genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  25  of  187  ( 22383 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8139895--8139930	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8140857--8140996	69	2.0	69	100	0	280	32	7	11	48	1.66
8144431--8144521	37	2.5	37	85	0	110	41	25	16	16	1.89
8149615--8149711	48	2.0	48	100	0	194	43	23	6	26	1.77
8162658--8162694	9	4.0	9	86	6	56	54	0	0	45	1.00
8162658--8162694	19	2.0	18	89	5	56	54	0	0	45	1.00
8176410--8176794	93	4.1	93	83	2	405	26	15	17	40	1.90
8176410--8176795	186	2.1	186	81	0	450	26	15	17	40	1.90
8178675--8178793	31	3.9	31	71	14	104	26	15	12	44	1.83
8178652--8178785	59	2.3	59	88	5	216	26	15	12	45	1.82
8184129--8184324	106	1.8	105	82	6	252	31	14	13	39	1.86
8204728--8204777	21	2.4	22	80	10	59	38	4	2	56	1.30
8204892--8204932	3	13.3	3	94	5	73	34	0	0	65	0.93
8206095--8206155	31	2.0	31	83	6	79	39	16	9	34	1.82
8210114--8210153	9	4.4	9	80	0	53	47	0	2	50	1.14
8214696--8214739	17	2.5	17	82	13	54	61	0	2	36	1.09
8217878--8217907	16	1.9	15	93	6	51	30	10	0	60	1.30
8220519--8220583	29	2.2	31	86	5	89	43	13	7	35	1.73
8237836--8237872	19	1.9	19	94	0	65	29	2	0	67	1.04
8243713--8243907	33	5.4	33	68	21	131	32	28	17	20	1.96
8243704--8243909	75	2.7	75	90	0	322	32	28	17	20	1.96
8246008--8246146	46	3.0	46	93	0	233	29	28	9	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8247372--8247419	17	2.9	17	90	3	71	54	18	0	27	1.44
8254045--8254168	33	3.5	33	72	18	113	32	28	19	20	1.97
8254038--8254245	75	2.8	75	90	0	317	33	27	18	21	1.96
8258452--8258540	40	2.2	41	84	9	112	41	3	1	53	1.24
8266619--8266651	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
8266837--8266879	22	2.0	22	81	9	52	58	9	11	20	1.61
8271557--8271588	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
8271752--8271870	41	2.8	42	79	6	134	31	28	17	21	1.96
8271749--8271905	43	3.7	42	76	13	160	30	28	19	21	1.98
8271749--8271906	84	1.9	84	83	7	205	31	27	19	21	1.98
8284238--8284277	18	2.2	18	86	8	55	10	25	2	62	1.39
8286097--8286243	73	2.0	73	91	0	240	38	10	19	30	1.86
8299707--8299734	14	2.0	14	100	0	56	42	14	28	14	1.84
8302059--8302093	16	2.1	16	89	5	52	60	0	0	40	0.97
8316457--8316536	2	40.0	2	92	0	124	45	0	3	51	1.19
8317066--8317155	3	30.7	3	74	12	53	60	1	7	31	1.32
8317062--8317126	24	2.7	26	81	9	66	58	1	7	32	1.36
8320065--8320093	14	2.0	15	93	6	51	13	31	0	55	1.39
8326184--8326264	30	2.7	30	86	0	99	33	23	16	27	1.95
8326291--8326521	113	2.0	115	94	1	412	39	20	10	29	1.87
8329576--8329653	40	1.9	41	94	2	140	0	25	10	64	1.25
8331698--8331737	12	3.3	12	78	0	53	60	17	12	10	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8331689--8331737	24	2.0	24	100	0	98	55	20	12	12	1.68
8332030--8332057	13	2.2	13	100	0	56	46	25	7	21	1.76
8332959--8333128	22	7.4	23	71	20	119	38	19	25	16	1.92
8332994--8333032	19	2.1	19	90	0	60	30	17	30	20	1.96
8333013--8333128	47	2.5	47	95	2	207	38	19	24	17	1.93
8334423--8334456	17	2.0	17	88	0	50	35	17	11	35	1.87
8338938--8338967	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
8339501--8339531	12	2.6	12	94	0	53	70	3	25	0	1.02
8339867--8339908	22	2.0	20	82	17	50	47	0	26	26	1.52
8344102--8344222	57	2.1	57	83	4	145	47	7	18	27	1.75
8349026--8349065	6	6.7	6	88	11	64	85	0	0	15	0.61
8352626--8352791	83	2.0	83	98	0	323	14	15	16	53	1.73
8355140--8355166	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8355206--8355255	23	2.2	23	82	7	57	34	6	4	56	1.43
8362499--8362565	31	2.2	31	100	0	134	14	23	2	58	1.51
8362945--8362974	14	2.1	14	93	0	51	40	6	10	43	1.64
8365601--8365641	19	2.0	21	86	9	59	29	9	4	56	1.53
8369427--8369467	20	2.0	20	100	0	82	41	0	24	34	1.55
8372324--8372349	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8376750--8376794	23	2.0	23	90	0	72	62	0	28	8	1.25
8383756--8383851	39	2.5	37	75	12	97	22	26	23	27	2.00
8387576--8387613	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8400507--8400549	22	2.0	22	90	0	68	55	11	0	32	1.36
8404619--8404669	20	2.5	20	84	6	59	54	0	3	41	1.19
8409519--8409598	30	2.7	30	90	3	126	36	21	13	28	1.92
8411159--8411200	6	7.0	6	100	0	84	0	16	0	83	0.65
8412379--8412411	4	8.2	4	100	0	66	75	0	0	24	0.80
8413458--8413511	27	2.0	27	96	0	99	40	1	18	38	1.61
8430458--8430490	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8431728--8431841	60	1.9	60	85	0	156	42	10	8	38	1.71
8443004--8443042	19	2.1	19	100	0	78	66	12	5	15	1.41
8443517--8443557	15	2.6	16	84	11	57	7	7	36	48	1.59
8451547--8451594	16	3.1	16	82	11	57	20	6	0	72	1.05
8468042--8468068	12	2.2	12	100	0	54	40	25	18	14	1.89
8473225--8473291	2	33.5	2	90	0	107	46	0	53	0	1.00
8481479--8481505	12	2.2	12	100	0	54	40	25	18	14	1.89
8489428--8489483	6	9.3	6	96	0	103	0	48	17	33	1.48
8495736--8495768	16	1.9	18	88	11	52	45	0	3	51	1.16
8495852--8495916	27	2.4	27	97	0	121	30	23	32	13	1.93
8496147--8496172	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
8496241--8496302	22	3.0	22	86	11	94	29	1	11	58	1.42
8496359--8496478	27	4.9	26	76	18	132	32	0	12	54	1.44
8496411--8496454	21	2.1	21	91	0	70	29	2	11	56	1.46
8496352--8496531	48	3.7	49	81	5	199	32	1	13	52	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8496239--8496457	19	11.5	19	67	22	120	31	1	12	54	1.47
8496519--8496640	60	2.0	60	85	3	165	30	0	13	54	1.45
8496674--8496754	37	2.2	37	97	2	153	54	2	2	40	1.27
8496796--8496832	16	2.4	15	90	4	56	35	2	2	59	1.26
8503318--8503371	6	9.0	6	91	0	81	0	44	20	35	1.52
8512254--8512320	2	33.5	2	90	0	107	46	0	53	0	1.00
8520709--8520743	6	5.8	6	86	0	52	17	0	5	77	0.96
8520710--8520755	18	2.7	17	83	6	58	15	0	8	76	1.02
8526708--8526732	12	2.1	12	100	0	50	8	24	24	44	1.80
8537681--8537777	21	4.5	22	72	11	85	55	0	2	42	1.11
8537717--8537784	11	6.4	11	76	20	65	57	0	2	39	1.14
8537703--8537794	41	2.3	41	92	3	152	58	0	2	39	1.10
8538556--8538590	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
8542792--8542822	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8545254--8545299	21	2.2	21	84	3	58	39	2	21	36	1.66
8545265--8545312	20	2.3	21	89	3	71	27	2	22	47	1.62
8545345--8545403	19	3.0	20	75	9	66	20	6	3	69	1.26
8546420--8546485	28	2.4	28	97	0	123	40	10	0	48	1.38
8546549--8546627	27	2.9	27	79	7	90	27	21	30	20	1.98
8547199--8547286	18	4.7	19	78	5	108	37	13	0	48	1.43
8547199--8547294	19	5.2	18	77	14	97	37	13	1	47	1.50
8547199--8547286	37	2.4	37	100	0	176	37	13	0	48	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8547363--8547527	82	2.0	82	96	0	303	38	6	10	45	1.63
8547602--8547667	19	3.5	19	79	4	89	50	1	10	37	1.47
8547976--8548061	27	3.2	27	85	3	111	18	27	25	27	1.98
8548110--8548174	28	2.4	27	92	2	112	50	0	7	41	1.31
8549900--8549970	29	2.4	30	79	11	74	47	2	2	46	1.31
8553084--8553537	44	10.4	44	82	3	549	27	15	26	30	1.96
8553095--8553576	263	1.8	264	86	2	709	28	15	26	29	1.96
8554188--8554231	22	2.0	21	82	4	52	61	4	20	13	1.50
8554358--8554400	9	4.7	9	88	5	68	20	2	2	74	1.04
8554358--8554400	19	2.3	18	92	4	68	20	2	2	74	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187