genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16382374--16382424	22	2.3	22	96	0	93	29	33	0	37	1.58
16382493--16382526	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
16383482--16383506	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
16384158--16384192	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
16384615--16384700	43	2.0	45	86	4	122	34	1	12	51	1.48
16384668--16384780	25	4.7	25	72	18	96	40	2	12	44	1.56
16384624--16384780	70	2.3	69	92	2	253	38	2	12	46	1.55
16384776--16384835	23	2.6	23	86	7	95	45	26	0	28	1.54
16384796--16384873	35	2.4	30	70	25	77	44	28	0	26	1.54
16384842--16384952	23	4.9	23	78	12	122	47	19	0	32	1.50
16384979--16385091	25	4.7	25	72	18	96	40	2	12	44	1.56
16384948--16385091	70	2.1	69	94	1	252	40	2	12	45	1.54
16385087--16385188	23	4.5	23	77	17	124	46	24	0	29	1.53
16385128--16385199	21	3.4	21	74	22	78	45	23	0	30	1.53
16385105--16385198	44	2.2	43	98	1	179	43	24	0	31	1.54
16385412--16385580	37	4.4	37	63	20	96	39	8	7	44	1.63
16385197--16385598	116	3.4	116	91	2	628	36	8	8	46	1.65
16385574--16385615	17	2.4	18	80	4	50	42	7	4	45	1.52
16388187--16388540	126	2.8	126	92	0	573	33	22	15	28	1.94
16400461--16400489	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
16408791--16408829	21	2.0	20	85	10	53	35	10	5	48	1.59
16411975--16412063	28	3.1	28	80	4	90	23	12	6	57	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16419891--16420041	28	5.4	28	81	10	148	19	17	6	56	1.62
16420599--16420766	84	2.0	86	84	2	223	32	20	17	30	1.95
16422547--16422593	15	2.9	17	84	12	55	36	4	6	53	1.46
16424109--16424148	21	1.9	21	89	0	62	52	5	0	42	1.23
16430998--16431105	42	2.6	42	87	0	162	19	37	24	19	1.94
16442173--16442354	45	4.1	45	83	5	201	35	26	15	22	1.94
16443991--16444036	24	1.9	24	90	0	74	30	13	23	32	1.93
16449923--16449966	22	2.0	21	83	12	54	40	0	0	59	0.98
16452072--16452254	50	3.7	49	79	4	186	28	26	18	26	1.98
16457690--16457929	50	4.8	50	79	4	218	29	20	27	22	1.99
16465160--16465280	50	2.4	50	84	5	147	29	22	26	21	1.99
16466928--16466988	26	2.3	25	83	8	68	75	8	9	6	1.19
16466942--16467015	29	2.7	26	80	15	85	71	5	10	12	1.29
16467825--16467861	14	2.5	15	91	8	58	64	0	21	13	1.27
16469137--16469451	44	7.2	44	67	7	129	30	19	25	24	1.98
16469019--16469605	131	4.5	131	91	1	847	31	20	23	24	1.98
16469723--16470048	44	7.7	43	71	16	180	32	22	20	24	1.98
16469809--16470004	40	4.8	40	72	14	164	30	23	20	25	1.98
16469634--16470045	126	3.2	127	87	1	565	31	22	20	25	1.98
16475180--16475394	39	5.5	39	89	0	331	46	21	3	28	1.67
16477272--16477513	50	4.7	50	82	4	245	24	28	20	26	1.99
16477321--16477510	100	1.8	105	85	6	273	25	29	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16479850--16480026	51	3.5	50	76	12	182	23	16	29	31	1.96
16485365--16485542	51	3.5	50	75	6	162	26	17	25	30	1.97
16494736--16494980	50	4.7	50	76	8	202	24	26	21	28	1.99
16494732--16494980	106	2.3	106	80	8	267	24	26	21	28	1.99
16494732--16494980	56	4.7	55	75	13	202	24	26	21	28	1.99
16499167--16499342	39	4.5	39	94	1	318	45	22	2	28	1.67
16499167--16499342	77	2.3	78	95	1	318	45	22	2	28	1.67
16500060--16500154	37	2.6	35	80	6	109	31	15	23	29	1.95
16503718--16503755	20	1.9	20	88	0	58	47	15	26	10	1.78
16503703--16503762	20	3.0	19	76	9	57	45	15	26	13	1.83
16512394--16512482	45	2.0	45	93	0	151	33	23	17	24	1.96
16512489--16512602	51	2.2	50	83	6	140	34	26	16	22	1.95
16512833--16512889	30	1.9	30	92	7	98	33	24	5	36	1.78
16519085--16519170	45	1.9	45	92	0	145	34	22	16	26	1.95
16519494--16519550	30	1.9	30	92	0	96	28	22	8	40	1.84
16525428--16525483	20	2.8	20	78	10	69	14	28	16	41	1.87
16542407--16542476	30	2.3	30	85	4	88	24	32	20	22	1.97
16542761--16542836	30	2.5	30	84	0	98	25	19	11	43	1.85
16542791--16543069	90	3.1	90	81	7	325	24	24	14	36	1.93
16542791--16543044	30	8.5	30	81	6	257	25	23	14	36	1.93
16543029--16543103	30	2.5	30	87	8	116	17	30	12	40	1.86
16542791--16543074	60	4.7	62	78	9	261	24	24	14	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16552654--16552685	14	2.4	14	90	10	50	9	9	6	75	1.20
16561198--16561413	39	5.5	39	92	2	353	45	22	3	28	1.69
16562129--16562219	38	2.4	37	89	3	137	31	14	24	29	1.94
16565808--16565966	40	4.0	40	86	0	219	37	15	32	15	1.89
16565846--16565950	20	5.2	20	71	13	90	39	14	32	14	1.86
16577144--16577198	19	2.8	20	80	5	67	18	25	14	41	1.88
16583901--16583984	44	1.9	43	90	2	132	52	3	21	22	1.62
16583944--16584007	31	2.1	31	93	0	110	50	3	23	23	1.64
16588403--16588469	35	1.9	35	100	0	134	40	19	20	19	1.92
16592254--16592391	42	3.3	42	90	0	213	31	24	16	27	1.97
16592451--16592573	45	2.8	43	78	8	149	43	2	27	26	1.67
16613060--16613182	51	2.4	50	83	4	140	28	14	23	33	1.94
16648682--16648843	41	4.0	41	90	0	252	21	25	22	30	1.99
16656614--16656649	17	2.1	17	94	0	63	50	5	19	25	1.69
16664989--16665082	35	2.7	35	86	0	134	29	20	14	35	1.93
16667795--16667929	69	2.0	69	83	2	173	38	16	23	21	1.93
16675742--16675768	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
16675874--16675915	19	2.2	19	95	0	75	9	16	26	47	1.77
16683112--16683145	12	2.7	13	86	9	52	8	38	8	44	1.67
16688395--16688427	16	2.0	17	88	5	50	30	18	3	48	1.63
16697166--16697191	9	2.9	9	100	0	52	19	0	11	69	1.18
16713924--16713950	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16726463--16726840	188	2.0	188	98	1	740	33	15	19	30	1.93
16737314--16737343	15	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
16742972--16743125	28	5.5	28	91	0	227	30	12	24	32	1.92
16743904--16744242	23	14.6	23	73	10	224	27	12	17	41	1.86
16743856--16744245	93	4.2	93	92	1	611	27	13	17	41	1.87
16743846--16744245	47	8.6	47	78	4	389	27	13	17	41	1.87
16750472--16750567	28	3.4	27	87	5	120	30	12	26	31	1.93
16751313--16751746	47	9.4	47	80	4	486	28	13	18	39	1.88
16751313--16751746	93	4.7	94	88	2	504	28	13	18	39	1.88
16751313--16751746	23	18.7	23	73	14	232	28	13	18	39	1.88
16760086--16760141	28	2.0	28	96	0	103	48	7	17	26	1.73
16764829--16764901	33	2.2	33	82	0	92	36	43	2	16	1.62
16767114--16767143	15	2.0	15	100	0	60	6	6	20	66	1.38
16770185--16770283	30	3.4	29	73	15	80	41	19	1	38	1.58
16774852--16775028	26	6.8	26	92	0	255	38	19	15	25	1.91
16774852--16775055	52	3.9	52	88	1	257	39	19	15	25	1.91
16774852--16775065	26	8.2	26	88	2	178	38	19	16	25	1.92
16774995--16775083	27	3.3	27	79	4	65	37	23	15	23	1.93
16782428--16782628	26	7.7	26	83	3	235	37	19	17	24	1.93
16782585--16782656	27	2.7	27	82	0	81	38	26	15	19	1.91
16783024--16783079	28	2.0	28	85	0	76	21	23	25	30	1.99
16788367--16788424	30	1.9	30	85	0	80	41	8	20	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16788761--16788813	26	2.0	26	88	0	79	18	22	33	24	1.97
16788790--16789012	43	5.3	43	77	10	196	21	15	25	36	1.93
16788825--16789023	85	2.4	84	93	0	326	23	16	25	35	1.94
16791102--16791156	26	2.1	26	96	0	101	65	3	12	18	1.40
16793160--16793311	50	3.0	50	100	0	304	33	11	17	36	1.87
16794759--16794811	26	2.0	26	85	0	70	20	22	32	24	1.98
16794788--16795014	43	5.4	42	76	11	223	23	16	24	35	1.95
16794785--16795020	85	2.8	84	89	0	337	23	16	24	34	1.95
16798336--16798366	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
16803355--16803390	18	2.0	18	88	0	54	36	13	25	25	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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