genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   

This is table  54  of  54  ( 6420 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21375166--21375194	14	2.0	15	93	6	51	48	10	20	20	1.79
21385482--21385628	73	2.0	73	97	0	276	21	8	32	38	1.83
21391827--21392116	123	2.4	122	87	2	400	34	11	7	46	1.68
21393252--21393333	40	2.0	41	90	6	132	21	18	4	54	1.62
21395546--21395612	19	3.5	19	78	11	68	74	5	14	4	1.17
21395574--21395729	55	2.9	54	75	15	146	69	6	20	3	1.24
21397590--21397630	20	2.0	20	95	0	73	24	19	41	14	1.89
21410290--21410382	46	2.0	45	95	2	168	4	24	10	59	1.49
21413316--21413347	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
21418890--21419014	42	3.0	42	83	0	151	21	19	32	26	1.97
21423447--21423555	36	3.0	35	70	21	98	29	33	12	23	1.92
21423408--21423583	73	2.4	73	86	2	255	27	35	14	22	1.93
21423414--21423540	39	3.4	39	72	20	126	28	31	14	25	1.95
21427875--21427920	15	3.1	15	78	12	58	56	17	2	23	1.52
21446227--21446265	18	2.2	18	85	0	51	43	10	12	33	1.77
21455801--21455863	2	31.0	2	79	20	69	44	6	0	49	1.28
21455802--21455863	10	5.8	11	82	17	78	43	6	0	50	1.28
21466316--21466383	35	1.9	36	93	3	120	29	23	16	30	1.96
21467120--21467168	21	2.3	21	82	6	64	22	32	14	30	1.93
21468509--21468619	30	3.7	29	80	9	107	36	28	10	24	1.89
21468500--21468619	60	2.0	60	81	3	143	35	27	10	25	1.89
21469938--21469967	10	2.8	11	90	10	53	76	6	0	16	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21469958--21470004	20	2.4	19	79	10	51	57	8	0	34	1.29
21482240--21482277	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
21485425--21485583	27	5.7	27	79	4	147	32	11	16	40	1.84
21485425--21485583	85	1.9	81	83	5	201	32	11	16	40	1.84
21496884--21496917	2	17.0	2	87	0	50	50	5	0	44	1.26
21499698--21499751	28	1.9	28	92	0	90	40	12	9	37	1.76
21502404--21502437	12	2.8	12	95	0	59	41	8	0	50	1.34
21505985--21506043	22	2.7	22	79	10	75	20	22	27	30	1.98
21506371--21506454	36	2.4	36	77	2	89	27	34	14	23	1.94
21506483--21506609	34	3.6	34	70	17	114	28	40	12	18	1.87
21506442--21506612	73	2.4	73	92	1	281	28	36	12	21	1.91
21513115--21513197	42	2.0	42	92	0	139	18	21	38	21	1.93
21523019--21523048	16	1.9	15	93	6	51	56	0	20	23	1.42
21535875--21535960	41	2.1	41	84	4	111	12	20	32	33	1.91
21536932--21536967	16	2.1	18	90	10	58	77	2	0	19	0.88
21537484--21537566	31	2.7	31	79	5	98	25	16	7	50	1.71
21548598--21548634	18	2.1	18	89	0	56	16	37	5	40	1.71
21549146--21549222	26	3.0	26	82	3	84	37	14	18	29	1.90
21550579--21550632	28	2.0	27	92	3	90	31	20	22	25	1.98
21553124--21553167	22	2.0	22	90	0	70	29	6	18	45	1.75
21561724--21561895	63	2.7	63	89	0	263	27	16	30	26	1.97
21563386--21563427	20	2.2	19	84	16	52	30	2	26	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21563422--21563576	37	4.2	37	84	4	197	29	8	36	25	1.85
21563619--21563658	2	20.0	2	86	0	53	50	2	2	45	1.28
21569802--21569841	20	2.0	20	85	0	53	15	32	10	42	1.79
21570642--21570683	20	2.2	19	84	16	52	30	2	26	40	1.69
21570678--21570869	37	5.2	37	82	8	248	29	9	34	26	1.88
21570678--21570869	73	2.6	74	86	3	280	29	9	34	26	1.88
21570928--21570955	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21574661--21574710	26	1.9	26	92	8	84	26	14	22	38	1.91
21576351--21576707	149	2.4	149	81	2	405	26	19	21	32	1.97
21576589--21576756	71	2.4	71	82	3	203	27	17	22	32	1.96
21576822--21576878	24	2.4	24	90	0	96	22	28	19	29	1.98
21585074--21585132	26	2.3	26	79	5	66	1	28	3	66	1.18
21591622--21591670	16	3.1	15	82	11	62	16	6	2	75	1.09
21602717--21602759	2	21.0	2	83	4	50	51	6	0	41	1.29
21602788--21602910	42	2.9	41	85	4	156	23	34	21	19	1.96
21614327--21614392	33	2.0	33	90	0	105	19	31	33	15	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54

The End!