genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8554741--8554781	12	3.4	12	86	0	55	75	12	0	12	1.05
8577604--8577682	39	2.0	39	97	0	149	48	16	5	30	1.68
8583790--8583897	53	2.0	53	83	3	137	26	12	25	34	1.93
8586102--8586177	37	2.1	37	92	0	125	43	11	18	26	1.84
8591841--8592505	154	4.3	152	88	5	968	50	7	10	30	1.66
8606145--8606187	18	2.3	19	88	4	61	53	4	0	41	1.21
8606757--8606809	19	2.9	18	84	13	65	52	7	3	35	1.48
8610942--8611087	43	3.4	43	77	1	141	28	14	23	32	1.94
8613324--8613355	16	2.0	16	93	0	55	46	6	6	40	1.54
8618190--8618565	184	2.0	184	94	1	655	36	15	14	33	1.88
8628557--8628623	34	1.9	35	90	3	109	32	5	11	49	1.64
8628921--8628971	15	2.8	19	75	22	56	29	0	0	70	0.87
8632808--8632872	24	2.7	23	88	9	87	55	1	4	38	1.30
8634610--8634855	84	2.9	84	82	3	244	39	19	18	22	1.93
8634649--8634821	42	4.1	42	82	3	206	39	20	16	23	1.92
8634649--8634861	84	2.5	84	85	2	275	40	19	16	23	1.91
8634649--8634850	42	4.8	41	79	6	176	40	19	16	22	1.91
8638063--8639410	673	2.0	672	99	0	2660	36	20	9	33	1.85
8642912--8642947	17	2.1	18	89	5	56	19	8	0	72	1.10
8645807--8645851	22	2.1	21	84	12	56	13	24	4	57	1.54
8653873--8653897	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8655877--8655936	18	3.2	18	80	4	57	38	1	3	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8655877--8655917	9	4.6	9	87	0	55	36	2	4	56	1.34
8655899--8655979	20	4.0	20	73	17	60	39	1	2	56	1.20
8657182--8657233	16	3.1	16	83	8	68	19	0	13	67	1.23
8657323--8657402	33	2.4	33	95	0	142	32	21	23	22	1.98
8657438--8657663	43	5.3	43	90	0	326	24	29	18	27	1.98
8659893--8659940	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
8661163--8661206	22	1.9	24	86	9	65	40	2	36	20	1.65
8661162--8661213	22	2.2	24	80	6	63	40	3	38	17	1.68
8662380--8662420	13	3.0	13	92	7	64	46	39	0	14	1.45
8662380--8662420	7	6.0	7	86	13	59	46	39	0	14	1.45
8662458--8662511	7	7.6	7	77	4	54	50	29	0	20	1.49
8662881--8662987	42	2.6	41	73	5	101	37	23	15	23	1.93
8663063--8663142	41	2.0	41	82	0	97	28	33	16	21	1.95
8664625--8664685	26	2.3	26	78	16	70	31	8	8	52	1.60
8675048--8675103	26	2.1	25	84	12	76	23	10	8	57	1.61
8680850--8680977	63	2.0	63	93	0	220	32	25	0	41	1.61
8683635--8683682	24	2.0	25	83	4	62	56	4	0	39	1.19
8685450--8685619	27	6.3	26	79	7	153	45	22	15	16	1.85
8685451--8685602	81	1.9	80	87	4	225	44	24	15	15	1.85
8693062--8693203	27	5.3	27	86	1	189	40	22	19	16	1.91
8693377--8693429	26	2.0	26	96	0	97	20	16	22	39	1.92
8694425--8694641	68	3.3	68	71	12	243	39	3	4	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8694493--8694713	62	3.5	62	72	11	230	40	3	3	52	1.36
8694410--8694748	130	2.6	130	93	2	567	39	4	4	51	1.42
8701665--8701714	20	2.6	19	79	14	59	40	2	4	54	1.31
8704137--8704168	16	2.0	16	93	0	55	25	9	18	46	1.79
8704952--8704996	21	2.0	22	87	8	65	62	6	17	13	1.52
8705498--8705533	19	1.9	19	88	5	56	77	2	2	16	1.00
8709009--8709034	6	4.3	6	100	0	52	0	15	15	69	1.20
8720735--8720763	14	2.0	15	93	6	51	24	20	13	41	1.89
8721843--8721887	15	2.9	16	76	6	56	44	8	2	44	1.47
8725094--8725223	4	32.8	4	93	1	217	22	0	27	49	1.55
8725209--8725251	2	21.5	2	95	0	77	2	0	46	51	1.13
8728444--8728583	19	7.5	19	73	9	99	32	25	21	20	1.97
8728432--8728582	37	4.0	37	78	5	160	33	25	20	19	1.97
8729627--8729717	47	2.0	46	95	4	166	34	4	10	50	1.58
8744323--8744448	21	6.2	20	67	14	60	65	3	1	30	1.18
8744323--8744450	41	3.2	41	75	12	106	64	3	1	30	1.18
8754904--8754948	20	2.3	19	84	7	54	24	33	11	31	1.90
8766286--8766403	50	2.4	50	82	2	130	18	28	22	29	1.98
8773503--8773541	12	3.2	12	85	0	51	17	20	5	56	1.60
8776297--8776331	15	2.4	15	95	4	63	57	0	31	11	1.34
8784632--8784657	13	2.0	13	100	0	52	30	30	15	23	1.95
8784771--8784813	19	2.2	20	84	12	63	32	18	0	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8784990--8785174	51	3.7	50	75	5	167	30	27	17	25	1.97
8790793--8791614	413	2.0	410	92	0	1365	26	19	21	31	1.97
8793660--8793746	39	2.2	39	93	0	147	33	18	29	18	1.95
8803747--8803813	33	2.0	34	91	2	109	35	5	14	43	1.71
8819423--8819484	31	2.0	31	93	0	106	30	20	20	27	1.98
8821213--8821255	17	2.6	17	85	3	52	74	2	16	6	1.14
8824956--8824994	19	2.2	17	86	9	51	46	2	7	43	1.46
8827142--8827182	21	2.0	21	90	9	66	73	0	24	2	0.96
8827139--8827220	24	3.2	25	78	13	87	70	2	20	6	1.20
8827130--8827254	6	19.5	6	69	11	70	72	3	19	5	1.19
8827169--8827303	18	7.6	18	68	15	84	67	2	19	11	1.32
8827156--8827255	51	2.0	51	83	15	127	70	3	19	8	1.26
8832904--8832938	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
8835054--8835123	28	2.6	28	86	4	99	25	8	12	52	1.67
8837998--8838049	15	3.3	15	81	10	52	5	23	3	67	1.29
8838024--8838070	21	2.1	23	84	7	62	8	19	0	72	1.10
8840507--8840536	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8843593--8843635	23	1.9	21	86	13	59	60	2	20	16	1.46
8852244--8852274	15	2.1	15	93	0	53	35	9	19	35	1.85
8857642--8857681	20	2.0	20	90	5	62	30	12	25	32	1.92
8867403--8867465	23	2.9	21	83	4	72	30	0	30	39	1.57
8867386--8867465	22	3.7	21	77	11	72	26	2	31	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8869085--8869206	50	2.4	52	82	6	151	36	14	14	34	1.87
8870819--8870876	31	1.9	30	82	10	73	25	13	13	46	1.81
8879065--8879111	21	2.2	21	84	3	58	14	4	4	76	1.09
8879739--8879765	14	1.9	14	100	0	54	33	22	14	29	1.94
8880277--8881547	635	2.0	635	99	0	2490	38	17	17	27	1.91
8882398--8882427	16	1.9	15	93	6	51	43	33	3	20	1.68
8882918--8882956	6	6.5	6	87	0	60	2	20	0	76	0.90
8892486--8892530	23	2.0	23	91	8	74	40	20	8	31	1.83
8894916--8894957	20	2.1	20	86	0	57	35	16	28	19	1.93
8894932--8894988	29	2.0	28	83	13	71	26	12	35	26	1.92
8895630--8895708	39	2.0	39	97	0	149	32	10	31	25	1.89
8905107--8905166	28	2.2	28	84	3	77	55	13	5	26	1.59
8908370--8908409	15	2.7	15	80	0	53	67	7	22	2	1.28
8915266--8915686	151	2.8	151	91	0	655	27	29	18	25	1.98
8926815--8926848	12	2.7	13	86	9	52	58	5	14	20	1.57
8928012--8928082	30	2.5	27	84	13	90	60	1	25	12	1.40
8930554--8930671	50	2.3	50	84	5	139	33	18	12	34	1.89
8933032--8933127	6	15.0	6	68	16	50	71	0	22	5	1.05
8933024--8933125	27	3.9	27	81	13	115	70	0	22	6	1.10
8933041--8933125	13	6.5	13	75	12	75	70	0	23	5	1.09
8934991--8935108	50	2.3	50	82	5	130	33	17	13	34	1.89
8943557--8943788	33	6.6	33	69	24	145	34	27	19	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8943588--8943893	103	3.0	103	90	2	465	33	28	20	18	1.96
8946158--8946209	26	2.0	26	100	0	104	34	7	34	23	1.83
8954523--8954574	20	2.6	20	87	6	70	23	26	0	50	1.50
8958786--8958827	22	2.0	21	90	4	66	33	0	11	54	1.37
8958817--8959086	132	2.0	132	97	0	504	28	11	13	46	1.78
8959864--8959936	29	2.5	29	72	12	69	39	13	26	20	1.90
8964594--8964694	39	2.6	39	85	3	134	45	8	8	36	1.67
8964695--8964721	9	3.0	9	100	0	54	66	11	0	22	1.22
8979946--8980069	50	2.4	52	73	6	119	34	16	12	36	1.86
8980168--8980219	27	1.9	27	84	7	70	30	3	11	53	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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