genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   

This is table  52  of  54  ( 6420 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20558700--20558819	57	2.1	58	92	1	197	32	8	18	40	1.80
20559942--20560000	21	2.9	21	92	5	95	25	8	20	45	1.79
20561571--20561616	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
20563431--20563455	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
20567461--20567511	14	3.7	13	76	21	50	74	0	23	1	0.92
20570407--20570451	20	2.4	19	82	10	56	64	13	2	20	1.38
20576846--20576878	14	2.4	14	100	0	66	57	6	0	36	1.23
20577957--20577996	20	2.0	20	85	5	53	72	5	2	20	1.15
20577968--20578010	20	2.2	20	86	0	59	67	6	2	23	1.27
20580264--20580288	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20581460--20581510	15	3.4	14	86	5	66	31	3	15	49	1.63
20584612--20584636	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
20588458--20588563	53	2.0	53	94	0	185	22	31	17	28	1.97
20605894--20605929	2	18.5	2	88	5	56	0	44	0	55	0.99
20612210--20612432	57	3.9	57	84	3	281	33	21	11	32	1.90
20612688--20613755	548	1.9	548	85	1	1442	32	14	20	32	1.93
20620447--20620515	30	2.3	30	85	5	95	33	15	28	21	1.95
20623050--20623076	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
20623279--20623372	34	2.8	34	85	0	98	15	12	32	38	1.86
20623292--20623372	34	2.4	34	91	0	144	16	12	32	39	1.85
20623685--20623718	16	2.1	16	88	5	50	76	0	23	0	0.79
20623689--20623736	11	4.1	11	81	8	51	81	0	18	0	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20627560--20627608	20	2.5	20	82	0	53	22	2	8	67	1.28
20627579--20627618	20	2.0	20	85	5	53	20	2	5	72	1.15
20631069--20631120	24	2.2	24	100	0	104	28	25	23	23	1.99
20637398--20637423	11	2.4	11	100	0	52	76	7	0	15	0.99
20642803--20642840	2	19.0	2	88	0	58	47	0	5	47	1.24
20650330--20650408	39	2.0	39	97	0	149	26	24	12	36	1.91
20651657--20651686	15	1.9	16	93	6	53	20	0	6	73	1.05
20653151--20653193	15	3.1	14	77	9	52	2	20	0	76	0.89
20653143--20653199	25	2.2	27	84	9	75	3	17	0	78	0.88
20654488--20654560	24	3.0	22	72	20	56	69	1	27	1	1.04
20654513--20654554	15	2.9	14	83	13	50	78	2	19	0	0.86
20654513--20654554	12	3.2	13	83	16	52	78	2	19	0	0.86
20654524--20654775	70	3.6	69	84	6	303	55	4	36	3	1.35
20655101--20655134	2	17.5	2	87	6	52	52	0	0	47	1.00
20655501--20655739	60	4.0	60	84	1	302	27	17	30	25	1.97
20655501--20655739	120	2.0	119	87	2	345	27	17	30	25	1.97
20661753--20661798	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
20667639--20667683	24	2.0	23	82	8	56	62	2	4	31	1.27
20667768--20667814	19	2.6	18	75	24	53	70	2	27	0	0.99
20667907--20667962	12	4.6	12	77	16	53	71	1	26	0	0.96
20667988--20668043	8	7.7	7	76	13	51	73	0	26	0	0.84
20667990--20668042	10	5.1	11	84	15	53	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20668131--20668181	16	2.8	19	77	22	72	64	0	35	0	0.94
20668520--20668559	2	20.5	2	84	5	55	50	2	0	47	1.14
20668927--20669164	60	4.0	59	85	5	300	26	17	31	24	1.97
20668927--20669164	119	2.0	119	83	4	302	26	17	31	24	1.97
20697389--20697413	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
20700249--20700391	1	143.0	1	95	0	250	97	0	0	2	0.21
20702024--20702076	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
20702121--20702166	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
20703938--20704126	71	2.7	71	88	1	263	43	18	16	21	1.88
20704752--20704878	50	2.5	52	82	7	154	29	13	23	33	1.93
20704792--20704898	50	2.1	50	81	10	121	36	12	19	31	1.89
20715339--20715463	28	4.5	28	80	5	128	35	9	15	40	1.80
20715345--20715466	56	2.2	56	80	2	147	35	11	13	39	1.81
20715345--20715492	56	2.7	56	77	8	128	35	11	14	38	1.82
20716082--20716132	20	2.5	20	80	0	57	41	17	3	37	1.68
20720068--20720112	14	3.1	14	83	6	54	66	8	0	24	1.20
20725494--20725518	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
20740221--20740245	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
20749590--20749678	35	2.5	35	79	0	97	28	20	23	28	1.99
20751160--20751322	76	2.1	77	87	1	229	41	11	7	39	1.68
20757045--20757081	19	1.9	19	94	0	65	35	10	35	18	1.86
20761796--20761959	77	2.1	77	88	0	238	40	13	7	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20765461--20765496	14	2.7	13	91	4	54	75	0	25	0	0.81
20765853--20765899	20	2.3	21	88	7	78	63	0	36	0	0.94
20765983--20766012	8	3.8	8	95	0	51	26	13	36	23	1.92
20766570--20766866	60	5.0	60	86	0	346	26	17	29	25	1.97
20769811--20769847	18	2.1	18	100	0	74	45	10	21	21	1.82
20782970--20783012	2	22.5	2	90	9	72	51	0	0	48	1.00
20783674--20783904	60	3.9	60	85	3	272	25	16	30	27	1.97
20786015--20786369	178	2.0	177	98	0	674	32	6	16	43	1.73
20787694--20787953	68	3.8	68	78	4	240	35	11	18	34	1.87
20798302--20798361	28	2.1	30	84	6	79	40	18	6	35	1.77
20800669--20800703	16	2.2	16	89	0	52	48	8	2	40	1.49
20812640--20812705	28	2.3	29	86	2	89	42	19	9	28	1.82
20821458--20821519	26	2.4	26	91	0	97	24	1	40	33	1.65
20821458--20821529	26	2.9	24	80	16	76	23	1	40	34	1.64
20824888--20824938	22	2.3	22	89	0	84	35	21	11	31	1.90
20830795--20830842	25	1.9	25	95	0	87	39	16	22	20	1.92
20834296--20834325	14	2.1	15	93	6	53	50	20	13	16	1.78
20844974--20845100	61	2.1	61	92	1	211	32	9	18	39	1.83
20845238--20845364	22	5.8	22	85	3	148	24	12	19	43	1.86
20845202--20845361	66	2.4	66	80	4	178	23	12	20	43	1.85
20845372--20845425	22	2.4	23	84	3	74	20	11	31	37	1.88
20845531--20845615	22	3.9	22	78	3	82	47	22	5	24	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20865647--20865708	30	2.1	30	82	8	74	32	8	3	56	1.44
20866189--20866244	29	2.0	27	82	6	67	50	7	5	37	1.53
20877859--20878155	60	4.9	59	82	4	321	25	31	17	25	1.97
20877904--20878158	120	2.1	121	86	3	361	25	31	15	27	1.96
20878606--20878647	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
20878775--20878811	18	2.1	18	89	0	56	5	21	0	72	1.04
20878972--20879026	20	2.6	23	86	11	73	0	36	0	63	0.95
20879048--20879105	18	3.3	18	88	7	75	0	41	0	58	0.98
20880891--20880967	17	4.6	17	66	18	54	74	0	24	1	0.90
20880900--20880959	26	2.3	26	77	8	70	75	0	23	1	0.90
20881037--20881259	67	3.3	67	84	3	286	60	3	32	3	1.31
20881857--20882034	61	2.9	61	88	2	252	27	19	31	21	1.97
20895659--20895784	60	2.1	61	85	2	166	26	10	23	39	1.86
20895908--20896014	22	4.9	22	79	2	72	21	8	25	44	1.80
20896001--20896054	23	2.4	22	87	6	81	18	11	33	37	1.86
20896006--20896078	23	3.2	23	82	7	78	20	10	31	36	1.87
20916296--20916356	22	2.8	21	82	7	68	24	8	22	44	1.80
20918698--20919054	176	2.0	176	91	0	579	33	19	17	29	1.95
20920207--20920246	21	1.9	21	84	0	53	35	2	0	62	1.09
20930670--20930770	42	2.4	42	84	0	130	23	31	21	22	1.98
20931585--20931649	23	2.8	23	90	0	103	41	7	36	13	1.74
20933333--20933438	38	2.7	40	75	13	105	22	14	38	24	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20941250--20941349	19	5.1	19	63	10	58	20	16	42	22	1.89
20941246--20941352	38	2.7	38	85	7	135	19	14	42	23	1.89
20942014--20942078	22	3.0	22	77	4	69	26	26	20	27	1.99
20945537--20945797	72	3.6	71	86	5	328	37	20	20	21	1.94
20946237--20946342	32	3.2	32	78	12	133	24	14	27	33	1.94
20946194--20946342	67	2.2	67	89	2	228	24	13	26	35	1.92
20946214--20946363	32	4.5	33	75	15	130	26	14	25	34	1.94
20946194--20946369	67	2.6	65	82	10	221	26	13	25	35	1.92
20948697--20948744	2	25.5	2	83	12	66	50	0	0	50	1.00
20951704--20951812	37	2.9	37	89	2	148	30	11	35	22	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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