genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19452970--19453010	20	2.0	20	90	0	64	48	12	0	39	1.41
19453909--19453950	19	2.2	19	83	8	50	47	0	2	50	1.14
19455016--19456264	415	3.0	415	90	2	1961	34	19	11	34	1.88
19463361--19463396	18	1.9	19	88	5	56	38	25	5	30	1.78
19465170--19465254	40	2.1	42	85	14	124	10	14	11	62	1.53
19465248--19465276	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
19467539--19467605	25	2.6	26	85	4	82	34	16	10	38	1.83
19467352--19467851	123	4.0	124	79	7	521	31	16	12	40	1.86
19467709--19467997	155	1.9	154	85	2	400	29	15	13	40	1.86
19468499--19468716	20	11.2	19	65	22	80	40	2	1	55	1.25
19468978--19469025	14	3.2	14	80	13	51	18	4	2	75	1.07
19482960--19483011	28	1.9	27	84	7	70	28	21	19	30	1.97
19483065--19483102	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
19483983--19484201	119	1.8	119	88	1	332	30	15	11	42	1.83
19486341--19486384	20	2.2	20	87	0	61	15	9	4	70	1.30
19486504--19486540	17	2.3	16	90	9	58	24	0	5	70	1.08
19488789--19488833	23	1.9	24	86	4	65	64	0	2	33	1.06
19491237--19491340	54	1.9	55	86	5	149	46	9	14	29	1.76
19491445--19491473	14	2.0	15	93	6	51	75	0	13	10	1.04
19491460--19491571	36	3.1	36	70	6	109	61	4	14	19	1.49
19491560--19491628	28	2.4	27	76	19	70	72	4	18	4	1.18
19491757--19491823	9	7.3	9	73	21	59	77	0	17	4	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19491746--19491829	28	3.0	26	76	19	80	76	2	16	4	1.07
19491763--19491824	19	3.3	18	80	10	63	79	0	16	4	0.90
19491763--19491822	17	3.4	17	79	9	59	78	0	16	5	0.92
19491798--19491948	80	1.9	81	84	5	207	66	2	18	11	1.34
19491530--19491874	184	1.9	182	88	5	529	64	3	17	14	1.42
19491854--19491909	13	4.2	12	79	20	58	82	0	16	1	0.76
19491847--19491909	26	2.4	26	85	12	85	79	0	19	1	0.82
19491530--19491950	184	2.3	181	82	10	500	65	3	17	13	1.41
19491943--19491999	27	2.2	26	81	12	64	75	3	7	14	1.14
19492553--19492610	9	6.2	9	81	13	55	82	0	12	5	0.82
19492664--19492710	21	2.3	21	85	10	62	76	0	23	0	0.78
19492626--19492777	70	2.2	67	82	12	193	64	0	23	11	1.31
19492742--19492818	21	3.7	21	74	16	70	75	1	20	2	1.00
19492734--19492784	21	2.6	19	80	14	59	72	0	27	0	0.85
19492751--19492840	9	10.5	8	72	9	54	73	1	21	4	1.07
19492742--19492840	8	11.3	9	71	18	59	74	1	20	4	1.03
19493012--19493080	9	7.7	9	71	18	54	78	0	18	2	0.88
19493006--19493088	26	3.2	25	75	20	80	75	1	18	4	1.04
19493030--19493072	16	2.6	17	81	3	52	76	0	20	2	0.89
19493016--19493233	88	2.5	83	76	12	213	68	1	18	11	1.29
19492812--19493418	329	1.8	331	83	6	811	64	2	17	14	1.40
19493207--19493246	18	2.1	19	86	9	55	85	2	10	2	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19493370--19493449	10	8.3	9	77	16	65	73	0	21	5	1.01
19493335--19493411	32	2.4	32	77	16	79	70	1	24	3	1.12
19493397--19493569	79	2.2	79	80	11	201	65	2	17	14	1.39
19493634--19493674	15	2.7	16	85	7	50	73	0	24	2	0.96
19493619--19493681	27	2.3	27	81	7	74	74	0	20	4	0.99
19494409--19494531	52	2.4	51	83	8	158	28	23	17	30	1.97
19495304--19495492	74	2.6	73	81	2	207	21	18	18	41	1.90
19495733--19495873	52	2.7	52	84	2	167	38	24	10	26	1.88
19495784--19495944	52	3.1	51	87	5	207	36	21	13	29	1.92
19495931--19496064	39	3.3	40	84	3	171	42	17	15	23	1.88
19496904--19496991	29	3.0	29	93	3	142	32	4	20	42	1.72
19496907--19497009	29	3.6	29	89	5	111	35	3	19	40	1.70
19506406--19506451	24	1.9	24	86	8	67	43	4	28	23	1.73
19513372--19513474	38	2.6	39	85	8	131	23	38	16	21	1.92
19515055--19515114	31	1.9	32	86	3	86	16	23	13	46	1.82
19515104--19515138	16	2.2	16	90	5	54	2	17	0	80	0.84
19515824--19515863	20	2.0	20	85	0	53	5	20	0	72	1.02
19515691--19516005	154	2.1	153	98	0	612	11	31	3	53	1.55
19531729--19531770	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
19539180--19539219	20	2.0	20	85	9	55	15	30	12	42	1.83
19539916--19539954	2	19.0	2	84	5	51	48	2	2	46	1.29
19543149--19543250	47	2.2	45	82	8	116	53	9	8	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19543286--19543356	36	2.0	36	94	0	124	52	11	8	28	1.66
19543497--19543563	34	2.0	34	85	5	91	35	23	14	25	1.94
19544821--19544897	28	2.8	28	89	0	127	29	22	16	31	1.96
19544877--19545004	64	2.0	65	83	4	161	31	21	15	31	1.95
19548561--19548605	23	2.0	22	100	0	81	31	31	4	31	1.77
19552034--19552083	21	2.4	20	83	9	64	48	10	8	34	1.66
19552035--19552078	21	2.0	21	91	4	70	45	9	6	38	1.63
19552077--19552120	21	2.1	21	91	0	70	43	18	4	34	1.70
19554976--19555028	21	2.5	21	87	0	79	45	18	11	24	1.82
19562572--19562655	34	2.5	34	86	1	116	14	9	17	58	1.62
19567097--19567156	19	3.2	19	71	17	52	15	3	10	71	1.25
19567775--19567809	18	1.9	18	88	0	52	54	11	2	31	1.51
19571102--19571147	20	2.3	20	96	0	83	45	21	4	28	1.71
19588619--19588659	20	2.0	20	90	0	64	41	2	14	41	1.59
19588630--19588677	25	1.9	25	83	8	62	43	0	20	35	1.52
19596378--19596706	68	4.9	68	82	8	356	33	18	11	36	1.86
19597872--19597910	16	2.4	16	87	8	53	74	7	2	15	1.15
19599382--19599412	12	2.6	12	100	0	62	51	9	38	0	1.35
19600238--19600347	43	2.6	43	86	2	150	20	37	19	23	1.94
19600399--19600518	42	2.9	42	91	0	168	25	32	19	23	1.97
19627908--19627969	26	2.4	26	94	0	106	32	40	3	24	1.71
19628204--19628284	42	1.9	42	94	0	144	22	34	22	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19642544--19642587	22	2.0	22	86	4	61	40	6	13	38	1.71
19642790--19642946	46	3.5	44	74	17	137	49	7	1	42	1.38
19642820--19642936	44	2.6	46	80	4	139	45	6	0	47	1.35
19642820--19642952	46	2.9	46	78	5	146	48	6	1	43	1.38
19646260--19646322	15	4.3	15	78	15	69	39	1	1	57	1.18
19646574--19646662	33	2.7	33	86	5	119	37	7	43	11	1.70
19648150--19648236	44	2.0	44	81	4	104	35	17	12	34	1.87
19649089--19649121	18	1.9	17	88	11	50	57	6	3	33	1.38
19650830--19651011	55	3.4	53	85	5	221	26	39	14	19	1.90
19653028--19653073	21	2.2	20	92	3	74	63	8	0	28	1.24
19668814--19668879	28	2.4	28	100	0	132	25	16	18	39	1.91
19668942--19669038	51	1.9	51	89	0	149	35	12	14	38	1.84
19668933--19669034	26	4.0	26	75	7	100	33	14	13	38	1.86
19669543--19669591	18	2.7	18	84	12	73	51	0	24	24	1.49
19675461--19675509	17	2.8	17	87	6	62	71	0	10	18	1.13
19675451--19675509	28	2.1	27	81	9	66	72	0	11	15	1.11
19677036--19677081	24	2.0	23	91	4	74	71	0	2	26	0.97
19680386--19680451	3	22.7	3	78	17	59	72	1	0	25	0.93
19680380--19680449	21	3.6	19	76	16	72	72	1	1	24	1.00
19680381--19680451	18	3.6	18	76	22	70	73	1	1	23	1.00
19680387--19680456	15	4.8	15	72	11	65	72	1	1	24	1.00
19682130--19682189	25	2.5	24	81	7	70	66	0	8	25	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19686192--19686245	20	2.8	20	76	13	53	20	3	11	64	1.40
19691460--19691505	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
19696018--19696056	18	2.1	19	90	4	62	17	7	0	74	1.05
19699732--19699774	20	2.2	20	83	8	52	23	4	6	65	1.37
19701519--19701566	9	5.5	8	83	11	51	79	16	2	2	0.93
19701539--19701564	9	2.9	9	100	0	52	80	19	0	0	0.71
19703935--19704008	23	3.3	23	83	5	80	56	4	1	37	1.27
19703835--19704009	22	8.4	21	67	15	96	56	3	2	37	1.29
19705806--19705858	3	18.3	3	78	18	51	71	1	0	26	0.96
19705806--19705863	23	2.5	22	81	15	64	70	1	1	25	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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