genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12281690--12281756	34	2.0	34	87	0	98	23	22	23	29	1.99
12281651--12281800	78	1.9	78	90	0	237	24	20	24	31	1.98
12281351--12282020	298	2.2	298	86	1	930	28	18	24	28	1.98
12281351--12282146	298	2.7	293	81	6	741	28	18	24	28	1.98
12282034--12282186	78	2.0	78	88	2	227	27	17	24	30	1.97
12282352--12282418	34	1.9	35	87	3	100	25	19	23	31	1.98
12282308--12282457	78	1.9	78	87	2	221	25	16	25	32	1.96
12282215--12283079	298	2.9	299	81	4	1046	27	18	24	29	1.98
12282652--12282799	78	1.9	78	91	2	244	25	20	26	27	1.99
12283552--12284519	298	3.2	297	82	3	1142	28	18	24	28	1.98
12283256--12284001	386	2.0	381	82	4	916	28	17	25	28	1.98
12283256--12285026	342	5.2	335	72	12	1155	28	18	25	28	1.98
12283669--12285483	298	6.1	297	74	12	1126	28	19	25	27	1.98
12284494--12285576	122	8.7	120	69	16	577	27	19	25	27	1.99
12283852--12286668	166	16.7	167	67	16	875	27	18	24	28	1.98
12284833--12285182	78	4.4	78	86	7	484	25	20	26	28	1.99
12285000--12285138	34	3.8	34	78	17	152	24	21	27	26	1.99
12284448--12285446	497	2.0	508	88	4	1511	27	19	25	27	1.99
12285410--12285517	34	3.1	34	81	12	128	24	22	25	27	2.00
12284950--12285847	379	2.4	372	84	7	1187	27	19	25	28	1.98
12286222--12286370	78	1.9	77	87	4	219	26	18	24	30	1.98
12286603--12286667	34	1.9	34	90	0	103	24	26	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12286801--12286944	78	1.8	78	86	5	211	26	18	26	28	1.98
12286677--12287499	254	3.2	254	82	4	986	29	17	23	28	1.97
12287099--12287692	298	2.0	299	87	1	850	30	18	23	28	1.97
12287319--12287468	78	1.9	78	86	2	212	26	16	24	33	1.95
12286677--12287726	518	2.0	518	80	5	1178	29	18	23	28	1.98
12287062--12287791	298	2.4	300	78	10	847	29	18	23	29	1.97
12287702--12287766	34	1.9	34	93	6	114	21	26	23	29	1.99
12287661--12287810	78	1.9	78	90	5	241	25	20	24	29	1.99
12287617--12287854	122	2.0	122	86	5	338	26	18	26	29	1.98
12287099--12288331	639	1.9	640	91	1	1997	29	18	23	28	1.97
12287958--12288107	78	1.9	78	82	5	187	26	16	23	34	1.95
12288696--12288845	78	1.9	78	85	5	205	26	17	24	31	1.97
12288492--12289065	298	1.9	298	88	1	864	28	18	24	28	1.98
12289158--12289247	44	2.0	44	91	0	144	25	16	25	32	1.96
12289161--12289276	44	2.6	44	82	5	119	27	15	27	29	1.96
12289376--12291581	44	51.7	44	68	14	672	27	18	25	28	1.98
12289728--12289877	78	1.9	78	86	5	214	24	18	24	32	1.97
12289505--12290077	298	1.9	298	85	1	799	27	19	24	29	1.98
12289544--12290179	298	2.1	288	78	9	675	27	18	25	28	1.98
12290106--12290209	34	3.1	34	92	0	163	25	22	26	25	2.00
12290148--12291455	298	4.4	299	78	8	1359	27	18	25	28	1.98
12290402--12290551	78	1.9	78	85	5	205	26	17	24	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12290517--12291025	254	2.0	254	84	3	657	28	20	24	27	1.99
12290744--12290809	34	1.9	35	84	3	89	24	21	24	30	1.99
12290700--12290849	78	1.9	78	86	0	210	25	20	24	30	1.98
12290695--12291572	342	2.6	339	84	3	1175	27	19	25	28	1.98
12290517--12291113	254	2.3	250	80	7	585	27	19	24	28	1.99
12291382--12291533	78	1.9	78	86	2	216	28	17	24	29	1.97
12291339--12291577	122	2.0	122	83	1	309	26	18	25	28	1.98
12292490--12292724	44	5.6	44	75	12	217	26	19	25	28	1.98
12292570--12292714	78	1.9	78	81	5	177	26	23	22	27	2.00
12293972--12294507	44	12.9	44	72	16	231	28	19	23	28	1.98
12294385--12294482	34	2.9	34	100	0	196	27	24	23	24	2.00
12294559--12295207	44	15.2	44	72	12	288	27	18	24	29	1.98
12294645--12294795	78	1.9	78	82	5	189	26	19	24	29	1.98
12295024--12295181	78	2.0	78	86	2	219	25	17	26	30	1.97
12295625--12298226	44	61.1	44	67	15	486	28	18	24	28	1.98
12295708--12295774	34	2.0	34	93	0	116	26	25	22	25	2.00
12295666--12296072	78	5.0	81	69	16	255	27	20	24	27	1.99
12295625--12296097	122	3.8	121	68	17	338	28	19	23	28	1.99
12295669--12296300	254	2.4	254	92	3	1007	28	19	24	27	1.99
12295449--12295994	298	1.8	297	84	3	758	29	18	23	28	1.98
12295962--12296028	34	2.0	34	93	0	116	26	25	22	25	2.00
12295449--12296111	298	2.2	292	81	8	734	29	19	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12295996--12297021	386	2.7	384	90	2	1563	28	18	25	27	1.98
12296643--12296787	78	1.9	78	86	2	211	25	17	26	30	1.97
12296606--12296844	122	2.0	122	82	1	291	26	17	26	28	1.98
12296563--12296882	166	1.9	166	80	3	367	28	16	25	29	1.97
12296651--12297744	298	3.7	298	78	5	807	28	17	24	29	1.97
12296993--12297059	34	1.9	35	85	8	93	23	19	25	31	1.98
12297674--12297822	78	1.9	78	88	2	228	25	18	26	28	1.98
12297587--12297889	166	1.8	166	84	5	416	26	18	25	30	1.98
12297587--12298427	385	2.2	386	91	1	1364	27	18	25	27	1.98
12298063--12298207	78	1.9	78	86	5	213	26	21	25	26	1.99
12298128--12298255	44	2.9	44	82	4	143	27	17	28	27	1.97
12298058--12298601	298	1.8	298	86	1	795	28	19	24	27	1.99
12298356--12298505	78	1.9	78	83	5	196	23	19	24	32	1.97
12298457--12298580	44	2.8	44	80	4	108	29	20	21	29	1.98
12298815--12301517	44	65.1	44	67	17	932	27	20	23	28	1.99
12298851--12298920	34	2.1	34	91	0	113	24	22	27	25	2.00
12299069--12299218	78	1.9	78	89	2	230	25	18	24	32	1.97
12299069--12299783	386	1.9	385	88	2	1085	27	18	24	28	1.98
12298930--12299586	298	2.2	289	80	10	725	27	19	24	28	1.99
12299454--12299604	78	1.9	78	82	2	187	26	19	23	30	1.98
12299424--12299648	122	1.8	122	83	3	301	26	17	26	30	1.97
12299753--12299819	34	1.9	35	84	3	91	25	17	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12299500--12300108	254	2.4	254	82	3	691	28	18	23	29	1.98
12301422--12301546	44	2.8	44	82	2	135	29	18	24	28	1.98
12300129--12301503	122	11.3	122	98	0	2615	27	21	23	28	1.99
12301641--12301790	78	1.9	78	81	5	178	24	18	24	34	1.96
12301711--12301861	44	3.4	45	80	5	148	25	19	21	33	1.97
12301939--12302054	44	2.6	44	82	2	126	25	18	25	29	1.98
12301443--12302111	298	2.3	290	80	5	673	28	18	23	29	1.98
12311219--12318588	44	171.7	44	70	13	1874	27	18	24	28	1.98
12311265--12311391	34	3.4	34	69	19	110	27	21	21	29	1.98
12311221--12311429	78	2.7	78	95	3	368	27	18	22	31	1.97
12311642--12311790	78	1.9	78	86	2	210	26	20	26	26	1.99
12311554--12311858	166	1.8	166	81	6	386	27	18	24	29	1.98
12311369--12312373	385	2.6	386	91	0	1602	28	18	24	28	1.98
12312067--12312131	34	1.9	34	96	0	121	20	24	27	27	1.99
12312023--12312175	78	2.0	78	90	2	245	24	21	24	28	1.99
12311979--12312219	122	2.0	122	85	3	333	24	20	26	29	1.99
12312026--12313377	298	4.5	298	82	5	1603	27	18	25	28	1.98
12312324--12312473	78	1.9	78	82	5	187	24	18	24	34	1.96
12312702--12312771	34	2.1	34	91	0	113	24	22	27	25	2.00
12312920--12313069	78	1.9	78	87	2	221	25	18	24	32	1.97
12312920--12314061	386	3.0	383	88	3	1671	27	18	25	28	1.98
12313305--12313455	78	1.9	78	81	5	180	25	19	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12313275--12313864	122	4.7	122	67	15	288	27	17	25	29	1.98
12313684--12313841	78	2.0	78	85	2	210	27	17	25	30	1.97
12313647--12313885	122	2.0	122	85	1	327	26	17	25	29	1.98
12314034--12314100	34	1.9	35	88	8	102	25	19	20	34	1.96
12316149--12316489	122	2.8	122	91	1	542	27	17	21	33	1.96
12316481--12316774	131	2.2	131	84	1	374	30	18	23	27	1.97
12317052--12317201	78	1.9	78	90	2	239	27	19	24	29	1.98
12317024--12317763	342	2.2	337	81	6	839	27	17	25	28	1.98
12316760--12317593	386	2.2	387	86	2	1176	27	17	25	28	1.98
12317733--12317797	34	1.9	34	90	0	103	21	27	23	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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