genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   

This is table  19  of  54  ( 6420 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8450001--8450355	170	2.1	170	83	3	446	39	14	9	36	1.79
8454942--8455111	84	2.0	84	98	0	331	21	17	15	46	1.84
8460591--8460668	38	2.1	38	97	0	147	26	11	21	39	1.88
8468426--8468498	37	2.0	37	89	5	112	8	47	12	31	1.70
8468884--8468929	18	2.7	18	86	6	60	76	0	15	8	1.02
8468895--8468930	17	2.1	18	89	5	56	77	0	11	11	0.99
8469114--8469191	11	7.3	11	69	16	56	53	1	1	43	1.16
8469118--8469184	20	3.3	19	72	17	55	53	1	1	43	1.19
8469408--8469578	85	2.0	86	82	7	206	37	10	8	43	1.70
8469427--8469598	86	2.0	82	80	9	186	38	11	8	42	1.70
8473824--8473881	30	1.9	30	85	0	80	34	10	8	46	1.69
8474413--8474462	24	2.1	24	88	0	73	38	20	16	26	1.92
8474363--8474520	69	2.3	69	83	5	194	33	18	19	27	1.96
8474433--8474643	45	4.7	45	80	2	235	33	20	21	24	1.97
8474413--8474508	24	4.1	23	70	20	67	36	19	18	25	1.95
8474613--8474665	24	2.2	24	89	0	79	37	22	16	22	1.94
8474987--8475036	23	2.2	23	96	3	93	50	8	30	12	1.68
8485612--8485669	30	1.9	30	92	0	98	27	5	8	58	1.49
8493765--8493801	17	2.2	17	90	0	56	35	5	0	59	1.20
8498286--8498399	37	3.2	37	67	22	107	28	14	1	55	1.49
8498261--8498403	70	2.0	70	90	2	225	27	13	3	55	1.54
8499845--8499871	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8505148--8505185	20	1.9	20	84	10	51	55	0	2	42	1.14
8505166--8505201	15	2.3	16	90	4	56	52	0	2	44	1.15
8505558--8505599	22	1.9	22	85	0	57	16	0	21	61	1.34
8507685--8507724	21	1.9	21	100	0	80	32	20	32	15	1.93
8526088--8526112	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8530128--8530204	25	3.1	26	85	10	101	54	1	0	44	1.08
8530129--8530218	23	3.9	22	78	14	92	51	3	0	45	1.18
8530632--8530675	15	3.1	15	78	18	58	47	0	0	52	1.00
8535731--8535775	23	2.0	23	86	4	65	35	4	2	57	1.31
8536627--8536700	17	4.2	17	70	13	60	78	2	1	17	0.94
8536866--8536930	34	1.9	34	96	0	121	27	23	13	35	1.93
8538441--8538491	11	4.6	11	76	13	52	76	1	1	19	0.98
8544288--8544355	33	2.1	33	97	0	127	36	14	7	41	1.74
8553003--8553047	23	2.0	23	86	0	63	53	0	4	42	1.21
8569246--8569303	29	2.0	30	89	3	91	53	5	5	36	1.46
8569814--8569851	19	2.0	19	89	0	58	60	2	0	36	1.11
8569859--8569915	29	2.0	29	83	10	73	26	5	14	54	1.61
8577246--8577340	48	2.0	48	95	0	172	22	12	24	41	1.88
8580983--8581095	54	2.1	53	91	1	181	29	15	26	29	1.96
8582184--8582316	27	4.9	26	68	9	95	42	3	8	45	1.52
8582265--8582398	34	4.6	28	71	13	90	40	5	8	45	1.58
8587860--8588183	171	1.9	168	83	6	422	48	15	18	18	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8590288--8590617	147	2.3	144	82	7	384	39	8	14	37	1.77
8591126--8591179	22	2.5	22	87	0	72	24	3	22	50	1.65
8591278--8591444	22	7.5	22	71	5	66	43	21	7	27	1.80
8591361--8591444	44	1.9	44	85	0	114	44	15	10	29	1.80
8591609--8591650	18	2.2	20	87	8	61	52	21	4	21	1.65
8593012--8593081	29	2.4	28	80	17	72	47	2	7	42	1.45
8594430--8594467	3	12.7	3	100	0	76	34	34	0	31	1.58
8621649--8621752	6	17.3	6	86	0	145	22	28	0	49	1.50
8621662--8621813	30	5.3	29	73	17	113	19	30	1	48	1.57
8625204--8625264	27	2.3	27	88	0	86	39	31	11	18	1.86
8629103--8629255	43	3.6	43	90	0	225	23	17	36	22	1.95
8629265--8629374	26	4.3	26	93	6	199	23	3	41	30	1.72
8629265--8629376	49	2.3	49	100	0	224	23	3	42	30	1.71
8629517--8629560	21	2.1	21	82	0	52	20	27	22	29	1.99
8632414--8632456	11	3.9	11	81	0	50	27	16	20	34	1.94
8636813--8636838	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8636934--8636963	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8637337--8637523	73	2.5	75	79	14	181	28	6	1	64	1.25
8637470--8637519	21	2.3	21	83	12	66	32	6	0	62	1.20
8637483--8637536	26	2.0	28	82	7	67	35	5	0	59	1.21
8641311--8641345	16	2.2	16	89	0	52	48	8	2	40	1.49
8642688--8642725	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8646391--8646472	25	3.3	24	72	12	58	43	0	2	53	1.13
8649641--8649685	21	2.1	21	83	4	54	33	13	4	48	1.62
8651364--8651413	26	1.9	26	84	8	66	30	38	4	28	1.75
8652072--8652131	24	2.5	24	84	12	72	51	0	1	46	1.10
8652091--8652138	24	2.0	24	84	11	64	52	0	4	43	1.20
8659502--8659547	23	2.0	23	91	0	74	39	8	13	39	1.75
8671617--8671669	15	3.4	16	77	15	58	45	3	7	43	1.50
8677143--8677187	23	1.9	23	86	4	63	40	13	8	37	1.76
8677155--8677200	23	2.0	23	91	0	74	39	10	13	36	1.79
8679273--8679313	21	2.0	21	90	0	64	26	0	7	65	1.18
8683249--8683310	19	3.4	18	80	8	63	27	6	0	66	1.16
8683272--8683310	17	2.3	18	82	13	55	25	7	0	66	1.18
8688030--8688054	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8689200--8689262	28	2.2	28	88	5	92	46	17	4	31	1.69
8697628--8697666	11	3.1	14	75	24	50	28	5	0	66	1.12
8697628--8697685	25	2.4	24	86	11	82	25	5	1	67	1.21
8701574--8701637	23	2.7	24	80	4	76	40	7	14	37	1.74
8702361--8702426	34	1.9	34	87	0	96	27	4	9	59	1.48
8710985--8711011	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8711659--8711699	21	1.9	22	90	5	66	68	4	0	26	1.10
8711831--8711877	20	2.3	20	88	0	67	38	12	10	38	1.78
8712086--8712127	20	2.1	20	90	0	66	45	7	4	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8712247--8712301	24	2.2	25	84	9	69	56	1	38	3	1.28
8712247--8712324	24	3.0	26	78	16	65	53	3	38	3	1.37
8714030--8714067	19	2.0	19	94	0	67	44	0	0	55	0.99
8720539--8720573	17	2.1	17	88	0	52	51	2	0	45	1.16
8730731--8730766	19	1.9	19	88	5	56	36	0	0	63	0.94
8735214--8735254	4	10.2	4	100	0	82	51	24	0	24	1.49
8735252--8735298	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
8741669--8741721	22	2.4	22	100	0	106	3	32	3	60	1.32
8742577--8742640	22	3.1	22	78	10	64	45	4	1	48	1.32
8742669--8742748	2	39.5	2	94	2	142	50	0	0	48	1.01
8747394--8747433	15	2.4	18	80	12	50	45	0	5	50	1.23
8747415--8747484	20	3.8	20	70	18	78	41	0	5	52	1.25
8747533--8747572	19	2.1	19	95	0	71	32	22	12	32	1.91
8767170--8767216	19	2.4	20	92	3	78	38	10	6	44	1.65
8767517--8767565	24	2.0	24	88	0	71	40	4	2	53	1.32
8775050--8775076	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
8795420--8795474	27	2.0	27	96	0	101	23	23	18	34	1.96
8799697--8799779	31	2.7	29	76	7	85	55	4	13	26	1.58
8800005--8800112	54	2.0	53	98	1	207	47	5	11	35	1.63
8800102--8800312	108	1.9	109	94	0	370	36	16	2	43	1.63
8803902--8803926	13	1.9	13	100	0	50	0	16	4	80	0.87
8805130--8805342	43	5.0	43	80	5	243	25	17	34	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8805127--8805339	86	2.5	86	84	4	270	25	17	34	23	1.96
8807476--8807525	21	2.4	21	96	0	91	32	12	10	46	1.74
8809989--8810025	19	1.9	19	94	0	65	29	0	27	43	1.55
8827697--8827736	19	2.1	19	90	0	62	42	20	22	15	1.88
8831659--8831711	21	2.5	21	78	3	52	26	7	3	62	1.39
8849770--8849794	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
8854075--8854151	35	2.2	35	90	0	127	42	20	19	16	1.89
8854119--8854193	26	2.9	26	97	0	141	36	24	22	17	1.95
8854473--8854542	29	2.4	28	81	9	86	20	27	8	44	1.80
8854762--8854786	13	1.9	13	100	0	50	20	32	0	48	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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