genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148647--2148676	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2149357--2149435	30	2.6	30	80	6	79	25	11	16	46	1.80
2154091--2154123	16	2.1	16	88	5	50	33	18	21	27	1.96
2156609--2156668	29	2.1	28	84	12	77	46	5	20	28	1.71
2166864--2166898	16	2.2	16	100	0	70	34	5	22	37	1.78
2167800--2167860	27	2.3	27	83	5	81	62	1	1	34	1.15
2168503--2168534	7	4.6	7	100	0	64	12	0	0	87	0.54
2171893--2172007	60	1.9	60	81	0	140	27	16	6	48	1.72
2175462--2175511	2	26.0	2	92	8	86	50	0	0	50	1.00
2176247--2176829	300	1.9	300	83	2	760	38	9	14	36	1.80
2179040--2179073	6	5.5	6	89	6	50	79	0	0	20	0.73
2179041--2179073	13	2.5	13	95	0	57	81	0	0	18	0.68
2179647--2179676	14	2.2	14	94	5	53	60	3	0	36	1.14
2179695--2179775	26	3.2	26	64	28	66	49	6	1	43	1.35
2179700--2179777	23	3.3	23	66	22	61	47	6	1	44	1.36
2179694--2179791	49	2.0	49	97	0	187	47	8	2	41	1.44
2193448--2193495	20	2.4	20	79	6	53	33	0	2	64	1.05
2194056--2194104	2	26.5	2	84	15	70	46	0	0	53	1.00
2196457--2196498	20	2.0	20	86	9	57	66	4	0	28	1.12
2198080--2198214	10	12.7	11	67	22	60	50	0	3	45	1.19
2200853--2201296	46	9.6	46	91	5	709	33	14	22	29	1.94
2201143--2201254	54	2.1	53	93	3	190	33	11	25	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205034--2205060	13	2.1	13	100	0	54	59	0	0	40	0.98
2215073--2215097	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
2215401--2215448	25	2.0	24	84	12	62	43	2	22	31	1.65
2215684--2215742	15	3.8	15	72	14	57	49	1	3	45	1.28
2215655--2215749	31	3.1	31	84	4	122	51	2	3	43	1.29
2215697--2215770	31	2.4	31	79	2	85	52	4	4	39	1.39
2216932--2217000	24	3.0	23	78	4	57	26	26	17	30	1.97
2217178--2217223	24	1.9	24	90	0	74	23	19	15	41	1.89
2217178--2217244	24	2.8	24	82	11	66	25	19	16	38	1.92
2223222--2223255	18	1.9	18	88	5	52	20	41	0	38	1.53
2231688--2231727	21	1.9	21	89	0	62	37	0	0	62	0.95
2241203--2241262	30	2.0	31	83	3	77	35	8	1	55	1.40
2243670--2243713	3	14.7	3	90	0	70	34	61	0	4	1.16
2246343--2246385	22	2.0	22	81	9	52	55	9	13	20	1.66
2254775--2254799	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
2254768--2254823	21	2.6	22	78	13	64	50	1	0	48	1.11
2255180--2255221	17	2.4	18	88	4	59	47	2	4	45	1.36
2268169--2268231	33	1.9	33	90	0	99	34	11	12	41	1.79
2269680--2269815	68	2.0	68	100	0	272	45	13	2	38	1.58
2277715--2277769	15	3.7	15	74	13	60	72	10	3	12	1.24
2281504--2281549	22	2.1	22	83	0	56	26	10	8	54	1.64
2281567--2281630	30	2.1	31	88	2	94	25	3	12	59	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2291736--2291806	31	2.3	31	80	7	81	36	9	11	42	1.74
2292283--2292321	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2292654--2292717	29	2.2	29	85	0	83	35	4	6	53	1.47
2296676--2296757	24	3.4	25	73	8	71	37	23	21	17	1.93
2296885--2296974	25	3.6	25	95	0	153	40	22	22	15	1.91
2298888--2298917	5	6.0	5	96	0	51	0	36	0	63	0.95
2301875--2301959	38	2.2	38	87	6	118	29	5	0	64	1.17
2302111--2302154	16	2.9	15	80	16	54	27	6	2	63	1.31
2302351--2302415	31	2.1	31	85	0	85	23	9	7	60	1.53
2311262--2311333	32	2.2	33	81	18	82	56	1	0	41	1.07
2311290--2311329	21	2.0	20	85	5	53	52	2	0	45	1.14
2314757--2314824	30	2.3	30	82	5	84	25	8	20	45	1.80
2315146--2315224	41	1.9	41	94	0	140	34	7	10	48	1.65
2316231--2316356	49	2.6	49	80	10	143	26	26	17	28	1.98
2323365--2323401	18	2.1	19	90	10	60	29	0	16	54	1.43
2325735--2325800	30	2.2	30	100	0	132	59	0	9	31	1.29
2326567--2326602	17	2.1	18	90	10	58	36	2	0	61	1.11
2344613--2344834	93	2.4	92	79	6	243	23	23	17	34	1.96
2344766--2344835	31	2.3	31	85	5	97	25	25	18	30	1.98
2351330--2351359	13	2.3	13	94	0	51	46	6	23	23	1.75
2354149--2354420	136	2.0	135	96	0	499	31	18	16	33	1.93
2361910--2361962	23	2.3	23	83	6	63	35	1	3	58	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2367644--2367716	21	3.5	21	75	7	85	60	1	15	23	1.43
2367628--2367956	49	6.9	48	87	6	393	60	0	14	24	1.40
2367628--2367956	97	3.5	95	85	4	409	60	0	14	24	1.40
2367717--2367839	22	5.2	22	68	22	79	65	0	10	23	1.29
2367833--2367908	21	3.2	22	66	33	59	52	0	18	28	1.45
2367904--2367943	20	2.0	20	85	9	55	60	0	15	25	1.35
2367960--2368017	5	11.2	5	83	12	73	62	1	18	17	1.42
2368340--2368437	5	17.4	5	71	17	52	54	0	15	30	1.42
2368365--2368437	28	2.6	28	86	4	94	53	0	15	31	1.42
2368509--2368578	17	4.4	16	77	13	74	60	2	18	18	1.49
2368509--2368578	11	6.7	10	75	16	63	60	2	18	18	1.49
2368509--2368578	5	13.4	5	75	19	63	60	2	18	18	1.49
2368518--2368596	41	1.9	42	89	2	124	63	2	15	18	1.42
2368525--2368597	17	4.2	17	80	11	69	65	2	13	17	1.38
2368552--2368603	18	2.9	17	80	5	59	71	0	11	17	1.15
2368797--2368839	22	2.0	22	90	9	70	65	2	4	27	1.25
2368864--2368911	20	2.3	22	79	13	57	62	0	10	27	1.27
2369635--2369662	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
2371908--2372042	57	2.3	61	85	12	183	22	23	22	31	1.99
2375066--2375101	12	3.0	12	87	0	54	0	25	2	72	0.98
2375595--2375641	3	15.7	3	90	0	76	61	0	2	36	1.08
2383162--2383187	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2389358--2389418	22	2.8	22	85	9	88	40	18	21	19	1.91
2389355--2389528	25	7.4	25	75	11	113	38	17	24	20	1.93
2399922--2399968	2	24.0	2	82	4	60	2	46	2	48	1.25
2399907--2399955	23	2.2	23	82	7	57	8	46	2	42	1.45
2412534--2412567	7	4.9	7	100	0	68	26	0	0	73	0.83
2412769--2412807	15	2.6	15	87	0	51	53	0	2	43	1.14
2412869--2412944	36	2.2	34	83	9	91	39	6	1	52	1.36
2417745--2417779	15	2.2	17	90	10	56	80	5	0	14	0.89
2419441--2419467	10	2.7	10	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2426156--2426220	31	2.2	31	86	5	89	36	15	13	33	1.87
2427690--2427726	19	2.0	18	89	5	56	32	5	0	62	1.18
2437590--2437623	14	2.3	14	90	10	50	47	0	0	52	1.00
2437575--2437650	37	2.1	37	82	9	93	42	1	1	55	1.16
2453694--2453730	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2454218--2454264	24	2.0	23	84	12	60	29	14	4	51	1.62
2454899--2454947	23	2.2	22	81	3	53	2	18	8	71	1.21
2454979--2455026	3	15.7	3	91	4	78	64	2	0	33	1.05
2455704--2455728	8	3.1	8	100	0	50	88	0	12	0	0.53
2456493--2456529	18	2.1	18	100	0	74	16	10	27	45	1.80
2462672--2462696	13	1.9	13	100	0	50	48	0	12	40	1.40
2485862--2485929	34	2.0	34	100	0	136	44	5	20	29	1.75
2486241--2486274	3	11.3	3	87	0	50	73	0	0	26	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486293--2486330	4	9.5	4	100	0	76	26	0	23	50	1.50
2487609--2487647	18	2.2	18	86	9	53	33	0	2	64	1.08
2490437--2490470	15	2.3	15	89	0	50	32	2	5	58	1.37
2491611--2491696	45	1.9	45	81	9	104	54	2	1	41	1.20
2491668--2491705	20	1.9	20	88	0	58	57	2	0	39	1.12
2496665--2496728	30	2.1	30	83	11	78	45	0	4	50	1.22
2498031--2498120	29	3.2	28	74	21	89	50	6	1	42	1.36
2501404--2501467	28	2.3	29	83	5	78	62	0	1	35	1.05
2501403--2501529	44	3.2	39	80	11	102	55	0	3	40	1.15
2501424--2501499	20	3.9	21	70	26	60	53	0	2	43	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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