genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24233140--24233206	23	2.9	24	82	12	63	29	1	2	65	1.16
24233135--24233205	27	2.7	27	80	2	81	30	1	2	64	1.16
24238435--24238485	15	3.3	15	84	13	68	70	1	15	11	1.25
24238435--24238485	8	6.6	8	81	4	61	70	1	15	11	1.25
24238446--24238491	22	2.1	22	92	8	76	71	0	15	13	1.14
24238436--24238485	7	6.7	7	82	13	64	70	2	16	12	1.26
24244070--24244147	21	3.7	21	92	0	129	41	11	11	35	1.78
24244805--24244861	26	2.3	26	82	14	68	33	5	7	54	1.50
24246604--24246649	21	2.2	20	80	3	56	36	0	6	56	1.25
24248386--24248440	28	2.0	28	96	0	101	56	5	20	18	1.61
24254174--24254849	234	2.9	234	95	0	1167	25	15	16	42	1.88
24260738--24260785	22	2.1	22	84	3	60	47	8	2	41	1.45
24277103--24277257	33	4.6	33	69	9	107	29	25	14	30	1.95
24277091--24277330	101	2.4	101	87	0	354	28	23	15	31	1.96
24281857--24281894	14	2.8	13	84	7	58	44	5	13	36	1.66
24281933--24281975	22	2.0	22	86	9	61	37	6	20	34	1.80
24282173--24282249	34	2.3	34	93	0	127	18	24	15	41	1.89
24284570--24284821	126	2.0	126	100	0	504	28	15	11	43	1.83
24295099--24295139	21	1.9	22	85	5	57	46	9	12	31	1.74
24295098--24295145	21	2.2	22	77	3	53	54	8	10	27	1.63
24295171--24295210	21	1.9	22	90	10	66	70	7	10	12	1.35
24302527--24302810	44	6.5	44	72	8	184	29	24	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24302406--24302808	218	1.9	217	92	0	680	28	24	19	26	1.99
24302796--24303204	128	3.2	127	90	1	629	26	22	19	31	1.98
24305326--24305357	15	2.1	15	94	0	55	12	3	3	81	0.93
24305342--24305389	12	3.8	12	76	10	51	14	2	8	75	1.13
24305320--24305389	27	2.7	26	77	4	77	12	4	5	77	1.10
24305328--24305426	41	2.4	39	82	11	110	11	7	7	74	1.21
24305326--24305391	16	4.3	15	78	16	64	13	3	6	77	1.08
24310017--24310061	12	3.7	11	83	13	54	75	2	0	22	0.91
24310015--24310061	21	2.2	21	78	14	53	74	2	0	23	0.93
24315489--24315526	18	2.1	19	85	5	51	42	0	2	55	1.14
24319225--24319251	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
24323590--24323630	19	2.2	19	86	4	57	21	4	9	63	1.44
24323585--24323630	19	2.5	18	82	3	56	21	4	10	63	1.44
24323622--24323650	5	5.8	5	100	0	58	37	0	0	62	0.96
24327766--24327967	67	3.0	67	80	4	190	38	32	12	16	1.86
24327804--24327980	35	5.1	35	81	4	198	37	29	14	17	1.90
24327766--24327994	35	6.6	35	78	5	196	40	30	12	16	1.86
24341039--24341137	44	2.2	44	82	7	121	32	21	19	27	1.97
24341105--24341218	44	2.6	44	79	5	140	19	25	24	30	1.98
24341196--24341541	129	2.7	129	81	7	371	23	26	21	28	1.99
24341533--24341888	87	4.1	87	92	0	550	23	24	22	29	1.99
24343944--24343982	13	2.8	13	88	7	51	0	23	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24344020--24344062	18	2.5	17	82	10	52	6	6	13	72	1.27
24353009--24353051	20	2.2	20	95	0	77	30	6	9	53	1.59
24353724--24354072	89	4.0	88	81	4	386	32	14	12	40	1.84
24353747--24354072	178	1.8	175	84	7	444	30	15	13	41	1.85
24354188--24354349	84	1.9	84	81	7	195	30	11	11	45	1.77
24367934--24367972	17	2.4	17	91	4	62	23	5	7	64	1.40
24370640--24371275	335	1.9	335	93	2	1109	43	11	12	32	1.78
24373579--24373611	10	3.4	10	91	8	59	66	9	0	24	1.20
24373616--24373656	11	3.8	11	90	6	66	0	29	0	70	0.87
24373737--24373839	54	1.9	54	86	4	145	16	29	28	26	1.97
24373737--24373839	27	3.8	27	85	2	127	16	29	28	26	1.97
24373869--24373897	12	2.4	12	100	0	58	0	0	13	86	0.58
24373899--24373969	27	2.6	27	93	2	115	47	0	9	42	1.36
24390933--24390966	9	3.8	9	88	0	50	44	2	2	50	1.32
24400010--24400124	57	2.0	57	87	0	167	31	22	8	37	1.85
24403565--24403612	23	2.1	23	92	0	78	45	14	0	39	1.45
24403723--24403759	19	1.9	19	88	0	56	29	29	24	16	1.96
24408319--24408389	32	2.2	32	87	0	97	12	12	12	61	1.56
24423716--24423748	11	3.1	11	86	4	50	69	3	0	27	1.03
24426717--24426764	6	8.3	6	86	4	64	18	0	2	79	0.84
24435948--24436030	27	2.9	30	81	12	95	73	4	18	3	1.16
24436904--24436952	19	2.5	20	78	18	59	18	0	18	63	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24436901--24436939	17	2.2	18	86	4	53	23	0	15	61	1.33
24452107--24452255	40	3.7	40	84	1	192	19	15	28	36	1.92
24457742--24457788	3	15.7	3	95	0	76	27	0	4	68	1.08
24465691--24465720	12	2.5	12	88	0	51	50	6	0	43	1.28
24467799--24467920	25	4.9	25	72	3	93	35	16	27	21	1.94
24467779--24467877	50	2.0	50	81	0	117	31	19	27	22	1.98
24482856--24483291	49	8.9	49	82	3	466	34	26	14	24	1.94
24482856--24483291	98	4.5	98	82	2	520	34	26	14	24	1.94
24483004--24483081	25	3.2	25	63	17	63	35	25	15	23	1.94
24482856--24483291	195	2.2	195	85	3	565	34	26	14	24	1.94
24483945--24483974	11	2.9	10	90	9	51	10	6	13	70	1.34
24492820--24492920	50	2.0	50	86	3	141	26	16	19	36	1.93
24497813--24497861	20	2.5	20	83	10	64	32	16	10	40	1.82
24501735--24501897	3	52.7	3	76	17	131	28	3	5	62	1.33
24517338--24517431	48	1.9	49	83	10	122	31	3	3	61	1.27
24519408--24519453	16	2.6	17	83	10	58	56	0	0	43	0.99
24534225--24534272	25	2.0	24	83	4	60	14	22	18	43	1.87
24539217--24539711	245	2.0	247	99	0	976	40	8	4	47	1.53
24548052--24548084	14	2.4	14	90	10	50	51	6	27	15	1.66
24551103--24551330	98	2.3	98	96	0	411	28	10	26	35	1.89
24562732--24563737	125	7.9	125	94	1	1473	29	20	27	23	1.98
24565654--24565849	97	2.0	98	91	1	322	28	10	25	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24570213--24570263	22	2.3	22	80	6	59	33	25	25	15	1.95
24577041--24577069	10	2.9	10	100	0	58	31	10	6	51	1.62
24577271--24577317	24	2.0	24	86	0	67	19	34	0	46	1.50
24577419--24577450	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24578667--24578744	39	2.0	39	97	0	147	25	12	19	42	1.87
24585778--24585819	19	2.2	19	100	0	84	38	23	7	30	1.82
24588054--24588104	24	2.1	25	88	3	77	15	37	0	47	1.46
24588922--24588970	23	2.1	23	96	0	89	34	18	14	32	1.91
24589828--24589870	19	2.3	19	100	0	86	30	6	13	48	1.69
24592714--24592748	7	5.0	7	100	0	70	14	42	0	42	1.45
24593021--24594155	566	2.0	568	99	0	2256	38	10	9	42	1.71
24610795--24610841	14	3.3	14	87	3	58	65	8	2	23	1.31
24614784--24614817	17	2.0	17	88	0	50	35	11	8	44	1.72
24614804--24614836	9	3.7	9	95	0	57	27	9	15	48	1.74
24619816--24619853	17	2.2	17	90	0	58	34	7	18	39	1.80
24622701--24622731	15	2.1	15	93	0	53	29	35	9	25	1.88
24623266--24623548	128	2.2	128	100	0	566	45	5	3	45	1.43
24625132--24625172	21	2.0	21	95	0	73	39	14	17	29	1.89
24625216--24625295	42	1.9	42	89	0	124	35	28	21	15	1.93
24625260--24625359	43	2.3	43	83	6	130	28	24	18	30	1.97
24628590--24628628	12	3.2	12	89	7	60	38	17	7	35	1.79
24629706--24629743	20	1.9	20	94	0	67	57	7	0	34	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24629945--24629980	15	2.3	16	90	4	56	36	2	0	61	1.11
24630132--24630181	7	7.1	7	83	0	64	42	34	2	22	1.65
24630118--24630181	21	3.0	21	70	17	51	43	32	1	21	1.62
24630118--24630177	28	2.1	28	84	6	77	46	30	1	21	1.61
24630258--24630300	22	2.0	22	90	4	70	51	30	2	16	1.57
24630353--24630389	13	2.8	13	87	4	56	51	27	0	21	1.48
24631045--24631551	115	4.4	114	82	5	578	23	20	19	36	1.95
24631075--24631511	228	1.9	230	86	3	632	24	19	18	36	1.95
24631075--24631570	228	2.2	228	82	4	572	24	20	18	36	1.95
24635385--24635450	31	2.1	31	85	0	87	37	19	12	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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