genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   

This is table  2  of  54  ( 6420 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
540554--540773	73	3.0	73	90	0	359	20	10	21	47	1.79
564337--564376	21	1.9	21	84	0	53	25	12	27	35	1.92
565880--565930	23	2.1	25	85	7	70	62	19	9	7	1.50
579010--579089	41	2.0	41	92	2	135	35	25	22	17	1.95
579397--579451	28	1.9	30	85	7	78	63	7	7	21	1.44
581681--581760	40	2.0	41	95	2	144	36	25	21	17	1.95
591561--591586	10	2.6	10	100	0	52	84	0	0	15	0.62
593671--593725	23	2.3	23	84	9	67	20	7	12	60	1.56
593813--593957	36	4.1	36	82	12	194	37	6	15	40	1.74
593810--593948	68	2.0	68	93	2	235	38	7	15	38	1.74
594209--594307	50	2.0	50	100	0	198	42	17	24	16	1.88
594279--594406	65	2.0	65	96	0	238	37	17	15	29	1.91
603760--603855	51	1.9	51	89	2	149	52	17	18	11	1.74
606748--606800	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
610239--610279	16	2.4	18	84	12	59	0	24	2	73	0.96
627086--627328	121	2.0	121	94	0	423	34	24	13	27	1.94
638855--638893	20	2.1	19	86	13	55	66	20	5	7	1.36
639940--640270	172	1.9	172	88	2	495	38	23	10	26	1.87
642505--642557	2	26.5	2	96	0	97	49	0	1	49	1.12
676051--676088	17	2.2	18	85	4	51	7	5	21	65	1.38
677285--677332	24	2.0	25	84	11	66	16	12	25	45	1.82
677373--677418	24	2.0	21	88	12	65	17	13	26	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677283--677469	86	2.2	86	95	1	329	23	11	19	44	1.84
689281--689321	11	3.7	11	83	0	55	12	19	29	39	1.88
689280--689333	22	2.5	21	82	11	65	14	18	27	38	1.90
695064--695102	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
697479--697503	13	1.9	13	100	0	50	64	0	36	0	0.94
698578--698610	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
698707--698745	20	2.0	20	89	0	60	69	2	25	2	1.14
707778--707816	6	6.5	6	81	0	51	17	51	0	30	1.46
707782--707831	24	2.1	24	88	7	75	18	52	0	30	1.46
707782--707853	12	6.0	12	71	12	58	19	47	2	30	1.64
707803--707871	36	1.9	36	85	5	95	21	43	4	30	1.72
715997--716046	16	3.1	17	72	24	54	58	0	40	2	1.10
716450--716497	23	2.1	23	85	11	64	50	6	6	37	1.53
716825--716854	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
717379--717428	25	2.1	24	85	7	66	50	2	2	46	1.24
717630--717717	41	2.1	41	91	2	140	46	7	15	29	1.75
720630--721052	194	2.2	190	84	3	560	26	17	23	32	1.97
734762--734978	117	1.9	116	83	6	291	33	20	18	27	1.96
736283--736315	16	2.1	16	94	0	57	72	0	0	27	0.85
736313--736346	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
737844--738046	102	2.0	102	92	0	334	27	16	20	36	1.93
742988--743058	30	2.4	30	87	0	106	38	7	4	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761257--761321	32	2.0	32	96	0	121	32	15	6	46	1.70
761386--761704	106	3.0	105	88	3	460	29	24	15	30	1.95
763478--763520	21	2.0	21	81	0	50	69	2	6	20	1.23
763310--763548	119	2.0	117	86	8	329	40	12	5	41	1.66
764701--764741	22	1.9	21	90	5	64	39	4	4	51	1.45
771642--771686	22	2.0	22	83	8	56	37	15	13	33	1.86
774771--774831	31	1.9	33	83	12	83	39	4	6	49	1.50
774990--775040	17	2.9	17	82	8	50	47	3	5	43	1.46
780743--780768	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
787119--787213	4	24.5	4	68	10	54	33	2	25	38	1.68
787114--787171	22	2.6	23	81	8	75	29	5	27	37	1.78
793918--794153	122	1.9	123	92	2	395	36	20	14	28	1.93
804086--804162	40	1.9	39	97	2	145	35	22	7	35	1.83
810922--810984	27	2.3	26	82	15	83	63	0	1	34	1.04
812251--812310	27	2.2	27	78	0	66	21	21	40	16	1.92
812333--812438	45	2.4	45	96	3	196	21	23	43	11	1.85
813355--813549	106	1.8	106	86	4	286	35	21	10	33	1.87
813630--813676	24	2.0	24	91	0	76	51	10	2	36	1.49
814093--814131	19	2.1	18	86	13	53	56	0	0	43	0.99
814418--814461	2	22.5	2	86	4	63	54	0	0	45	0.99
815549--815597	3	16.3	3	86	0	71	0	0	61	38	0.96
816803--816837	18	1.9	18	88	0	52	25	14	42	17	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824380--824428	15	3.3	15	79	0	62	6	34	0	59	1.22
824384--824440	30	1.9	30	85	0	78	7	36	1	54	1.38
828912--828943	15	2.1	15	100	0	64	50	18	6	25	1.70
839658--839789	71	1.9	68	82	4	165	27	15	9	47	1.76
843019--843097	39	2.0	40	88	11	119	27	22	13	35	1.93
858413--858438	3	8.7	3	100	0	52	34	65	0	0	0.93
873524--873548	13	1.9	13	100	0	50	48	0	32	20	1.50
873760--873822	29	2.2	28	82	2	72	65	4	14	15	1.44
882997--883044	23	2.1	23	84	7	62	45	2	0	52	1.12
896982--897044	14	4.4	14	73	15	56	53	3	0	42	1.16
904654--904725	37	1.9	37	85	0	99	33	11	11	44	1.75
909853--909908	29	2.0	28	86	10	78	17	17	8	55	1.67
910109--910139	13	2.5	12	94	5	53	16	32	0	51	1.44
926383--926421	16	2.4	17	80	20	55	43	0	5	51	1.24
929048--929072	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
934407--934575	89	1.9	89	83	2	223	23	34	14	27	1.94
935156--935213	24	2.4	25	82	2	64	32	12	15	39	1.84
935160--935231	37	2.0	35	89	5	108	30	12	18	38	1.87
935179--935233	13	4.4	13	69	17	53	34	12	18	34	1.89
939986--940028	15	2.7	16	92	7	70	74	0	0	25	0.82
947879--947975	40	2.4	40	94	3	167	46	15	9	28	1.77
947900--947985	40	2.2	40	91	0	136	41	17	8	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
951698--951779	28	2.9	29	83	3	103	45	4	25	24	1.73
951687--951779	28	3.3	28	80	5	100	48	5	24	21	1.71
954099--954167	34	2.0	34	81	10	79	55	0	31	13	1.38
958464--958530	22	3.0	22	100	0	134	28	17	31	22	1.97
960285--960348	32	2.0	32	87	6	94	26	10	4	57	1.52
970712--970772	10	5.6	10	81	12	59	0	16	3	80	0.84
970706--970759	15	3.7	14	83	11	65	1	16	0	81	0.78
970850--970922	24	3.0	25	72	8	69	1	32	0	65	1.01
975593--975623	15	2.1	15	100	0	62	48	0	12	38	1.42
980423--980474	22	2.4	22	90	0	77	23	15	21	40	1.91
980423--980487	22	3.0	22	79	4	69	23	12	21	43	1.86
980600--980669	22	3.2	22	79	4	70	44	27	8	20	1.80
985030--985085	14	4.4	13	76	17	55	25	1	0	73	0.93
985036--985081	23	1.9	23	86	8	65	28	2	0	69	1.00
985017--985065	15	3.1	15	83	11	71	26	2	0	71	0.97
985042--985086	23	2.0	23	91	8	74	24	0	0	75	0.80
985298--985341	10	4.4	10	80	8	54	25	2	0	72	0.96
987162--987520	37	9.8	37	87	5	478	41	19	16	22	1.90
987162--987529	182	2.0	187	89	2	566	41	19	16	23	1.90
993538--993585	16	3.2	14	77	13	51	22	0	0	77	0.78
993544--993593	16	3.3	15	79	17	59	22	0	0	78	0.76
993537--993599	13	5.0	12	75	17	56	20	0	1	77	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
998722--998755	16	2.2	15	89	5	50	32	0	0	67	0.91
1000772--1000901	60	2.2	61	81	4	149	33	10	15	41	1.80
1001096--1001160	22	2.9	23	78	13	73	29	10	24	35	1.89
1001152--1001202	23	2.2	23	85	0	66	25	7	31	35	1.85
1001229--1001288	22	2.7	22	76	0	66	53	28	1	16	1.53
1001863--1002078	107	2.0	107	100	0	432	25	16	31	27	1.97
1004473--1004541	21	3.2	21	68	2	57	53	20	7	18	1.68
1004564--1004643	22	3.6	23	78	6	76	48	26	6	18	1.71
1007542--1007590	21	2.2	23	79	17	59	24	2	0	73	0.94
1007544--1007585	10	4.1	10	80	17	50	28	0	0	71	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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