genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14832443--14832517	25	3.0	25	84	3	80	20	13	37	29	1.90
14832981--14833025	17	2.6	17	76	13	56	33	4	4	57	1.38
14839609--14839988	43	8.9	43	81	4	394	23	32	16	27	1.96
14839605--14839996	84	4.6	86	84	1	450	23	32	16	27	1.96
14839605--14839996	127	3.1	128	83	2	459	23	32	16	27	1.96
14841501--14841889	80	4.9	80	90	1	550	34	22	9	33	1.86
14843279--14843320	15	2.9	15	89	3	59	73	2	0	23	0.94
14843281--14843393	53	2.1	52	80	6	120	69	1	2	26	1.12
14843278--14843441	13	11.7	13	66	19	64	69	1	1	27	1.06
14843382--14843441	14	4.4	14	74	16	63	71	0	0	28	0.86
14843386--14843455	26	2.8	26	74	24	69	70	0	1	28	0.96
14843672--14843737	15	4.3	15	84	9	89	31	18	10	39	1.85
14845907--14846025	62	1.9	62	84	3	159	32	21	22	22	1.98
14846220--14846359	36	3.6	39	75	13	130	22	36	19	22	1.95
14846467--14846500	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
14858121--14858187	35	1.9	35	81	6	82	34	7	22	35	1.82
14870145--14870216	35	2.1	35	91	0	117	23	13	23	38	1.91
14877042--14877194	28	5.3	28	80	10	166	41	8	11	37	1.72
14877042--14877206	59	2.9	56	78	8	188	41	8	10	39	1.71
14879907--14879943	9	4.2	9	80	19	51	18	2	0	78	0.87
14879907--14879943	13	2.8	13	84	15	58	18	2	0	78	0.87
14890656--14890680	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14897977--14898050	36	2.1	36	84	5	96	28	37	16	17	1.91
14902841--14902976	31	4.4	30	86	1	164	30	13	25	30	1.93
14902841--14902980	62	2.2	62	85	1	181	31	12	25	30	1.93
14902895--14903321	84	5.0	84	82	4	401	34	10	22	31	1.89
14903063--14903133	31	2.3	31	92	4	117	38	12	16	32	1.87
14903125--14903168	22	2.0	22	86	0	61	27	11	34	27	1.91
14902895--14903321	168	2.5	167	82	3	460	34	10	22	31	1.89
14903147--14903230	31	2.7	31	69	0	87	36	13	21	28	1.91
14903814--14903851	17	2.2	17	90	0	58	36	13	21	28	1.91
14913366--14913392	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
14913729--14913770	22	1.9	22	95	0	75	19	19	33	28	1.96
14915135--14915189	18	3.2	17	90	10	69	18	29	7	45	1.76
14915149--14915189	18	2.3	18	100	0	82	17	29	9	43	1.80
14917736--14917806	30	2.4	30	100	0	142	30	14	26	28	1.95
14927336--14927373	8	4.9	8	83	6	51	84	0	15	0	0.63
14927336--14927370	15	2.2	16	95	5	63	85	0	14	0	0.59
14932325--14932358	15	2.4	14	90	9	52	61	2	0	35	1.11
14938080--14938594	47	11.0	47	89	2	766	46	11	5	36	1.63
14939066--14939376	155	2.0	155	96	2	563	42	17	12	27	1.85
14939726--14939794	15	4.7	15	68	13	54	55	4	4	36	1.40
14943875--14943922	24	2.0	24	100	0	96	25	8	16	50	1.73
14943879--14943934	24	2.5	23	88	11	82	25	7	12	55	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14944974--14945103	42	3.1	42	82	5	147	26	20	30	21	1.98
14952563--14952703	42	3.4	42	84	3	160	26	25	29	19	1.98
14962474--14962508	16	2.2	16	89	0	52	48	8	2	40	1.49
14963743--14963780	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
14965075--14965213	72	1.9	72	83	2	181	25	10	35	28	1.88
14966990--14967339	174	2.0	174	99	0	691	44	23	7	24	1.79
14971108--14971132	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
14974801--14974851	25	2.0	25	92	0	84	56	1	3	37	1.29
14977481--14977583	42	2.4	44	80	11	131	15	33	19	32	1.93
14978025--14978143	23	5.3	23	73	11	102	5	14	6	73	1.23
14978034--14978117	43	1.9	44	85	7	118	5	14	7	72	1.25
14986967--14987021	22	2.5	22	84	0	74	56	3	34	5	1.40
14986892--14987024	56	2.4	56	79	6	130	53	6	38	2	1.38
14987009--14987100	48	2.0	46	85	14	127	64	1	32	2	1.13
14998336--14998471	66	2.1	66	95	0	245	35	25	8	29	1.86
14998560--14998595	18	1.9	19	88	5	56	55	5	2	36	1.38
14999699--14999752	28	2.0	28	88	3	83	29	22	18	29	1.97
15000535--15000619	43	2.0	43	97	0	161	22	17	35	24	1.95
15003062--15003102	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
15015536--15015576	3	13.7	3	89	0	55	4	36	0	58	1.20
15030135--15030180	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
15030140--15030180	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15034877--15034922	24	1.9	24	86	0	65	32	19	28	19	1.96
15036814--15036955	28	4.9	28	80	6	149	38	8	14	38	1.77
15036814--15036978	59	2.8	58	80	6	190	37	7	13	41	1.73
15037130--15037162	17	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
15039529--15039727	28	7.0	28	84	6	220	40	8	11	39	1.72
15039532--15039720	57	3.3	56	85	5	218	39	8	11	41	1.71
15039591--15039701	29	3.8	31	77	9	101	41	7	10	40	1.68
15039936--15040270	166	2.0	165	95	1	609	36	8	14	40	1.76
15043957--15044138	72	2.5	72	81	3	179	43	19	17	19	1.88
15048007--15048185	62	2.9	61	94	2	304	39	5	11	44	1.62
15054552--15054647	2	47.5	2	82	6	113	47	5	2	43	1.37
15054540--15054626	43	2.0	42	93	4	156	45	6	4	41	1.51
15065159--15065198	20	2.0	21	85	5	55	42	15	10	32	1.79
15066377--15066836	244	1.9	242	83	5	597	48	6	11	32	1.66
15072582--15073083	213	2.3	216	81	10	551	39	11	13	36	1.80
15073235--15073285	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
15074012--15075516	762	2.0	757	92	0	2524	33	14	20	31	1.93
15076012--15076082	36	2.0	36	100	0	142	36	12	14	36	1.84
15080828--15080907	35	2.3	35	100	0	160	30	10	30	30	1.90
15080828--15080939	35	3.2	35	88	5	129	29	12	28	29	1.93
15101054--15101206	35	4.4	35	89	0	207	28	11	32	28	1.91
15110970--15111026	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15116455--15116511	30	1.9	30	85	7	80	38	7	12	42	1.70
15121149--15121178	16	1.9	15	93	6	51	13	3	6	76	1.11
15122511--15122617	37	3.1	37	62	29	88	36	9	18	35	1.83
15122381--15122712	68	4.9	67	80	4	303	36	11	19	33	1.87
15122835--15122924	31	2.9	31	84	0	117	26	18	28	25	1.98
15122834--15122936	31	3.3	31	83	0	98	26	19	30	24	1.98
15128676--15128833	70	2.4	66	81	14	182	29	15	23	32	1.95
15129749--15129791	20	2.1	21	86	4	61	48	9	9	32	1.67
15130911--15131702	254	3.1	248	80	6	794	49	5	10	33	1.62
15136008--15136560	214	2.6	211	80	6	602	40	11	13	34	1.80
15142148--15142199	15	3.5	15	75	17	54	73	1	1	23	1.04
15146243--15146399	53	2.9	54	91	1	253	24	42	13	20	1.88
15146243--15146403	54	3.0	54	91	1	261	24	40	14	20	1.89
15153632--15153786	54	2.9	53	90	1	229	23	41	12	22	1.87
15153632--15153786	53	2.9	54	89	1	231	23	41	12	22	1.87
15153760--15153903	40	3.6	40	84	6	186	22	35	18	23	1.96
15165255--15165311	30	1.9	30	85	0	78	40	8	10	40	1.71
15165647--15165695	24	2.1	23	85	11	64	44	0	2	53	1.12
15165647--15165695	23	2.1	24	85	11	66	44	0	2	53	1.12
15168109--15168372	68	3.9	68	81	4	289	34	10	19	35	1.86
15172417--15172742	68	4.8	68	79	4	313	34	10	20	34	1.87
15172878--15172945	31	2.2	31	83	0	82	27	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15172889--15172947	31	1.9	31	89	0	91	23	20	28	27	1.99
15178338--15178382	22	2.1	21	87	4	63	15	31	8	44	1.77
15178577--15178617	2	20.5	2	94	0	73	53	0	46	0	1.00
15179288--15179390	38	2.6	39	81	6	111	23	15	36	24	1.93
15179592--15179753	62	2.6	61	82	2	198	22	25	20	31	1.98
15179633--15179677	22	2.1	22	83	4	56	22	26	22	28	1.99
15181412--15181452	19	2.2	19	86	0	55	31	29	19	19	1.96
15189771--15189976	54	3.8	54	85	5	290	22	14	36	26	1.92
15189878--15189967	32	3.1	31	66	29	81	21	16	36	25	1.94
15191442--15191507	23	2.9	23	86	0	87	28	12	36	22	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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