genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20951995--20952045	21	2.4	21	90	0	75	33	23	19	23	1.97
20963662--20963686	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
20975437--20975462	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
20979498--20979558	2	30.5	2	96	0	113	0	49	1	49	1.10
20980281--20980323	2	21.5	2	90	0	68	46	0	2	51	1.13
20988970--20989121	54	2.8	54	95	0	277	19	13	42	24	1.87
20999864--20999956	39	2.3	40	87	1	125	23	19	24	32	1.98
21001580--21001709	43	3.0	43	83	0	170	25	32	16	26	1.96
21012203--21012342	38	3.7	37	81	0	145	35	22	19	23	1.96
21014309--21014399	2	45.5	2	80	16	100	49	2	3	43	1.31
21021389--21021453	13	4.8	14	75	5	71	23	33	9	33	1.86
21021389--21021453	27	2.4	27	84	5	78	23	33	9	33	1.86
21028001--21028047	19	2.6	19	90	6	71	38	2	0	59	1.09
21029851--21029898	19	2.6	18	87	9	62	56	0	6	37	1.25
21031122--21031202	41	2.0	41	97	0	153	34	11	7	46	1.67
21032137--21032183	19	2.6	19	90	6	71	36	6	0	57	1.24
21045037--21045073	13	2.8	13	91	4	56	27	24	0	48	1.51
21045253--21045362	53	2.1	52	86	6	150	35	15	15	33	1.89
21048132--21048183	28	1.9	27	81	14	63	30	17	17	34	1.93
21048228--21048265	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
21049554--21049616	31	2.0	31	100	0	126	44	12	9	33	1.75
21050282--21050307	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21051327--21051526	79	2.5	79	87	0	292	26	11	36	26	1.90
21055345--21055482	38	3.6	38	84	2	179	37	18	13	29	1.90
21055346--21055496	76	2.0	76	85	5	207	38	18	13	29	1.90
21056518--21056560	15	2.8	16	82	10	54	23	0	6	69	1.12
21071485--21071731	29	8.5	28	82	8	237	38	11	8	40	1.73
21071485--21071728	57	4.2	57	81	7	269	38	11	9	40	1.73
21077921--21077977	28	2.1	27	86	3	78	35	17	19	28	1.94
21081767--21081819	28	1.9	28	84	3	72	26	16	16	39	1.91
21087124--21087159	17	2.1	17	94	0	63	55	0	8	36	1.30
21092832--21092875	17	2.4	18	85	11	63	61	0	6	31	1.22
21105377--21105420	20	2.2	20	91	0	70	27	4	20	47	1.69
21113918--21113955	19	2.0	19	89	0	58	31	0	28	39	1.57
21116543--21116583	15	2.7	16	88	7	59	26	2	19	51	1.59
21116539--21116584	15	3.1	15	81	9	58	23	2	17	56	1.52
21122368--21122392	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
21131866--21131902	10	3.5	11	82	10	51	24	0	21	54	1.45
21133987--21134138	75	2.0	74	96	3	286	36	11	9	41	1.74
21134220--21134275	29	2.0	28	85	3	76	23	3	0	73	0.99
21134215--21134287	29	2.6	28	79	10	69	24	2	0	72	0.98
21134270--21134378	29	3.9	29	70	14	95	31	3	0	64	1.17
21134333--21134374	20	2.0	20	90	9	66	30	0	0	69	0.89
21134268--21134378	27	4.0	28	70	15	88	30	3	0	64	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21136528--21136599	21	3.4	21	84	0	90	22	11	20	45	1.82
21136540--21136628	21	4.2	21	83	1	97	23	6	21	48	1.74
21136712--21136786	21	3.5	21	76	5	78	26	4	16	53	1.60
21137451--21137514	34	1.9	33	90	3	101	26	10	28	34	1.90
21143329--21143452	64	1.9	64	95	0	221	52	16	5	25	1.65
21154134--21154180	24	2.0	24	95	0	85	29	17	17	36	1.92
21163137--21163168	3	10.3	3	93	6	55	65	0	0	34	0.93
21163619--21163644	3	8.7	3	100	0	52	0	30	34	34	1.58
21164044--21164087	20	2.1	22	87	8	65	47	0	2	50	1.13
21176347--21176411	30	2.2	29	81	5	69	30	7	20	41	1.80
21178554--21178578	12	2.1	12	100	0	50	28	8	0	64	1.22
21179220--21179404	90	2.1	90	83	6	232	28	10	16	45	1.79
21179598--21179710	59	1.9	59	83	0	145	38	20	9	30	1.85
21179763--21179845	26	3.2	26	74	6	87	43	10	15	30	1.81
21179889--21179948	28	2.1	28	90	0	93	38	20	18	23	1.93
21180282--21180467	92	2.0	92	96	3	356	27	9	13	47	1.75
21183100--21183145	19	2.4	19	85	7	58	54	0	4	41	1.20
21183549--21183586	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
21187268--21187354	25	3.5	24	89	7	104	16	28	10	44	1.80
21187283--21187388	25	4.1	27	86	4	89	12	27	15	45	1.81
21187374--21187441	5	13.6	5	80	6	75	1	20	1	76	0.94
21191312--21191363	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21192917--21192977	27	2.2	28	82	8	72	34	8	14	42	1.76
21192836--21193072	112	2.1	112	85	2	332	39	14	16	29	1.88
21193961--21194004	11	4.3	11	78	21	51	68	9	22	0	1.18
21201953--21201990	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
21205790--21205846	15	3.8	14	76	15	60	29	0	1	68	1.00
21206302--21206347	23	2.0	23	91	0	74	8	21	17	52	1.71
21206965--21206994	15	2.0	15	93	0	51	33	16	13	36	1.88
21212291--21212380	35	2.6	35	84	7	112	34	24	16	24	1.95
21214224--21214286	20	3.2	20	90	2	101	30	41	3	25	1.71
21214285--21214403	43	2.8	43	89	2	168	19	37	21	21	1.94
21217487--21217539	17	3.1	17	71	10	54	60	22	0	16	1.36
21217480--21217557	34	2.3	34	86	6	113	61	24	0	14	1.33
21223220--21223271	2	26.0	2	96	0	95	48	1	0	50	1.12
21229017--21229053	17	2.2	17	95	0	65	16	13	51	18	1.76
21231214--21231292	39	2.0	39	100	0	158	36	10	12	40	1.77
21231477--21231515	17	2.2	18	86	4	53	33	0	0	66	0.92
21236369--21236407	21	2.0	20	85	10	53	61	2	15	20	1.45
21238432--21238467	17	2.2	16	90	5	54	88	0	11	0	0.50
21238441--21238466	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
21245015--21245256	120	2.0	120	89	0	367	26	21	16	35	1.94
21245342--21245463	44	2.8	44	82	4	133	26	24	15	33	1.95
21245346--21245466	22	5.6	22	75	6	104	26	22	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21245317--21245465	21	7.0	21	78	7	120	29	23	13	33	1.93
21245547--21245590	1	44.0	1	81	0	52	90	9	0	0	0.44
21245549--21245591	8	5.0	9	83	11	63	88	11	0	0	0.52
21245548--21245591	17	2.6	17	89	10	72	88	11	0	0	0.51
21246456--21246495	21	1.9	21	85	10	55	22	15	37	25	1.93
21255771--21255804	17	2.0	17	88	11	52	76	2	20	0	0.92
21256352--21256387	15	2.4	15	90	0	54	36	5	25	33	1.79
21256605--21256683	32	2.4	32	81	6	88	27	2	1	68	1.10
21256908--21256981	14	5.2	16	67	25	58	52	0	0	47	1.00
21256915--21256975	24	2.4	27	76	17	67	54	0	0	45	1.00
21278496--21278598	32	3.2	32	61	15	75	26	11	13	48	1.77
21278485--21278621	66	2.1	66	100	0	274	25	13	13	47	1.79
21278805--21279019	111	1.9	113	87	1	317	32	9	8	49	1.66
21281784--21281955	53	3.2	52	81	2	191	26	25	33	15	1.95
21281784--21281955	27	6.5	27	80	6	163	26	25	33	15	1.95
21283680--21283838	53	3.0	53	96	0	291	32	18	10	37	1.86
21284652--21284688	9	4.2	9	89	3	58	21	0	8	70	1.13
21292044--21292668	219	2.9	213	83	5	835	45	4	8	42	1.52
21294994--21295055	26	2.4	26	91	0	97	30	40	3	25	1.72
21295075--21295216	42	3.4	42	93	0	239	22	33	23	20	1.97
21303380--21303425	20	2.3	20	88	7	67	32	4	17	45	1.68
21306860--21306902	20	2.2	20	83	8	52	23	4	6	65	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21316511--21316569	32	1.9	30	83	13	75	16	6	0	76	1.00
21316626--21316762	72	1.9	72	81	3	168	26	21	29	21	1.99
21317917--21317976	30	2.0	30	100	0	120	33	20	16	30	1.94
21321206--21321232	14	1.9	14	100	0	54	29	0	11	59	1.32
21322660--21322783	43	2.9	43	87	2	160	25	35	17	21	1.95
21328368--21328400	17	1.9	17	88	11	50	0	24	0	75	0.80
21336209--21336264	26	2.2	26	87	6	78	37	12	19	30	1.89
21367279--21367431	63	2.4	63	88	0	234	26	18	30	24	1.98
21372031--21372150	58	2.1	57	84	4	152	38	18	10	33	1.84
21374438--21374470	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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