genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   

This is table  17  of  54  ( 6420 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7599013--7599074	25	2.5	24	80	10	72	43	6	8	41	1.60
7601854--7601880	10	2.7	10	100	0	54	11	33	0	55	1.35
7608375--7608445	22	3.3	22	67	25	69	25	11	14	49	1.76
7608372--7608459	43	2.0	43	100	0	176	22	11	13	52	1.72
7611388--7611485	34	2.9	34	85	0	133	24	13	26	35	1.92
7613991--7614022	17	1.9	16	93	6	55	31	6	0	62	1.20
7616188--7616570	37	10.3	37	80	5	398	45	19	14	19	1.85
7616188--7616573	187	2.1	186	84	5	496	46	19	14	19	1.84
7616188--7616570	74	5.2	74	84	4	450	45	19	14	19	1.85
7628322--7628378	27	2.1	27	100	0	114	29	8	15	45	1.77
7628555--7628586	17	1.9	16	93	6	55	31	6	0	62	1.20
7628648--7628827	89	2.0	88	91	3	297	28	15	5	50	1.66
7628674--7628855	89	2.1	89	88	5	262	29	13	7	50	1.68
7629646--7629708	18	3.4	18	78	6	65	22	17	0	60	1.36
7639086--7639117	14	2.3	14	94	0	55	46	0	0	53	1.00
7639806--7641497	176	9.6	173	82	4	1882	38	13	17	30	1.88
7639806--7641497	351	4.8	351	87	2	2193	38	13	17	30	1.88
7641862--7642111	111	2.3	110	91	5	413	33	14	17	34	1.90
7643384--7643414	14	2.2	14	94	0	53	45	0	3	51	1.17
7644251--7644625	176	2.1	176	82	3	452	40	14	15	30	1.87
7644515--7644749	124	1.9	124	82	5	296	36	15	17	30	1.91
7644354--7644922	300	1.9	300	87	1	845	39	14	15	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7644623--7645426	176	4.6	173	80	5	864	39	13	16	30	1.87
7644624--7645425	352	2.3	352	86	3	1094	39	13	15	30	1.87
7648710--7648749	20	2.0	21	95	5	73	52	17	5	25	1.64
7650997--7651150	82	1.9	82	97	0	290	19	16	25	38	1.92
7656588--7656626	11	3.7	10	83	10	51	12	2	2	82	0.89
7658571--7658604	14	2.4	14	90	5	50	0	20	0	79	0.73
7658566--7658623	17	3.2	19	80	14	68	1	20	0	77	0.86
7658585--7658629	20	2.2	20	88	4	63	2	15	0	82	0.77
7658586--7658624	11	3.8	10	81	18	53	0	17	0	82	0.68
7658571--7658629	18	3.4	16	80	15	64	1	18	0	79	0.81
7686784--7686838	16	3.6	16	78	9	53	78	0	0	21	0.76
7686800--7686850	21	2.4	22	83	9	61	78	0	1	19	0.85
7686785--7686850	26	2.7	24	84	11	80	78	0	1	19	0.82
7687395--7687435	10	4.0	10	83	3	55	58	2	39	0	1.11
7687398--7687446	20	2.5	20	86	6	64	65	2	32	0	1.04
7692986--7693018	11	3.1	11	86	8	50	75	3	21	0	0.93
7693448--7693483	16	2.2	16	90	0	54	83	0	16	0	0.65
7693706--7693753	20	2.5	20	93	3	80	52	10	22	14	1.72
7694992--7695455	61	7.6	61	86	3	596	30	18	19	31	1.96
7695413--7695688	61	4.5	60	85	4	320	34	18	17	29	1.94
7694992--7695639	122	5.3	123	81	5	619	31	18	18	31	1.96
7695017--7695691	31	22.1	31	71	12	223	31	18	18	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7695765--7696091	120	2.7	120	84	5	408	31	19	12	36	1.89
7696290--7696322	3	11.7	3	87	12	52	66	0	0	33	0.92
7696514--7696556	5	8.4	5	80	14	52	74	2	0	23	0.93
7698133--7698186	19	2.7	20	77	13	58	74	1	1	22	1.02
7701684--7701798	38	3.0	39	88	7	164	26	34	16	22	1.95
7707069--7708405	176	7.6	175	83	2	1531	38	13	17	30	1.88
7707155--7708396	526	2.3	526	83	3	1535	39	13	16	30	1.88
7711033--7711406	176	2.1	176	85	2	493	39	13	15	30	1.86
7711296--7711530	124	1.9	124	85	1	328	36	15	17	31	1.90
7712106--7712134	14	2.1	14	100	0	58	37	6	13	41	1.72
7714304--7714425	62	2.0	61	90	1	190	34	22	20	22	1.97
7719071--7719116	2	24.0	2	91	8	78	50	0	0	50	1.00
7719192--7719881	354	1.9	354	85	5	955	36	16	14	32	1.89
7724619--7724676	14	4.3	14	72	12	50	29	3	0	67	1.07
7725141--7725176	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
7725198--7725244	24	2.0	22	84	8	58	23	10	0	65	1.23
7732727--7732764	10	3.5	11	82	13	51	2	15	2	78	0.97
7732964--7733024	9	6.3	9	75	14	59	81	0	18	0	0.68
7732962--7733025	13	4.9	12	76	12	56	81	0	18	0	0.70
7732970--7733022	7	6.9	7	84	16	61	81	0	18	0	0.70
7733139--7733191	23	2.3	23	80	3	61	16	26	18	37	1.93
7733218--7733382	89	1.9	89	88	0	249	30	24	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7737209--7737631	127	3.4	125	77	9	414	32	14	11	41	1.81
7742841--7742897	22	2.6	22	97	0	105	21	22	8	47	1.78
7748347--7748433	43	2.0	44	86	6	124	41	20	12	25	1.88
7748348--7748440	44	2.1	44	84	7	118	43	19	12	24	1.86
7753152--7753246	49	1.9	49	83	8	122	42	14	12	30	1.83
7759802--7759840	2	19.5	2	89	10	62	48	0	2	48	1.15
7766274--7766316	15	2.9	15	85	0	59	51	13	16	18	1.77
7775506--7775539	15	2.4	14	90	5	50	20	17	44	17	1.87
7778291--7778324	17	1.9	18	88	5	52	52	0	2	44	1.16
7787218--7787292	37	2.0	37	89	0	114	24	34	16	25	1.95
7800642--7800711	32	2.2	32	100	0	140	21	21	5	51	1.68
7808024--7808068	23	2.0	23	83	16	58	55	4	0	40	1.20
7808797--7808821	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
7826490--7826563	35	2.1	35	85	7	96	35	14	10	39	1.82
7832463--7832538	38	2.0	38	97	0	143	48	19	10	21	1.78
7842751--7842778	13	2.2	13	100	0	56	21	0	7	71	1.09
7842757--7842798	19	2.2	20	83	8	52	33	0	7	59	1.25
7844851--7844919	30	2.3	30	78	12	70	34	4	4	56	1.39
7845938--7846010	30	2.5	29	81	2	83	39	1	2	56	1.22
7845942--7846006	29	2.2	28	78	7	67	36	1	3	58	1.23
7846120--7846171	20	2.7	18	81	18	61	34	17	5	42	1.73
7853150--7853176	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7870994--7871031	15	2.5	15	91	4	58	57	0	0	42	0.98
7879170--7879229	26	2.3	26	80	2	68	28	6	16	48	1.71
7879898--7879939	18	2.3	18	84	8	50	28	21	2	47	1.63
7880923--7880951	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
7881363--7881402	20	2.0	20	85	9	55	20	2	20	57	1.52
7883678--7883710	15	2.2	15	94	0	57	36	15	12	36	1.84
7883744--7883828	26	3.4	26	74	12	97	37	22	15	24	1.93
7883730--7883828	48	2.1	48	92	0	162	39	22	14	24	1.91
7883700--7883804	22	4.6	22	79	9	102	39	23	14	22	1.91
7891020--7891051	12	2.6	13	85	14	50	50	0	0	50	1.00
7891038--7891082	17	2.6	17	96	0	81	46	0	0	53	1.00
7891020--7891089	27	2.8	25	78	16	72	47	0	0	52	1.00
7893990--7894084	2	46.0	2	89	6	145	47	1	2	48	1.20
7906093--7906154	33	1.9	32	87	9	90	43	3	20	32	1.68
7909687--7909790	44	2.4	44	95	0	181	26	14	10	48	1.76
7915409--7915662	54	4.6	54	83	7	305	20	12	40	26	1.87
7915455--7915542	29	3.2	28	64	18	67	17	14	42	26	1.87
7917913--7917938	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7924294--7924348	2	27.5	2	96	0	101	50	1	0	47	1.11
7926592--7926708	29	4.0	29	77	2	92	14	23	9	52	1.70
7928627--7928660	18	1.9	18	88	5	52	35	20	0	44	1.52
7942030--7942154	58	2.2	58	97	2	236	24	11	18	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7944067--7944154	39	2.3	39	88	7	126	34	22	21	21	1.97
7944500--7944631	43	3.1	43	80	2	140	21	36	17	24	1.95
7946624--7946874	126	2.0	126	100	0	502	35	8	25	30	1.86
7949216--7949260	22	2.0	22	83	8	56	11	13	6	68	1.37
7959664--7959716	14	3.6	14	75	7	52	22	0	9	67	1.19
7969403--7969427	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7970185--7970240	27	2.1	27	86	6	78	26	16	0	57	1.39
7987691--7987754	28	2.2	29	83	2	76	46	20	4	28	1.70
7990296--7990371	38	2.0	38	100	0	152	26	18	15	39	1.91
7999650--7999677	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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