genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  80  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23696952--23696986	18	2.0	18	88	5	54	22	22	5	48	1.72
23739707--23739738	5	6.6	5	96	3	57	81	0	0	18	0.70
23749929--23750017	42	2.1	42	100	0	178	47	17	28	6	1.73
23749930--23750002	24	3.3	24	67	21	77	45	17	28	8	1.77
23833021--23833069	25	2.0	25	100	0	98	24	18	32	24	1.97
23833052--23833359	151	2.0	151	92	2	512	30	16	19	33	1.93
23834053--23835822	623	2.8	623	93	0	3024	37	10	18	33	1.86
23835756--23835891	68	2.0	68	89	2	211	27	11	20	40	1.86
23839085--23839224	68	2.1	68	95	1	255	27	11	20	41	1.86
23839152--23840470	623	2.1	623	94	0	2316	36	10	17	34	1.85
23840399--23840538	68	2.1	68	97	1	264	26	12	20	41	1.87
23841715--23841854	68	2.1	68	97	1	264	27	11	20	40	1.86
23841092--23842477	691	2.0	691	95	0	2517	36	10	17	35	1.84
23841782--23844812	624	4.8	624	87	3	4382	36	9	16	34	1.82
23846638--23848291	624	2.7	624	97	0	3121	36	10	17	34	1.85
23848392--23849655	624	2.0	624	95	0	2251	37	10	17	34	1.84
23851598--23851622	12	2.1	12	100	0	50	48	24	0	28	1.52
23852572--23852629	22	2.8	21	84	5	73	10	27	22	39	1.86
23866156--23866435	27	10.4	27	87	1	355	41	21	17	19	1.90
23866157--23866431	81	3.4	81	88	1	399	41	21	17	19	1.90
23883075--23883139	34	1.9	34	100	0	130	29	18	24	27	1.98
23887323--23887371	26	1.9	25	84	12	64	14	14	10	61	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23888316--23888543	44	5.2	44	81	7	282	29	15	25	29	1.96
23888316--23888577	89	3.0	89	85	4	341	29	16	25	29	1.96
23889207--23889246	21	2.0	20	85	5	53	12	7	5	75	1.18
23890180--23890212	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
23892976--23893020	20	2.3	19	85	7	63	75	2	0	22	0.91
23901136--23901258	43	2.9	43	80	11	126	21	19	26	31	1.97
23903563--23903622	29	2.1	29	87	0	84	35	5	13	46	1.65
23905091--23905215	27	4.7	26	77	8	110	18	18	20	43	1.89
23905110--23905228	53	2.2	54	86	1	168	19	16	19	44	1.87
23910376--23910500	65	2.0	63	85	6	171	22	7	18	52	1.70
23916876--23917247	123	3.0	123	94	1	636	36	8	26	29	1.85
23927889--23927973	28	3.1	28	79	6	93	16	17	31	34	1.93
23931125--23931161	18	2.1	18	89	0	56	62	0	21	16	1.33
23947480--23947524	20	2.3	19	84	3	54	33	22	6	37	1.80
23955241--23955274	15	2.3	15	89	0	50	23	23	17	35	1.95
23961377--23961430	27	1.9	29	92	7	94	42	20	5	31	1.75
23975773--23975810	20	1.9	20	94	0	67	50	7	5	36	1.54
23978133--23978184	16	3.2	16	81	10	61	40	3	25	30	1.73
23978362--23978487	58	2.2	58	87	8	177	50	5	0	44	1.25
23978542--23978567	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
23984605--23984634	14	2.1	14	93	0	51	83	0	16	0	0.65
23985263--23985324	28	2.2	27	77	8	70	56	3	8	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23987746--23987783	20	1.9	20	100	0	76	28	5	39	26	1.78
23994098--23994159	22	3.0	21	73	13	56	43	0	0	56	0.99
23995010--23995154	72	2.0	72	100	0	290	34	13	9	42	1.76
23995340--23995398	19	3.0	20	82	4	77	33	3	11	50	1.56
23996065--23996122	18	3.2	19	78	7	57	60	1	5	32	1.29
23996465--23996497	16	2.1	16	88	5	50	54	0	0	45	0.99
23996449--23996502	26	2.0	28	92	7	94	48	0	0	51	1.00
23996638--23996676	20	2.0	20	84	0	51	25	2	5	66	1.25
23999245--23999298	27	2.0	27	96	0	99	35	14	16	33	1.90
24001726--24001758	7	4.7	7	100	0	66	45	12	0	42	1.41
24005095--24005126	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
24005357--24005544	51	3.7	51	79	9	231	30	28	17	23	1.97
24005352--24005536	101	1.8	102	89	3	293	30	27	17	24	1.97
24005344--24005536	102	1.9	102	88	3	282	30	27	18	24	1.98
24013731--24013958	27	8.4	27	68	12	119	41	19	17	21	1.91
24013731--24013932	54	3.7	53	76	9	158	42	19	16	21	1.90
24013732--24013958	81	2.8	82	81	4	212	40	19	17	21	1.91
24013975--24014047	24	3.0	24	87	0	110	26	6	23	43	1.78
24014159--24014382	107	2.1	108	89	0	342	19	20	24	35	1.96
24014337--24014446	32	3.5	31	80	6	123	20	20	20	37	1.95
24014640--24014669	8	3.8	8	95	0	51	23	13	20	43	1.86
24014670--24014757	46	1.9	46	83	4	115	22	20	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24017592--24017791	54	3.7	54	80	0	211	39	19	18	23	1.93
24017593--24017805	81	2.6	81	79	5	225	37	21	18	23	1.94
24017610--24017805	27	7.3	27	74	2	169	36	22	17	22	1.95
24017835--24017883	24	2.0	24	88	0	71	28	4	24	42	1.73
24017869--24017945	24	3.2	24	84	0	109	23	5	23	48	1.71
24017869--24017938	11	6.0	11	69	12	50	22	4	24	48	1.68
24018014--24018070	27	2.1	27	84	12	73	24	24	19	31	1.98
24018040--24018314	140	2.0	140	86	2	383	19	21	24	35	1.96
24018259--24018345	32	2.7	33	79	12	99	20	20	22	35	1.96
24018260--24018363	32	3.3	30	79	14	95	20	19	22	38	1.94
24024830--24024863	9	3.7	9	84	7	50	0	11	0	88	0.52
24024830--24024863	10	3.5	10	88	4	52	0	11	0	88	0.52
24029438--24029499	32	1.9	32	84	12	83	40	1	1	56	1.19
24029452--24029586	58	2.3	56	82	12	173	43	1	2	52	1.22
24029848--24029888	19	2.2	19	91	8	66	68	2	0	29	1.03
24030308--24030339	6	5.3	6	100	0	64	84	0	0	15	0.63
24040155--24040206	25	2.1	25	100	0	104	3	19	19	57	1.55
24042489--24042526	16	2.4	16	90	0	58	31	0	34	34	1.58
24042505--24042595	45	2.0	44	87	2	128	31	5	28	34	1.80
24042505--24042611	45	2.5	43	82	8	123	33	4	28	32	1.78
24042749--24042790	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
24048541--24048577	17	2.2	17	90	4	58	18	2	10	67	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24048732--24049177	113	3.9	114	76	4	420	34	17	21	27	1.95
24048732--24049104	114	3.3	114	78	3	439	34	17	20	27	1.95
24048716--24049191	227	2.1	227	90	1	749	34	16	20	27	1.95
24052199--24052252	27	2.0	27	82	7	65	5	14	27	51	1.64
24052593--24052681	44	2.0	44	88	2	133	19	5	25	49	1.70
24052617--24053017	219	1.8	218	87	5	603	18	14	17	49	1.80
24053893--24053942	17	3.2	17	78	21	72	38	6	6	50	1.52
24053913--24053937	13	1.9	13	100	0	50	44	8	8	40	1.63
24053934--24053972	16	2.5	15	88	8	60	38	0	7	53	1.30
24055207--24055256	21	2.4	21	86	0	73	36	18	44	2	1.61
24055663--24055909	42	5.8	42	91	1	404	22	20	22	34	1.96
24055665--24055909	85	2.9	85	95	2	429	22	20	22	35	1.96
24056453--24056486	9	3.7	9	84	7	50	0	11	0	88	0.52
24056453--24056486	10	3.5	10	88	4	52	0	11	0	88	0.52
24057549--24057597	4	12.5	4	82	4	64	73	4	0	22	1.00
24057554--24057597	16	2.8	16	96	3	81	72	4	0	22	1.02
24057549--24057618	13	5.3	13	74	14	54	70	2	2	24	1.15
24057683--24057723	22	1.9	21	85	5	55	56	2	4	36	1.34
24057687--24057756	28	2.6	26	79	4	77	57	4	4	34	1.38
24062183--24062250	10	6.4	11	72	16	54	44	1	0	54	1.09
24062191--24062325	58	2.3	57	86	5	182	43	0	2	53	1.18
24062418--24062511	46	2.1	44	86	11	129	36	20	5	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24062503--24062544	16	2.6	16	92	0	66	33	23	0	42	1.55
24073153--24073184	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24075873--24075948	26	2.9	26	80	0	80	28	15	14	40	1.87
24103238--24103280	19	2.3	19	84	8	52	25	2	13	58	1.48
24112129--24112316	41	4.5	41	70	9	114	24	15	22	37	1.93
24112125--24112291	41	4.0	41	71	9	122	26	15	21	36	1.93
24117849--24118072	107	2.1	108	93	0	378	41	11	14	33	1.81
24121929--24121997	28	2.5	27	76	21	72	24	18	26	30	1.98
24121956--24122142	41	4.6	41	89	0	286	25	18	25	31	1.98
24127326--24127422	51	1.9	51	97	0	185	27	10	10	51	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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