genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1391686--1391803	60	2.0	60	96	0	218	36	12	22	27	1.91
1411541--1411575	3	11.7	3	100	0	70	34	34	0	31	1.58
1415060--1415095	16	2.2	16	90	0	54	38	2	0	58	1.13
1418579--1418604	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
1421618--1421680	3	21.7	3	93	6	112	34	0	0	65	0.93
1430430--1430608	99	1.9	94	82	8	225	51	11	5	31	1.60
1431199--1431273	39	1.9	39	97	0	141	40	8	2	49	1.46
1432343--1432404	29	2.0	32	81	9	76	41	0	11	46	1.39
1433424--1433474	25	2.1	25	81	3	59	43	3	13	39	1.63
1438151--1438199	22	2.3	22	89	3	73	30	0	2	67	1.02
1440836--1441028	105	1.9	101	85	4	269	27	23	16	32	1.96
1450680--1450906	113	2.0	113	99	0	445	34	17	16	30	1.93
1466962--1467000	21	1.9	20	85	15	53	53	10	10	25	1.66
1467304--1467332	7	4.3	7	91	8	51	86	0	0	13	0.58
1467304--1467332	13	2.1	14	93	6	51	86	0	0	13	0.58
1472835--1472861	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1476303--1476457	40	3.8	41	85	8	192	36	2	0	60	1.10
1476314--1476457	51	2.8	52	85	11	181	37	2	0	59	1.12
1476394--1476457	10	6.1	10	77	13	58	43	1	0	54	1.09
1476355--1476457	11	9.9	11	71	19	78	39	1	0	58	1.09
1481925--1481953	10	2.7	11	89	10	51	6	55	37	0	1.27
1483654--1483726	23	3.3	23	86	7	80	56	1	2	39	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1483671--1483728	12	4.9	12	76	18	59	50	1	1	46	1.22
1486348--1486400	24	2.2	25	82	3	63	64	1	0	33	1.05
1486342--1486392	16	3.1	16	80	8	59	68	1	0	29	1.00
1486347--1486404	25	2.3	26	79	8	66	65	1	0	32	1.03
1486347--1486406	24	2.4	24	76	15	59	65	1	0	33	1.03
1493673--1493708	18	2.0	18	88	0	54	44	0	0	55	0.99
1494196--1494238	18	2.5	17	78	14	52	27	2	0	69	1.00
1510904--1511137	114	2.1	115	83	5	298	38	8	20	32	1.82
1515199--1515246	25	1.9	25	100	0	96	14	25	35	25	1.94
1515096--1515369	101	2.7	103	88	2	446	17	20	29	31	1.96
1520002--1520026	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1520924--1520988	31	2.1	31	88	5	96	41	13	10	33	1.80
1522915--1523728	177	4.6	175	76	5	466	22	19	25	32	1.97
1522875--1523733	89	9.8	88	76	7	597	22	20	25	32	1.98
1527575--1527607	11	3.1	11	91	4	50	18	0	0	81	0.68
1527575--1527608	16	2.1	16	88	5	50	17	0	0	82	0.67
1534166--1534195	7	4.1	7	95	4	51	40	3	0	56	1.16
1536732--1536758	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1536755--1536841	6	14.5	6	98	0	120	16	0	6	77	0.98
1536737--1536788	12	4.3	12	90	0	50	28	0	9	61	1.27
1536749--1536788	18	2.2	18	90	0	62	22	0	12	65	1.26
1537704--1537783	31	2.6	31	82	11	94	37	11	5	46	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1537694--1537788	31	3.1	29	81	7	91	37	13	4	44	1.64
1537842--1537898	30	1.9	30	85	0	78	36	10	7	45	1.66
1537923--1538010	28	3.0	28	82	12	90	44	9	2	44	1.48
1538149--1538182	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1551750--1551846	31	3.1	31	89	0	140	32	5	13	48	1.64
1557173--1557231	24	2.5	24	77	0	64	13	16	40	28	1.87
1567020--1567077	2	28.5	2	96	3	107	48	1	0	50	1.11
1588972--1589038	11	6.4	11	73	26	65	58	1	1	38	1.17
1588968--1589069	40	2.5	42	90	4	172	58	0	1	38	1.16
1589024--1589089	31	2.2	30	86	5	98	68	0	1	30	0.99
1588963--1589087	40	3.1	41	85	5	123	64	0	1	33	1.09
1597087--1597131	16	2.8	16	93	0	72	40	11	22	26	1.87
1603997--1604028	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
1608831--1608894	31	2.1	31	84	0	83	43	9	12	34	1.75
1610721--1610767	23	2.0	23	83	0	58	36	4	4	55	1.39
1621590--1621619	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1623605--1623636	16	2.0	16	93	0	55	28	3	12	56	1.51
1632862--1632946	37	2.3	38	87	2	118	37	3	4	54	1.39
1636117--1636158	4	10.5	4	100	0	84	26	0	23	50	1.50
1640376--1640411	18	1.9	19	88	5	56	5	22	13	58	1.56
1650074--1650132	26	2.3	26	82	11	68	35	1	1	61	1.16
1651313--1651354	21	2.0	21	81	9	50	45	7	4	42	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1660015--1660039	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1666131--1666162	15	2.1	15	100	0	64	34	0	28	37	1.57
1674950--1674983	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1676475--1676529	27	2.2	26	87	12	80	69	1	0	29	0.99
1676536--1676585	20	2.5	20	74	3	57	60	2	6	32	1.32
1690022--1690054	7	4.7	7	100	0	66	72	15	12	0	1.12
1690956--1691000	20	2.2	20	84	7	56	37	0	17	44	1.49
1693171--1693226	25	2.3	26	78	12	64	39	5	0	55	1.23
1693895--1693980	16	5.1	16	68	20	59	45	0	3	51	1.18
1693895--1693970	8	9.1	8	68	23	50	44	0	2	52	1.14
1693904--1693971	26	2.7	25	86	4	84	45	0	2	51	1.16
1698007--1698044	20	1.9	19	89	5	58	42	5	5	47	1.48
1698854--1698910	31	1.9	28	83	16	71	40	19	14	26	1.89
1703289--1703314	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1705212--1705258	23	2.0	23	84	8	60	63	0	4	31	1.13
1706710--1706766	29	1.9	30	89	3	89	54	5	0	40	1.23
1710618--1710657	19	2.2	19	86	4	55	50	2	0	47	1.14
1711886--1711956	31	2.3	31	85	0	97	36	14	12	36	1.84
1712245--1712270	7	3.7	7	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1717293--1717388	37	2.6	37	79	8	115	43	1	23	31	1.61
1723564--1723678	59	2.0	58	91	5	187	36	13	4	45	1.64
1731767--1731831	20	3.4	19	72	10	60	29	1	4	64	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1731761--1731827	9	7.2	9	77	12	57	28	1	4	65	1.21
1731767--1731835	29	2.4	30	78	9	81	28	1	4	65	1.21
1735708--1735741	4	8.2	4	93	6	59	0	73	0	26	0.83
1737809--1737853	23	2.0	23	90	0	72	48	22	6	22	1.73
1741735--1741762	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
1749347--1749378	16	1.9	17	93	6	57	68	0	12	18	1.20
1758332--1758375	20	2.2	20	84	8	54	29	4	4	61	1.36
1759841--1759901	27	2.3	27	80	5	70	50	3	14	31	1.59
1761636--1761915	112	2.7	100	84	11	371	33	14	18	32	1.92
1761635--1761960	112	3.1	100	79	13	299	37	13	18	31	1.89
1767158--1767224	34	1.9	35	84	3	91	29	8	16	44	1.78
1769053--1769078	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
1770867--1770895	13	2.1	14	93	6	51	48	10	0	41	1.37
1771662--1771722	16	3.5	16	73	18	59	44	3	4	47	1.41
1771653--1771722	36	1.9	37	97	2	133	48	2	4	44	1.37
1771653--1771710	20	3.1	20	71	19	70	51	1	1	44	1.21
1776192--1776225	17	1.9	18	88	5	52	41	5	2	50	1.42
1776885--1776935	24	2.1	24	85	0	66	43	3	7	45	1.51
1785571--1785612	20	2.1	20	100	0	84	30	14	23	30	1.94
1787826--1787902	20	3.8	20	66	17	61	61	0	2	36	1.10
1787826--1787904	30	2.6	30	88	9	108	60	0	2	36	1.10
1790714--1790748	19	1.9	17	88	11	52	40	2	0	57	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1804860--1804907	25	2.0	25	84	8	64	35	0	6	58	1.23
1805229--1805269	17	2.3	19	88	12	61	36	0	2	60	1.10
1807079--1807140	32	1.9	32	87	6	90	25	19	11	43	1.84
1807484--1807562	31	2.5	32	82	10	83	50	12	11	25	1.73
1814680--1814716	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
1818808--1818855	19	2.7	18	73	20	55	37	0	4	58	1.18
1827187--1827229	3	14.7	3	95	4	79	32	0	0	67	0.91
1828434--1828473	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
1828755--1828782	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1831199--1831266	25	2.6	27	77	15	79	44	8	22	25	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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