genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21614486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126806--2126963	66	2.4	65	83	5	174	41	8	18	31	1.82
2138515--2138593	40	2.0	40	94	0	140	17	22	25	34	1.96
2141621--2141679	25	2.4	24	77	8	64	61	8	22	8	1.52
2142114--2143658	506	3.1	506	94	2	2689	37	13	15	34	1.86
2151158--2151205	21	2.3	21	92	3	80	41	6	4	47	1.48
2172325--2172570	110	2.2	109	83	0	294	13	16	31	39	1.87
2172325--2172576	55	4.6	54	78	2	198	13	15	32	38	1.86
2172649--2172703	23	2.4	23	84	0	74	25	21	29	23	1.99
2172684--2172766	31	2.7	31	83	3	87	30	15	20	33	1.94
2179468--2179722	86	3.0	86	80	1	282	25	22	28	23	1.99
2180329--2180740	62	6.6	62	81	5	445	35	22	16	25	1.95
2180329--2180695	156	2.4	156	87	3	535	36	22	15	25	1.94
2180329--2180740	31	13.2	31	80	6	404	35	22	16	25	1.95
2181789--2181879	14	5.9	16	73	11	55	52	6	6	34	1.53
2181704--2181839	52	2.6	51	74	11	132	51	5	8	34	1.56
2181796--2181874	14	5.3	15	72	19	58	51	6	7	34	1.55
2183392--2183571	31	5.8	31	84	2	245	38	18	18	23	1.93
2185761--2185986	31	7.3	31	81	5	208	35	20	16	27	1.94
2186433--2186548	23	5.0	23	66	15	58	27	29	17	25	1.97
2186436--2186591	47	3.3	47	89	2	217	30	27	17	25	1.97
2186467--2186545	24	3.3	24	70	10	81	25	31	17	25	1.97
2186580--2186906	47	7.0	47	82	3	372	22	32	17	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191210--2191259	20	2.6	19	78	12	57	30	4	0	66	1.10
2199396--2199467	28	2.6	28	100	0	144	51	19	9	19	1.74
2199396--2199480	28	3.1	27	89	5	91	49	18	11	20	1.78
2213710--2213767	27	2.1	28	78	15	68	56	0	1	41	1.09
2213757--2213822	15	4.2	15	74	14	53	51	1	3	43	1.26
2213765--2213822	23	2.4	24	82	8	64	51	1	3	43	1.28
2213734--2213829	16	6.4	15	69	17	56	47	1	3	47	1.24
2213825--2213862	16	2.4	16	82	4	51	34	2	0	63	1.09
2213911--2213952	15	2.9	15	89	3	50	57	0	2	40	1.12
2213919--2213961	15	2.9	15	86	3	61	53	0	2	44	1.13
2213928--2214167	25	9.2	25	67	22	79	50	0	2	46	1.16
2214070--2214111	15	2.9	15	89	3	50	57	0	2	40	1.12
2213828--2214198	159	2.3	161	89	7	569	52	0	1	45	1.16
2214078--2214120	15	2.9	15	86	3	61	53	0	2	44	1.13
2214096--2214180	27	3.2	27	79	15	81	48	0	2	49	1.14
2228145--2228181	18	2.0	19	85	15	51	48	5	8	37	1.56
2235299--2235357	25	2.4	24	77	8	64	61	8	22	8	1.52
2235792--2236871	502	2.1	499	83	7	1301	37	12	15	33	1.86
2237663--2237691	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2242741--2242799	29	2.0	29	93	0	100	30	20	18	30	1.96
2261475--2261523	24	2.0	24	96	0	89	38	22	0	38	1.54
2272010--2272034	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279079--2279130	15	3.6	14	77	15	52	46	0	0	53	1.00
2282007--2282164	83	1.9	83	88	0	235	31	16	11	40	1.84
2282083--2282177	50	1.9	50	87	8	140	31	16	8	43	1.78
2282017--2282256	133	1.8	133	89	0	381	32	15	11	40	1.84
2282104--2282188	26	3.3	26	64	18	70	31	18	11	37	1.87
2282098--2282214	50	2.3	50	85	0	153	31	17	12	37	1.88
2282015--2282293	133	2.1	133	84	0	369	31	15	13	40	1.85
2287807--2287908	34	3.0	34	98	0	195	26	34	17	21	1.96
2289133--2289179	22	2.1	22	84	11	60	55	2	0	42	1.12
2289736--2289770	15	2.3	15	90	0	52	34	0	0	65	0.93
2291495--2291555	23	2.7	23	78	0	68	49	16	6	27	1.70
2299961--2299992	17	1.9	16	93	6	55	9	28	6	56	1.55
2300647--2300690	17	2.6	17	88	0	70	70	0	2	27	0.99
2317951--2317988	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
2319213--2319237	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
2321277--2321434	70	2.3	70	91	2	257	39	10	19	29	1.86
2324087--2324227	70	2.0	68	90	2	219	37	8	21	32	1.84
2333257--2333295	18	2.2	18	95	0	69	35	5	5	53	1.45
2333331--2333438	57	1.9	57	90	0	171	40	5	20	33	1.76
2335826--2335924	42	2.3	43	84	1	137	36	21	18	24	1.95
2338060--2339198	577	2.0	561	95	3	2055	30	18	21	29	1.97
2339176--2339216	2	20.5	2	94	0	73	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2342582--2342712	70	1.9	68	88	3	199	40	7	22	29	1.82
2346186--2346231	23	2.0	23	95	0	83	39	13	10	36	1.79
2370133--2370185	27	2.0	27	92	0	88	41	9	13	35	1.76
2372281--2372319	18	2.2	18	90	0	60	56	0	7	35	1.28
2373543--2373592	2	25.0	2	95	0	91	50	48	0	2	1.12
2373592--2373631	2	20.0	2	86	0	53	42	0	5	50	1.24
2374007--2374047	21	2.0	21	85	9	57	53	2	9	34	1.47
2383773--2383931	70	2.3	68	86	3	228	31	19	9	39	1.84
2390002--2391399	514	2.7	508	84	6	1694	33	15	11	40	1.83
2394181--2396336	516	4.2	513	86	3	2550	32	15	13	38	1.86
2394181--2396336	517	4.2	513	86	4	2579	32	15	13	38	1.86
2396702--2396748	24	2.0	24	91	0	76	44	12	34	8	1.73
2409481--2409522	18	2.3	18	95	4	75	14	35	14	35	1.86
2434160--2434197	18	2.1	18	95	0	67	21	15	15	47	1.82
2435492--2435566	30	2.5	30	73	4	80	26	8	29	36	1.85
2456650--2456703	27	2.0	27	92	0	90	46	16	27	9	1.78
2465049--2465099	2	25.5	2	91	0	84	0	49	3	47	1.20
2471216--2471343	50	2.5	50	83	7	150	42	2	30	24	1.67
2481669--2481726	24	2.5	24	85	2	82	34	17	12	36	1.87
2490670--2490697	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2496554--2496578	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
2503812--2503838	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505481--2505509	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2510286--2510328	18	2.4	18	81	11	52	76	4	2	16	1.05
2524534--2524566	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2524608--2524640	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2525819--2525975	80	2.0	80	97	0	296	30	20	21	28	1.98
2533618--2533704	43	2.0	43	97	0	165	49	12	11	26	1.75
2551624--2551676	25	2.1	25	89	0	79	43	5	11	39	1.64
2553001--2553054	24	2.2	25	90	3	83	25	24	9	40	1.85
2553909--2553948	15	2.4	18	80	12	50	50	5	0	45	1.23
2554098--2554199	31	3.3	30	67	20	84	42	8	9	39	1.69
2554070--2554243	62	2.7	63	88	5	262	38	8	10	42	1.70
2554746--2554812	33	2.0	33	100	0	134	35	34	8	20	1.84
2554823--2554979	78	2.0	78	98	0	305	35	14	12	38	1.83
2555610--2555673	27	2.5	25	85	7	76	45	18	14	21	1.85
2558075--2558173	52	1.9	52	89	0	153	32	21	4	42	1.71
2558345--2558423	41	1.9	41	97	0	149	32	15	18	32	1.92
2558502--2558537	18	2.0	18	94	0	63	25	22	19	33	1.97
2561504--2561550	24	2.0	24	95	0	85	44	14	4	36	1.65
2561507--2561558	24	2.2	24	82	6	61	46	17	5	30	1.71
2572212--2572253	3	14.0	3	94	0	75	66	0	2	30	1.04
2582371--2582402	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2586572--2586634	33	1.9	33	86	0	90	33	15	17	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2597026--2597598	287	2.0	286	99	0	1121	32	13	16	37	1.88
2600323--2600354	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2600435--2600466	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2600237--2600471	112	2.1	111	96	1	443	34	11	3	49	1.56
2601673--2601951	92	3.0	92	80	4	323	34	16	7	40	1.78
2603829--2603877	2	25.5	2	87	8	75	44	2	0	53	1.12
2603829--2603877	15	3.3	15	91	2	82	44	2	0	53	1.12
2604740--2604773	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2615850--2615905	24	2.3	24	81	3	58	37	0	5	57	1.22
2629524--2630290	144	5.3	143	84	4	825	28	22	18	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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