genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1974676--1974707	13	2.5	13	100	0	64	53	0	37	9	1.34
1977071--1977212	45	3.2	45	86	7	175	19	17	20	42	1.90
1986639--1986754	46	2.6	45	82	4	137	27	22	22	27	1.99
1986558--1986797	87	2.8	84	74	5	237	27	22	22	28	1.99
1986558--1986795	41	5.6	41	74	8	154	27	21	22	28	1.99
1989669--1989718	13	3.8	13	92	5	75	2	14	0	84	0.72
1989666--1989710	6	7.3	6	90	5	72	2	13	0	84	0.72
1989723--1989751	9	3.3	9	90	9	51	10	0	6	82	0.83
1997397--1997456	3	19.3	3	89	6	93	65	0	3	31	1.09
1998448--1998488	21	2.0	21	90	0	64	4	14	21	58	1.55
2000777--2001110	144	2.3	143	84	3	424	32	19	20	27	1.97
2000777--2001140	141	2.6	143	82	4	441	32	20	20	27	1.97
2030440--2030464	12	2.1	12	100	0	50	44	8	0	48	1.32
2034159--2034199	17	2.5	17	84	11	50	68	2	0	29	1.03
2043661--2043709	22	2.2	21	82	10	62	32	0	6	61	1.21
2043824--2043853	11	2.6	12	89	10	53	23	0	0	76	0.78
2045593--2045623	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2060157--2060289	2	66.5	2	100	0	266	50	0	0	49	1.00
2071801--2071839	5	7.8	5	88	0	60	76	0	23	0	0.78
2072298--2072587	83	3.6	81	76	8	272	41	18	11	28	1.84
2075692--2075948	128	2.0	129	99	0	507	33	8	15	42	1.77
2077790--2077847	29	2.0	29	83	6	73	60	5	1	32	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2086312--2086363	22	2.4	22	83	0	68	38	0	5	55	1.24
2087373--2087400	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2094144--2094199	29	1.9	29	88	0	85	28	19	19	32	1.97
2095096--2095133	19	2.0	20	89	5	60	42	0	10	47	1.38
2120491--2120603	47	2.4	47	88	1	165	30	12	22	35	1.91
2120525--2120623	47	2.1	47	81	3	110	31	15	18	35	1.91
2122215--2122345	54	2.5	53	84	5	174	23	7	16	52	1.69
2125029--2125207	96	1.9	96	89	0	277	36	15	9	37	1.80
2127399--2127453	27	2.0	27	96	0	101	40	7	23	29	1.81
2136862--2137112	42	6.0	42	82	6	278	32	18	21	27	1.97
2136862--2137112	126	2.0	127	82	6	314	32	18	21	27	1.97
2147111--2147162	14	3.8	13	85	12	68	48	26	3	21	1.67
2147118--2147162	7	6.6	7	82	2	56	46	26	4	22	1.70
2147101--2147161	21	2.9	21	73	9	61	45	31	3	19	1.66
2147293--2147342	20	2.5	21	83	6	68	48	38	0	14	1.44
2147795--2147868	38	1.9	39	88	2	114	32	25	22	18	1.97
2147832--2147975	75	1.9	77	84	5	195	30	25	24	19	1.98
2148074--2148253	72	2.5	71	81	3	193	26	23	23	26	2.00
2148976--2149027	14	3.8	13	85	12	68	48	26	3	21	1.67
2148983--2149027	7	6.6	7	82	2	56	46	26	4	22	1.70
2148966--2149026	21	2.9	21	73	9	61	45	31	3	19	1.66
2149159--2149207	20	2.4	21	83	6	66	48	36	0	14	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149769--2149912	75	1.9	77	84	5	195	30	25	24	19	1.98
2150011--2150190	72	2.5	71	81	3	193	25	23	24	26	2.00
2153226--2153263	19	2.0	19	90	10	60	26	2	2	68	1.16
2155897--2155944	21	2.3	21	100	0	96	47	14	4	33	1.63
2158690--2158744	27	2.0	27	96	0	101	40	7	23	29	1.81
2177130--2177188	21	2.8	21	89	0	91	27	8	35	28	1.86
2177873--2177933	5	12.2	5	96	0	86	59	6	0	34	1.24
2180330--2180382	26	2.0	26	85	0	70	30	1	3	64	1.22
2184854--2184903	6	8.2	6	95	2	82	36	46	0	18	1.49
2193738--2193797	22	2.7	22	77	12	52	50	5	3	41	1.41
2206259--2206303	22	2.0	23	95	4	83	46	4	22	26	1.70
2208672--2208700	13	2.1	14	93	6	51	31	17	0	51	1.45
2209981--2210009	5	5.8	5	100	0	58	62	0	0	37	0.96
2210606--2210659	28	1.9	29	82	14	69	46	3	3	46	1.38
2217913--2217949	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
2223210--2223335	66	1.9	66	85	4	175	41	15	17	26	1.88
2223630--2223667	20	2.0	20	85	10	53	44	0	2	52	1.14
2223768--2223795	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
2223738--2223879	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
2223868--2223907	16	2.5	16	91	0	62	40	7	2	50	1.44
2223738--2223901	68	2.5	66	89	8	225	45	9	4	41	1.55
2223883--2223941	22	2.6	22	86	7	75	42	1	1	54	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228128--2228197	29	2.3	29	85	9	88	37	12	1	48	1.50
2232882--2232928	19	2.4	20	79	13	53	53	2	0	44	1.12
2232880--2233008	29	4.4	29	75	11	102	55	3	2	38	1.31
2232914--2233009	20	4.8	20	74	13	81	55	4	3	37	1.35
2232863--2233008	10	14.9	10	66	22	62	53	3	2	41	1.29
2232933--2233009	39	2.0	38	84	2	100	55	3	2	37	1.32
2232897--2233023	30	4.2	30	74	10	98	54	5	3	37	1.40
2235963--2236021	27	2.3	25	82	8	75	45	1	3	49	1.28
2236042--2236085	24	1.9	22	86	9	61	47	0	9	43	1.35
2238625--2238658	17	2.1	16	88	5	50	73	0	0	26	0.83
2239115--2239156	21	2.0	21	90	0	66	23	0	33	42	1.55
2239624--2239677	26	2.1	27	83	13	69	40	31	7	20	1.80
2240349--2240426	33	2.4	34	79	14	83	41	2	0	56	1.13
2251630--2251899	133	2.0	134	91	2	436	41	22	12	22	1.88
2254986--2255040	29	2.0	28	82	13	69	58	7	9	25	1.55
2263882--2263907	11	2.4	11	100	0	52	30	0	15	53	1.42
2265243--2265270	13	2.2	13	100	0	56	60	7	7	25	1.48
2265510--2265566	29	1.9	30	85	3	80	33	7	17	42	1.76
2266650--2266697	22	2.2	21	82	7	60	35	0	18	45	1.50
2266655--2266704	22	2.2	23	89	3	75	34	0	16	50	1.45
2266661--2266706	22	2.1	22	95	0	83	41	0	13	45	1.43
2267209--2267251	21	2.0	21	82	8	52	69	2	0	27	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2267909--2268122	108	2.0	108	90	0	338	25	34	13	27	1.93
2268094--2268159	30	2.2	30	88	0	96	16	42	10	30	1.82
2271053--2271125	33	2.2	33	83	7	87	28	8	15	47	1.73
2273155--2273196	22	2.0	22	85	4	59	38	16	9	35	1.81
2281296--2281962	333	2.0	334	99	0	1327	39	13	6	40	1.71
2282457--2282500	23	1.9	23	86	9	63	9	4	6	79	1.04
2291117--2291161	23	2.0	23	86	0	63	40	8	0	51	1.33
2297009--2297094	27	3.2	27	88	0	118	24	25	29	20	1.99
2297403--2297440	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
2302870--2302946	39	2.0	39	97	2	147	50	7	10	31	1.65
2303041--2303173	60	2.2	60	90	1	203	57	12	0	30	1.40
2303326--2303388	25	2.5	24	79	7	63	3	23	0	73	0.98
2303320--2303385	33	2.0	33	85	11	91	3	22	0	74	0.96
2305974--2306019	20	2.3	20	84	0	65	30	10	43	15	1.81
2306163--2306220	27	2.2	25	82	14	64	58	3	0	37	1.15
2306158--2306220	25	2.3	27	78	13	67	57	3	0	39	1.15
2306919--2306951	3	11.3	3	93	6	59	66	0	33	0	0.92
2306918--2306955	17	2.3	17	95	4	69	65	0	34	0	0.93
2309403--2309590	6	31.3	6	100	0	376	32	34	32	0	1.58
2314440--2314493	22	2.4	23	84	12	76	0	33	1	64	1.04
2314551--2314680	27	4.8	27	86	1	172	23	36	20	19	1.95
2315649--2315708	30	2.0	30	96	0	111	25	6	15	53	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319827--2319920	47	2.0	48	85	8	129	30	13	20	35	1.91
2323514--2323596	41	2.0	41	95	0	148	33	12	24	30	1.91
2328383--2328427	20	2.2	20	84	7	56	31	11	6	51	1.63
2330470--2330537	31	2.2	31	84	5	84	39	11	13	35	1.81
2330701--2330752	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
2333551--2333582	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2337776--2337946	85	2.0	85	95	0	306	31	19	10	38	1.86
2350476--2350517	21	2.0	21	85	0	57	50	0	0	50	1.00
2357192--2357238	20	2.3	20	96	0	85	36	29	19	14	1.92
2359183--2359222	21	1.9	21	90	10	64	27	7	25	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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