genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22407546--22407609	5	12.8	5	76	0	56	39	21	4	34	1.75
22411083--22411171	34	2.6	34	78	1	90	25	7	19	47	1.76
22415335--22415359	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
22418543--22418723	85	2.1	86	97	2	346	43	9	8	38	1.68
22418751--22418809	19	3.1	19	90	4	91	50	8	1	38	1.43
22418797--22418825	14	2.1	14	100	0	58	51	13	0	34	1.42
22418840--22420152	652	2.0	657	96	1	2422	32	15	18	33	1.93
22421101--22421135	18	1.9	18	88	0	52	31	2	11	54	1.51
22422579--22422657	27	2.9	27	80	0	104	37	25	7	29	1.83
22422579--22422659	9	9.0	9	76	0	72	37	25	7	29	1.83
22422579--22422659	18	4.5	18	90	0	99	37	25	7	29	1.83
22426802--22426841	18	2.2	19	86	4	55	60	25	0	15	1.35
22437638--22437709	35	2.1	35	100	0	144	33	11	22	33	1.89
22441417--22441549	31	4.4	31	72	16	109	26	17	9	46	1.79
22441505--22441617	60	1.9	60	83	7	149	22	16	13	47	1.81
22441432--22441602	89	1.9	89	83	7	220	22	18	11	47	1.80
22443077--22443141	29	2.2	29	91	0	103	20	26	29	24	1.99
22460614--22460664	25	2.0	25	88	0	75	43	3	1	50	1.31
22460620--22460661	20	2.1	20	82	8	50	45	2	2	50	1.27
22460704--22460802	29	3.1	29	68	25	81	51	4	3	41	1.36
22460729--22460820	37	2.4	37	82	12	107	50	5	2	42	1.37
22462421--22462452	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22468712--22468755	23	1.9	22	82	17	54	34	2	0	63	1.07
22473829--22473888	9	6.4	9	78	14	59	41	0	1	56	1.09
22473830--22473885	10	5.9	10	78	14	57	37	0	1	60	1.07
22473823--22473889	10	6.9	10	71	8	50	40	0	2	56	1.14
22473906--22473944	19	2.1	19	85	4	53	41	0	2	56	1.13
22476198--22476249	19	2.8	18	78	18	61	32	0	3	63	1.12
22476196--22476249	9	5.7	10	75	16	53	33	0	3	62	1.12
22477651--22477815	91	1.8	90	83	11	221	29	24	12	33	1.92
22480063--22480192	43	3.0	43	74	12	149	23	19	26	30	1.98
22480564--22480606	22	2.0	21	81	4	50	27	0	11	60	1.31
22484014--22484075	3	20.7	3	100	0	124	67	32	0	0	0.91
22486217--22486252	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
22486826--22486863	13	2.7	14	84	12	51	28	10	0	60	1.30
22487074--22487104	16	1.9	16	93	0	53	51	0	6	41	1.27
22488968--22489150	43	4.3	43	93	1	305	21	31	19	26	1.98
22489657--22489722	25	2.6	25	85	0	96	37	1	15	45	1.55
22489657--22489729	17	4.4	17	72	16	62	36	1	15	46	1.54
22489822--22489881	17	3.5	17	80	8	68	36	0	16	46	1.47
22489825--22489908	34	2.3	36	88	8	118	34	0	16	48	1.47
22489825--22489881	9	6.8	8	80	7	60	33	0	17	49	1.47
22489825--22489910	17	4.8	17	73	16	66	34	0	16	48	1.46
22490847--22490877	8	3.9	8	95	0	53	48	25	22	3	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22492341--22492387	21	2.2	21	84	0	58	46	0	12	40	1.42
22493670--22493768	47	2.1	48	88	1	146	44	1	9	45	1.42
22493792--22493840	9	5.4	9	88	9	73	30	8	0	61	1.25
22493790--22493845	17	3.2	18	87	10	80	33	7	0	58	1.25
22493802--22493845	8	5.2	8	86	13	54	34	9	0	56	1.31
22493834--22493888	21	2.7	20	71	23	51	41	7	1	49	1.41
22494278--22494441	80	2.0	81	89	1	249	28	22	22	26	1.99
22494441--22494554	41	2.8	41	80	0	147	26	30	21	21	1.98
22494912--22495562	114	5.8	114	86	5	893	28	26	21	24	1.99
22494808--22495562	214	3.5	213	87	4	992	28	26	21	24	1.99
22500058--22500106	25	2.0	25	83	0	62	34	20	22	22	1.97
22500064--22500146	25	3.4	24	80	6	78	33	20	25	20	1.97
22503982--22504769	393	2.0	393	100	0	1576	32	20	13	32	1.92
22505044--22505222	78	2.3	77	83	2	223	48	12	10	29	1.74
22513346--22513378	10	3.4	10	95	4	59	24	39	36	0	1.56
22518950--22519004	27	2.0	27	85	0	74	16	21	30	30	1.95
22522793--22522825	17	1.9	17	93	0	57	42	0	12	45	1.41
22525436--22525653	111	2.0	110	94	0	382	35	24	11	27	1.91
22528080--22528134	23	2.4	23	93	0	92	47	30	10	10	1.73
22528103--22528280	39	4.6	39	86	2	232	35	30	17	15	1.91
22528611--22528652	17	2.4	18	84	11	52	47	14	0	38	1.44
22535762--22535819	21	2.6	22	75	22	59	58	0	1	39	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22546951--22546998	20	2.4	20	85	0	60	43	16	27	12	1.84
22549692--22549721	15	2.1	14	93	6	51	0	20	3	76	0.92
22554371--22554726	84	4.2	84	86	0	489	31	32	16	20	1.94
22555407--22555448	6	6.7	6	80	20	50	80	0	4	14	0.86
22557660--22557813	41	3.8	41	93	0	254	29	27	20	23	1.99
22568444--22568557	34	3.4	34	85	0	129	29	16	11	42	1.83
22573029--22573162	45	3.0	45	81	4	128	30	17	14	36	1.91
22573567--22573811	66	3.7	67	90	1	341	33	16	23	26	1.96
22573567--22573811	133	1.8	133	85	1	348	33	16	23	26	1.96
22573522--22573954	67	6.5	67	81	3	223	35	15	22	26	1.94
22573579--22573954	67	5.7	66	81	2	270	35	15	23	26	1.94
22578561--22578864	67	4.6	67	84	6	393	35	15	23	25	1.94
22596176--22596219	6	7.2	6	92	2	70	0	61	0	38	0.96
22596279--22596328	25	2.0	25	84	0	64	8	36	2	54	1.42
22600054--22600095	21	2.0	21	90	0	66	30	35	9	23	1.87
22621822--22621876	21	2.6	21	94	0	92	14	21	16	47	1.82
22625862--22625907	22	2.0	24	84	12	62	43	2	2	52	1.25
22625938--22626091	77	2.0	77	97	0	290	50	5	5	38	1.51
22627073--22627137	20	3.0	20	70	12	58	41	3	1	53	1.25
22627118--22627151	18	1.9	18	88	5	52	41	2	0	55	1.15
22635555--22635600	24	1.9	24	82	8	58	50	2	0	47	1.13
22638557--22638601	17	2.6	17	86	6	56	40	6	4	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22638707--22638776	29	2.5	29	83	4	81	45	4	5	44	1.47
22638739--22638867	64	2.0	63	82	5	154	40	3	9	46	1.54
22647249--22647302	3	17.0	3	77	11	54	29	1	7	61	1.34
22647435--22647468	18	1.9	18	88	5	52	35	8	0	55	1.31
22647558--22647661	51	2.0	51	98	0	199	32	14	4	48	1.65
22648594--22648654	31	1.9	33	83	6	81	34	3	3	59	1.30
22656781--22656816	16	2.2	16	90	0	54	50	5	5	38	1.49
22661302--22661332	5	6.2	5	92	0	53	41	16	19	22	1.89
22662122--22662158	9	4.1	9	89	0	56	29	8	13	48	1.71
22673951--22673992	4	11.0	4	85	10	61	73	2	0	23	0.94
22674124--22674222	28	3.3	30	80	5	103	55	6	3	35	1.40
22675596--22675759	44	3.8	45	76	9	137	29	23	18	28	1.98
22675812--22676319	44	11.6	45	73	5	396	30	24	14	30	1.94
22675866--22676314	132	3.4	132	85	3	527	30	24	14	29	1.95
22676220--22676297	37	2.1	38	85	2	104	30	25	16	26	1.97
22677150--22677198	26	1.9	26	88	12	75	61	8	14	16	1.56
22696110--22696191	25	3.2	26	77	16	73	18	23	21	36	1.95
22696241--22696310	25	2.8	25	73	6	61	24	21	18	35	1.95
22698668--22698710	20	2.2	20	86	0	59	39	2	2	55	1.25
22703834--22703876	14	3.1	14	81	12	54	62	6	0	30	1.21
22707686--22707769	29	2.8	30	78	10	100	28	15	22	33	1.95
22717040--22717082	19	2.2	20	87	4	61	18	4	4	72	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22732787--22732819	12	2.8	12	86	13	50	72	0	9	18	1.10
22738919--22738957	6	6.5	6	100	0	78	0	0	15	84	0.62
22753483--22753539	20	2.8	21	76	7	55	45	8	1	43	1.45
22759175--22759243	36	1.9	36	90	0	111	21	5	31	40	1.77
22770976--22771010	17	2.1	17	94	0	61	57	0	0	42	0.99
22773711--22773945	102	2.3	103	90	0	364	19	20	29	30	1.97
22777144--22777190	24	1.9	25	86	4	69	21	6	25	46	1.74
22784337--22784387	23	2.2	23	85	0	66	31	5	17	45	1.72
22785595--22785719	56	2.4	54	90	8	195	25	30	17	26	1.97
22786294--22786631	168	2.0	170	95	2	619	35	20	15	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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