genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   

This is table  4  of  54  ( 6420 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1634915--1635015	34	3.0	34	86	2	132	45	11	25	16	1.82
1635908--1635944	14	2.6	15	83	12	51	64	0	0	35	0.94
1645132--1645187	2	28.0	2	96	0	103	50	1	0	48	1.11
1654627--1654676	24	2.1	23	82	17	59	78	4	6	12	1.08
1658689--1658813	61	2.0	61	95	0	223	32	18	20	28	1.96
1666664--1666694	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
1667422--1667462	21	1.9	22	85	5	57	48	2	0	48	1.14
1671359--1671412	24	2.4	22	79	14	56	53	0	0	46	1.00
1674384--1674429	20	2.2	22	84	7	60	30	2	10	56	1.46
1698329--1698848	197	2.6	200	89	2	762	30	20	13	36	1.90
1698789--1698912	32	3.8	32	86	4	160	33	22	9	34	1.87
1704425--1704450	6	4.3	6	100	0	52	15	19	0	65	1.27
1710194--1710232	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
1710347--1710815	178	2.7	173	82	6	500	31	13	10	44	1.77
1710868--1710896	13	2.3	13	94	5	51	0	20	0	79	0.74
1716523--1717399	218	4.1	216	87	3	1125	24	7	22	45	1.77
1716523--1717399	434	2.0	427	85	5	1158	24	7	22	45	1.77
1720097--1720145	23	2.1	23	100	0	98	30	12	22	34	1.91
1725616--1725686	2	35.0	2	90	2	79	46	7	0	45	1.30
1730051--1730088	15	2.5	15	86	0	58	55	13	5	26	1.59
1738895--1738999	53	2.0	53	96	0	192	41	11	12	34	1.79
1739661--1739694	14	2.4	14	95	0	59	38	8	26	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1740249--1740328	30	2.7	30	76	0	79	25	56	13	5	1.58
1740314--1740373	18	3.3	18	69	0	57	23	60	5	11	1.51
1740301--1740391	36	2.5	36	82	3	103	20	58	7	13	1.60
1740381--1740436	24	2.3	24	81	0	58	25	58	7	8	1.53
1740456--1740503	24	2.0	24	84	8	62	25	58	6	10	1.54
1740529--1740575	18	2.6	18	89	0	76	21	61	0	17	1.34
1751234--1751292	31	1.9	31	92	0	100	35	1	1	61	1.16
1751474--1751552	22	3.7	21	72	13	63	53	0	0	46	1.00
1751490--1751540	25	2.0	26	85	11	70	45	0	0	54	0.99
1751474--1751550	21	3.6	21	77	10	68	53	0	0	46	1.00
1751510--1751543	17	2.0	17	88	11	52	50	0	0	50	1.00
1762985--1763139	77	2.0	80	88	3	235	34	18	15	31	1.92
1763697--1763788	2	46.5	2	78	14	93	45	3	2	47	1.31
1767029--1767255	87	2.7	83	80	8	267	38	10	14	37	1.79
1773999--1774165	64	2.6	64	80	0	190	30	18	11	38	1.87
1778746--1778782	19	1.9	20	88	5	58	62	10	13	13	1.55
1780208--1780251	14	3.1	14	78	15	54	50	0	0	50	1.00
1783365--1783442	20	3.8	20	79	3	75	20	29	0	50	1.49
1783371--1783441	22	3.3	22	82	7	76	19	29	0	50	1.48
1784775--1784840	20	3.2	20	74	16	64	54	0	0	45	0.99
1784803--1784898	42	2.3	42	85	7	140	54	2	3	40	1.28
1784894--1784952	27	2.3	27	85	5	86	55	1	0	42	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1790561--1790589	12	2.3	13	94	5	51	34	0	3	62	1.12
1796416--1796531	47	2.4	47	84	4	144	18	31	13	35	1.91
1796952--1796995	23	2.0	21	82	8	52	59	2	2	36	1.23
1797694--1797759	30	2.2	30	86	0	87	36	15	31	16	1.90
1804331--1804397	22	3.0	23	77	16	77	28	2	0	68	1.04
1804324--1804408	33	2.6	33	83	3	91	29	2	0	68	1.02
1804327--1804421	14	7.3	13	67	12	52	27	3	0	69	1.03
1808041--1808065	7	3.6	7	100	0	50	48	0	24	28	1.52
1808740--1808809	28	2.5	28	75	13	72	28	0	5	65	1.15
1809964--1810059	30	3.2	30	73	17	92	39	11	6	42	1.66
1809984--1810060	30	2.6	30	83	6	95	42	12	2	41	1.57
1813763--1813800	2	19.5	2	83	5	51	50	44	2	2	1.30
1820484--1820508	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1827978--1828002	11	2.3	11	100	0	50	20	8	12	60	1.57
1830525--1830551	7	3.9	7	100	0	54	29	14	0	55	1.40
1831337--1831395	19	3.3	19	75	22	72	42	5	5	47	1.47
1833073--1833166	27	3.6	26	79	13	95	46	1	2	50	1.20
1833708--1833801	49	1.9	49	93	0	161	50	5	4	40	1.45
1835984--1836317	177	1.9	177	95	0	605	30	11	22	35	1.89
1838205--1838237	15	2.2	15	89	10	50	27	45	0	27	1.54
1849690--1849754	29	2.2	29	88	0	94	26	10	24	38	1.88
1849785--1849823	21	1.9	21	94	5	71	30	25	10	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1854173--1854215	20	2.1	20	86	4	59	30	20	6	41	1.79
1856048--1856079	5	6.2	5	96	3	55	3	18	0	78	0.89
1864851--1864963	59	1.9	57	84	7	147	38	4	14	42	1.65
1865118--1865189	21	3.4	21	79	7	83	19	15	27	37	1.92
1865369--1865431	22	2.9	22	97	0	117	44	22	6	26	1.76
1867687--1867845	60	2.7	59	82	5	187	25	30	17	26	1.97
1867687--1867866	60	3.0	59	79	6	186	24	30	17	27	1.97
1868734--1868791	8	7.4	8	74	16	50	1	27	0	70	0.97
1868741--1868780	15	2.6	16	88	4	55	0	27	0	72	0.85
1868745--1868791	24	1.9	25	83	12	62	2	25	0	72	0.96
1874122--1874177	13	4.4	12	77	18	60	23	0	0	76	0.78
1874695--1874735	15	2.8	15	79	17	50	24	0	2	73	0.96
1874696--1874754	29	1.9	32	83	10	79	27	0	3	69	1.04
1875353--1875549	60	3.1	60	77	14	207	9	43	13	33	1.76
1875410--1875544	70	1.9	70	84	3	182	10	43	12	33	1.77
1876340--1876417	22	3.6	22	77	3	95	23	15	23	38	1.92
1876339--1876459	21	5.7	21	73	6	93	22	14	25	37	1.93
1876335--1876428	43	2.2	43	94	0	161	22	14	24	38	1.92
1876448--1876525	22	3.5	22	82	5	68	23	11	28	37	1.89
1876469--1876526	22	2.6	22	83	2	71	22	12	27	37	1.89
1878403--1878579	60	3.0	59	86	3	230	25	31	16	25	1.97
1891050--1891120	29	2.4	29	88	4	99	32	18	12	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1893911--1894024	58	2.0	57	91	1	183	33	12	14	40	1.83
1900226--1900264	20	2.0	20	100	0	78	33	10	25	30	1.89
1902030--1902233	105	2.1	98	83	14	251	29	12	29	28	1.93
1902058--1902260	105	1.9	105	87	5	295	29	13	29	27	1.94
1902443--1902653	99	2.1	99	95	0	377	24	17	25	32	1.97
1903238--1903316	39	2.0	39	92	0	131	36	11	27	24	1.90
1909530--1910034	188	2.7	184	81	7	608	44	20	12	23	1.85
1914376--1914539	81	2.0	81	97	0	310	17	23	20	38	1.93
1929189--1929246	23	2.5	23	72	10	57	48	3	0	48	1.18
1932995--1933053	29	2.1	28	82	14	70	62	6	5	25	1.41
1934647--1934695	24	2.0	25	88	11	75	44	12	2	40	1.53
1934726--1934814	35	2.5	36	87	3	126	58	21	4	15	1.55
1974680--1974736	22	2.5	22	80	8	62	56	1	1	40	1.20
1983682--1983752	35	2.0	35	81	10	81	39	18	9	32	1.83
1988475--1988533	28	2.1	28	96	0	109	44	8	6	40	1.61
1996552--1996580	13	2.1	14	93	6	51	20	0	6	72	1.07
2002967--2003023	29	2.0	29	85	0	78	47	10	14	28	1.76
2005114--2005166	10	4.9	10	74	17	52	28	20	1	49	1.60
2010823--2010929	30	3.6	30	78	6	119	55	1	4	38	1.32
2013721--2013773	22	2.6	21	76	8	56	41	3	7	47	1.50
2030329--2030371	17	2.6	16	82	10	50	34	11	6	46	1.67
2039727--2039764	12	3.2	12	92	3	60	92	0	5	2	0.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2039727--2039758	15	2.1	15	94	0	55	93	0	3	3	0.40
2058171--2058221	25	2.0	25	88	0	75	11	5	19	62	1.49
2076495--2076552	21	2.8	21	89	0	89	36	12	24	27	1.91
2079733--2079758	12	2.2	12	100	0	52	38	7	30	23	1.83
2100322--2100371	17	3.0	16	77	11	55	32	2	0	66	1.03
2108303--2108543	127	1.9	128	85	4	335	33	12	7	46	1.70
2108845--2108892	16	3.0	16	75	0	60	60	0	0	39	0.97
2112527--2112845	55	5.9	55	77	5	186	42	30	13	13	1.83
2112674--2112852	55	3.3	55	83	3	200	42	29	14	13	1.84
2123762--2123798	2	18.5	2	88	0	56	48	2	2	45	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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