genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24906376--24906628	125	2.0	126	99	0	499	37	8	14	39	1.76
24911087--24911117	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
24912924--24913083	71	2.2	72	94	1	277	26	11	16	44	1.83
24915761--24915811	22	2.3	22	79	0	57	62	11	7	17	1.51
24924328--24924387	31	2.0	31	90	6	97	55	0	5	40	1.22
24939535--24939577	17	2.5	17	85	11	52	44	0	0	55	0.99
24942810--24942856	20	2.3	21	85	10	62	57	4	4	34	1.38
24944943--24944987	21	2.1	21	83	0	54	20	24	13	42	1.87
24949479--24949533	19	3.3	17	78	19	55	43	1	27	27	1.65
24955934--24955973	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
24957266--24957321	29	2.0	29	86	10	80	57	14	5	23	1.58
24959641--24959665	11	2.3	11	100	0	50	40	8	16	36	1.77
24960297--24960327	13	2.4	13	94	0	53	58	0	3	38	1.15
24960452--24960512	29	2.0	29	87	6	86	52	6	13	27	1.64
24964870--24964922	26	2.0	26	100	0	106	50	0	7	41	1.30
24965121--24965178	30	1.9	31	85	3	82	44	0	36	18	1.50
24965430--24965457	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
24967116--24967270	77	2.0	78	98	1	303	38	5	10	46	1.60
24970036--24970080	23	2.0	23	87	8	67	33	2	4	60	1.29
24970048--24970088	18	2.2	19	86	4	57	39	2	2	56	1.26
24974512--24974563	19	2.7	19	77	11	61	34	11	9	44	1.73
24975468--24975521	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24977040--24977564	259	2.0	260	99	0	1034	46	12	8	32	1.72
24978996--24979053	30	1.9	31	86	10	84	17	6	13	62	1.52
24979192--24979335	71	2.0	72	98	1	281	35	8	12	43	1.73
24984041--24984111	28	2.5	28	83	0	88	40	4	7	47	1.50
24993203--24993239	18	2.1	18	89	0	56	5	10	2	81	0.96
24994900--24994929	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
24994911--24994966	26	2.2	26	86	0	76	25	1	5	67	1.21
25003414--25003558	72	2.0	73	93	1	247	32	14	20	32	1.93
25011707--25011742	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
25012993--25013082	39	2.3	39	84	3	108	53	7	1	37	1.37
25018847--25018906	31	1.9	32	86	10	88	31	15	16	36	1.90
25023802--25023922	59	2.0	60	85	3	165	27	7	16	48	1.72
25042512--25042540	10	2.9	10	100	0	58	20	10	0	68	1.18
25050811--25050958	60	2.5	60	87	0	215	34	11	16	37	1.84
25051092--25051126	2	17.5	2	100	0	70	51	48	0	0	1.00
25061170--25061489	157	2.0	158	95	0	579	20	14	18	46	1.83
25064427--25064472	9	5.2	9	89	5	67	39	28	10	21	1.87
25064427--25064472	17	2.6	18	82	6	67	39	28	10	21	1.87
25067344--25067373	9	3.3	9	90	0	51	43	23	10	23	1.83
25069025--25069090	30	2.2	30	83	5	80	27	3	1	68	1.13
25072951--25074255	85	15.1	86	90	2	1221	29	21	24	24	1.99
25073468--25073603	42	3.2	42	68	17	127	30	24	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25072951--25074255	176	7.5	174	88	2	1233	29	21	24	24	1.99
25072951--25074255	264	5.0	264	89	2	1186	29	21	24	24	1.99
25074553--25074783	43	4.8	51	68	18	165	30	17	22	29	1.96
25074555--25074783	95	2.4	95	98	0	440	30	17	21	30	1.96
25076398--25076433	16	2.2	16	95	0	63	41	2	5	50	1.40
25080811--25080849	20	1.9	21	89	5	62	33	10	0	56	1.33
25080840--25081499	19	32.5	20	65	20	109	37	7	0	54	1.28
25080782--25081531	102	7.3	102	99	0	1473	36	7	0	55	1.30
25080913--25080951	20	1.9	21	89	5	62	33	10	0	56	1.33
25081015--25081053	20	1.9	21	89	5	62	33	10	0	56	1.33
25081117--25081155	20	1.9	21	89	5	62	33	10	0	56	1.33
25081219--25081257	20	1.9	21	89	5	62	33	10	0	56	1.33
25081321--25081359	20	1.9	21	89	5	62	33	10	0	56	1.33
25081423--25081461	20	1.9	21	89	5	62	33	10	0	56	1.33
25081479--25081552	30	2.4	33	78	15	86	32	6	0	60	1.23
25090244--25090307	29	2.2	28	83	5	83	39	15	15	29	1.89
25092892--25092927	4	8.8	4	87	6	54	72	0	2	25	0.98
25093010--25093043	16	2.0	18	88	11	54	76	2	8	11	1.12
25093335--25093419	20	4.3	20	70	8	66	56	3	4	35	1.37
25095090--25095126	15	2.5	15	95	0	65	54	16	21	8	1.68
25101714--25101743	16	1.9	16	93	6	53	33	0	3	63	1.11
25101776--25101800	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25103849--25104005	43	3.7	43	91	1	235	31	24	16	27	1.96
25105424--25105475	17	3.1	17	80	2	61	80	0	17	1	0.80
25105424--25105480	22	2.7	21	86	5	78	78	0	19	1	0.83
25113242--25113295	24	2.4	23	82	14	69	59	16	14	9	1.60
25117710--25117839	51	2.5	51	88	3	181	29	28	13	28	1.95
25124681--25124765	43	2.0	44	90	2	136	29	25	16	28	1.97
25124901--25124926	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25129567--25129607	21	1.9	22	85	5	57	68	4	9	17	1.35
25137237--25137413	24	7.5	24	70	11	80	35	9	5	49	1.58
25139309--25139333	10	2.5	10	100	0	50	72	8	0	20	1.10
25139935--25139966	17	1.9	17	93	6	57	3	15	0	81	0.82
25147487--25147532	23	2.1	22	92	8	76	58	4	6	30	1.43
25148946--25149188	128	1.9	128	83	5	312	28	21	18	30	1.97
25149027--25149407	44	8.8	44	67	15	168	28	23	19	28	1.98
25149249--25149492	128	1.9	127	86	2	346	27	21	21	29	1.99
25149502--25149899	88	4.5	88	92	0	645	20	25	27	26	1.99
25149502--25149891	175	2.2	176	92	0	638	20	25	27	25	1.99
25161742--25161797	24	2.6	20	80	11	58	76	3	3	16	1.06
25162119--25162164	23	2.1	22	92	8	76	58	4	6	30	1.43
25166253--25166296	20	2.3	19	84	4	52	45	47	4	2	1.35
25170174--25170205	9	3.6	9	100	0	64	34	9	0	56	1.32
25172909--25172944	16	2.2	17	90	5	56	22	8	2	66	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25179580--25179612	17	1.9	17	93	0	57	24	24	9	42	1.83
25192015--25192049	17	2.1	17	100	0	70	34	37	0	28	1.58
25197517--25197637	50	2.4	50	86	2	163	28	20	29	20	1.98
25201238--25201343	50	2.1	50	85	3	142	28	21	30	19	1.98
25201248--25201361	50	2.3	50	80	3	131	28	23	26	21	1.99
25205271--25205324	24	2.2	24	96	3	99	25	20	9	44	1.81
25208501--25208533	5	6.8	5	89	6	50	15	21	0	63	1.30
25211599--25212129	138	3.9	138	86	3	721	40	9	5	44	1.60
25220102--25220385	51	5.6	50	72	10	193	27	13	27	31	1.94
25220098--25220381	102	2.8	102	81	8	323	27	14	27	30	1.95
25220261--25220397	50	2.7	50	84	3	168	29	15	25	29	1.96
25228275--25228321	23	2.0	23	95	0	85	34	12	23	29	1.92
25237322--25237885	138	4.1	138	88	2	821	40	8	6	45	1.59
25237325--25237885	274	2.0	276	89	3	853	40	8	6	45	1.60
25253853--25253884	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
25254160--25254199	21	1.9	21	84	0	53	47	0	10	42	1.37
25260196--25260247	26	2.0	26	92	0	86	40	21	21	17	1.91
25289264--25289312	24	2.0	24	84	7	64	51	8	18	22	1.72
25290201--25290375	86	2.0	86	98	0	341	52	6	9	32	1.58
25290516--25290554	16	2.3	18	86	8	55	53	2	2	41	1.28
25290866--25290912	24	2.0	24	86	0	67	27	21	12	38	1.90
25292144--25292258	56	2.1	56	100	0	230	28	20	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25296433--25296481	25	2.0	25	88	8	73	44	0	2	53	1.12
25296878--25296976	41	2.4	41	86	1	128	42	10	23	24	1.84
25299962--25300063	44	2.3	43	79	1	123	39	13	12	34	1.83
25310078--25310135	22	2.7	21	84	7	71	36	3	18	41	1.68
25320464--25320503	20	2.0	20	85	9	55	57	2	7	32	1.40
25320475--25320513	20	1.9	20	89	5	60	51	2	7	38	1.44
25320550--25320640	3	30.3	3	77	10	62	58	2	7	31	1.39
25321120--25321155	8	4.4	8	96	3	63	86	0	2	11	0.68
25321438--25321470	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
25322266--25322366	41	2.5	41	88	3	141	34	14	20	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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