genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20958400--20958434	15	2.3	15	95	0	61	31	17	2	48	1.61
20958407--20958439	15	2.2	15	94	0	57	42	12	6	39	1.67
20958549--20958662	61	1.9	58	87	5	165	50	6	4	39	1.47
20958640--20958691	20	2.8	18	73	21	54	50	5	3	40	1.45
20963505--20963539	15	2.2	16	90	5	54	42	0	5	51	1.25
20964237--20964280	19	2.3	19	88	7	63	34	2	4	59	1.30
20977560--20977599	6	6.5	6	97	2	71	32	0	67	0	0.91
20978283--20978361	36	2.2	37	80	11	92	62	8	6	22	1.48
20983862--20983915	26	2.2	25	83	9	67	48	0	1	50	1.11
20983883--20983927	23	2.0	23	81	0	54	48	2	2	46	1.26
20987215--20987260	24	1.9	24	95	0	83	39	2	30	28	1.69
20987216--20987267	24	2.2	24	85	0	68	46	1	26	25	1.63
20987594--20987640	17	2.7	17	80	9	51	21	2	2	74	1.03
20987595--20987687	11	8.5	11	66	3	53	22	5	5	66	1.33
21003169--21003504	43	7.8	43	88	2	435	24	28	19	27	1.99
21003871--21004074	87	2.3	87	89	1	329	12	27	16	43	1.84
21004357--21004400	21	2.1	21	86	0	61	20	9	22	47	1.78
21004722--21004801	31	2.6	31	87	0	106	45	20	15	20	1.86
21005964--21006081	45	2.5	46	79	6	121	31	9	15	44	1.78
21006127--21006225	35	2.8	35	70	3	81	45	32	3	19	1.65
21006282--21006311	14	2.1	14	93	0	51	36	43	0	20	1.52
21006324--21006362	7	5.6	7	84	0	51	51	33	0	15	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21006407--21006491	14	5.9	14	78	14	68	36	43	1	18	1.58
21006406--21006515	21	5.1	22	78	3	82	38	39	0	21	1.60
21006407--21006484	7	11.0	7	69	17	54	37	42	1	19	1.59
21006497--21006583	39	2.2	39	95	0	156	49	20	2	27	1.61
21006606--21006646	15	2.8	14	85	10	55	43	34	0	21	1.53
21006718--21006914	102	1.9	101	83	5	254	28	19	17	34	1.95
21006820--21007138	111	2.8	111	83	3	381	28	20	19	31	1.97
21015640--21015698	30	2.0	30	100	0	118	33	11	16	37	1.86
21017754--21017829	31	2.4	31	77	16	77	55	5	1	38	1.31
21017817--21017890	19	3.9	19	75	19	59	59	4	0	36	1.16
21018021--21018069	24	2.0	24	84	7	64	28	2	2	67	1.13
21018402--21018510	31	3.3	32	68	17	89	33	7	4	54	1.49
21018399--21018539	67	2.1	67	94	0	246	36	7	3	53	1.46
21021386--21021760	184	2.0	185	97	1	716	34	20	12	32	1.90
21026551--21026588	12	3.1	12	85	7	58	55	5	0	39	1.23
21033390--21033444	19	3.0	18	81	5	74	70	3	0	25	1.03
21033393--21033454	19	3.4	17	78	22	63	69	3	0	27	1.04
21033635--21033682	19	2.6	18	80	6	51	25	0	6	68	1.12
21033671--21033725	20	2.8	19	75	8	56	21	7	3	67	1.31
21033731--21033782	26	2.0	26	84	0	68	26	0	7	65	1.20
21044919--21045006	45	2.0	45	97	0	167	25	20	11	43	1.85
21045333--21045375	17	2.5	17	76	0	50	79	0	11	9	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21045439--21045480	20	2.2	19	86	4	57	73	2	16	7	1.15
21051358--21051418	25	2.4	25	80	0	68	37	8	16	37	1.78
21054113--21054176	26	2.5	26	94	2	112	37	7	17	37	1.79
21057031--21057081	15	3.3	16	74	17	54	35	0	0	64	0.94
21060081--21060231	73	2.1	73	82	2	178	33	21	25	19	1.97
21060138--21060231	25	3.8	24	72	8	91	32	21	26	19	1.97
21060211--21060283	26	2.8	26	83	6	96	36	19	20	23	1.95
21062151--21062214	28	2.2	29	75	8	69	59	3	0	37	1.13
21063537--21063699	43	3.8	43	89	3	247	28	31	17	22	1.97
21063537--21063699	86	1.9	86	92	0	272	28	31	17	22	1.97
21063898--21063956	18	3.3	18	63	13	50	40	10	6	42	1.65
21070015--21070059	7	6.4	7	78	0	54	35	44	0	20	1.51
21070015--21070055	21	2.0	21	90	9	66	34	46	0	19	1.50
21070102--21070145	20	2.2	20	88	8	63	36	47	0	15	1.46
21070023--21070197	88	1.9	92	85	4	241	42	30	1	25	1.62
21070760--21070915	41	3.8	41	91	0	249	28	27	22	21	1.99
21070888--21070942	27	2.0	27	96	0	101	29	30	21	18	1.97
21070806--21071024	109	2.0	109	93	0	375	28	29	23	19	1.98
21070853--21070983	68	1.9	68	95	0	235	29	29	22	19	1.98
21070915--21071030	41	2.8	41	98	0	223	28	31	24	16	1.96
21071071--21071200	40	3.3	39	80	7	138	22	22	21	33	1.97
21074926--21075331	120	3.4	120	92	1	627	43	1	4	49	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21075025--21075071	18	2.6	18	90	6	69	42	0	0	57	0.98
21074932--21075112	41	4.5	41	62	22	105	41	1	4	53	1.28
21075277--21075311	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21075458--21075562	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
21075456--21075565	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
21075544--21075600	16	3.6	16	90	0	87	29	35	0	35	1.58
21075546--21075613	16	4.2	16	90	0	82	33	33	0	32	1.58
21076115--21076145	9	3.4	9	90	0	53	25	9	22	41	1.84
21076743--21076817	36	2.1	36	97	0	141	22	17	17	42	1.89
21077602--21077710	43	2.6	43	83	1	130	31	26	15	26	1.96
21084585--21084610	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
21085090--21085137	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
21085634--21085670	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
21090934--21090974	12	3.3	12	89	3	55	17	24	0	58	1.38
21090933--21090974	18	2.3	19	87	4	59	16	23	0	59	1.37
21092501--21092565	28	2.3	28	81	0	76	24	20	23	32	1.98
21095651--21095837	43	4.3	43	88	2	250	29	20	21	28	1.98
21096403--21096464	21	3.0	21	87	0	88	1	41	20	35	1.62
21099753--21099781	10	2.9	10	100	0	58	41	17	0	41	1.49
21101214--21101244	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21102453--21102675	41	5.4	40	80	4	248	35	22	25	17	1.95
21102453--21102674	82	2.7	82	91	1	338	35	22	25	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21107916--21107977	19	3.2	19	75	11	63	54	1	0	43	1.09
21108911--21108939	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
21116841--21116918	33	2.4	32	72	6	75	37	15	21	25	1.93
21116950--21117026	33	2.3	33	82	6	93	32	18	23	25	1.97
21122963--21123050	19	4.6	19	91	0	113	29	30	25	14	1.95
21122966--21123050	38	2.2	38	89	0	125	29	29	25	15	1.96
21126867--21126919	13	4.1	13	78	9	63	28	5	28	37	1.80
21127419--21127447	13	2.1	14	93	6	51	41	6	17	34	1.76
21127735--21127774	19	2.1	19	86	9	55	45	0	0	55	0.99
21127735--21127777	20	2.2	20	88	12	63	46	0	0	53	1.00
21128232--21128280	21	2.3	22	92	7	91	28	0	12	59	1.34
21128273--21128369	33	3.1	32	68	27	91	35	0	11	53	1.37
21128268--21128389	60	2.0	60	92	3	201	32	0	13	54	1.39
21128503--21128540	15	2.4	16	91	8	69	36	0	5	57	1.21
21128507--21128542	15	2.4	15	100	0	72	36	0	5	58	1.22
21130088--21130142	6	9.2	6	83	0	65	32	29	36	1	1.68
21130094--21130142	18	2.7	18	90	0	80	30	28	38	2	1.68
21133676--21133753	27	2.9	27	78	3	77	25	32	23	19	1.98
21133795--21133835	22	1.9	22	90	5	66	51	0	0	48	1.00
21134357--21134397	21	2.0	21	90	0	64	34	0	2	63	1.08
21136623--21136669	23	2.0	23	100	0	94	42	19	8	29	1.80
21137305--21137783	161	3.0	161	91	1	775	39	20	13	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21140862--21140977	43	2.7	40	81	13	133	28	28	18	24	1.98
21144735--21144870	7	18.7	7	74	10	76	38	38	1	20	1.62
21144735--21144865	15	8.9	15	73	9	74	38	40	1	19	1.61
21144735--21144783	8	6.6	7	82	13	53	32	46	0	20	1.51
21144735--21144870	22	6.2	22	72	13	75	38	38	1	20	1.62
21144889--21144919	14	2.2	14	100	0	62	51	25	0	22	1.48
21145074--21145107	15	2.3	15	89	0	50	41	47	0	11	1.40
21145120--21145156	14	2.6	14	86	0	56	35	43	0	21	1.53
21145497--21145610	40	2.8	40	79	11	106	29	28	17	24	1.97
21145532--21145610	42	1.9	40	89	5	122	30	27	18	22	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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