genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21414293--21414365	35	2.1	36	94	2	130	28	0	24	46	1.53
21414267--21414375	29	3.6	29	82	16	139	33	0	21	44	1.58
21415527--21415579	7	7.6	7	100	0	106	58	13	0	28	1.35
21415720--21415758	20	2.0	20	85	10	53	53	7	2	35	1.43
21416302--21416423	50	2.4	51	89	4	185	43	0	26	29	1.61
21416399--21416443	22	2.0	22	91	0	72	44	0	35	20	1.51
21416404--21416448	11	4.0	11	85	2	63	46	0	35	17	1.49
21417901--21417946	23	1.9	23	82	8	56	30	2	8	58	1.40
21419118--21419169	27	1.9	27	92	0	86	30	15	46	7	1.74
21419117--21419175	27	2.2	27	84	0	82	33	18	40	6	1.77
21419314--21419346	16	2.1	16	88	5	50	51	0	3	45	1.16
21434613--21434640	14	2.0	14	100	0	56	64	0	7	28	1.20
21436541--21436565	11	2.3	11	100	0	50	52	0	20	28	1.47
21437513--21437554	20	2.0	21	90	4	68	38	2	0	59	1.10
21442901--21442977	3	25.7	3	79	0	82	27	3	3	64	1.28
21443338--21443429	29	3.2	28	80	9	96	33	5	1	59	1.27
21448141--21448181	17	2.5	16	88	11	57	80	0	9	9	0.91
21448137--21448180	20	2.3	19	81	11	54	84	0	9	6	0.79
21448141--21448186	16	2.8	16	83	12	58	78	2	10	8	1.05
21449127--21449161	15	2.2	16	90	5	54	80	2	8	8	1.01
21450425--21450640	44	4.9	44	86	0	306	30	21	26	21	1.98
21450860--21450972	44	2.6	44	81	2	129	27	18	23	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21451033--21451687	50	13.1	48	72	9	481	34	22	19	24	1.97
21451030--21452013	100	9.9	100	86	4	1282	33	22	19	24	1.97
21451745--21452013	50	5.4	50	68	4	157	34	21	19	24	1.96
21455632--21455818	51	3.6	51	81	6	198	22	27	22	27	1.99
21457058--21457086	15	2.0	15	93	6	51	55	3	0	41	1.17
21464422--21464448	9	3.0	9	100	0	54	44	33	0	22	1.53
21473050--21473118	28	2.4	29	80	2	77	39	0	5	55	1.24
21473352--21473377	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21473443--21473468	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21473329--21473510	91	2.0	92	98	1	357	46	3	9	40	1.54
21474388--21474424	18	2.0	20	84	10	51	24	8	45	21	1.78
21480535--21480560	10	2.6	10	100	0	52	73	0	7	19	1.07
21480711--21480869	85	1.8	86	89	2	248	28	9	22	38	1.85
21480864--21480895	14	2.3	14	100	0	64	53	6	25	15	1.65
21481230--21481270	20	2.0	22	90	9	68	58	7	0	34	1.26
21481320--21481424	10	11.0	9	68	17	52	62	3	3	29	1.30
21481338--21481389	18	2.8	17	75	13	50	65	3	3	26	1.27
21482164--21482200	19	2.1	19	85	10	51	51	0	2	45	1.15
21482580--21482618	18	2.0	20	85	9	55	51	0	2	46	1.14
21494249--21494399	76	2.0	76	100	0	302	27	22	13	36	1.91
21502554--21502587	5	6.8	5	100	0	68	79	0	20	0	0.73
21513227--21513262	18	1.9	19	88	5	56	5	13	13	66	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21518157--21518205	22	2.1	25	85	11	68	34	22	14	28	1.93
21523741--21523790	24	2.1	23	82	10	57	36	2	2	60	1.20
21523977--21524020	16	2.8	16	86	6	54	25	29	4	40	1.75
21526993--21527150	69	2.3	69	82	2	192	22	25	25	26	2.00
21533218--21533251	16	2.2	15	94	5	59	29	0	0	70	0.87
21533226--21533269	22	2.0	22	82	8	54	27	0	4	68	1.09
21534291--21534322	15	2.0	17	88	11	50	53	3	0	43	1.16
21535513--21535548	11	3.2	11	92	4	54	66	16	16	0	1.25
21543256--21543301	24	2.0	24	86	4	67	8	6	17	67	1.39
21549760--21549814	22	2.5	22	90	0	83	20	29	21	29	1.98
21556219--21556249	13	2.4	13	88	0	53	32	0	25	41	1.56
21556700--21556732	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
21557313--21557338	8	3.2	8	100	0	52	23	0	23	53	1.46
21558352--21558500	41	3.5	42	83	9	162	20	16	28	34	1.95
21558338--21558594	44	6.0	44	81	7	303	21	17	28	32	1.96
21563625--21563668	7	6.4	7	97	2	81	43	0	0	56	0.99
21565329--21565744	208	2.0	208	99	0	814	35	18	16	29	1.93
21576463--21576699	117	2.0	117	98	0	456	33	15	13	37	1.86
21585058--21585103	13	3.5	13	85	5	58	43	23	15	17	1.87
21592709--21592758	18	2.8	18	77	17	50	68	6	2	24	1.23
21596994--21597293	38	7.9	38	80	0	294	14	18	31	36	1.90
21596993--21597303	114	2.7	114	80	0	327	14	18	30	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21599111--21599146	18	1.9	19	88	5	56	58	8	22	11	1.59
21599284--21599332	26	1.9	25	91	4	80	42	6	12	38	1.67
21609378--21609454	14	5.0	15	71	20	52	44	14	7	33	1.74
21609382--21609448	34	1.9	35	87	3	100	47	13	7	31	1.70
21610088--21610123	18	1.9	18	88	5	54	63	0	2	33	1.08
21615798--21616157	179	2.0	180	86	1	508	29	17	14	38	1.90
21619584--21619956	184	2.0	185	96	0	685	47	11	14	26	1.78
21620496--21620528	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
21633844--21634384	3	180.3	3	100	0	1082	33	0	0	66	0.92
21635036--21635099	3	21.7	3	82	6	69	60	0	1	37	1.06
21636498--21636532	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
21636554--21636584	12	2.6	12	94	0	53	19	9	0	70	1.14
21656365--21656518	39	3.9	39	91	0	236	34	29	20	15	1.93
21656891--21656979	43	2.1	43	97	0	169	42	28	4	24	1.74
21658791--21658836	23	2.0	23	91	0	74	39	21	8	30	1.84
21666150--21666346	39	5.1	39	91	0	295	32	30	20	15	1.94
21667582--21667785	39	5.2	39	89	1	284	35	32	18	14	1.90
21671677--21671716	4	9.8	4	89	5	62	50	2	0	47	1.14
21691515--21691564	25	2.0	25	84	7	66	32	20	28	20	1.97
21691520--21691737	25	8.7	25	67	11	65	33	18	27	20	1.96
21691580--21691637	27	2.1	27	83	0	71	36	17	27	18	1.94
21691702--21691748	24	2.0	24	83	8	60	36	12	31	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21703015--21703050	19	1.9	19	88	5	56	22	0	2	75	0.94
21706773--21706859	26	3.3	26	86	0	129	35	16	8	40	1.78
21711359--21711424	25	2.6	25	76	9	62	33	24	15	27	1.95
21713329--21713415	3	29.0	3	95	0	156	68	0	31	0	0.89
21715183--21715230	6	8.0	6	92	0	69	0	60	0	39	0.97
21717946--21718012	34	1.9	35	93	3	118	46	11	7	34	1.69
21718530--21718575	16	2.9	15	84	12	56	60	0	2	36	1.09
21721950--21722082	10	13.7	10	70	12	55	37	2	0	60	1.10
21721950--21722007	20	3.0	20	92	2	91	39	5	0	55	1.22
21721998--21722096	29	3.6	27	74	16	64	35	0	0	64	0.94
21721961--21722082	20	6.3	19	79	10	106	36	1	0	61	1.06
21721998--21722083	9	8.9	10	73	15	74	36	0	0	63	0.94
21721961--21722082	39	3.2	37	76	14	122	36	1	0	61	1.06
21722201--21722380	88	2.0	88	81	6	204	33	10	16	39	1.82
21722217--21722452	89	2.7	87	76	9	192	36	8	17	38	1.79
21723756--21723976	42	5.2	42	87	1	298	30	29	16	23	1.96
21723750--21723959	84	2.5	85	88	0	332	30	29	16	23	1.96
21728239--21728297	13	4.5	13	76	0	64	25	8	27	38	1.84
21728239--21728300	26	2.4	26	83	0	88	29	8	25	37	1.85
21730215--21730256	19	2.2	19	91	0	66	14	2	2	80	0.90
21730604--21730637	14	2.4	14	95	0	59	32	44	0	23	1.54
21730629--21730669	21	2.0	20	85	4	55	39	41	0	19	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21730835--21730882	25	1.9	25	86	0	69	62	2	0	35	1.07
21730929--21730971	21	2.0	22	86	4	61	37	32	0	30	1.58
21730966--21731029	33	1.9	33	87	6	94	37	42	3	17	1.65
21731127--21731159	14	2.4	14	94	0	57	24	51	6	18	1.68
21731687--21731777	47	1.9	47	97	0	173	46	8	14	30	1.75
21731969--21732233	41	6.5	41	88	0	377	31	27	21	18	1.97
21732294--21732404	40	2.8	40	83	1	143	18	19	24	37	1.93
21733831--21733872	2	21.5	2	85	4	59	0	0	47	52	1.00
21737728--21737781	24	2.2	24	87	6	74	12	18	25	42	1.86
21744412--21744456	17	2.6	17	89	6	65	20	4	0	75	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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