genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21166819--21166955	66	2.1	66	91	2	222	40	18	7	33	1.79
21192397--21192431	17	2.0	18	88	5	54	20	40	25	14	1.90
21194705--21194786	36	2.3	36	82	4	94	30	7	19	42	1.78
21195437--21195536	51	2.0	51	81	0	119	30	11	16	43	1.82
21195446--21195536	17	5.4	17	70	2	58	30	12	16	40	1.85
21196557--21196588	16	2.0	16	100	0	64	31	0	25	43	1.55
21198965--21199014	22	2.3	22	96	0	91	10	14	38	38	1.79
21204956--21205169	51	4.2	51	86	0	293	32	10	21	36	1.87
21204956--21205183	102	2.2	102	88	0	339	32	9	21	37	1.86
21205458--21205581	32	3.8	32	80	5	151	26	13	25	33	1.93
21205882--21205934	18	2.9	18	82	2	61	41	45	1	11	1.51
21206102--21206176	37	2.0	37	97	0	141	33	8	12	46	1.70
21206107--21206167	17	3.4	17	68	12	50	31	4	11	52	1.58
21206175--21206244	27	2.6	27	90	4	106	25	11	24	38	1.89
21206175--21206248	9	8.2	9	83	5	87	27	10	22	39	1.87
21206175--21206259	27	3.1	27	83	6	84	27	14	22	36	1.92
21206675--21206721	23	2.0	23	88	8	69	27	19	31	21	1.97
21211183--21211241	13	4.5	13	78	0	64	38	25	6	28	1.81
21211180--21211243	26	2.5	26	81	0	92	37	23	6	32	1.80
21212176--21212218	21	2.0	21	100	0	86	62	9	4	23	1.44
21220028--21220118	29	3.2	28	66	20	71	30	18	10	39	1.85
21220021--21220131	57	1.9	57	92	0	186	32	18	9	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21220624--21220672	14	3.6	14	80	5	64	51	38	0	10	1.36
21220598--21220670	28	2.7	27	84	2	83	49	36	0	13	1.43
21220616--21220670	27	2.0	28	89	3	85	50	38	0	10	1.37
21220720--21220793	33	2.2	34	83	7	89	41	32	2	22	1.68
21220797--21220831	7	5.1	7	89	6	54	28	11	28	31	1.92
21221025--21221058	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
21231688--21231736	11	4.4	11	79	5	62	65	0	0	34	0.93
21233033--21233249	10	22.2	9	66	23	68	60	3	5	31	1.34
21233083--21233149	21	3.3	19	73	8	62	62	4	4	28	1.34
21233072--21233146	19	3.9	20	76	10	68	64	4	4	28	1.30
21233149--21233207	29	2.0	31	83	12	79	57	1	8	32	1.39
21245431--21245498	28	2.5	28	85	2	93	35	20	29	14	1.93
21245458--21245647	56	3.2	56	84	11	263	27	18	38	15	1.90
21245561--21245649	28	3.2	28	70	0	97	24	20	41	13	1.88
21256975--21257011	6	6.2	6	90	0	56	29	13	2	54	1.53
21258426--21258482	27	2.1	27	81	12	64	29	3	3	63	1.28
21264973--21265032	29	2.1	29	80	0	66	26	28	5	40	1.77
21265454--21265492	19	2.1	19	100	0	78	35	15	23	25	1.94
21268105--21268160	19	2.9	20	86	7	89	42	14	5	37	1.68
21268173--21268270	52	1.9	52	85	10	139	33	13	11	41	1.80
21268173--21268270	51	1.9	51	85	10	137	33	13	11	41	1.80
21268195--21268360	36	4.7	34	76	12	156	32	15	10	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21268188--21268360	72	2.5	69	87	5	249	31	15	10	43	1.80
21268227--21268513	36	8.0	35	73	13	147	31	13	11	43	1.80
21268227--21268504	17	15.4	17	71	14	159	32	14	10	43	1.79
21274252--21274294	12	3.7	12	85	14	63	83	2	13	0	0.74
21274214--21274295	29	3.0	28	84	12	91	82	7	9	0	0.83
21274214--21274294	24	3.3	24	86	11	103	82	7	9	0	0.83
21277516--21277946	76	5.6	76	88	4	577	28	16	20	35	1.94
21278160--21278218	30	2.0	30	96	0	109	33	20	3	42	1.69
21278161--21278232	30	2.4	30	88	2	99	33	16	2	47	1.61
21278753--21278791	19	2.1	19	100	0	78	35	15	23	25	1.94
21279422--21279464	16	2.6	17	81	3	52	20	4	16	58	1.56
21279482--21279544	18	3.6	17	82	8	74	30	11	11	47	1.74
21279926--21280266	18	18.9	18	69	14	188	32	14	11	42	1.81
21279923--21280020	52	1.9	52	84	14	132	34	13	12	39	1.82
21279925--21280111	73	2.6	73	79	12	226	34	13	11	40	1.81
21280051--21280228	73	2.5	70	79	8	171	32	12	10	43	1.77
21280095--21280179	35	2.4	35	80	5	91	31	15	11	41	1.83
21279807--21280265	18	25.2	17	67	17	185	32	13	10	42	1.79
21280051--21280262	73	2.9	71	76	10	162	32	13	11	42	1.80
21287823--21288294	50	9.5	49	71	7	317	30	23	22	22	1.99
21287815--21288293	99	4.8	99	93	0	787	31	24	22	22	1.98
21289414--21289443	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21289478--21289554	27	2.9	26	77	11	77	35	7	2	54	1.43
21289677--21289708	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
21289805--21289843	18	2.2	17	90	4	60	12	5	7	74	1.20
21295771--21295843	35	2.1	35	97	0	137	28	13	17	39	1.88
21299141--21299186	11	4.0	12	83	16	62	23	34	0	41	1.55
21299140--21299194	22	2.5	21	80	16	58	25	30	1	41	1.66
21299154--21299253	51	2.0	51	86	4	139	26	27	2	45	1.65
21302695--21302739	11	4.0	11	83	11	56	35	2	2	60	1.22
21306179--21306211	14	2.5	13	86	13	50	15	0	6	78	0.93
21306179--21306211	13	2.5	14	90	9	52	15	0	6	78	0.93
21306371--21306445	38	2.0	38	89	0	114	25	26	28	20	1.99
21307408--21307482	38	2.0	37	92	5	125	32	5	12	50	1.62
21307471--21307511	18	2.3	18	95	0	73	53	0	17	29	1.44
21307626--21307723	20	4.8	20	74	17	85	15	18	6	60	1.55
21308051--21308120	20	3.5	19	80	7	77	18	20	5	55	1.62
21308116--21308163	19	2.5	20	80	10	55	14	8	8	68	1.37
21308658--21308725	21	3.2	21	80	0	73	66	7	11	14	1.44
21312240--21312359	40	2.8	42	81	8	129	28	20	21	29	1.98
21324337--21324389	25	2.2	25	80	6	74	62	5	1	30	1.29
21324747--21324852	50	2.1	51	96	1	196	21	28	3	46	1.69
21324980--21325054	19	3.8	19	86	6	114	38	16	8	37	1.78
21324991--21325053	21	3.1	21	88	9	103	39	14	7	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21325532--21325688	81	2.0	80	91	3	253	39	14	16	29	1.88
21327506--21327552	25	2.0	23	83	8	58	8	14	4	72	1.24
21328093--21328602	44	11.7	44	72	13	317	30	19	18	32	1.95
21328152--21328602	89	5.2	88	74	13	297	30	18	18	32	1.95
21328261--21328334	38	1.9	38	91	0	121	36	21	13	28	1.91
21328190--21328602	133	3.2	126	79	8	405	30	18	17	32	1.95
21330579--21330735	79	2.0	80	89	3	246	36	12	19	31	1.89
21331260--21331338	14	5.5	14	75	10	54	58	2	6	32	1.37
21331292--21331334	17	2.5	17	80	0	50	55	2	4	37	1.33
21331586--21331638	27	2.0	27	85	7	74	71	3	1	22	1.12
21331892--21331926	16	2.2	16	94	0	61	57	5	20	17	1.60
21332508--21332534	13	2.1	13	100	0	54	44	7	22	25	1.79
21348671--21348702	15	2.1	15	94	0	55	31	3	0	65	1.08
21353249--21353281	14	2.2	16	89	10	52	45	0	0	54	0.99
21361060--21361094	18	1.9	18	88	0	52	28	20	8	42	1.81
21361127--21361181	21	2.7	21	85	2	67	36	16	14	32	1.89
21367079--21367111	17	1.9	17	100	0	66	42	9	0	48	1.35
21369051--21369104	24	2.2	25	77	9	58	42	9	12	35	1.75
21370594--21370630	14	2.8	13	92	8	65	48	5	10	35	1.61
21370868--21371111	34	7.1	34	90	2	382	20	27	14	37	1.92
21383798--21383893	47	2.0	49	95	4	178	57	6	12	23	1.58
21400397--21400516	35	3.4	35	80	5	134	15	10	33	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21401327--21401364	15	2.4	16	86	8	51	18	23	31	26	1.97
21406294--21406326	10	3.2	10	95	4	57	42	0	0	57	0.98
21406471--21406508	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
21409265--21409295	6	5.2	6	96	0	53	0	70	16	12	1.16
21409576--21409606	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
21413583--21414124	29	18.5	29	73	16	399	25	0	28	45	1.57
21413665--21413705	13	3.2	13	74	19	50	21	0	26	51	1.48
21413583--21414136	54	10.0	54	77	13	508	25	0	28	45	1.57
21413598--21414124	107	4.8	107	84	6	557	25	0	28	45	1.58
21413634--21414124	117	4.4	115	81	12	512	25	0	27	46	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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