genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7694948--7694985	20	1.9	20	94	0	67	13	28	15	42	1.85
7697649--7697729	42	1.9	42	89	0	126	24	22	2	50	1.61
7705994--7706104	57	1.9	57	90	0	177	39	18	13	27	1.89
7721946--7722009	20	3.2	20	71	8	58	32	21	26	18	1.97
7721926--7722024	40	2.5	40	77	6	119	37	20	24	18	1.94
7722099--7722190	38	2.4	37	80	8	96	43	11	19	25	1.85
7722317--7722427	40	2.8	40	85	1	150	36	17	12	33	1.87
7726416--7726461	20	2.3	20	88	0	65	21	13	23	41	1.88
7726404--7726559	60	2.6	60	86	3	199	25	18	19	36	1.94
7731255--7731353	35	2.9	34	83	4	126	38	20	18	23	1.93
7741835--7741895	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
7746715--7746749	16	2.2	16	94	0	61	22	22	8	45	1.79
7748326--7748366	21	2.0	21	85	0	55	2	21	0	75	0.92
7768901--7769095	98	2.0	99	98	1	383	35	9	19	35	1.85
7781824--7781868	22	2.0	22	100	0	90	13	22	17	46	1.83
7787114--7787146	15	2.3	15	89	5	50	36	0	9	54	1.32
7789490--7789533	22	2.0	22	95	0	79	34	22	15	27	1.95
7789503--7789668	50	3.4	50	79	6	187	34	24	15	25	1.94
7814158--7814236	40	2.0	40	89	0	122	34	16	31	17	1.93
7836401--7836447	24	1.9	25	91	4	78	38	0	36	25	1.56
7837078--7837358	27	10.4	27	82	2	278	34	19	23	23	1.97
7837436--7837489	26	2.1	26	82	0	63	14	20	29	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7837483--7837746	32	8.3	32	74	9	157	21	18	21	39	1.93
7837556--7837720	64	2.6	64	82	3	181	20	17	22	40	1.92
7837545--7837726	96	1.9	96	82	2	231	21	18	21	39	1.93
7848780--7848928	41	3.6	41	85	3	210	35	16	27	20	1.94
7850995--7851036	22	1.9	22	95	0	75	26	23	23	26	2.00
7863630--7863661	15	2.2	15	94	5	57	31	3	0	65	1.08
7871269--7871303	13	2.7	13	100	0	70	0	31	40	28	1.57
7876688--7876716	14	2.1	14	100	0	58	58	20	0	20	1.39
7878037--7878253	104	2.1	104	99	0	425	44	7	7	40	1.61
7878141--7878530	139	2.9	138	90	4	600	44	5	8	40	1.60
7878409--7878646	116	2.1	114	89	3	363	46	5	8	39	1.57
7879910--7879967	28	2.2	26	85	11	82	53	1	0	44	1.10
7879905--7880016	33	3.5	33	76	11	110	50	2	3	43	1.33
7884583--7884653	21	3.4	21	78	20	78	59	1	1	38	1.15
7885780--7885814	16	2.2	16	90	10	54	31	0	2	65	1.07
7886845--7886878	16	2.1	16	94	0	59	29	11	14	44	1.81
7889004--7889098	50	1.9	49	86	2	136	24	25	7	43	1.80
7889388--7889452	30	2.2	30	91	0	103	16	40	26	16	1.90
7893309--7893355	25	1.9	24	90	0	67	29	21	23	25	1.99
7896216--7896242	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
7897377--7897649	136	2.0	136	99	0	537	37	10	16	34	1.84
7899971--7900051	26	3.1	26	87	0	108	19	16	23	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7908679--7908709	16	1.9	16	93	0	53	12	9	6	70	1.31
7909810--7909847	20	1.9	20	89	10	60	34	2	18	44	1.64
7910213--7910281	16	4.2	16	71	15	61	40	2	1	55	1.24
7910927--7910964	20	1.9	20	89	10	60	34	2	18	44	1.64
7920626--7920671	14	3.4	14	79	8	51	58	2	4	34	1.30
7927337--7927513	50	3.5	49	74	19	152	26	18	26	28	1.98
7927332--7927513	100	1.8	100	85	3	258	26	18	26	28	1.98
7934048--7934073	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
7940537--7940584	20	2.4	20	75	0	51	45	16	25	12	1.82
7945393--7945503	47	2.4	47	87	3	161	17	21	27	34	1.95
7952985--7953016	15	2.1	15	94	0	55	21	3	6	68	1.26
7957010--7957083	38	1.9	38	100	0	148	35	16	16	32	1.91
7964431--7964478	23	2.1	23	100	0	96	37	20	4	37	1.72
7964949--7965040	25	3.6	25	83	5	105	27	26	21	25	2.00
7966116--7966154	20	2.0	20	85	10	53	15	5	28	51	1.64
7967289--7967432	75	1.9	75	91	0	234	44	9	15	31	1.77
7967507--7967541	17	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
7967630--7967718	44	2.0	44	91	4	144	40	10	6	42	1.65
7977395--7977445	9	5.9	9	75	9	52	56	3	0	39	1.18
7990870--7990916	22	2.2	21	85	11	60	17	6	44	31	1.73
7992013--7992114	28	3.7	27	80	8	107	28	20	12	38	1.89
8004161--8004211	20	2.5	20	73	17	52	23	5	3	66	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8004251--8004299	19	2.6	18	84	12	55	32	6	4	57	1.42
8006157--8006306	48	3.2	48	65	16	141	16	5	28	50	1.67
8006083--8006361	93	3.0	93	100	0	558	17	4	27	50	1.64
8012214--8012267	13	4.0	14	76	13	60	20	9	1	68	1.27
8012307--8012353	12	4.0	12	88	2	69	10	6	12	70	1.33
8018427--8018467	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
8020073--8020227	43	3.6	42	86	4	202	26	16	25	32	1.96
8021166--8021256	45	2.0	45	100	0	182	47	6	15	30	1.71
8021644--8021679	13	2.8	13	100	0	72	19	13	25	41	1.88
8022692--8022742	24	2.2	24	82	3	59	41	7	0	50	1.31
8025440--8026138	353	2.0	353	98	0	1344	38	12	26	22	1.89
8030477--8030515	19	2.1	19	85	9	53	41	2	5	51	1.38
8030529--8030745	117	1.8	118	84	4	296	33	10	15	40	1.81
8046832--8046889	27	2.2	26	84	9	73	32	17	25	24	1.96
8054096--8054125	12	2.5	12	94	0	51	30	40	23	6	1.80
8054449--8054474	5	5.2	5	100	0	52	0	0	38	61	0.96
8069516--8069827	27	11.6	27	86	0	383	16	19	23	40	1.91
8073079--8073151	27	2.7	27	89	0	110	26	16	23	34	1.95
8073312--8073339	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
8087511--8087564	27	2.0	27	92	0	90	61	18	7	12	1.54
8089669--8089708	21	1.9	22	85	10	57	42	2	7	47	1.45
8096815--8096857	18	2.4	18	88	0	59	39	41	2	16	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8096965--8097027	9	7.0	9	85	0	90	22	11	25	41	1.86
8097416--8097491	38	2.0	38	92	2	127	28	18	14	38	1.90
8099323--8099720	132	3.0	132	95	0	706	28	19	21	30	1.97
8100421--8100445	12	2.1	12	100	0	50	48	0	16	36	1.46
8101415--8101453	18	2.2	18	95	0	69	10	51	20	17	1.74
8106484--8106811	50	6.6	50	79	3	270	29	20	26	23	1.99
8106584--8106811	99	2.3	99	100	0	456	30	21	24	23	1.99
8113960--8114089	50	2.6	50	83	0	152	27	23	29	20	1.98
8121260--8121287	9	3.1	9	100	0	56	53	25	10	10	1.67
8127633--8127694	21	2.7	23	72	25	58	30	17	8	43	1.78
8127794--8127863	21	3.5	21	75	11	83	50	21	0	28	1.49
8127790--8127870	39	2.1	39	100	0	162	51	23	0	24	1.48
8131930--8132019	26	3.4	26	68	10	67	35	13	7	43	1.73
8136436--8136507	24	3.0	24	93	0	117	26	19	26	27	1.99
8137148--8137187	20	2.0	20	100	0	80	30	10	15	45	1.78
8143563--8143654	40	2.3	40	86	3	123	19	23	16	40	1.91
8143565--8143678	40	2.8	39	80	7	122	21	24	16	37	1.93
8143659--8143753	40	2.4	40	78	3	93	15	29	22	32	1.95
8143716--8143781	20	3.3	20	75	8	62	10	33	25	30	1.90
8158497--8158595	27	3.6	27	80	10	103	34	16	22	27	1.95
8160054--8160093	18	2.2	18	95	0	71	30	22	7	40	1.81
8161339--8161378	21	1.9	21	84	0	53	35	2	20	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8163804--8163852	21	2.3	21	100	0	98	36	14	26	22	1.92
8178838--8179394	277	2.0	279	96	0	1028	32	19	15	32	1.93
8182669--8182719	20	2.5	20	87	0	75	54	0	25	19	1.44
8182965--8183011	17	2.8	17	87	9	62	21	19	34	25	1.96
8188688--8189076	130	3.0	131	83	5	473	25	24	19	30	1.98
8189070--8189346	89	3.1	87	85	3	367	25	24	22	27	2.00
8189332--8190701	44	30.8	43	71	8	517	27	21	19	31	1.97
8189459--8189948	225	2.2	224	84	4	603	28	20	18	33	1.96
8189858--8190567	222	3.2	222	92	1	1102	26	21	19	32	1.97
8190187--8190697	177	2.9	176	84	3	623	27	22	19	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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