genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24635560--24635610	23	2.3	22	82	3	57	27	0	5	66	1.14
24637944--24637983	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
24637930--24637995	35	1.9	34	90	6	107	31	7	13	46	1.71
24637923--24637999	14	5.0	15	71	20	52	32	7	15	44	1.75
24638417--24638444	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
24640557--24640633	18	4.3	18	78	6	93	41	2	40	15	1.61
24643962--24643999	13	3.0	13	92	3	60	15	13	31	39	1.86
24644333--24644429	27	3.6	27	81	0	104	24	20	10	44	1.83
24645589--24645624	17	2.1	18	89	5	56	72	0	19	8	1.10
24648109--24648147	17	2.3	17	86	0	51	7	30	5	56	1.49
24648120--24648155	17	2.1	17	100	0	72	5	22	5	66	1.34
24648124--24648168	17	2.6	17	89	0	63	4	31	2	62	1.27
24661130--24661284	47	3.2	47	63	22	120	30	1	14	52	1.53
24661120--24661326	100	2.1	100	98	1	398	33	1	12	52	1.50
24662572--24662596	12	2.1	12	100	0	50	8	24	36	32	1.84
24662803--24662973	41	4.2	41	90	1	245	18	25	25	30	1.98
24662946--24663039	41	2.3	41	78	10	104	28	23	25	22	1.99
24662823--24662995	82	2.1	82	82	6	208	20	24	26	28	1.99
24663721--24663893	74	2.4	74	92	1	276	27	18	20	34	1.96
24664372--24664403	17	1.9	16	93	6	55	43	0	3	53	1.16
24664373--24664410	19	2.1	18	90	5	58	44	0	2	52	1.14
24664515--24664665	74	2.1	73	87	3	214	31	19	14	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24690460--24690487	13	2.2	13	100	0	56	32	21	0	46	1.52
24690802--24690938	42	3.3	41	85	4	166	29	29	16	24	1.96
24717870--24717940	26	2.9	24	81	12	83	23	23	19	32	1.98
24721390--24721447	4	14.8	4	74	16	50	74	5	1	18	1.10
24721774--24721819	23	2.1	22	88	8	67	56	6	6	30	1.50
24722623--24722762	70	2.0	70	100	0	280	50	11	7	31	1.65
24724939--24725138	99	2.0	100	99	0	393	37	10	10	42	1.72
24727800--24727842	12	3.4	12	87	6	50	72	0	4	23	1.04
24730990--24731073	40	2.1	39	84	4	114	39	20	20	20	1.93
24731113--24731307	41	4.8	41	83	0	219	25	16	25	33	1.96
24731111--24731307	82	2.4	82	84	1	261	24	16	25	32	1.96
24731647--24731696	22	2.3	21	79	3	55	24	0	36	40	1.55
24731977--24732033	14	3.9	15	79	6	73	19	0	43	36	1.51
24731984--24732046	29	2.2	29	82	2	74	19	1	44	34	1.60
24732014--24732054	21	1.9	22	90	5	66	24	2	41	31	1.68
24731582--24732172	297	2.0	292	86	7	836	27	3	27	41	1.71
24732411--24732560	40	3.8	40	84	5	187	30	22	20	27	1.98
24735407--24735445	20	2.0	20	100	0	78	35	7	20	35	1.81
24740119--24740205	23	4.0	23	70	11	83	22	25	6	44	1.77
24740095--24740189	42	2.2	42	90	1	145	24	23	9	43	1.83
24740161--24740209	23	2.1	23	96	0	89	18	32	4	44	1.68
24740220--24740259	19	2.0	22	85	14	59	35	7	10	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24744610--24744700	23	4.1	23	70	11	91	20	26	7	45	1.78
24744597--24744680	42	2.0	42	95	0	150	22	23	9	44	1.82
24745183--24745323	71	2.0	71	97	0	264	31	22	15	29	1.95
24746438--24746479	4	10.5	4	100	0	84	50	23	0	26	1.50
24750939--24750963	13	1.9	13	100	0	50	36	0	16	48	1.46
24756423--24756464	12	3.7	11	81	12	50	11	4	7	76	1.15
24756402--24756471	24	3.2	22	76	11	72	12	4	4	78	1.04
24758120--24758152	17	1.9	17	93	0	57	24	24	6	45	1.75
24762639--24762666	12	2.3	12	100	0	56	60	10	14	14	1.58
24783351--24783410	23	2.6	24	71	7	61	40	18	10	31	1.84
24783370--24783439	23	3.0	23	78	2	68	42	18	11	27	1.84
24787887--24787928	20	2.1	20	90	0	66	45	9	0	45	1.36
24790685--24790723	21	1.9	21	84	5	53	25	10	5	58	1.51
24790789--24790829	5	8.4	5	94	5	75	41	0	0	58	0.98
24793937--24794104	58	2.9	58	77	12	155	28	16	19	35	1.93
24794660--24794705	23	1.9	25	86	8	69	32	8	6	52	1.58
24795648--24795689	22	1.9	22	85	9	59	57	2	0	40	1.12
24806638--24806836	100	2.0	98	92	1	326	28	11	23	36	1.89
24821055--24821105	22	2.3	22	100	0	102	54	19	17	7	1.67
24823345--24823390	23	2.0	22	83	4	56	34	4	0	60	1.16
24829865--24829960	30	3.2	30	64	11	79	25	5	15	54	1.62
24829864--24829978	60	1.9	60	96	0	212	26	5	14	53	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24831381--24831421	18	2.3	18	88	12	59	73	2	0	24	0.96
24832000--24832224	74	3.0	74	96	1	405	44	12	12	30	1.80
24838885--24838978	47	2.0	47	97	0	179	26	14	19	39	1.90
24841458--24841513	24	2.4	22	78	18	60	30	5	7	57	1.48
24856210--24856240	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
24858606--24858707	38	2.6	40	87	9	131	32	13	17	36	1.89
24858620--24858707	38	2.3	38	92	3	142	31	15	15	36	1.90
24858729--24858790	32	1.9	32	93	0	106	25	27	3	43	1.70
24862227--24862291	26	2.4	27	87	2	87	36	0	1	61	1.05
24863672--24863760	39	2.3	38	86	5	126	29	15	15	39	1.89
24863782--24863843	32	1.9	32	93	0	106	25	27	3	43	1.70
24874715--24874822	3	36.0	3	85	3	65	51	10	1	36	1.46
24876401--24876879	44	10.6	44	71	11	245	29	20	18	31	1.96
24876408--24876748	89	3.8	88	71	10	269	28	19	19	31	1.97
24876574--24876879	139	2.2	141	87	2	467	29	20	17	31	1.96
24876574--24876923	139	2.5	139	82	4	445	29	21	17	32	1.96
24884670--24884728	31	1.9	31	89	0	91	37	11	6	44	1.68
24887446--24887493	20	2.4	20	85	0	69	54	20	4	20	1.61
24893198--24893654	114	4.0	113	80	7	498	26	21	24	28	1.99
24893198--24893654	227	2.0	227	82	6	552	26	21	24	28	1.99
24903258--24903315	21	2.8	21	94	0	98	39	20	36	3	1.70
24903649--24903895	42	5.9	42	91	0	395	33	20	21	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24903674--24903937	84	3.1	83	84	2	314	30	21	21	26	1.98
24903644--24903937	126	2.3	126	84	0	327	32	21	21	25	1.98
24903869--24903984	42	2.8	42	85	0	169	20	21	21	36	1.96
24905767--24905817	24	2.2	22	82	6	57	43	3	3	49	1.39
24906565--24906595	16	1.9	16	93	0	53	32	0	29	38	1.57
24909395--24909453	31	1.9	31	85	0	82	38	11	6	42	1.68
24918663--24918749	18	4.9	18	73	16	74	55	1	0	43	1.07
24918669--24918756	34	2.7	32	78	18	92	53	1	0	45	1.07
24919015--24919039	12	2.1	12	100	0	50	36	24	24	16	1.94
24923792--24923871	31	2.7	28	73	16	72	38	8	8	43	1.67
24928712--24928804	46	2.0	46	100	0	186	23	2	26	47	1.63
24934347--24934481	45	3.0	45	81	2	148	21	17	28	32	1.96
24944903--24944942	11	3.9	11	78	18	50	65	2	0	32	1.06
24944927--24945021	27	3.5	27	87	8	140	41	8	0	50	1.33
24945183--24945284	23	4.4	23	70	19	79	66	0	32	0	0.98
24945184--24945217	14	2.4	14	85	0	50	67	0	32	0	0.91
24945200--24945321	37	3.2	37	78	17	126	67	0	31	0	0.97
24945200--24945320	44	2.8	42	78	12	113	67	0	31	0	0.96
24945324--24945361	19	2.0	19	85	10	51	31	0	7	60	1.25
24945796--24945830	11	3.2	11	83	0	52	57	14	0	28	1.38
24951525--24951568	3	14.7	3	100	0	88	68	31	0	0	0.90
24951641--24951679	20	2.0	21	85	10	55	66	7	0	25	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24958448--24958505	15	3.9	14	80	8	62	58	1	1	37	1.18
24958467--24958513	16	3.1	15	78	6	51	61	2	2	34	1.20
24958452--24958513	29	2.1	31	85	11	85	59	1	3	35	1.23
24958564--24958605	23	1.9	23	85	9	61	47	0	2	50	1.14
24970408--24970847	130	3.4	130	88	0	634	31	18	12	38	1.87
24970808--24970874	24	2.7	24	90	6	98	32	13	14	38	1.86
24970678--24970965	154	1.9	154	88	2	445	31	18	12	37	1.88
24970548--24971116	284	2.0	284	87	0	816	31	18	12	37	1.89
24970832--24971118	130	2.2	130	84	3	380	31	19	13	36	1.90
24975072--24975113	18	2.4	17	84	7	57	28	14	7	50	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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