genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16562713--16562764	13	3.9	13	80	7	52	40	0	9	50	1.35
16566590--16566629	20	2.0	20	100	0	80	35	20	10	35	1.86
16593325--16593366	17	2.4	18	84	8	59	54	11	16	16	1.70
16600897--16600943	24	2.0	24	83	8	60	27	2	2	68	1.13
16602216--16602247	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
16605542--16605579	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
16605926--16605959	17	2.0	17	88	0	50	52	0	2	44	1.16
16610048--16610100	18	2.9	18	75	25	58	67	1	0	30	1.01
16611518--16611575	2	27.5	2	83	10	71	46	6	1	44	1.40
16611505--16611556	23	2.3	22	100	0	86	40	15	3	40	1.65
16611602--16611636	18	1.9	18	88	0	52	17	22	34	25	1.96
16612691--16612757	34	1.9	35	87	3	100	35	8	8	46	1.67
16614229--16614266	18	2.1	18	95	0	67	55	18	5	21	1.62
16614858--16614891	16	2.1	16	94	0	59	52	0	35	11	1.38
16616319--16616487	54	3.1	54	73	9	164	26	19	14	39	1.91
16616355--16616638	54	5.3	55	77	8	203	28	20	12	38	1.89
16616315--16616557	104	2.3	108	86	3	332	27	21	13	37	1.91
16616500--16616695	54	3.6	54	80	6	166	28	19	13	38	1.90
16621438--16621487	21	2.3	23	80	16	61	50	0	0	50	1.00
16625452--16625504	26	2.0	27	85	3	72	33	24	18	22	1.97
16628962--16629009	21	2.3	21	96	0	87	72	0	12	14	1.11
16629499--16629592	45	2.1	45	100	0	188	47	4	14	32	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16636889--16636945	28	2.0	29	83	10	73	56	1	1	40	1.20
16637930--16637954	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
16640478--16640517	20	2.0	19	85	9	53	42	12	10	35	1.76
16642268--16642300	15	2.2	15	100	0	66	66	6	0	27	1.15
16643130--16643158	11	2.5	12	88	11	51	75	0	13	10	1.04
16646424--16646522	44	2.2	44	84	7	121	30	20	17	32	1.95
16646480--16646724	132	1.9	132	86	0	355	28	22	19	30	1.98
16646718--16647086	50	7.4	50	71	3	303	24	24	20	29	1.99
16646734--16647086	100	3.5	100	94	0	591	24	24	21	28	1.99
16647068--16648505	132	10.7	131	78	4	1386	25	22	17	26	1.94
16648487--16648629	45	3.2	45	71	4	128	20	25	23	30	1.99
16649849--16649890	7	6.0	7	79	20	52	14	16	0	69	1.20
16657854--16657901	20	2.4	21	86	6	64	45	4	6	43	1.48
16660039--16660102	30	2.2	29	82	2	74	67	4	1	26	1.19
16660566--16660596	15	2.1	15	93	0	53	54	6	0	38	1.26
16660989--16661033	22	2.1	22	83	4	56	44	4	2	48	1.35
16661014--16661061	24	2.0	25	87	4	71	54	2	0	43	1.12
16661019--16661070	24	2.1	24	82	3	59	53	3	0	42	1.19
16661063--16661105	11	4.0	11	80	14	54	32	6	0	60	1.23
16661161--16661241	18	4.1	19	71	21	60	28	2	2	66	1.17
16661195--16661241	10	4.7	10	75	19	53	29	2	2	65	1.15
16662472--16662506	3	11.3	3	87	6	52	31	2	0	65	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16662572--16662600	8	3.8	8	90	9	51	13	0	0	86	0.58
16662572--16662600	15	1.9	15	100	0	58	13	0	0	86	0.58
16662734--16662758	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
16663069--16663106	10	3.5	11	86	13	53	15	5	2	76	1.08
16665426--16665484	26	2.3	25	82	8	73	49	10	11	28	1.72
16670357--16670400	18	2.4	18	80	3	52	56	2	4	36	1.32
16674371--16674418	21	2.3	21	81	0	60	18	31	22	27	1.97
16690051--16690182	25	5.3	25	76	8	110	32	19	22	25	1.97
16690051--16690187	50	2.7	50	75	14	131	32	20	21	24	1.97
16695379--16695405	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
16699673--16699740	21	3.2	20	80	16	66	2	20	4	72	1.16
16699668--16699734	23	3.0	22	75	24	68	1	22	4	71	1.12
16700261--16700459	63	3.2	63	78	6	208	30	24	22	23	1.99
16709236--16709275	20	2.0	20	90	5	62	27	0	5	67	1.11
16713362--16714035	140	5.0	126	76	14	596	28	19	20	31	1.97
16713484--16714035	140	3.9	140	85	0	710	28	19	20	31	1.97
16715411--16715483	29	2.4	30	72	20	80	35	6	13	43	1.71
16717647--16717998	36	9.6	35	76	8	301	25	21	15	38	1.92
16717629--16717998	73	5.1	72	77	7	318	25	20	15	38	1.92
16717647--16717987	184	1.9	184	89	2	533	25	21	14	38	1.92
16717647--16718022	109	3.4	108	77	7	341	25	21	15	38	1.92
16724520--16724544	13	1.9	13	100	0	50	0	32	4	64	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16729315--16729440	64	2.0	64	100	0	252	61	5	23	9	1.47
16730674--16730784	51	2.2	49	81	9	125	45	9	16	28	1.77
16730776--16730800	7	3.6	7	100	0	50	76	0	12	12	1.04
16735026--16735094	29	2.3	30	80	7	79	39	11	11	37	1.78
16743704--16743740	17	2.1	18	90	5	58	29	24	0	45	1.53
16744471--16744542	1	72.0	1	77	0	54	86	2	0	11	0.68
16744471--16744540	9	7.9	9	84	9	99	85	2	0	11	0.69
16744471--16744542	17	4.2	16	85	13	92	86	2	0	11	0.68
16744471--16744539	26	2.6	26	88	8	104	85	2	0	11	0.70
16744471--16744540	27	2.6	28	91	6	110	85	2	0	11	0.69
16744560--16744602	6	7.0	6	85	15	61	81	0	18	0	0.69
16744551--16744601	25	2.1	25	92	3	86	82	0	15	1	0.76
16747011--16747989	88	11.2	88	93	1	1571	27	23	24	24	2.00
16747954--16748064	45	2.5	45	80	10	120	32	23	25	18	1.97
16748084--16748276	98	2.0	99	84	3	255	30	23	22	22	1.99
16748086--16748288	50	4.1	50	75	6	198	30	23	23	23	1.99
16748133--16748359	50	4.6	50	77	3	154	31	23	20	24	1.98
16748273--16748597	125	2.6	125	96	0	578	34	21	18	24	1.96
16748632--16748888	44	5.8	45	74	12	151	28	19	24	27	1.98
16750817--16750853	2	18.5	2	88	0	56	45	5	0	48	1.25
16764913--16765061	44	3.3	44	73	18	151	32	20	18	27	1.96
16764849--16765306	94	4.9	95	84	3	527	32	19	19	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16767790--16767819	6	4.8	6	95	4	51	13	0	0	86	0.57
16768467--16768493	14	1.9	14	100	0	54	29	0	3	66	1.09
16768753--16768796	18	2.5	18	88	3	63	15	4	6	72	1.22
16770825--16770862	20	1.9	19	89	5	58	23	21	13	42	1.88
16773664--16773710	7	7.0	7	85	9	71	68	0	17	14	1.22
16773664--16773710	13	3.5	14	85	8	71	68	0	17	14	1.22
16773664--16773710	20	2.3	20	96	0	85	68	0	17	14	1.22
16774966--16775579	175	3.5	175	92	1	1009	31	19	20	28	1.97
16775332--16775797	218	2.1	219	89	3	708	32	20	19	27	1.97
16775509--16776148	175	3.7	175	91	2	963	31	20	20	27	1.97
16775899--16776801	218	4.1	218	94	1	1551	31	20	21	26	1.98
16774982--16776801	44	41.7	44	67	14	495	31	20	20	27	1.97
16774982--16776588	131	12.3	132	69	11	657	31	19	20	27	1.97
16774981--16776545	742	2.1	736	82	4	1819	31	19	20	27	1.97
16776554--16776878	175	1.9	174	83	4	431	31	20	20	28	1.97
16776724--16777025	129	2.3	128	86	5	428	31	17	20	30	1.96
16777007--16777179	46	3.8	46	90	0	238	27	13	26	32	1.94
16778175--16778216	6	6.8	6	97	2	75	14	0	0	85	0.59
16778175--16778226	18	2.8	18	88	8	61	13	1	1	82	0.84
16778876--16778902	14	1.9	14	100	0	54	29	0	3	66	1.09
16778974--16779018	24	1.9	23	86	4	63	31	8	2	57	1.41
16779163--16779206	18	2.5	18	88	3	63	15	4	6	72	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16780844--16780967	43	2.9	43	80	4	124	31	29	19	20	1.97
16781780--16781818	6	6.5	6	100	0	78	0	15	0	84	0.62
16786153--16786186	17	2.1	17	88	5	52	38	0	2	58	1.13
16791009--16791058	22	2.4	19	81	18	55	38	0	0	62	0.96
16793130--16793243	51	2.2	51	90	0	174	28	29	20	21	1.98
16796322--16796421	29	3.4	28	71	15	78	34	17	4	45	1.67
16796805--16796863	4	14.2	4	77	19	50	71	0	28	0	0.87
16796806--16796867	12	5.2	12	74	16	58	69	0	30	0	0.89
16796804--16796860	21	2.8	21	89	2	89	71	0	28	0	0.86
16796807--16796863	17	3.5	15	79	15	51	70	0	29	0	0.88

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