genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  26558743

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7450315--7450350	13	2.8	13	91	0	54	38	19	2	38	1.66
7453574--7453616	22	2.0	22	85	0	59	25	4	37	32	1.77
7454618--7454673	27	2.0	28	83	10	71	25	21	16	37	1.93
7461322--7461573	58	4.4	58	89	0	362	35	11	28	24	1.90
7461322--7461678	58	6.4	57	81	7	304	34	11	28	25	1.90
7461551--7461652	51	2.0	51	80	0	114	34	10	27	27	1.90
7461801--7461865	31	2.1	31	88	0	94	47	16	18	16	1.83
7463825--7463862	20	1.9	20	88	0	58	44	10	0	44	1.38
7466839--7466894	28	2.0	28	100	0	112	53	3	10	32	1.53
7466845--7466904	28	2.1	28	87	0	84	56	3	6	33	1.42
7470928--7471194	32	8.4	32	76	1	223	36	20	22	21	1.95
7470948--7471152	96	2.1	96	85	0	266	36	20	22	20	1.95
7470960--7471194	96	2.4	96	81	1	265	35	21	22	21	1.96
7471197--7471250	26	2.1	26	85	0	72	35	22	22	20	1.96
7471238--7471328	27	3.4	27	89	7	125	28	19	27	24	1.99
7471393--7471465	24	3.1	23	84	5	83	49	26	6	17	1.72
7471515--7471614	27	3.7	27	90	0	164	24	21	19	36	1.95
7471732--7472001	27	10.1	27	81	7	236	19	19	20	40	1.91
7471769--7471855	25	3.4	25	79	7	95	19	20	21	37	1.94
7471732--7472001	81	3.4	81	77	10	290	19	19	20	40	1.91
7474533--7474658	33	3.8	32	76	5	126	27	25	15	30	1.96
7474516--7474658	66	2.2	66	89	0	214	26	23	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7476843--7476877	13	2.6	13	90	4	52	42	0	0	57	0.99
7477097--7477456	183	2.0	183	89	0	558	45	6	12	36	1.66
7477539--7477654	61	1.9	59	92	3	196	45	16	10	27	1.79
7486069--7486216	70	2.1	71	83	7	187	40	13	14	31	1.84
7486650--7486674	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
7487620--7487659	18	2.2	18	86	0	53	47	15	2	35	1.58
7492972--7493054	15	5.5	15	73	13	71	40	9	12	37	1.75
7499745--7499777	16	1.9	18	88	11	52	27	0	15	57	1.38
7501863--7502156	42	7.0	42	86	0	374	33	18	20	27	1.96
7508650--7508785	9	15.4	9	72	15	106	32	1	22	44	1.62
7508706--7508744	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
7508826--7509203	9	41.3	9	67	18	176	34	2	19	44	1.63
7508826--7508892	25	2.7	25	88	0	107	32	1	20	44	1.61
7508907--7508945	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
7508880--7509033	80	1.9	80	81	5	186	32	1	20	46	1.59
7508850--7509069	71	3.2	67	73	16	169	30	1	20	46	1.61
7508650--7509086	201	2.2	201	81	2	488	29	1	19	42	1.61
7508920--7509087	80	2.1	79	82	12	200	29	2	20	47	1.62
7509184--7509269	33	2.7	31	81	13	104	46	3	13	36	1.61
7509286--7509384	13	7.5	13	76	6	92	45	3	10	41	1.53
7509276--7509394	53	2.2	53	89	0	184	44	2	10	42	1.51
7509276--7509422	53	2.8	52	83	2	168	43	2	12	42	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7511009--7511401	147	2.7	147	79	5	395	36	21	15	25	1.94
7512237--7512278	19	2.1	20	86	8	59	42	47	0	9	1.36
7512969--7513542	225	2.5	224	85	5	762	26	24	21	26	2.00
7512903--7513550	114	5.7	113	84	4	752	26	24	22	26	2.00
7513830--7513937	40	2.7	40	84	1	146	34	19	23	23	1.97
7513999--7514160	41	4.0	41	90	0	252	20	19	30	28	1.97
7514351--7514452	14	7.1	14	69	12	64	19	1	31	47	1.61
7514406--7514453	22	2.2	21	81	3	60	20	0	31	47	1.50
7514743--7514780	14	2.7	15	88	12	62	26	0	31	42	1.56
7514746--7514862	21	5.5	22	75	8	98	27	0	36	35	1.57
7514827--7514859	8	4.4	8	85	14	52	24	0	33	42	1.55
7514749--7514886	7	19.7	7	71	15	63	25	0	36	36	1.61
7518876--7518962	43	2.0	43	86	4	122	34	11	10	43	1.75
7519239--7519583	43	8.0	43	91	1	494	26	16	30	26	1.97
7522575--7522637	31	2.0	32	96	3	119	42	15	9	31	1.79
7529726--7529790	32	2.1	32	97	2	123	47	12	9	30	1.72
7531193--7531259	34	2.0	34	94	5	118	47	4	23	23	1.70
7533431--7533803	202	1.8	202	91	0	620	34	22	14	28	1.93
7536475--7536509	2	17.5	2	93	0	61	0	2	48	48	1.16
7537118--7537169	22	2.4	23	78	12	56	78	9	7	3	1.06
7540401--7540641	102	2.3	103	89	0	358	32	26	18	21	1.97
7552541--7552690	33	4.4	33	71	22	107	32	28	20	19	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7556857--7556988	50	2.6	50	83	2	158	21	28	23	26	1.99
7557677--7559187	755	2.0	755	100	0	3022	30	21	16	31	1.95
7560377--7560458	39	2.1	39	97	0	155	52	7	19	20	1.70
7560388--7560453	20	3.3	20	67	12	64	54	9	16	19	1.68
7560634--7560673	3	13.7	3	94	5	73	30	0	0	70	0.88
7563609--7563654	24	1.9	24	86	0	65	45	17	26	10	1.81
7566262--7566295	18	1.9	17	94	5	59	79	5	14	0	0.91
7568488--7568603	44	2.6	44	90	0	178	26	17	26	29	1.97
7567629--7568519	132	6.8	132	96	0	1550	28	19	23	29	1.98
7569193--7569258	20	3.3	20	72	4	71	54	9	16	19	1.68
7569182--7569263	39	2.1	39	97	0	155	52	7	19	20	1.70
7569181--7569239	19	3.1	19	70	4	64	54	6	20	18	1.66
7569452--7569483	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
7588414--7588510	21	4.7	21	85	10	146	37	12	9	41	1.75
7594499--7594561	25	2.5	25	84	5	74	31	17	14	36	1.90
7597732--7597941	67	3.1	67	62	26	159	38	8	6	46	1.60
7597733--7597951	71	3.1	71	63	15	184	39	7	6	46	1.58
7597607--7598362	138	5.5	137	93	1	1153	40	8	6	45	1.60
7601809--7602042	84	2.8	84	90	1	335	35	25	15	23	1.94
7601844--7602042	43	4.7	41	78	9	204	35	26	16	22	1.94
7602016--7602068	26	2.0	26	89	7	81	22	32	24	20	1.98
7609974--7610007	17	1.9	18	94	5	61	41	5	14	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7610496--7610626	42	3.0	42	77	8	113	34	25	16	23	1.95
7610464--7610626	43	3.8	40	75	12	112	31	25	17	25	1.97
7616866--7616900	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
7624705--7625293	285	2.1	286	95	0	1072	37	16	17	28	1.91
7625058--7625510	235	1.9	235	96	0	834	36	17	16	29	1.91
7634076--7634224	74	2.0	75	98	1	291	40	14	14	29	1.86
7643663--7643809	44	3.3	44	79	1	143	30	20	18	30	1.96
7655050--7655096	7	7.0	7	85	9	71	14	17	0	68	1.22
7655053--7655095	13	3.3	13	87	6	61	13	16	0	69	1.19
7655050--7655096	20	2.3	20	96	0	85	14	17	0	68	1.22
7655987--7656042	16	3.3	17	83	14	55	7	17	0	75	1.03
7655981--7656051	25	2.9	23	77	10	61	5	16	1	76	1.05
7655995--7656042	16	3.1	16	79	8	64	6	18	0	75	1.01
7656039--7656103	22	2.9	23	84	8	73	9	6	7	76	1.14
7656061--7656109	12	4.4	11	85	10	64	8	10	6	75	1.18
7657765--7657802	20	1.9	20	94	0	67	15	21	5	57	1.57
7659549--7659717	85	2.0	85	97	0	320	35	10	21	31	1.88
7659705--7659925	102	2.2	102	95	1	399	41	16	16	25	1.89
7660608--7660663	9	5.9	9	78	19	60	64	0	1	33	1.04
7660606--7660681	30	2.5	32	77	18	90	61	0	1	36	1.04
7660698--7660732	16	2.2	16	89	0	52	62	0	8	28	1.24
7660946--7660993	4	12.0	4	81	0	51	70	8	0	20	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7661542--7661841	152	2.0	150	94	2	532	46	12	10	31	1.75
7668561--7668607	18	2.5	19	82	6	51	59	2	4	34	1.29
7675439--7675485	20	2.4	20	80	16	62	12	25	6	55	1.61
7675696--7675823	49	2.6	49	92	0	202	23	24	21	31	1.98
7675740--7675944	50	4.0	52	75	11	156	24	27	18	29	1.98
7682900--7682938	20	2.0	20	94	0	69	15	23	2	58	1.49
7683187--7683332	50	2.9	50	81	4	168	20	28	21	29	1.98
7691496--7691591	44	2.2	44	88	1	140	43	10	20	25	1.83
7691500--7691605	44	2.4	44	84	4	117	40	12	21	25	1.88
7691612--7691842	50	4.7	49	73	10	177	29	19	29	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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