genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   

This is table  67  of  79  ( 9388 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22054126--22054159	3	11.3	3	87	0	50	29	0	5	64	1.17
22059044--22059070	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
22059022--22059074	16	3.4	16	78	2	63	79	0	20	0	0.74
22060309--22060531	44	5.1	44	63	20	133	28	24	21	25	1.99
22060617--22060755	44	3.2	44	66	8	120	25	27	25	22	2.00
22060296--22061460	88	13.2	88	91	0	1625	26	24	24	24	2.00
22061494--22061714	116	1.9	116	91	1	363	30	19	20	28	1.97
22061733--22062231	99	5.0	99	90	2	675	32	24	21	21	1.98
22061771--22062229	50	9.2	49	71	10	306	31	24	21	22	1.98
22062239--22062549	44	7.2	43	66	18	130	27	18	23	30	1.98
22062222--22062562	126	2.6	130	87	8	496	28	18	22	29	1.97
22062513--22062619	44	2.4	44	79	0	106	34	15	22	27	1.95
22064422--22064460	18	2.2	17	90	4	60	12	5	7	74	1.20
22064576--22064833	110	2.4	110	92	3	439	31	14	19	34	1.92
22065262--22065310	17	2.9	18	80	14	61	24	6	4	65	1.33
22073429--22074219	94	8.4	93	79	4	701	34	17	21	26	1.95
22073429--22074219	188	4.2	188	84	1	872	34	17	21	26	1.95
22073758--22074175	50	8.9	48	65	20	170	33	17	22	26	1.96
22073476--22074200	282	2.6	280	82	2	819	33	17	21	27	1.95
22073859--22074201	44	7.4	44	66	23	186	32	17	23	26	1.96
22074077--22074232	44	3.4	44	70	18	138	33	19	19	27	1.96
22077487--22077516	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22078754--22078810	30	1.9	30	85	0	78	45	0	35	19	1.50
22079870--22079904	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
22080170--22080210	19	2.2	19	86	8	57	56	0	0	43	0.99
22102716--22102751	18	1.9	19	94	5	65	0	22	0	77	0.76
22113419--22113460	18	2.3	18	81	18	52	33	7	2	57	1.39
22116581--22116609	5	5.8	5	100	0	58	20	0	17	62	1.33
22123075--22123180	54	1.9	55	84	1	142	21	28	24	25	1.99
22123757--22123801	22	2.0	22	82	0	54	26	15	15	42	1.87
22125859--22125968	42	2.6	42	81	2	123	22	23	34	19	1.96
22125752--22126031	146	1.9	146	85	1	391	25	23	29	21	1.99
22129780--22130235	27	17.2	27	82	4	516	45	21	14	18	1.85
22130019--22130162	73	2.0	73	84	2	191	48	18	13	20	1.80
22129965--22130214	127	2.0	127	85	3	342	46	19	14	19	1.83
22129987--22130189	100	2.0	100	83	0	253	47	17	14	20	1.82
22133590--22133784	85	2.3	86	79	8	202	30	25	14	29	1.95
22133590--22133835	43	5.7	43	78	7	205	30	24	15	29	1.95
22138971--22139019	22	2.2	22	85	0	62	26	16	20	36	1.93
22145690--22145808	45	2.6	45	81	5	125	42	16	19	21	1.90
22145777--22145874	45	2.2	45	81	7	110	37	13	23	25	1.91
22145801--22145918	45	2.6	45	77	5	121	38	14	21	25	1.91
22145908--22146067	46	3.5	46	83	1	171	46	13	20	20	1.83
22148942--22148967	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22152824--22153027	35	5.9	35	76	5	182	21	26	22	30	1.98
22152859--22153017	69	2.3	69	88	0	237	21	25	20	32	1.98
22167767--22167864	35	2.9	34	73	8	90	31	19	24	24	1.98
22167844--22167934	35	2.6	35	78	0	101	28	17	27	26	1.98
22170988--22171081	25	3.8	25	78	13	95	26	20	21	31	1.98
22171214--22171248	17	2.1	17	94	0	61	57	8	0	34	1.29
22171816--22171852	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
22171903--22171959	29	2.0	29	82	0	69	17	42	1	38	1.60
22187706--22187745	21	1.9	21	100	0	80	27	25	12	35	1.92
22190059--22190150	25	3.7	25	79	2	96	30	16	20	32	1.95
22200672--22200704	17	1.9	17	93	0	57	21	15	9	54	1.68
22206841--22206915	25	2.9	26	80	7	82	25	21	21	32	1.98
22206852--22206915	25	2.6	25	87	0	92	25	23	23	28	2.00
22210067--22210118	26	2.0	26	96	0	95	40	30	13	15	1.86
22223087--22223141	27	2.0	27	82	6	67	60	12	12	14	1.60
22223191--22223229	13	2.7	15	88	7	55	66	5	23	5	1.32
22225025--22225067	22	1.9	23	86	13	63	34	23	13	27	1.93
22225311--22225348	19	2.0	19	89	0	58	31	31	21	15	1.94
22227197--22228351	577	2.0	578	99	0	2303	37	16	10	35	1.84
22230911--22230978	25	2.7	25	88	8	111	36	11	29	22	1.89
22231351--22231455	52	2.0	53	84	1	140	34	15	17	33	1.91
22231933--22232097	86	1.9	86	83	0	213	21	31	25	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22232108--22232458	85	4.2	83	78	6	314	24	29	24	21	1.99
22232194--22232326	43	3.1	43	72	8	128	23	31	24	20	1.98
22232108--22232418	170	1.8	169	83	0	406	23	30	25	20	1.99
22232150--22232354	42	4.8	43	69	11	118	23	31	25	19	1.98
22232295--22232422	42	3.0	42	66	14	100	22	29	24	23	1.99
22232152--22232508	170	2.1	169	79	6	373	24	29	25	19	1.98
22243639--22243749	42	2.6	42	88	0	150	21	36	25	17	1.95
22246218--22246303	41	2.1	41	95	0	154	55	17	8	18	1.65
22253756--22253808	26	2.0	27	81	7	63	69	7	20	1	1.22
22259289--22259327	19	2.0	20	90	5	62	43	10	5	41	1.61
22260898--22261153	45	5.6	45	74	6	167	43	12	20	23	1.86
22261028--22261157	47	2.8	46	87	4	174	42	13	22	22	1.87
22268264--22268334	29	2.6	26	85	12	90	40	7	1	50	1.38
22268253--22268325	29	2.4	29	84	4	92	45	5	1	47	1.34
22274404--22274568	89	1.9	89	89	2	260	33	16	12	36	1.87
22279698--22279729	12	2.8	12	95	4	57	40	34	9	15	1.80
22280130--22280162	15	2.3	15	89	5	50	51	0	3	45	1.16
22283955--22284030	35	2.1	35	85	2	98	42	27	15	14	1.86
22283965--22284036	35	2.1	35	91	0	117	38	26	18	16	1.91
22287018--22287045	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
22290276--22290328	15	3.6	14	80	7	61	50	13	0	35	1.41
22290532--22290566	7	5.1	7	93	6	63	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22302047--22302186	70	2.0	70	100	0	280	44	11	17	27	1.82
22310869--22310896	8	3.5	8	100	0	56	28	0	46	25	1.53
22311815--22311920	51	2.1	51	85	3	142	22	17	30	29	1.97
22313815--22313849	18	1.9	18	94	0	61	28	28	20	22	1.98
22314110--22314150	19	2.2	19	86	8	57	70	0	2	26	0.99
22317962--22317996	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
22318877--22318917	19	2.2	19	100	0	82	65	4	9	19	1.40
22327421--22327476	29	1.9	29	88	0	85	26	39	21	12	1.89
22327414--22327495	29	2.8	28	78	9	83	26	37	21	13	1.91
22327579--22327608	6	4.8	6	95	4	51	0	0	16	83	0.65
22330598--22330631	6	5.7	6	92	0	50	0	8	35	55	1.31
22330598--22330631	12	2.8	12	90	0	59	0	8	35	55	1.31
22340477--22341232	27	28.4	27	80	3	762	41	20	18	19	1.90
22344284--22344423	70	2.0	70	88	0	208	46	12	10	30	1.75
22344614--22344650	17	2.2	17	90	0	56	10	16	35	37	1.83
22348999--22349048	17	2.9	17	74	11	57	20	16	30	34	1.94
22350291--22350349	26	2.2	26	85	11	84	32	1	3	62	1.21
22350538--22350566	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
22350597--22350654	23	2.7	22	81	10	75	74	5	8	12	1.21
22351221--22351247	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
22352376--22352404	14	2.1	14	93	6	51	34	6	0	58	1.25
22355432--22355544	21	5.4	21	83	6	131	38	16	26	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22355485--22355551	21	3.2	21	85	4	82	43	16	25	14	1.86
22355432--22355555	63	2.0	63	82	6	153	40	15	26	17	1.89
22363246--22363306	31	2.0	31	90	6	97	36	16	6	40	1.74
22384929--22385082	50	3.1	50	75	0	155	24	20	23	31	1.98
22384896--22385097	100	2.0	100	85	3	273	24	18	22	34	1.96
22385143--22385663	132	3.9	132	90	1	803	26	23	19	31	1.98
22398307--22398608	145	2.1	148	91	3	504	46	14	13	25	1.81
22402930--22402991	29	2.1	30	93	3	108	24	3	17	54	1.57
22404176--22404215	18	2.2	18	86	0	53	17	25	2	55	1.55
22405302--22405341	18	2.2	18	86	0	53	17	25	2	55	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79