genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20755021--20755050	15	1.9	16	93	6	53	30	33	0	36	1.58
20756547--20756639	46	2.0	46	97	0	177	44	3	21	31	1.68
20758289--20758327	18	2.2	18	95	0	69	46	17	15	20	1.84
20780034--20780065	14	2.3	14	100	0	64	34	6	18	40	1.76
20782954--20783236	27	10.5	27	82	1	273	19	16	20	43	1.88
20782954--20783234	81	3.5	81	85	0	364	18	16	20	43	1.88
20786023--20786047	12	2.1	12	100	0	50	32	0	44	24	1.54
20787621--20787665	19	2.4	18	85	14	56	44	4	0	51	1.21
20787828--20787868	21	2.0	21	100	0	82	29	19	12	39	1.88
20787853--20787881	13	2.2	13	100	0	58	31	20	6	41	1.79
20790376--20790429	13	4.1	13	78	4	54	20	7	3	68	1.30
20799615--20799646	12	2.7	12	95	0	55	31	43	18	6	1.75
20800740--20800786	14	3.2	14	84	6	58	27	0	0	72	0.85
20800735--20800777	20	2.2	20	86	0	59	25	0	0	74	0.82
20813812--20813922	53	2.1	53	98	0	213	45	14	14	26	1.83
20818432--20818520	45	2.0	45	93	0	151	37	26	14	21	1.92
20823105--20823194	45	2.0	45	86	0	126	35	24	15	24	1.94
20824848--20824884	8	5.0	8	81	18	53	24	0	0	75	0.80
20824852--20824882	13	2.4	13	100	0	62	22	0	0	77	0.77
20824848--20824906	21	2.9	21	84	2	75	27	1	0	71	0.96
20829324--20829434	42	2.6	42	82	2	134	22	19	36	21	1.96
20834837--20834897	29	2.1	29	100	0	122	31	6	22	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20847011--20847044	16	2.1	17	89	10	54	35	2	0	61	1.11
20847035--20847077	21	2.0	21	86	0	59	69	2	2	25	1.12
20859143--20859289	45	3.2	45	88	0	195	19	19	15	45	1.85
20859178--20859390	91	2.3	91	80	7	245	18	17	17	46	1.84
20859178--20859578	45	8.9	45	77	7	244	21	17	16	43	1.87
20862328--20862384	28	2.0	28	86	0	78	29	21	24	24	1.99
20862494--20862570	26	3.0	26	86	0	109	40	23	20	15	1.91
20862497--20862596	52	1.9	51	82	11	123	42	21	20	17	1.90
20863199--20863230	15	2.2	15	94	5	57	65	0	3	31	1.08
20865429--20865945	27	19.1	27	79	9	502	23	17	18	40	1.91
20871407--20871462	28	2.0	28	92	0	94	26	21	23	28	1.99
20872804--20872947	42	3.4	41	81	5	128	24	18	25	31	1.98
20872804--20872947	41	3.4	42	80	7	141	24	18	25	31	1.98
20874879--20874962	26	3.2	26	76	5	98	41	20	17	20	1.90
20875141--20875387	27	9.2	26	80	10	223	20	14	20	44	1.86
20875141--20875387	81	3.1	80	87	4	354	20	14	20	44	1.86
20883300--20883467	46	3.7	46	81	6	171	18	21	14	45	1.84
20883437--20883649	45	4.7	45	81	0	219	23	20	19	37	1.95
20892837--20892907	27	2.7	28	86	6	87	35	18	8	38	1.81
20892851--20892907	27	2.1	27	93	0	96	38	15	8	36	1.79
20893059--20893103	6	7.5	6	89	0	72	17	35	0	46	1.49
20897694--20897956	103	2.6	103	100	0	526	42	16	5	34	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20903888--20903930	20	2.2	20	86	0	59	46	4	0	48	1.22
20904197--20904250	26	2.1	26	96	0	99	48	0	7	44	1.31
20906149--20906202	23	2.4	23	87	9	76	27	33	0	38	1.57
20906257--20906298	11	3.9	11	81	3	50	35	0	0	64	0.94
20908341--20915582	21	344.3	21	84	2	8874	46	27	0	25	1.56
20911351--20911385	7	5.0	7	92	0	61	45	40	0	14	1.45
20918652--20918915	125	2.1	124	95	0	465	31	22	17	28	1.97
20918958--20918994	9	4.3	9	86	13	60	56	32	0	10	1.34
20918958--20919004	9	5.8	8	85	7	51	55	34	0	10	1.35
20918958--20918994	16	2.2	17	90	9	58	56	32	0	10	1.34
20918966--20919004	16	2.4	16	78	0	51	56	33	0	10	1.33
20946307--20946338	3	10.7	3	93	0	55	68	3	0	28	1.04
20952148--20952287	40	3.5	40	76	6	151	30	25	17	27	1.97
20952419--20952470	15	3.2	15	73	19	50	50	13	0	36	1.42
20952448--20952494	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
20953166--20953239	11	6.8	10	71	21	51	4	18	4	72	1.16
20959076--20959209	40	3.4	40	73	11	132	29	23	18	27	1.98
20960079--20960154	11	7.0	11	71	11	50	3	18	3	73	1.14
20977898--20978160	138	1.9	138	100	0	526	15	12	28	42	1.84
20988902--20988950	16	3.1	15	78	18	55	69	2	0	28	1.00
20988914--20988972	27	2.3	25	82	5	64	61	1	0	37	1.07
20988916--20988972	25	2.4	25	82	8	66	61	1	0	36	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20992846--20992886	20	2.0	20	86	9	57	73	4	0	21	1.02
20999625--20999651	13	2.1	13	100	0	54	29	14	18	37	1.91
21001471--21001518	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
21001693--21001734	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
21001684--21001725	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
21002249--21002291	20	2.1	21	86	4	61	65	0	0	34	0.93
21008928--21008960	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
21014166--21014204	19	2.0	19	85	5	51	5	25	0	69	1.09
21016315--21016374	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
21016654--21016684	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
21033569--21033606	14	2.6	14	91	4	58	36	7	34	21	1.82
21034158--21034206	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
21040050--21040074	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21043038--21043238	24	8.5	24	72	10	137	32	6	4	55	1.48
21043117--21043252	24	5.7	25	73	17	71	28	6	6	58	1.49
21048477--21048597	42	2.9	41	82	2	161	28	20	19	30	1.97
21053332--21053358	12	2.2	12	100	0	54	55	14	14	14	1.70
21054387--21054411	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21064283--21064554	39	6.9	39	90	0	382	30	4	20	44	1.70
21064508--21064539	16	1.9	17	93	6	57	31	6	18	43	1.75
21067734--21067817	35	2.4	36	89	4	134	46	16	3	33	1.64
21077344--21077386	11	3.9	11	78	9	52	25	4	6	62	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21077343--21077384	21	2.0	21	90	4	66	26	4	7	61	1.42
21077939--21078012	24	3.3	22	66	14	53	37	2	6	52	1.42
21080083--21080216	41	3.3	41	85	2	171	35	15	26	21	1.94
21097197--21097275	30	2.6	30	78	4	79	25	29	15	30	1.96
21097261--21097339	29	2.6	31	76	15	101	18	22	10	48	1.78
21097263--21097466	60	3.4	60	70	14	170	21	22	14	41	1.89
21097321--21097514	30	6.5	31	72	15	133	23	24	14	37	1.92
21097398--21097453	29	1.9	29	88	0	85	16	28	16	39	1.89
21097321--21097514	60	3.3	58	73	11	169	23	24	14	37	1.92
21097251--21097514	119	2.2	119	85	0	366	22	23	14	39	1.91
21100272--21100406	41	3.3	41	81	4	164	36	13	26	23	1.92
21100323--21100389	20	3.3	19	69	19	55	35	16	31	16	1.91
21100844--21100904	27	2.3	27	91	2	97	36	24	9	29	1.88
21101642--21101682	22	2.0	21	90	9	66	43	24	0	31	1.54
21108136--21108243	53	2.0	53	96	0	198	41	21	9	27	1.83
21112639--21112663	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
21127827--21127851	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
21131703--21131891	62	3.1	61	80	13	246	41	1	4	52	1.27
21131647--21131899	120	2.2	115	87	7	350	41	1	4	52	1.34
21134303--21134365	16	3.9	15	73	19	56	23	23	4	47	1.70
21134306--21134367	32	1.9	32	90	6	99	24	24	3	48	1.66
21137943--21138066	61	2.0	61	82	1	149	44	15	2	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21140410--21140462	4	13.2	4	100	0	106	26	0	24	49	1.51
21145637--21145800	51	3.2	51	96	0	303	28	25	15	31	1.95
21151025--21151143	51	2.4	50	92	1	193	26	24	15	33	1.95
21153553--21153660	33	3.3	34	77	16	88	26	23	21	28	1.99
21153584--21153660	33	2.4	32	81	14	95	25	22	22	29	1.99
21158530--21158594	25	2.6	25	80	4	69	43	13	10	32	1.79
21163383--21163436	24	2.2	24	100	0	108	50	7	3	38	1.48
21164258--21164454	100	2.0	100	97	0	376	23	12	34	29	1.91
21165515--21165550	2	18.0	2	100	0	72	0	0	50	50	1.00
21166760--21166802	17	2.6	16	78	10	50	13	4	20	60	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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