genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21744649--21744698	24	2.1	24	85	7	66	22	6	0	72	1.07
21745749--21745793	17	2.6	17	89	6	65	20	4	0	75	0.97
21745986--21746035	24	2.1	24	85	7	66	22	6	0	72	1.07
21751747--21751814	30	2.3	30	89	0	109	42	8	25	23	1.82
21754371--21754453	41	2.0	41	95	0	148	22	16	28	31	1.96
21758413--21758863	225	2.0	225	95	2	816	40	7	10	41	1.69
21759400--21759457	7	8.3	7	80	14	57	15	48	0	36	1.45
21759400--21759448	23	2.1	24	88	3	73	14	48	0	36	1.44
21778870--21778939	34	2.0	35	91	2	115	35	15	14	34	1.88
21779774--21779872	30	3.3	30	70	16	105	51	4	14	30	1.60
21779761--21779879	60	2.0	60	98	0	229	49	4	14	31	1.62
21780476--21780513	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
21783423--21783728	94	3.3	95	79	10	281	28	17	21	31	1.97
21786422--21786457	18	1.9	19	88	5	56	52	2	2	41	1.30
21793588--21793816	115	2.0	114	94	0	404	37	16	20	25	1.93
21799224--21799275	22	2.6	20	77	16	54	67	1	5	25	1.23
21800264--21800316	13	4.1	13	75	0	61	43	18	0	37	1.51
21801093--21801129	18	2.0	20	89	10	60	27	5	5	62	1.39
21804536--21804572	19	2.0	18	94	5	65	5	18	48	27	1.70
21805114--21805211	44	2.2	44	85	1	133	26	26	15	31	1.96
21805384--21805648	44	6.0	44	72	7	169	28	24	17	29	1.98
21805381--21805550	89	1.9	89	86	4	245	27	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21816829--21816879	18	2.8	18	87	0	75	47	0	1	50	1.12
21818520--21818573	25	2.2	24	83	9	65	61	0	0	38	0.96
21821010--21821071	22	2.8	23	83	11	85	45	14	20	19	1.85
21821062--21821109	25	1.9	25	100	0	96	37	20	20	20	1.95
21821062--21821116	25	2.2	25	93	0	92	38	20	21	20	1.94
21829482--21829710	126	1.8	126	94	1	406	28	15	23	31	1.95
21829753--21829800	24	2.0	23	88	4	69	52	12	18	16	1.75
21832833--21832857	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
21832839--21832995	56	2.8	54	86	7	208	47	4	12	36	1.61
21833012--21833307	29	10.4	28	85	4	376	27	0	23	48	1.56
21833012--21833307	57	5.2	57	92	1	407	27	0	23	48	1.56
21833355--21833403	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
21833932--21833977	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
21834602--21834626	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
21835567--21835622	25	2.3	25	80	14	64	62	5	0	32	1.18
21835713--21835779	31	2.2	30	86	2	98	59	1	1	37	1.16
21835834--21835877	22	2.0	22	90	0	70	43	2	27	27	1.67
21853749--21853773	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
21860559--21860631	5	14.6	5	100	0	146	60	0	0	39	0.97
21862880--21864000	560	2.0	561	99	0	2235	35	12	17	34	1.87
21866936--21866965	6	5.0	6	100	0	60	66	0	33	0	0.92
21871996--21872046	21	2.5	21	87	3	68	35	11	29	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21873891--21873924	3	11.3	3	93	0	59	29	0	0	70	0.87
21878352--21878437	24	3.9	22	69	30	60	46	2	3	47	1.32
21878271--21878472	103	2.0	103	89	2	307	43	3	5	47	1.45
21878352--21878448	42	2.3	42	85	1	124	45	3	4	47	1.37
21879548--21879622	38	2.0	37	87	7	107	36	26	6	30	1.82
21879779--21879838	29	2.1	28	87	6	86	40	43	3	13	1.60
21881026--21881059	18	2.0	17	88	11	52	26	14	0	58	1.36
21881246--21881284	2	20.0	2	84	5	53	43	0	0	56	0.99
21883432--21883471	20	2.0	20	95	0	71	32	25	12	30	1.92
21887262--21887515	44	5.7	44	78	2	222	31	15	24	29	1.95
21887236--21887543	134	2.3	133	87	1	420	30	16	24	28	1.97
21887236--21887632	89	4.5	90	74	6	335	29	16	24	28	1.97
21887235--21887642	45	9.2	45	70	12	209	30	16	23	29	1.97
21892485--21892510	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
21894908--21894968	24	2.5	25	91	2	97	42	14	8	34	1.76
21896668--21896697	14	2.1	14	100	0	60	43	36	0	20	1.52
21897869--21897918	26	1.9	26	91	0	82	28	32	16	24	1.96
21897895--21898041	41	3.6	41	91	0	240	21	25	21	32	1.98
21902454--21902479	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
21904877--21904937	24	2.5	25	91	2	97	42	14	8	34	1.76
21906637--21906666	14	2.1	14	100	0	60	43	36	0	20	1.52
21912316--21912364	23	2.0	24	84	11	64	59	2	0	38	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21920255--21920285	13	2.4	13	94	0	53	22	6	12	58	1.58
21926343--21926388	18	2.6	18	83	16	60	52	0	4	43	1.21
21926350--21926392	19	2.2	20	80	19	56	51	0	4	44	1.22
21926438--21926484	20	2.3	21	78	10	53	65	2	0	31	1.04
21927989--21928021	12	2.5	14	80	19	52	24	42	18	15	1.88
21929745--21929824	32	2.5	32	79	0	79	15	36	26	22	1.93
21932254--21932307	27	2.0	27	100	0	108	29	11	7	51	1.64
21935407--21935447	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
21942765--21942851	44	2.0	44	86	0	120	48	3	10	37	1.54
21946133--21946396	41	6.4	41	83	5	304	17	23	22	35	1.95
21954036--21954094	21	2.8	21	97	0	109	33	16	45	3	1.64
21954583--21954790	85	2.4	85	81	6	251	27	24	17	30	1.97
21954539--21954791	43	5.9	43	80	5	230	27	22	18	30	1.98
21954583--21954801	42	5.1	42	83	2	224	26	24	18	30	1.98
21961184--21961994	404	2.0	404	96	0	1505	33	19	10	36	1.86
21963759--21963969	24	8.6	25	71	9	105	18	25	21	34	1.96
21963784--21963963	72	2.5	72	77	8	184	19	25	21	33	1.97
21965547--21965687	28	5.0	28	82	7	142	27	15	2	54	1.53
21965547--21965687	57	2.5	57	81	6	153	27	15	2	54	1.53
21965675--21965747	31	2.4	31	84	8	89	26	9	6	57	1.55
21968889--21968938	23	2.1	24	88	3	75	20	24	10	46	1.81
21974714--21974775	29	2.1	29	93	0	106	19	4	30	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21976143--21976205	30	2.1	30	96	0	117	58	6	11	23	1.55
21979987--21980660	43	15.5	43	75	8	406	24	22	22	30	1.99
21979938--21980660	87	8.3	86	77	7	496	25	22	21	30	1.99
21980025--21980728	131	5.4	129	87	2	851	23	22	22	30	1.99
21979936--21980621	218	3.2	218	82	3	670	25	22	22	30	1.99
21980071--21980728	130	5.0	130	88	2	894	23	22	22	30	1.99
21980854--21981709	44	19.7	44	79	5	715	23	23	21	30	1.99
21980854--21981711	87	9.9	87	78	4	727	23	23	21	30	1.99
21980902--21981365	219	2.1	219	94	0	822	24	25	20	29	1.99
21980843--21981709	131	6.7	131	83	3	950	23	23	21	30	1.99
21982913--21982964	20	2.6	20	78	0	59	11	13	1	73	1.19
21983812--21983840	6	4.8	6	100	0	58	0	17	0	82	0.66
21983867--21983974	53	2.0	53	81	5	126	11	11	5	72	1.28
21991446--21991503	11	5.4	11	79	4	64	50	3	27	18	1.63
21991463--21991508	22	2.1	22	95	0	83	41	4	28	26	1.74
22009902--22009973	30	2.4	30	83	4	83	16	29	30	23	1.96
22021576--22022961	692	2.0	692	99	0	2745	40	17	18	24	1.91
22022951--22023124	12	14.8	12	67	17	55	66	1	5	26	1.22
22027012--22027051	19	2.1	19	90	0	62	77	2	0	20	0.88
22031291--22031326	16	2.2	16	95	0	63	27	0	33	38	1.57
22031299--22031331	16	2.1	16	94	0	57	30	0	36	33	1.58
22037423--22037496	22	3.4	22	83	3	78	45	16	17	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22037560--22037626	32	2.1	32	88	0	98	43	13	17	25	1.86
22037798--22037852	24	2.3	24	93	0	92	47	23	9	20	1.78
22037836--22037882	24	2.0	24	86	0	67	42	14	8	34	1.77
22037905--22038127	27	8.3	27	77	4	175	22	20	19	37	1.94
22037928--22038219	27	10.9	27	77	5	144	22	19	18	39	1.92
22038010--22038221	27	7.9	27	77	8	166	22	19	17	40	1.92
22039984--22040039	28	2.0	28	100	0	112	14	35	0	50	1.43
22043525--22043641	57	2.1	56	87	4	164	28	20	6	44	1.77
22046622--22046692	31	2.3	32	85	4	101	32	23	12	30	1.92
22053697--22054118	211	2.0	211	96	0	774	16	20	14	47	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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