	1.9	16	93	0	53	32	6	6	54	1.51
24814147--24814495	181	1.9	179	87	2	502	44	13	11	30	1.79
24822248--24822304	20	2.8	21	79	10	57	57	5	1	35	1.31
24823354--24823400	24	2.0	24	95	0	85	70	4	0	25	1.05
24823746--24823790	6	7.2	6	85	9	63	66	0	0	33	0.92
24823746--24823790	13	3.6	12	88	8	63	66	0	0	33	0.92
24823747--24823801	26	2.2	25	86	3	74	61	3	0	34	1.13
24828126--24828190	31	2.1	31	91	0	103	40	6	13	40	1.70
24836359--24836389	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
24847428--24847458	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
24848128--24848194	31	2.2	31	86	0	89	38	11	5	43	1.66
24850231--24851283	526	2.0	527	99	0	2099	39	10	8	41	1.70
24851826--24851891	31	2.2	31	86	2	89	37	15	13	33	1.86
24858565--24858626	31	2.0	31	96	0	115	29	3	8	59	1.42
24870644--24870670	11	2.5	11	100	0	54	48	14	11	25	1.77
24873659--24873687	14	2.1	14	100	0	58	34	13	0	51	1.42
24875334--24875383	22	2.3	21	83	10	64	40	6	0	54	1.25
24876042--24876099	29	2.0	30	86	3	82	43	13	3	39	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24878496--24878528	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
24880250--24880297	21	2.3	21	76	16	55	45	2	0	52	1.12
24880786--24880824	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
24893007--24893165	35	4.6	35	81	3	180	40	18	22	19	1.92
24893011--24893164	68	2.2	69	88	2	238	40	18	20	20	1.92
24896016--24896092	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
24896032--24896071	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
24896020--24896086	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
24901512--24901565	21	2.6	21	85	8	74	29	33	9	27	1.88
24902488--24902572	41	2.1	41	97	0	161	50	4	7	37	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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