genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  94  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28059517--28059549	14	2.2	16	89	10	52	60	33	0	6	1.21
28061253--28061285	16	2.1	16	88	11	50	48	0	0	51	1.00
28062929--28062968	19	2.1	19	86	9	55	32	7	0	60	1.25
28063234--28063292	31	1.9	31	86	13	86	22	1	20	55	1.52
28065043--28065208	67	2.9	54	76	18	156	51	3	4	40	1.39
28073315--28073441	62	2.0	62	98	0	245	37	21	12	29	1.90
28075520--28075577	12	4.6	13	76	6	57	67	1	1	29	1.11
28075555--28075581	12	2.2	12	100	0	54	74	0	7	18	1.05
28075612--28075684	31	2.3	32	76	9	78	43	0	27	28	1.55
28079453--28079505	21	2.4	23	78	6	65	20	3	13	62	1.46
28087737--28087769	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
28088662--28088697	9	4.0	9	92	0	63	44	13	11	30	1.79
28089077--28089116	20	2.0	20	85	0	53	20	32	0	47	1.50
28089785--28089828	20	2.3	20	85	11	58	31	9	2	56	1.43
28100572--28100647	26	3.0	25	84	3	91	39	6	17	36	1.75
28100572--28100647	25	3.0	25	80	3	89	39	6	17	36	1.75
28111244--28111362	59	2.0	59	98	0	229	28	14	10	46	1.78
28113125--28113156	12	2.7	12	90	0	55	18	21	6	53	1.67
28113453--28113597	50	2.7	53	82	6	161	21	30	23	24	1.99
28115033--28115135	47	2.2	47	92	1	172	29	19	8	42	1.81
28142739--28142800	22	2.8	22	92	0	97	35	14	25	24	1.93
28151326--28151369	20	2.2	21	84	12	65	27	0	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28151335--28151381	20	2.3	20	81	0	58	34	2	4	59	1.29
28151565--28151619	21	2.7	21	83	10	69	61	0	0	38	0.96
28151893--28151930	16	2.3	17	86	4	51	68	0	0	31	0.90
28152154--28152195	18	2.4	18	84	4	59	64	4	0	30	1.14
28153770--28153826	21	2.7	21	80	0	60	35	17	12	35	1.87
28157737--28157793	30	1.9	29	85	3	78	35	3	7	54	1.45
28158438--28158473	17	2.1	17	94	0	63	36	11	19	33	1.87
28163846--28163883	2	19.5	2	94	5	69	47	0	0	52	1.00
28163845--28163883	17	2.4	17	95	4	71	46	0	0	53	1.00
28163841--28163881	19	2.2	19	95	0	73	43	0	0	56	0.99
28163846--28163886	21	2.0	21	100	0	82	46	0	0	53	1.00
28164287--28164335	21	2.4	21	96	3	91	63	0	0	36	0.95
28164828--28164870	15	2.9	14	86	10	50	41	0	0	58	0.98
28164966--28165001	14	2.5	14	86	4	54	27	0	5	66	1.13
28165935--28165973	21	1.9	19	90	10	60	48	0	0	51	1.00
28168225--28168285	23	2.8	21	78	11	70	39	24	21	14	1.91
28169191--28169226	18	1.9	19	94	5	65	50	5	0	44	1.25
28169195--28169237	18	2.3	18	84	11	52	51	6	0	41	1.29
28170965--28171023	21	2.8	21	68	0	55	28	27	27	16	1.97
28176359--28176395	16	2.3	16	100	0	74	29	8	27	35	1.85
28178176--28178892	382	1.9	381	94	0	1281	34	19	18	28	1.95
28179783--28179836	19	2.9	18	86	8	72	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28184506--28184549	20	2.2	20	88	8	63	36	4	0	59	1.18
28184516--28184561	20	2.1	21	84	11	58	34	6	0	58	1.24
28188445--28188772	165	2.0	165	97	0	620	20	20	12	46	1.83
28193209--28193268	28	2.1	28	81	6	68	25	1	3	70	1.12
28197916--28197957	16	2.7	16	89	10	61	85	2	11	0	0.68
28199264--28199418	43	3.6	43	75	6	161	25	25	24	23	2.00
28199238--28199648	86	4.7	87	77	5	357	30	22	23	23	1.99
28199428--28199771	174	2.0	174	94	0	598	30	23	22	23	1.99
28199568--28199989	218	1.9	218	88	2	634	29	21	23	25	1.99
28199779--28200131	175	2.0	174	88	2	519	29	21	23	25	1.99
28199791--28200316	176	3.0	173	82	5	560	28	22	24	24	1.99
28200030--28200370	88	3.9	88	88	0	495	26	23	26	24	2.00
28200050--28200276	44	5.2	44	67	4	170	24	22	26	25	2.00
28200353--28200586	44	5.3	44	80	3	290	30	14	22	32	1.94
28200355--28200614	88	2.9	90	87	2	391	31	14	23	31	1.94
28200344--28200614	89	3.1	89	86	2	366	31	14	23	30	1.94
28205682--28205717	18	2.0	18	100	0	72	22	38	5	33	1.77
28207396--28207438	22	2.0	22	90	0	68	30	11	30	27	1.92
28209158--28209226	34	2.0	34	100	0	138	44	11	14	28	1.80
28209169--28209242	34	2.2	33	80	9	78	47	14	16	21	1.82
28216271--28216460	27	7.1	26	85	4	107	20	16	21	42	1.89
28216304--28216583	27	10.4	27	83	4	325	17	16	20	45	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28216305--28216583	54	5.2	54	86	3	393	17	16	20	45	1.85
28221930--28222017	45	1.9	46	83	2	115	43	4	19	32	1.71
28223770--28223807	18	2.1	18	90	0	58	52	0	0	47	1.00
28224508--28224558	26	1.9	26	88	4	75	64	1	0	33	1.05
28228885--28228951	34	1.9	35	90	3	109	32	8	13	44	1.75
28234393--28234435	21	2.0	22	82	13	54	41	18	2	37	1.63
28235341--28235410	34	2.1	34	100	0	140	17	17	5	60	1.55
28239086--28239169	24	3.3	27	75	22	76	54	1	1	42	1.15
28239116--28239183	24	2.9	24	76	4	77	52	1	1	44	1.19
28252131--28252190	27	2.2	28	80	14	72	23	16	23	36	1.94
28252146--28252343	27	7.4	26	78	14	181	19	17	19	42	1.89
28252146--28252343	54	3.7	53	82	10	233	19	17	19	42	1.89
28252146--28252343	80	2.5	80	81	7	231	19	17	19	42	1.89
28254582--28254718	25	5.5	25	72	20	101	35	27	15	22	1.94
28254582--28254722	50	2.8	50	89	3	223	34	26	15	22	1.94
28261468--28261509	18	2.3	18	83	0	57	11	35	35	16	1.86
28279062--28279110	21	2.3	21	85	0	62	38	32	2	26	1.68
28284986--28285131	78	1.9	78	85	2	204	32	15	21	30	1.94
28296927--28297095	67	2.5	68	79	2	180	27	21	18	31	1.97
28297135--28297228	27	3.5	27	73	0	80	23	28	12	35	1.92
28298758--28298805	25	1.9	25	82	0	60	39	33	6	20	1.78
28298955--28299457	51	10.1	51	81	4	499	38	18	11	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28298958--28299457	153	3.3	150	84	5	597	38	19	11	31	1.87
28299320--28299399	40	2.0	40	95	0	142	36	18	8	36	1.82
28299269--28299449	91	2.0	91	85	0	245	39	18	9	32	1.84
28300011--28300275	42	6.3	42	86	3	356	24	28	20	27	1.99
28305469--28305627	41	3.9	41	92	0	246	32	28	19	20	1.97
28306299--28306362	12	5.2	12	72	23	53	48	1	1	48	1.20
28312244--28312355	25	4.5	25	80	5	102	33	21	22	23	1.98
28312340--28312487	74	2.0	74	97	0	278	33	20	16	29	1.94
28318985--28319231	50	4.8	50	79	8	241	27	21	28	23	1.99
28319506--28319679	84	2.1	84	100	0	348	25	10	9	55	1.63
28319545--28319684	45	3.2	45	66	15	132	26	12	7	53	1.65
28321840--28321897	25	2.3	25	93	0	98	29	25	22	22	1.99
28321852--28321911	25	2.4	25	85	2	75	36	20	23	20	1.95
28323079--28323146	22	3.0	22	70	19	68	33	0	11	54	1.37
28323310--28323422	25	4.5	25	78	8	104	24	25	21	28	1.99
28323307--28323422	50	2.3	50	80	5	144	25	25	20	28	1.99
28328323--28328349	13	2.1	13	100	0	54	40	14	22	22	1.90
28330877--28330983	50	2.1	50	85	0	142	25	24	22	28	2.00
28330897--28330978	25	3.3	25	72	6	85	26	25	20	26	1.99
28335663--28335707	18	2.5	18	85	7	65	37	0	17	44	1.49
28338056--28338094	13	3.0	13	84	0	51	46	7	5	41	1.55
28345877--28345918	10	4.4	10	82	8	52	11	9	0	78	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28345876--28345918	19	2.2	20	91	4	70	11	9	0	79	0.95
28347098--28347524	107	4.0	108	87	3	587	33	17	15	33	1.91
28348941--28348985	19	2.4	19	85	10	58	26	22	11	40	1.87
28366828--28366852	9	2.8	9	100	0	50	68	8	0	24	1.16
28372737--28372812	38	2.0	38	100	0	152	36	5	13	44	1.66
28377214--28377238	9	2.8	9	100	0	50	80	0	8	12	0.92
28377389--28377432	19	2.3	18	81	11	52	61	0	0	38	0.96
28377965--28378007	18	2.3	19	80	4	52	34	0	2	62	1.08
28387824--28387880	30	1.9	30	92	7	98	21	42	0	36	1.53
28394437--28394508	11	6.8	11	70	20	55	43	1	1	54	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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