genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   

This is table  18  of  54  ( 6420 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7999706--7999733	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8002070--8002123	26	2.1	26	89	6	83	33	18	16	31	1.93
8002070--8002108	13	3.0	13	84	0	60	35	20	15	28	1.93
8002160--8002325	74	2.5	64	76	20	194	37	13	11	37	1.81
8002872--8002909	2	19.0	2	84	10	51	52	0	2	44	1.14
8002990--8003033	24	2.0	24	82	13	58	43	2	9	45	1.48
8003062--8003090	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8004024--8004302	90	3.1	88	80	5	310	21	34	17	25	1.96
8005312--8005356	15	3.1	16	84	15	62	28	0	4	66	1.11
8006099--8006248	75	2.0	74	98	1	291	43	6	10	38	1.66
8010024--8010085	6	10.3	6	89	0	97	48	1	30	19	1.58
8011565--8011607	2	21.0	2	85	4	59	44	0	2	51	1.14
8011565--8011607	21	2.1	20	86	4	59	44	0	2	51	1.14
8012546--8012604	31	1.9	31	89	0	91	38	16	15	28	1.89
8012617--8012709	45	2.1	43	84	9	116	22	15	19	43	1.88
8014601--8014639	18	2.1	18	85	4	51	10	17	0	71	1.12
8019334--8019391	28	2.1	28	90	0	89	53	6	24	15	1.66
8020409--8020637	72	3.2	71	64	13	180	31	9	31	27	1.88
8020380--8020672	144	2.0	144	97	0	550	32	9	31	26	1.89
8022955--8023084	60	2.2	61	83	5	158	33	8	16	41	1.78
8023242--8023524	26	11.7	26	77	12	187	25	13	25	35	1.92
8023271--8023524	48	5.3	48	81	7	216	24	13	26	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8023293--8023544	74	3.6	73	78	9	249	24	13	26	35	1.92
8023292--8023543	23	10.7	23	80	9	206	25	13	26	34	1.92
8024413--8024471	11	5.8	10	75	20	52	25	3	1	69	1.13
8024773--8024803	11	2.7	11	95	5	53	25	0	3	70	1.02
8026124--8026167	11	4.0	11	88	5	63	15	0	6	77	0.97
8026199--8026275	22	3.5	22	85	0	91	49	23	7	19	1.74
8027285--8027316	16	2.0	16	93	0	55	65	12	9	12	1.47
8041620--8041657	20	1.9	20	84	10	51	2	34	2	60	1.24
8050602--8050659	28	2.1	28	90	0	89	53	6	24	15	1.66
8051677--8051906	72	3.2	71	65	15	166	33	8	30	26	1.87
8051648--8051940	144	2.0	144	95	0	523	33	9	31	25	1.88
8054488--8054546	23	2.6	22	79	10	66	30	8	25	35	1.86
8054448--8054546	45	2.2	45	81	3	110	29	7	25	38	1.82
8059163--8059254	44	2.1	44	97	0	175	40	22	17	19	1.91
8059318--8059351	11	3.1	11	100	0	68	35	38	8	17	1.81
8060679--8060732	27	2.0	27	88	0	81	44	5	11	38	1.63
8071091--8071145	24	2.3	24	84	3	76	67	10	9	12	1.43
8100338--8100394	29	1.9	30	89	7	89	42	7	1	49	1.40
8100338--8100419	29	2.8	27	81	12	83	43	7	2	46	1.44
8100417--8100444	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
8100537--8100661	47	2.6	48	84	5	173	43	16	8	32	1.78
8108793--8108960	77	2.1	79	86	6	234	39	7	12	39	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8113159--8113250	27	3.4	28	82	7	118	26	1	0	72	0.91
8113196--8113251	12	4.3	12	80	14	67	25	1	0	73	0.93
8113159--8113251	15	6.6	14	78	13	93	25	1	0	73	0.90
8113361--8113397	17	2.1	18	90	5	58	16	0	0	83	0.64
8113487--8113521	14	2.6	13	86	8	52	20	0	2	77	0.90
8113484--8113521	17	2.2	18	85	4	51	21	0	2	76	0.91
8114179--8114212	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8115058--8115134	40	1.9	41	83	2	102	16	7	25	49	1.73
8115485--8116129	38	17.1	38	83	4	752	41	19	15	23	1.89
8115485--8116129	75	8.6	76	83	3	734	41	19	15	23	1.89
8115485--8116129	113	5.7	113	81	5	723	41	19	15	23	1.89
8131159--8131220	30	2.1	30	81	6	72	32	9	8	50	1.65
8141654--8141777	30	4.2	30	78	8	146	36	1	3	58	1.24
8148160--8148225	34	1.9	34	93	0	114	36	25	16	21	1.94
8148963--8149014	3	17.3	3	95	0	95	32	1	0	65	1.04
8150397--8150429	17	1.9	17	88	11	50	60	0	3	36	1.12
8151075--8151114	20	2.0	21	85	14	57	70	7	7	15	1.33
8188045--8188077	15	2.1	16	88	5	50	24	0	0	75	0.80
8188417--8188495	40	2.0	40	89	0	122	17	20	25	36	1.94
8188492--8188529	19	2.0	20	94	5	69	18	28	21	31	1.97
8191058--8191136	40	2.0	40	87	0	113	20	20	24	35	1.96
8191133--8191170	19	2.0	20	94	5	69	18	28	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8198729--8198762	14	2.4	14	90	0	50	20	8	8	61	1.52
8200609--8200711	30	3.4	30	76	10	104	14	34	24	26	1.94
8203705--8203767	24	2.6	24	100	0	126	42	4	20	31	1.73
8205195--8205492	148	2.0	148	98	0	569	32	12	13	40	1.82
8207081--8207124	22	2.1	22	83	8	56	25	0	4	70	1.06
8210914--8211002	45	2.0	45	95	0	160	28	12	22	37	1.90
8213906--8213944	18	2.2	17	86	13	53	41	43	15	0	1.46
8227641--8227690	26	2.0	25	88	4	73	54	8	14	24	1.66
8230039--8230224	92	2.0	92	92	0	309	45	6	4	43	1.50
8230345--8230575	126	1.8	123	81	7	286	38	17	4	39	1.69
8234861--8234918	18	3.2	17	71	9	53	46	17	8	27	1.77
8235394--8235473	42	2.0	41	82	7	101	37	18	16	27	1.92
8235474--8235512	18	2.2	18	90	0	60	43	17	7	30	1.77
8237946--8238015	28	2.6	28	78	12	76	37	0	0	62	0.95
8237995--8238040	18	2.5	20	76	23	55	34	0	0	65	0.93
8237953--8238037	25	3.1	27	72	14	77	34	0	0	65	0.93
8258411--8258460	23	2.0	24	85	14	66	12	8	14	66	1.45
8262643--8262674	16	2.1	16	94	5	57	0	15	28	56	1.40
8265469--8265526	2	29.0	2	82	6	73	44	1	1	50	1.22
8265132--8265894	386	2.0	385	99	0	1490	38	10	9	40	1.73
8265855--8265897	2	21.5	2	80	0	50	53	2	0	44	1.13
8265852--8265898	20	2.3	20	85	0	58	55	2	0	42	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8270727--8270777	20	2.4	21	83	6	59	52	7	1	37	1.42
8279837--8279876	20	2.0	20	85	9	55	37	10	10	42	1.72
8279979--8280039	29	2.1	29	96	3	115	42	0	6	50	1.28
8294684--8294907	111	2.0	112	94	2	398	33	11	19	34	1.88
8295656--8295684	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
8296222--8296266	23	2.0	22	82	4	54	68	13	0	17	1.20
8307733--8307774	20	2.1	20	86	0	57	50	7	0	42	1.30
8319319--8319359	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
8325731--8326439	355	2.0	353	93	1	1206	43	13	9	34	1.76
8327835--8327871	19	1.9	19	100	0	74	27	0	32	40	1.57
8329097--8329121	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8330255--8330287	15	2.2	15	89	10	50	0	21	27	51	1.48
8336026--8336063	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
8336667--8336691	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8343511--8343625	60	1.9	61	84	8	155	33	9	18	39	1.83
8343749--8343808	21	2.9	21	84	0	84	21	15	25	38	1.92
8343784--8344134	26	14.7	26	76	13	237	24	13	25	36	1.92
8343775--8343917	68	2.1	64	80	16	171	23	13	25	37	1.91
8343766--8344060	95	3.1	95	88	1	405	24	13	25	36	1.93
8343835--8344130	23	12.8	21	73	15	80	25	14	26	34	1.94
8343770--8344152	189	2.0	186	81	8	447	23	13	26	36	1.92
8344046--8344153	23	4.7	23	91	0	171	21	12	30	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8343833--8344154	46	6.9	46	70	17	184	24	13	26	35	1.93
8344188--8344233	21	2.2	21	88	0	65	50	19	8	21	1.75
8347927--8347985	29	2.0	29	90	6	93	32	15	16	35	1.90
8355170--8355219	19	2.6	19	78	6	57	48	2	2	48	1.24
8370427--8370468	16	2.6	16	84	0	57	38	0	11	50	1.40
8370559--8370605	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
8373122--8373320	99	2.0	98	98	0	380	35	7	19	37	1.79
8379494--8379700	104	2.0	103	99	0	396	29	16	17	35	1.92
8379707--8379743	10	3.5	11	82	10	51	24	0	21	54	1.45
8449071--8449125	23	2.4	23	78	0	65	30	21	12	34	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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