genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2359744--2359774	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
2359829--2359865	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
2367866--2367901	16	2.2	16	90	5	54	55	5	2	36	1.38
2368838--2368889	4	13.0	4	81	0	50	42	23	7	26	1.81
2368839--2368885	24	2.0	24	86	0	67	42	21	8	27	1.81
2373930--2373959	13	2.3	13	100	0	60	23	0	23	53	1.46
2374268--2374471	92	2.2	92	90	1	311	28	17	19	34	1.94
2383559--2383648	46	2.0	46	90	0	144	27	23	11	37	1.89
2383708--2383777	35	2.0	35	100	0	140	28	22	11	37	1.89
2383712--2383789	35	2.2	35	93	4	131	29	21	8	39	1.84
2384156--2384184	14	2.1	14	100	0	58	34	31	6	27	1.83
2384922--2384969	17	2.9	17	87	3	62	56	16	0	27	1.41
2388193--2388225	16	2.1	16	88	11	50	36	9	18	36	1.82
2395038--2395066	9	3.2	9	100	0	58	41	0	0	58	0.98
2395280--2395572	146	2.0	147	99	0	579	42	8	5	44	1.57
2419480--2419551	31	2.4	30	79	4	81	40	9	12	37	1.76
2440248--2440376	63	2.1	62	85	1	168	41	17	5	36	1.72
2441698--2441729	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
2463011--2463046	18	2.0	18	100	0	72	50	11	0	38	1.38
2465616--2465650	18	1.9	18	94	0	61	40	0	48	11	1.39
2469368--2469397	14	2.1	15	93	6	53	33	0	0	66	0.92
2471246--2471279	2	17.0	2	87	0	50	44	2	0	52	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2472115--2472152	18	2.1	18	100	0	76	57	15	5	21	1.57
2473643--2473672	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2473981--2474020	7	5.7	7	87	0	62	20	0	50	30	1.49
2473981--2474074	14	6.4	14	78	8	80	25	1	42	30	1.62
2473981--2474020	21	1.9	21	94	0	71	20	0	50	30	1.49
2474009--2474053	16	2.9	16	86	3	65	28	2	40	28	1.69
2474407--2474462	23	2.4	23	85	5	69	19	1	48	30	1.59
2474419--2474463	7	6.1	7	89	5	54	17	0	44	37	1.49
2474040--2474800	392	2.0	387	93	2	1310	29	12	22	36	1.90
2475598--2475643	17	2.5	19	82	10	69	0	17	0	82	0.67
2475950--2476032	10	7.4	10	75	19	58	0	28	1	69	0.96
2475944--2476032	7	13.0	7	68	16	53	0	28	1	70	0.94
2476123--2476173	22	2.4	22	80	12	61	0	25	3	70	1.04
2477247--2477279	10	3.1	11	86	8	50	33	9	21	36	1.85
2477314--2477405	13	6.9	13	77	9	96	45	9	1	43	1.44
2477314--2477460	40	3.7	40	83	6	174	44	11	2	41	1.52
2477311--2477414	13	7.8	13	75	12	86	44	11	1	42	1.51
2483063--2483233	66	2.6	65	83	4	200	40	18	26	13	1.88
2483224--2483316	21	4.4	21	79	0	96	35	15	43	6	1.72
2483635--2483721	43	2.1	41	80	8	95	25	16	21	36	1.94
2483732--2483827	43	2.3	42	87	1	129	27	32	19	20	1.97
2488981--2489023	22	2.0	22	90	0	68	39	16	11	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2499267--2499306	18	2.3	18	82	4	55	27	0	2	70	1.01
2510080--2510311	44	5.2	45	73	6	213	31	19	23	25	1.98
2510060--2510311	89	2.8	89	95	0	443	30	20	23	26	1.98
2510540--2510676	45	3.1	44	74	10	143	29	20	24	25	1.99
2510477--2510676	44	4.5	45	71	9	131	33	18	23	25	1.97
2510654--2510690	14	2.6	14	100	0	74	54	16	21	8	1.68
2510685--2511808	92	12.4	92	90	3	1584	31	18	24	26	1.98
2518976--2519005	10	2.8	11	90	10	53	26	0	6	66	1.16
2522532--2522574	22	2.0	22	85	0	59	58	13	11	16	1.64
2522950--2522981	16	2.0	16	100	0	64	50	0	6	43	1.27
2526752--2526806	25	2.2	26	83	9	69	41	5	0	52	1.24
2531071--2531151	40	2.0	40	100	0	162	30	19	14	34	1.92
2542135--2542185	27	2.0	27	88	11	81	0	56	15	27	1.39
2543266--2543294	14	2.0	15	93	6	51	55	0	6	37	1.27
2543522--2543556	17	2.1	17	88	0	52	54	11	11	22	1.68
2549876--2549921	21	2.2	21	84	7	58	36	2	28	32	1.69
2553521--2553570	23	2.2	23	100	0	100	30	14	30	26	1.94
2554054--2554214	43	3.8	43	84	4	166	26	18	24	31	1.97
2554015--2554214	43	4.7	41	81	6	161	26	17	25	31	1.97
2554015--2554214	86	2.3	86	74	11	194	26	17	25	31	1.97
2557556--2557628	18	4.3	17	65	18	53	54	2	0	42	1.14
2560260--2560290	6	5.2	6	100	0	62	16	0	51	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2566245--2566275	8	3.9	8	95	0	53	48	0	9	41	1.36
2570587--2570618	6	5.3	6	100	0	64	34	0	50	15	1.45
2580040--2580082	22	2.0	22	81	9	52	37	2	4	55	1.33
2583849--2584505	348	1.9	347	96	0	1206	32	18	13	35	1.90
2587667--2587703	19	1.9	19	88	0	56	35	2	0	62	1.10
2599593--2599627	16	2.1	17	89	5	54	45	11	0	42	1.40
2601366--2601427	23	2.7	23	87	9	83	25	4	20	48	1.70
2610839--2611479	320	2.0	321	99	0	1275	47	9	9	33	1.68
2614222--2614288	18	4.0	16	77	14	64	1	65	0	32	1.02
2614231--2614293	20	3.2	20	86	10	94	1	61	0	36	1.05
2614223--2614288	15	4.3	15	84	7	80	1	65	0	33	1.02
2616698--2616862	51	3.3	51	91	0	251	34	14	23	27	1.94
2618541--2618587	23	2.0	23	84	8	60	70	2	2	25	1.10
2619501--2619543	20	2.2	20	84	12	54	27	2	4	65	1.25
2620164--2620218	28	2.0	28	85	3	76	40	1	1	56	1.21
2620170--2620226	28	2.1	28	83	3	71	45	1	1	50	1.22
2636546--2636622	39	2.0	39	97	0	145	40	20	10	28	1.86
2643491--2643650	84	1.9	84	83	5	207	38	6	9	45	1.63
2648481--2648522	21	2.0	20	90	4	66	35	2	0	61	1.09
2649832--2649880	21	2.3	21	85	0	62	63	2	2	32	1.17
2666340--2666500	33	4.8	32	70	8	115	26	24	18	30	1.98
2666328--2666566	101	2.4	101	91	2	390	26	24	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2677916--2677956	21	1.9	22	85	5	57	63	0	2	34	1.08
2683021--2683100	37	2.2	36	90	2	133	50	10	12	27	1.72
2684040--2684091	24	2.2	24	86	13	72	11	26	32	28	1.91
2686132--2686277	79	1.8	79	94	0	256	43	15	10	29	1.81
2702948--2702994	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
2706476--2706514	17	2.4	16	91	4	60	41	2	0	56	1.13
2706859--2706892	14	2.5	13	86	9	50	32	2	5	58	1.37
2710145--2710180	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
2720745--2720802	30	2.0	29	96	3	107	37	17	10	34	1.84
2721133--2721225	31	3.1	31	75	3	82	39	12	10	36	1.79
2730339--2730383	20	2.2	20	88	0	63	40	17	11	31	1.85
2732564--2732612	21	2.4	21	96	3	91	22	4	28	44	1.71
2733733--2733757	13	1.9	13	100	0	50	32	12	32	24	1.91
2746112--2746150	19	2.0	20	85	10	53	41	0	0	58	0.98
2746547--2746672	59	2.1	60	92	1	209	38	15	8	36	1.79
2747709--2747761	2	26.5	2	100	0	106	50	49	0	0	1.00
2755634--2755663	8	3.9	8	91	8	53	46	0	0	53	1.00
2755634--2755663	15	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
2768067--2768105	14	2.8	13	84	7	51	71	2	0	25	0.98
2768067--2768105	13	2.9	14	84	7	53	71	2	0	25	0.98
2775541--2775601	28	2.2	28	82	11	72	34	3	6	55	1.42
2781684--2781723	19	2.0	20	85	4	55	32	5	10	52	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2791968--2792005	5	7.6	5	93	0	67	0	36	0	63	0.95
2792258--2792284	13	2.1	13	100	0	54	14	0	14	70	1.17
2799132--2799176	21	2.1	21	84	8	56	60	0	0	40	0.97
2799138--2799176	21	1.9	21	89	5	62	58	0	0	41	0.98
2799125--2799558	215	2.0	216	99	0	861	47	6	6	38	1.57
2799353--2799391	21	1.9	21	89	5	62	58	0	0	41	0.98
2802836--2802949	9	11.8	9	68	18	54	58	4	4	32	1.37
2804363--2804397	15	2.3	15	90	0	52	68	8	8	14	1.38
2808792--2808956	79	2.1	81	97	2	316	46	1	10	41	1.50
2809463--2809531	6	11.5	6	81	6	68	40	1	40	17	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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