genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   

This is table  41  of  54  ( 6420 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16481128--16481304	60	2.9	59	89	3	282	24	16	34	23	1.96
16487471--16487523	11	5.2	11	80	13	51	67	0	32	0	0.91
16487470--16487592	18	7.2	17	72	18	87	65	1	32	0	1.08
16487476--16487589	29	3.6	29	68	22	84	64	1	32	0	1.09
16487476--16487589	26	4.7	24	68	16	74	64	1	32	0	1.09
16487469--16487595	69	1.9	67	95	3	227	63	2	33	0	1.12
16487468--16487612	69	2.1	67	88	2	218	60	3	35	0	1.18
16488205--16488382	59	3.0	59	86	6	243	24	16	33	25	1.96
16488205--16488382	60	3.0	59	86	6	243	24	16	33	25	1.96
16492507--16492547	19	2.2	19	90	0	64	46	0	4	48	1.23
16493863--16493892	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
16494033--16494059	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
16497424--16497630	54	3.8	54	87	1	308	20	11	40	27	1.87
16499242--16499304	21	3.0	21	77	11	65	47	14	4	33	1.65
16499344--16499376	12	2.6	13	85	9	50	39	15	6	39	1.72
16499438--16499534	21	4.6	21	73	5	88	51	12	4	31	1.58
16504503--16504661	54	2.9	54	89	0	246	26	38	13	21	1.91
16510684--16510788	54	1.9	54	88	0	156	27	39	12	20	1.89
16510893--16510919	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
16517670--16517710	21	2.1	19	86	9	55	60	9	0	29	1.28
16520989--16521144	37	4.1	37	84	11	192	25	36	9	28	1.87
16520989--16521144	78	2.1	74	84	11	201	25	36	9	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16528088--16528207	41	3.0	41	85	9	153	25	38	8	28	1.84
16528074--16528218	37	3.8	37	85	8	193	24	38	9	27	1.86
16533920--16534072	54	2.8	54	91	0	243	20	13	40	26	1.88
16540023--16540228	54	3.8	54	87	2	299	25	38	14	22	1.91
16541184--16541237	20	2.7	20	77	11	65	42	7	24	25	1.80
16555509--16555548	15	2.7	15	92	7	64	27	15	15	42	1.86
16557995--16558205	54	3.9	54	89	0	323	26	40	12	20	1.88
16562818--16562887	36	1.9	36	100	0	140	38	27	0	34	1.57
16562984--16563022	19	2.1	19	90	0	60	53	0	30	15	1.42
16563769--16563850	27	3.2	24	82	14	94	37	1	2	58	1.19
16563783--16563878	26	3.8	24	77	14	88	42	2	1	54	1.19
16564155--16564189	15	2.3	15	90	0	52	20	0	0	80	0.72
16567366--16567409	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
16567508--16567579	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
16570865--16570902	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
16577422--16577642	104	2.1	105	83	9	283	21	18	15	44	1.87
16580606--16580768	56	2.9	56	89	1	247	28	35	14	21	1.93
16581596--16581636	14	2.9	14	85	7	55	75	2	21	0	0.92
16581596--16581636	20	2.1	19	86	4	55	75	2	21	0	0.92
16590763--16590792	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
16590833--16590987	42	3.7	42	78	3	150	23	31	21	23	1.98
16593278--16593570	151	1.9	152	88	1	399	42	13	15	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16598868--16598910	19	2.2	20	83	4	52	6	16	2	74	1.14
16598866--16598912	20	2.3	21	75	10	53	8	17	2	72	1.19
16598867--16598925	30	2.0	30	83	12	77	5	20	3	71	1.20
16599707--16599788	36	2.2	36	93	2	137	21	14	34	29	1.93
16599752--16599856	52	2.0	52	92	3	176	21	15	33	29	1.94
16599831--16599945	36	3.2	35	82	8	126	24	14	33	26	1.94
16628932--16629289	31	11.5	31	85	0	473	29	14	17	38	1.89
16632546--16632839	117	2.5	118	83	2	367	23	20	27	29	1.98
16632739--16632926	87	2.2	86	88	2	270	21	19	28	30	1.97
16635699--16635764	29	2.3	28	81	2	69	27	9	19	43	1.81
16641871--16641905	16	2.2	16	94	0	61	42	2	8	45	1.49
16644682--16644901	31	7.1	31	87	1	298	37	17	16	28	1.92
16645576--16645862	47	6.1	47	82	1	322	24	29	19	26	1.98
16645579--16645861	94	3.0	93	84	3	368	24	30	19	26	1.98
16645739--16645885	23	6.3	23	72	12	111	21	31	19	27	1.98
16645598--16645857	143	1.8	143	88	1	396	23	29	20	26	1.99
16645857--16646001	58	2.5	58	84	2	166	26	33	15	25	1.95
16645970--16646014	23	2.0	23	90	0	72	24	33	13	28	1.93
16645972--16646024	23	2.3	23	83	0	61	26	33	9	30	1.88
16648440--16648465	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16648555--16648681	57	2.2	60	81	5	143	41	9	7	41	1.64
16649368--16649410	23	1.9	22	85	4	59	60	2	6	30	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16662488--16662550	2	31.0	2	93	3	108	47	1	0	50	1.10
16663305--16663344	20	2.0	20	90	0	62	37	7	37	17	1.78
16666514--16666621	35	3.1	35	87	0	153	28	9	31	30	1.88
16666654--16666680	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
16674177--16674209	16	2.1	16	88	5	50	9	3	24	63	1.38
16675852--16676069	107	2.1	106	83	3	278	33	7	14	44	1.73
16675821--16676069	35	7.1	35	79	4	245	34	7	14	44	1.73
16675871--16676090	71	3.1	70	77	5	262	34	7	15	42	1.76
16677209--16677536	180	1.8	180	89	0	512	37	13	13	35	1.84
16681803--16681846	21	2.1	21	100	0	88	47	4	22	25	1.70
16684647--16684872	35	6.4	35	81	1	245	35	7	13	42	1.74
16684805--16684863	18	3.3	18	72	13	59	32	5	13	49	1.64
16684655--16684872	107	2.1	106	83	1	276	34	7	14	43	1.74
16699773--16699805	15	2.1	16	88	5	50	42	21	6	30	1.77
16703794--16703849	21	2.7	21	91	5	87	19	23	25	32	1.98
16704114--16704324	43	4.9	43	88	3	284	23	32	17	27	1.96
16706760--16706936	93	1.9	92	100	0	345	37	23	15	22	1.93
16707026--16707091	33	2.0	33	91	5	107	36	3	27	33	1.72
16713112--16713262	22	6.8	22	78	3	115	39	24	11	25	1.88
16713132--16713188	23	2.5	23	94	0	96	31	29	12	26	1.92
16713384--16713506	60	2.0	60	89	3	185	38	19	10	31	1.86
16723887--16723956	32	2.2	32	84	0	86	30	24	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16723898--16723973	32	2.4	32	88	0	107	26	25	26	22	2.00
16730371--16730605	80	2.9	80	79	5	251	32	10	23	33	1.89
16731435--16731588	43	3.6	43	83	1	157	22	32	18	25	1.97
16731435--16731600	86	1.9	86	80	4	192	24	32	18	25	1.97
16734218--16734283	33	2.0	33	94	5	116	36	3	25	34	1.72
16738264--16738290	14	1.9	14	100	0	54	44	0	14	40	1.46
16740912--16740978	12	5.6	11	71	22	55	40	0	2	56	1.14
16740939--16740985	21	2.1	22	84	7	60	36	0	2	61	1.08
16741555--16741579	11	2.3	11	100	0	50	48	0	12	40	1.40
16741744--16741781	18	2.1	18	90	5	58	52	5	7	34	1.53
16744758--16744952	77	2.5	77	89	0	302	34	13	17	33	1.90
16746788--16746812	13	1.9	13	100	0	50	0	4	0	96	0.24
16746788--16746817	15	2.0	15	100	0	60	0	6	0	93	0.35
16751329--16751373	2	22.5	2	95	0	72	44	0	4	51	1.21
16767949--16768076	43	3.0	43	89	5	206	22	19	35	22	1.96
16768384--16768488	40	2.6	40	79	5	106	21	20	20	36	1.96
16770133--16770174	21	2.0	21	95	0	75	35	19	26	19	1.95
16775873--16775906	17	1.9	18	88	5	52	35	20	32	11	1.89
16777079--16777339	129	2.0	129	91	0	423	27	30	18	22	1.97
16778873--16778936	29	2.2	29	83	2	76	43	18	7	29	1.78
16793979--16794013	15	2.2	16	90	5	54	25	0	8	65	1.21
16795898--16796000	38	2.6	39	86	4	136	21	38	18	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16796995--16797187	69	2.8	70	85	6	216	29	31	2	37	1.71
16797032--16797221	35	5.5	35	86	3	233	29	27	3	40	1.72
16797032--16797221	69	2.7	68	80	13	217	29	27	3	40	1.72
16797334--16797429	45	2.1	45	88	3	140	13	37	3	45	1.59
16804211--16804344	28	4.6	28	77	7	124	35	12	16	35	1.87
16807201--16807307	38	2.7	40	78	5	119	24	38	14	22	1.92
16815633--16815684	23	2.3	23	76	3	61	13	28	7	50	1.69
16819624--16819653	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
16828759--16828788	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
16828906--16829008	38	2.6	40	87	3	147	22	19	37	20	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54