genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  73  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21376377--21376646	137	2.0	137	85	1	362	28	9	23	38	1.86
21377149--21377201	10	5.2	10	84	15	65	62	0	37	0	0.96
21377142--21377201	6	10.3	6	87	7	72	63	1	35	0	1.05
21377330--21377401	23	3.0	25	75	6	76	48	23	6	20	1.74
21377338--21377401	23	2.6	25	82	4	78	46	23	7	21	1.77
21378759--21378792	15	2.3	15	90	5	52	2	5	23	67	1.26
21379992--21380023	14	2.3	14	94	0	55	46	9	0	43	1.35
21380704--21380739	15	2.4	15	100	0	72	36	8	11	44	1.70
21384341--21384375	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
21403890--21403940	23	2.2	23	89	0	75	41	19	9	29	1.84
21406664--21406706	23	1.9	23	85	4	61	25	9	0	65	1.22
21419388--21420094	44	16.0	44	75	7	621	28	16	26	29	1.97
21419381--21420094	132	5.4	132	93	0	1169	29	15	25	28	1.96
21421472--21421534	27	2.4	27	81	2	83	26	3	4	65	1.28
21427868--21427909	13	3.3	12	81	18	50	66	0	0	33	0.92
21427863--21427916	19	2.8	19	81	13	67	68	0	0	31	0.90
21427865--21427917	11	4.3	13	77	17	51	69	0	0	30	0.88
21427874--21427917	14	3.2	14	84	9	56	68	0	0	31	0.90
21428025--21428077	12	4.5	12	80	15	58	71	1	0	26	0.96
21428031--21428080	13	3.6	14	76	13	59	70	2	0	28	0.99
21428269--21428298	7	4.3	7	100	0	60	30	13	30	26	1.94
21431565--21431617	24	2.2	24	83	6	63	22	24	16	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21431565--21431623	24	2.4	23	78	15	57	22	23	16	37	1.94
21432307--21432349	2	21.5	2	95	0	77	48	0	2	48	1.14
21432492--21432547	2	29.5	2	89	10	91	48	0	0	51	1.00
21439950--21440102	60	2.5	60	81	4	155	22	11	11	54	1.67
21440010--21440126	29	3.9	28	74	18	94	19	10	13	56	1.66
21440557--21440703	31	4.9	31	74	20	141	42	11	23	22	1.86
21440557--21440642	28	3.0	28	88	8	111	40	10	26	22	1.86
21440804--21440839	6	5.7	6	93	6	54	30	0	13	55	1.39
21440817--21440890	15	5.1	15	73	14	57	33	2	6	56	1.40
21440805--21440841	7	5.6	7	96	3	60	29	0	13	56	1.37
21442166--21442248	29	2.9	29	80	10	98	19	15	25	39	1.91
21443982--21444065	22	3.8	22	87	0	114	29	25	14	30	1.95
21445386--21445489	42	2.5	42	84	3	120	44	19	23	13	1.86
21452254--21452281	3	9.3	3	100	0	56	67	32	0	0	0.91
21453902--21453968	25	2.7	25	88	0	98	22	4	37	35	1.75
21455967--21456039	25	2.9	25	85	6	94	36	35	4	23	1.74
21462224--21462248	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21464803--21464899	3	32.3	3	93	4	169	32	0	1	65	0.99
21476270--21476366	48	2.0	49	83	2	124	46	18	18	16	1.84
21477691--21478182	44	11.2	44	67	11	204	32	19	22	25	1.98
21477670--21477924	88	2.9	88	78	6	284	32	20	22	24	1.98
21477839--21478291	132	3.4	131	89	1	640	32	19	22	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21478238--21478409	88	2.0	87	81	1	200	28	22	23	25	1.99
21479212--21479236	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
21479990--21480076	27	3.3	26	75	23	85	33	0	2	64	1.06
21480000--21480078	18	4.4	18	90	9	126	32	0	0	67	0.91
21480000--21480078	3	26.3	3	80	19	94	32	0	0	67	0.91
21483196--21483310	61	1.9	61	83	3	151	29	20	23	26	1.99
21486263--21486353	25	3.6	25	92	0	137	18	30	21	28	1.97
21494852--21495582	363	2.0	362	98	0	1426	31	15	21	32	1.94
21499592--21499622	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
21499590--21499625	10	3.4	10	85	14	54	41	0	0	58	0.98
21501483--21501554	25	2.9	25	89	0	99	18	33	16	31	1.93
21502493--21502582	43	2.1	43	89	0	135	17	27	31	23	1.97
21503623--21503765	76	1.9	76	83	2	189	34	18	22	24	1.96
21508561--21508636	35	2.2	36	79	11	88	28	23	13	34	1.92
21523414--21523501	39	2.2	40	82	8	99	53	6	3	36	1.44
21524467--21524492	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
21526765--21526813	9	5.4	9	88	9	73	30	8	0	61	1.25
21526763--21526818	17	3.2	18	87	10	80	33	7	0	58	1.25
21526775--21526818	8	5.2	8	86	13	54	34	9	0	56	1.31
21526807--21526861	21	2.7	20	71	23	51	41	7	1	49	1.41
21526910--21527059	82	1.9	79	85	9	209	44	26	2	27	1.65
21527051--21527090	14	2.9	14	80	0	53	30	47	0	22	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21527051--21527090	21	1.9	21	89	0	62	30	47	0	22	1.52
21527051--21527084	7	4.9	7	92	0	50	29	50	0	20	1.49
21527184--21527221	7	5.7	7	87	12	62	31	52	0	15	1.43
21527178--21527230	14	3.9	13	83	14	63	32	47	0	20	1.51
21527169--21527238	26	2.7	26	80	6	70	32	44	0	22	1.53
21527185--21527241	14	4.2	14	78	12	57	35	43	0	21	1.52
21527264--21527297	15	2.3	15	90	5	52	35	29	0	35	1.58
21527348--21527391	21	2.1	21	87	4	63	45	25	0	29	1.54
21528794--21528860	20	3.6	18	76	20	66	43	0	0	56	0.99
21528831--21528866	6	6.0	6	100	0	72	33	0	0	66	0.92
21539120--21539149	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
21539822--21539887	15	4.3	15	73	19	55	45	1	1	51	1.19
21540004--21540065	31	1.9	31	84	12	81	58	0	0	41	0.98
21541355--21541434	2	40.0	2	85	5	108	46	0	3	50	1.19
21547653--21547789	63	2.2	63	98	0	265	36	17	12	33	1.87
21553464--21553505	20	2.2	19	83	12	50	35	4	7	52	1.50
21556764--21556829	11	6.4	11	72	22	54	40	6	0	53	1.26
21556803--21556865	28	2.2	27	81	10	72	33	3	0	63	1.10
21556815--21556883	28	2.3	30	87	7	106	31	2	1	63	1.18
21556749--21556858	40	2.8	39	75	14	120	34	4	0	60	1.17
21565200--21565280	42	1.9	43	94	2	146	13	30	27	28	1.94
21565198--21565291	42	2.2	42	86	5	145	13	32	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21571213--21571260	25	2.0	25	87	4	71	16	25	18	39	1.91
21573829--21573886	26	2.2	26	87	6	82	18	22	20	37	1.94
21573865--21574002	73	1.9	73	84	3	188	22	25	18	33	1.97
21581452--21581496	23	2.0	22	82	4	54	28	2	20	48	1.61
21581643--21581689	25	1.9	25	82	4	60	17	21	19	42	1.89
21581619--21581695	24	3.2	24	70	14	59	15	23	22	38	1.92
21581800--21581847	25	1.9	25	95	0	87	22	25	16	35	1.95
21590886--21590913	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
21603973--21604041	32	2.2	32	83	0	84	39	13	14	33	1.85
21604713--21604781	23	3.0	23	89	4	104	37	0	13	49	1.42
21605643--21605707	25	2.7	23	79	11	67	16	3	4	75	1.10
21609096--21609289	43	4.5	44	75	11	161	32	24	14	27	1.94
21620122--21620170	24	2.0	24	100	0	98	32	24	20	22	1.98
21626479--21626512	16	2.2	16	89	5	52	38	0	0	61	0.96
21633290--21633351	28	2.2	29	85	5	90	41	25	8	24	1.82
21633869--21633907	6	6.7	6	97	2	71	71	12	0	15	1.14
21634150--21634191	7	6.1	7	88	5	68	40	0	47	11	1.40
21635871--21635928	26	2.2	26	96	0	107	43	10	17	29	1.82
21641098--21641229	68	1.9	70	90	3	214	40	4	5	50	1.46
21641217--21641263	18	2.6	18	82	0	67	46	2	0	51	1.13
21641096--21641249	70	2.2	66	82	10	191	40	4	4	50	1.43
21641214--21641263	9	5.7	9	79	11	50	44	2	0	54	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21641214--21641273	27	2.3	26	85	2	75	46	1	0	51	1.10
21641381--21641432	18	2.9	18	72	11	52	36	0	1	61	1.07
21641472--21641510	17	2.3	17	95	0	69	51	0	2	46	1.14
21642677--21642735	19	3.2	19	82	4	84	37	13	0	49	1.43
21642921--21642989	29	2.4	28	76	9	77	46	0	4	49	1.21
21650313--21650525	106	2.0	106	94	2	374	40	25	12	21	1.89
21652921--21652995	29	2.5	30	80	6	82	32	4	10	53	1.54
21654414--21654450	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
21654964--21655395	109	4.0	109	90	2	663	34	18	16	31	1.93
21654977--21655395	220	1.9	215	91	2	676	34	18	15	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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