genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789--818	7	4.3	7	95	0	51	30	43	10	16	1.81
2711--2776	31	2.1	32	94	2	116	28	30	22	18	1.97
2719--2777	16	3.7	16	75	6	66	28	25	23	22	1.99
4556--4646	47	1.9	47	88	4	139	35	27	5	31	1.80
13947--13985	13	3.1	13	81	7	53	17	2	23	56	1.53
27330--27386	22	2.6	21	71	20	53	56	5	5	33	1.44
27376--27400	7	3.6	7	100	0	50	48	0	12	40	1.40
31719--31822	52	2.0	53	84	7	140	48	16	9	25	1.77
34569--34619	16	3.0	17	88	5	68	62	13	1	21	1.40
39189--39357	41	4.1	41	91	0	275	28	20	28	23	1.99
39181--39351	82	2.1	82	97	1	324	28	18	29	23	1.98
39493--39525	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
39566--39661	31	2.8	33	80	10	106	28	10	28	33	1.90
41050--41147	47	2.1	46	84	5	126	31	24	6	37	1.80
53445--53518	20	3.8	20	87	8	100	27	21	28	22	1.99
55179--55217	16	2.3	16	86	8	51	12	12	0	74	1.08
55227--55310	18	4.6	17	73	19	71	8	17	3	70	1.27
55228--55321	18	5.3	18	74	16	65	7	18	3	71	1.23
55281--55334	6	9.0	6	75	0	54	5	20	1	72	1.14
56157--56204	14	3.6	14	86	10	57	4	14	8	72	1.23
56186--56225	10	3.6	12	80	16	50	12	2	5	80	0.98
56199--56244	10	4.6	10	86	10	58	21	2	4	71	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56200--56245	19	2.4	19	85	3	56	23	2	4	69	1.17
57752--57808	20	2.9	19	84	7	78	31	17	28	22	1.97
58400--58424	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
58907--58957	27	1.9	26	88	4	75	25	5	1	66	1.24
64350--64429	41	2.0	41	95	5	144	50	15	3	31	1.61
64471--64507	19	1.9	19	100	0	74	43	16	2	37	1.62
69062--69195	43	3.1	42	85	5	162	29	22	14	32	1.94
74207--74246	20	2.0	20	85	0	53	22	27	10	40	1.86
85032--85074	18	2.4	17	82	17	52	51	0	0	48	1.00
85489--85523	6	5.7	6	96	3	61	0	14	0	85	0.59
88312--88350	18	2.1	18	85	4	51	43	2	5	48	1.38
90909--90977	25	2.7	26	78	10	72	28	23	23	24	1.99
92836--92994	45	3.5	44	76	10	144	36	25	13	25	1.92
92873--93035	45	3.6	45	79	9	154	34	23	14	27	1.93
92873--93039	90	1.9	90	81	7	205	35	22	13	28	1.92
92919--93054	45	3.0	45	81	0	155	33	22	13	30	1.92
93086--93117	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
93449--93677	50	4.7	50	85	4	265	20	31	21	26	1.98
93492--93675	97	1.9	97	89	3	287	17	33	22	26	1.96
93449--93679	97	2.4	97	83	5	261	20	32	21	26	1.98
98662--98878	37	5.5	41	75	9	186	31	23	16	28	1.96
98663--98878	78	2.8	78	93	0	362	31	24	16	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98663--98878	40	5.5	39	75	11	174	31	24	16	27	1.96
99797--99832	17	2.1	17	89	0	54	5	19	2	72	1.17
99845--99934	35	2.6	35	86	8	114	45	3	1	50	1.25
99834--99934	40	2.6	39	73	17	104	44	2	0	51	1.23
101369--101418	26	1.9	26	84	8	66	28	20	10	42	1.84
101368--101503	12	10.8	12	70	12	76	27	14	8	49	1.73
101435--101485	23	2.2	24	86	10	70	23	7	9	58	1.56
107626--107705	26	3.0	26	79	3	79	26	17	8	47	1.76
107755--107787	12	2.8	12	95	0	57	30	12	6	51	1.63
107678--107787	24	4.4	25	70	20	59	28	12	8	50	1.68
114016--114051	18	1.9	19	88	5	56	38	0	0	61	0.96
114644--115225	274	2.1	274	99	0	1137	33	21	11	33	1.89
115729--115767	19	2.1	19	100	0	78	35	20	5	38	1.75
128872--128963	48	1.9	48	90	0	148	42	20	16	20	1.89
129151--129204	17	2.9	19	71	20	60	46	16	11	25	1.80
129134--129204	36	2.0	36	91	0	115	46	15	11	26	1.79
131442--131470	15	1.9	15	100	0	58	24	20	6	48	1.74
133452--133769	167	1.9	164	80	5	372	31	8	22	38	1.84
163113--163147	17	2.1	17	100	0	70	28	25	22	22	1.99
172116--172177	30	2.1	30	100	0	124	20	6	16	56	1.62
182125--182158	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
185396--185913	75	6.9	75	96	0	937	44	16	27	11	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196703--196760	22	2.7	21	84	12	66	27	5	0	67	1.12
196702--196750	13	3.6	14	78	10	50	24	8	0	67	1.18
196721--196769	17	2.9	17	75	22	57	30	2	0	67	1.02
198904--198939	18	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
201874--201946	32	2.3	32	95	0	128	41	26	21	10	1.86
231819--231853	17	2.0	18	94	5	63	85	14	0	0	0.59
234682--234726	22	2.0	23	86	4	65	24	17	11	46	1.81
242014--242081	31	2.1	33	89	5	104	29	11	17	41	1.85
265166--265197	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
271415--271440	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
272984--273031	17	2.8	17	75	9	53	47	2	0	50	1.12
279853--279972	43	2.8	43	78	2	116	30	28	20	20	1.98
284510--284552	21	2.0	21	81	0	50	39	16	13	30	1.87
284991--285022	13	2.3	15	89	10	50	6	15	6	71	1.26
291389--291524	70	1.9	70	91	2	220	36	11	11	41	1.77
293699--293755	29	2.0	29	89	0	87	26	12	29	31	1.92
325333--325475	45	3.2	45	87	1	198	37	21	20	19	1.94
334427--334464	19	2.0	19	85	10	51	39	0	10	50	1.37
335205--335244	21	1.9	21	94	0	71	60	12	2	25	1.45
339882--339945	31	2.1	31	87	0	92	28	25	15	31	1.96
344026--344090	30	2.2	30	91	5	105	60	12	3	24	1.47
344017--344090	30	2.3	34	75	22	95	60	12	2	24	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
361156--361366	107	2.0	107	94	0	368	31	18	18	32	1.94
380488--380530	19	2.1	21	87	8	63	53	0	2	44	1.13
382370--382461	21	4.6	20	71	15	64	15	1	61	21	1.39
382329--382461	39	3.3	38	76	12	108	16	1	60	21	1.44
382413--382461	15	3.3	15	76	0	53	12	0	67	20	1.22
382412--382453	9	4.7	9	80	11	50	11	0	66	21	1.23
382484--382585	48	2.1	48	83	0	123	18	9	58	12	1.61
393471--393528	18	3.3	17	72	15	55	37	3	0	58	1.15
403377--403445	33	2.1	33	91	5	113	42	11	8	37	1.72
405528--405910	132	2.9	132	80	4	441	23	20	26	29	1.99
410187--410221	18	1.9	18	88	11	54	5	20	5	68	1.31
413177--413225	18	2.7	19	84	9	66	32	12	34	20	1.90
413177--413220	9	4.9	9	81	10	54	34	11	34	20	1.88
432325--432367	15	2.9	15	82	0	50	72	0	6	20	1.08
432850--432934	29	3.0	27	72	13	73	30	4	2	62	1.28
435258--435382	63	2.0	61	86	6	171	28	14	14	42	1.85
441932--442025	40	2.3	41	78	12	106	57	8	2	31	1.41
459127--459162	3	11.7	3	94	5	63	66	0	0	33	0.92
459909--459975	34	1.9	35	84	3	91	44	13	8	32	1.75
465443--465507	2	33.0	2	96	3	123	49	0	0	50	1.00
465845--465908	2	32.0	2	93	0	110	46	0	1	51	1.10
469792--469830	16	2.4	16	83	8	53	25	0	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
471783--471833	26	1.9	27	84	4	68	45	1	7	45	1.44
474107--474851	149	5.0	149	93	1	1210	33	17	20	28	1.95
482078--482106	14	2.0	15	93	6	51	68	3	6	20	1.27
482756--482789	18	1.9	17	88	5	50	17	2	17	61	1.46
482762--482808	22	2.1	23	88	4	69	17	2	14	65	1.36
486485--486518	14	2.4	14	90	9	52	44	2	5	47	1.42
488542--488609	31	2.2	32	84	7	86	36	5	0	57	1.23
492433--492466	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
500988--501016	7	4.1	7	100	0	58	27	13	13	44	1.82
502217--502252	18	2.0	18	89	10	56	44	0	5	50	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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