genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19818431--19818462	4	7.8	4	93	6	55	0	25	0	75	0.81
19818434--19818461	13	2.2	13	100	0	56	0	21	0	78	0.75
19818434--19818518	20	4.6	17	76	20	82	1	18	7	72	1.13
19818525--19818600	7	10.7	7	80	16	68	50	2	1	46	1.24
19818535--19818631	43	2.3	41	81	14	119	47	3	1	48	1.24
19819841--19819870	15	2.0	15	93	0	51	70	13	0	16	1.18
19828155--19828182	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
19836020--19836106	17	5.1	17	68	19	65	55	2	3	39	1.30
19835978--19836124	68	2.1	69	82	6	183	55	3	4	37	1.36
19839064--19839103	21	2.0	21	90	5	64	42	32	0	25	1.55
19843321--19843514	102	1.9	102	87	4	284	30	15	25	28	1.96
19844578--19844659	27	3.1	27	79	10	98	46	13	9	30	1.75
19844776--19844816	18	2.3	18	83	8	57	17	41	26	14	1.88
19851754--19851828	34	2.3	32	93	6	132	22	24	22	30	1.99
19852092--19852159	27	2.5	27	95	0	118	38	16	14	30	1.89
19854387--19854453	27	2.5	27	77	0	80	31	17	17	32	1.94
19860697--19860731	16	2.2	16	90	10	54	71	5	2	20	1.19
19860703--19860748	16	2.8	17	83	6	58	71	4	6	17	1.24
19861295--19861596	157	1.9	153	80	12	348	39	10	4	44	1.61
19861700--19861733	17	2.0	17	100	0	68	41	11	0	47	1.40
19861618--19862016	169	2.4	169	95	2	712	43	9	5	41	1.60
19861843--19861902	17	3.3	18	83	6	68	48	8	1	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19861864--19861902	17	2.3	17	95	0	69	48	10	0	41	1.37
19864167--19864201	13	2.7	13	90	0	52	5	0	11	82	0.82
19864195--19864225	10	3.1	10	90	0	53	0	12	0	87	0.55
19866447--19866504	19	2.8	20	75	19	57	51	5	1	41	1.34
19866496--19866532	19	1.9	19	88	0	56	54	0	0	45	1.00
19866520--19866560	11	3.8	11	84	9	50	73	0	2	24	0.96
19867455--19867509	25	2.2	25	83	3	65	32	3	0	63	1.12
19869895--19870164	108	2.5	108	99	0	531	43	13	13	29	1.82
19881797--19881854	19	2.8	20	75	19	57	51	5	1	41	1.34
19881846--19881882	19	1.9	19	88	0	56	54	0	0	45	1.00
19881870--19881910	11	3.8	11	84	9	50	73	0	2	24	0.96
19891611--19891714	22	4.4	23	81	11	106	40	19	24	16	1.91
19894413--19894500	25	3.4	26	79	13	83	57	4	6	30	1.45
19896446--19897143	46	15.6	46	67	13	213	29	19	19	32	1.96
19896403--19897135	90	8.2	90	78	5	759	29	19	19	32	1.96
19896333--19897220	268	3.3	266	89	2	1331	29	19	18	32	1.96
19896658--19897089	44	9.7	43	67	14	189	28	20	18	31	1.97
19897232--19897802	87	6.5	87	89	1	804	22	24	24	27	2.00
19898882--19898982	41	2.4	42	95	1	177	22	29	14	32	1.94
19899078--19899114	13	2.9	13	81	18	51	18	18	0	62	1.34
19904866--19904934	27	2.5	26	77	9	75	60	4	5	28	1.39
19907886--19907932	24	2.0	23	84	12	60	51	8	2	38	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19907897--19908309	144	2.8	145	81	9	404	40	12	5	41	1.65
19908074--19908382	148	2.1	144	81	5	311	42	12	5	40	1.65
19910602--19910635	18	1.9	18	94	5	61	17	29	41	11	1.85
19911332--19911379	24	2.0	24	100	0	96	12	8	25	54	1.65
19915237--19915325	24	3.7	24	79	10	110	44	5	25	23	1.75
19915215--19915324	48	2.3	48	85	4	150	43	5	27	23	1.75
19915469--19915536	21	3.2	21	71	8	66	17	23	16	42	1.88
19915438--19915534	42	2.3	42	83	0	122	16	22	18	42	1.89
19915454--19915562	42	2.6	42	82	2	121	16	24	15	43	1.87
19922384--19922780	30	13.2	30	86	1	519	43	18	7	30	1.78
19922363--19922791	121	3.5	121	85	5	537	43	18	7	30	1.78
19922363--19922780	151	2.7	151	89	3	608	43	18	7	30	1.78
19929840--19930679	30	27.9	30	88	1	1088	41	18	9	30	1.82
19929840--19930679	241	3.5	240	89	1	1171	41	18	9	30	1.82
19936870--19936942	29	2.5	29	82	12	80	26	23	19	31	1.98
19937061--19937210	53	2.8	54	88	5	225	28	26	13	32	1.94
19939832--19940254	22	19.2	21	82	7	468	41	17	11	28	1.85
19939832--19940257	44	9.7	44	89	0	609	41	17	11	29	1.85
19939895--19940122	11	20.7	12	62	18	84	42	17	10	29	1.83
19941929--19941983	27	2.0	27	96	0	101	34	21	7	36	1.81
19945656--19945718	26	2.4	26	89	0	90	38	11	14	36	1.81
19950816--19950859	13	3.3	14	87	6	56	20	20	11	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19961545--19961866	108	3.0	107	82	9	393	34	17	16	31	1.92
19961840--19961881	18	2.3	18	87	0	57	33	7	4	54	1.49
19961990--19962041	24	2.0	27	85	10	74	63	11	5	19	1.47
19963832--19963886	27	2.0	27	100	0	110	36	18	10	34	1.86
19964209--19964261	16	3.4	15	75	14	54	64	3	7	24	1.37
19967437--19967549	25	4.5	25	83	4	120	18	25	21	34	1.96
19967428--19967572	50	2.9	50	80	3	159	16	26	22	35	1.95
19967526--19967611	25	3.5	24	81	9	77	17	25	23	33	1.96
19967553--19967623	25	2.8	26	85	10	87	19	28	22	29	1.98
19968562--19968646	41	2.1	41	90	0	134	18	24	30	25	1.98
19971474--19971527	3	18.0	3	100	0	108	66	0	0	33	0.92
19972353--19972398	13	3.5	13	81	0	56	30	8	21	39	1.84
19974321--19974996	343	2.0	343	97	0	1280	30	16	12	39	1.86
19976017--19976412	162	2.5	162	85	4	500	47	13	11	27	1.77
19976062--19976412	81	4.3	82	84	1	454	47	13	11	27	1.77
19976541--19976664	51	2.5	48	83	7	151	53	8	1	37	1.40
19976541--19976672	50	2.7	49	80	8	144	52	8	1	37	1.41
19989880--19989988	40	2.7	41	78	13	134	15	17	28	38	1.90
19991961--19991996	18	2.0	18	100	0	72	11	16	22	50	1.77
19996749--19996844	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
20003219--20003281	31	2.0	32	96	3	119	31	9	15	42	1.79
20005096--20005138	18	2.4	18	92	3	70	55	0	20	23	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20005669--20006365	289	2.4	281	89	3	1047	39	19	18	21	1.92
20008938--20008963	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
20015526--20015830	152	2.0	152	98	0	583	39	12	18	29	1.88
20021738--20021815	31	2.6	30	81	4	86	21	19	7	51	1.72
20024751--20024808	22	2.7	21	76	10	53	43	17	1	37	1.59
20024779--20024821	19	2.4	19	84	7	54	34	18	4	41	1.71
20025158--20025207	21	2.5	20	93	6	84	38	14	12	36	1.83
20025379--20025717	43	7.9	43	82	3	324	25	27	21	25	1.99
20025379--20025701	129	2.5	129	82	1	396	25	27	21	25	1.99
20025906--20025943	19	2.0	19	94	0	67	57	0	13	28	1.36
20026047--20026099	21	2.5	21	87	0	70	3	43	15	37	1.64
20026047--20026116	21	3.3	21	83	0	68	4	41	15	38	1.67
20026110--20026233	66	1.9	66	89	3	196	15	26	18	39	1.90
20026116--20026256	66	2.1	66	84	5	178	15	26	19	38	1.92
20031770--20031818	25	2.0	25	87	0	71	32	2	22	42	1.65
20031778--20031982	34	5.9	34	75	11	159	30	2	21	44	1.65
20031778--20031962	9	21.3	9	73	11	154	31	2	21	44	1.64
20031784--20032011	25	8.8	25	73	15	153	30	2	21	45	1.65
20031795--20031917	62	2.0	62	82	6	151	31	1	21	45	1.61
20033581--20033634	16	3.4	16	81	0	63	25	12	44	16	1.84
20033852--20034130	84	3.4	80	81	8	253	30	25	18	25	1.98
20033896--20034175	84	3.3	83	85	3	348	31	24	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20034389--20034479	46	2.0	46	89	4	139	48	1	5	45	1.33
20035261--20035311	25	2.0	25	81	7	59	41	29	0	29	1.57
20035287--20035324	14	2.7	15	88	12	62	42	31	0	26	1.56
20035701--20036007	41	7.4	41	73	11	178	38	26	17	17	1.92
20035725--20035967	83	2.9	82	79	3	252	38	25	19	16	1.92
20035702--20036007	42	7.4	41	76	6	242	38	26	17	17	1.92
20035829--20036001	83	2.1	82	79	5	179	41	24	16	17	1.90
20039041--20039090	21	2.4	21	83	9	66	36	22	6	36	1.79
20039696--20039736	19	2.2	19	100	0	82	36	26	0	36	1.57
20040108--20040158	21	2.4	21	90	0	75	31	35	7	25	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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