genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr4
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  30015117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19586284--19586406	27	4.6	27	89	4	185	39	21	19	19	1.92
19588173--19588287	57	2.0	57	91	3	187	29	9	14	46	1.77
19588574--19588598	13	1.9	13	100	0	50	24	16	8	52	1.70
19597352--19597640	50	5.7	50	84	4	375	20	30	24	24	1.99
19597352--19597640	101	2.9	100	86	3	375	20	30	24	24	1.99
19597353--19597640	151	1.9	151	94	0	513	20	30	24	24	1.99
19600754--19600831	38	2.1	38	100	0	156	26	10	12	50	1.73
19608863--19608903	20	2.0	20	100	0	82	31	9	19	39	1.84
19610111--19610143	17	1.9	17	88	11	50	27	27	12	33	1.92
19613777--19613861	27	3.2	26	73	18	75	41	17	20	21	1.91
19613854--19614077	27	8.3	27	82	6	267	39	16	17	26	1.91
19613796--19614082	54	5.3	54	80	9	257	39	17	18	24	1.92
19614014--19614109	27	3.6	27	76	12	81	40	15	18	25	1.90
19613826--19614109	81	3.5	80	80	6	236	39	17	17	25	1.91
19613893--19614104	54	3.9	54	83	8	175	40	17	16	25	1.91
19614314--19614394	26	3.1	26	73	3	74	20	22	23	33	1.97
19616306--19616344	17	2.1	20	86	13	57	25	12	10	51	1.71
19618390--19618498	40	2.7	40	81	5	105	31	14	33	21	1.93
19618440--19618498	20	3.0	20	66	0	55	37	11	32	18	1.87
19624137--19624251	40	2.9	39	84	7	142	31	14	33	20	1.93
19624186--19624254	20	3.5	20	73	0	75	34	14	33	17	1.90
19629239--19629380	51	2.8	50	81	1	167	30	22	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19638374--19638560	27	7.0	26	83	7	216	44	20	17	18	1.87
19638374--19638558	54	3.5	54	87	2	250	44	20	17	17	1.87
19638374--19638560	81	2.3	78	86	4	248	44	20	17	18	1.87
19639337--19639366	14	2.2	14	94	5	53	16	16	6	60	1.56
19641759--19641804	11	4.3	11	78	10	51	26	6	8	58	1.52
19650709--19650810	35	2.9	34	79	4	114	20	12	28	38	1.89
19671603--19671696	44	2.1	44	84	0	116	47	13	20	18	1.82
19672943--19673157	44	4.9	44	86	2	288	29	20	24	25	1.99
19673242--19673387	45	3.3	45	68	5	116	28	25	26	20	1.99
19673220--19673413	89	2.2	89	87	0	280	25	28	24	22	1.99
19676487--19676792	153	2.0	153	95	0	549	34	20	10	33	1.88
19679842--19679895	13	4.2	13	87	0	81	50	18	9	22	1.75
19682253--19682378	48	2.6	48	82	0	135	26	19	30	23	1.98
19686359--19686540	51	3.6	51	84	2	188	25	15	26	31	1.96
19690662--19690783	48	2.5	48	94	0	217	27	21	27	22	1.99
19690662--19690843	48	3.8	48	88	0	202	27	19	28	24	1.99
19693333--19693373	18	2.2	20	82	8	50	68	7	0	24	1.15
19693877--19693933	29	2.0	29	96	0	105	36	14	26	22	1.92
19694654--19694700	25	2.0	25	84	16	64	8	34	2	55	1.42
19698485--19698539	18	3.1	18	80	15	60	65	10	1	21	1.33
19701344--19701385	20	2.1	20	82	8	50	38	23	9	28	1.86
19723542--19723689	76	2.0	75	89	6	228	46	9	14	29	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19723858--19724028	83	2.1	83	92	2	281	48	7	3	40	1.47
19723721--19724166	221	2.0	220	87	1	642	43	7	4	43	1.53
19723941--19724446	138	3.7	138	92	1	782	40	8	5	45	1.57
19728163--19728219	20	2.8	20	94	0	105	59	5	7	28	1.45
19740776--19741117	58	5.8	59	76	5	255	26	23	11	38	1.89
19740845--19741117	87	3.1	87	80	4	298	27	23	10	38	1.88
19740772--19741117	29	11.9	29	79	4	205	26	23	11	38	1.89
19740845--19741124	29	9.6	29	79	3	231	27	23	11	38	1.89
19746094--19746268	43	4.1	43	100	0	350	32	18	11	37	1.87
19762700--19762728	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
19772929--19773237	27	11.5	27	77	4	248	43	17	19	20	1.88
19772929--19773237	107	2.9	107	78	3	273	43	17	19	20	1.88
19772929--19773235	81	3.8	80	82	2	357	43	16	19	20	1.88
19773542--19773598	28	2.0	28	82	0	69	21	22	22	33	1.97
19794888--19794929	21	2.0	21	81	9	50	30	9	23	35	1.87
19808306--19808611	27	11.4	26	78	8	301	42	20	17	19	1.90
19808306--19808612	107	2.9	107	82	7	356	42	20	17	19	1.90
19808307--19808610	134	2.3	133	82	4	360	42	20	17	19	1.89
19810699--19816828	872	7.0	873	94	1	10293	21	16	23	38	1.93
19817297--19817332	17	2.1	18	89	5	56	16	25	38	19	1.92
19817573--19817915	27	12.7	27	75	4	280	38	19	19	22	1.94
19817970--19818039	11	6.0	11	69	12	50	18	2	25	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19817938--19818046	24	4.5	24	87	0	119	22	3	24	49	1.66
19818099--19818155	27	2.1	27	84	12	73	21	26	21	31	1.98
19818176--19818353	32	5.6	32	81	4	182	20	19	20	38	1.93
19818174--19818332	64	2.5	64	82	2	203	20	20	20	37	1.94
19821608--19821654	23	2.0	23	100	0	94	48	17	12	21	1.79
19826114--19826213	27	3.7	27	95	0	173	35	19	23	23	1.96
19826118--19826248	54	2.4	54	84	0	163	36	19	18	25	1.94
19829880--19830000	50	2.4	50	79	2	118	23	29	19	26	1.98
19832754--19832931	89	2.0	89	95	0	320	23	17	17	41	1.91
19845478--19845643	83	2.0	84	93	1	289	21	21	23	34	1.97
19849158--19853409	662	6.4	662	88	1	5967	38	17	10	33	1.84
19863514--19866675	662	4.8	660	84	4	4102	37	17	11	33	1.85
19868082--19868141	18	3.3	17	68	22	50	26	6	6	60	1.47
19868081--19868152	37	2.1	33	87	12	101	25	6	5	62	1.42
19868433--19868624	97	2.0	98	94	1	341	29	11	23	35	1.90
19869263--19870033	393	2.0	385	85	2	1029	37	19	9	33	1.84
19869911--19871071	589	2.0	589	84	4	1543	37	17	10	34	1.84
19870486--19874263	655	5.8	654	83	4	4512	37	17	10	33	1.85
19870524--19874263	661	5.8	632	80	7	3704	38	17	10	33	1.84
19886143--19886224	25	3.3	25	91	1	121	19	19	19	41	1.91
19886175--19886263	22	4.0	23	78	18	82	20	23	17	38	1.93
19886143--19886263	46	2.6	47	82	12	135	19	22	19	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19896435--19896490	25	2.2	26	80	9	69	23	21	17	37	1.94
19896442--19896494	25	2.1	25	92	0	88	22	20	16	39	1.92
19907506--19907601	42	2.3	42	80	3	113	37	18	16	27	1.92
19911027--19911064	19	2.1	18	90	5	58	60	0	0	39	0.97
19913537--19913584	24	2.0	24	100	0	96	25	29	4	41	1.74
19914225--19914431	105	2.0	105	97	0	387	29	8	14	47	1.74
19914604--19914633	13	2.3	13	94	0	51	30	6	6	56	1.51
19915720--19915795	38	2.0	38	92	0	125	35	18	27	18	1.94
19916980--19917023	22	2.0	22	86	8	63	40	6	0	52	1.28
19917787--19917863	13	5.8	13	72	18	52	57	0	2	40	1.13
19917810--19917889	13	6.2	13	73	22	62	53	0	1	45	1.08
19917777--19917889	53	2.1	54	96	1	210	55	0	1	42	1.10
19917785--19917901	53	2.2	53	93	3	198	58	0	2	39	1.12
19920144--19920174	16	1.9	16	93	0	53	48	6	0	45	1.28
19924983--19925375	196	2.0	196	100	0	786	36	16	25	20	1.94
19933154--19933210	19	3.0	19	94	0	96	24	35	22	17	1.95
19934070--19934132	6	9.7	7	71	25	50	38	1	3	57	1.24
19934072--19934132	14	4.8	12	75	20	52	37	1	3	57	1.25
19934118--19934168	16	3.2	17	78	13	56	33	3	0	62	1.13
19936610--19936658	25	2.0	25	87	0	71	18	20	26	34	1.95
19938809--19938906	27	3.6	27	84	6	119	45	21	14	18	1.84
19939959--19939991	18	1.9	17	88	11	50	42	12	15	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19941438--19941488	22	2.3	22	82	0	57	37	17	25	19	1.94
19949620--19949703	42	2.0	42	93	4	143	28	27	28	15	1.96
19950911--19951029	25	4.8	25	70	3	89	33	20	26	20	1.97
19951106--19951162	26	2.2	26	87	0	78	38	19	24	17	1.93
19954527--19954551	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
19956107--19956131	11	2.3	11	100	0	50	52	12	16	20	1.75
19957875--19957913	12	3.3	12	80	20	55	41	23	10	25	1.86
19960565--19960625	26	2.4	26	83	2	79	34	13	6	45	1.69
19960565--19960615	25	2.0	25	88	3	75	37	13	5	43	1.69
19963503--19963553	25	2.0	25	96	0	93	19	21	29	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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