genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  78  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22663882--22663925	14	3.3	14	82	17	58	38	2	0	59	1.10
22665134--22665184	24	2.1	24	85	7	68	50	0	3	45	1.20
22666167--22666277	36	3.1	36	71	17	106	51	2	4	41	1.36
22667784--22667930	79	1.9	78	85	1	204	29	14	10	45	1.77
22680628--22680666	21	1.9	20	84	5	51	30	0	5	64	1.15
22681355--22681430	40	1.9	39	84	12	102	47	11	7	32	1.69
22681586--22681631	20	2.4	20	82	13	53	41	15	8	34	1.78
22681586--22681624	21	1.9	20	84	5	51	41	15	7	35	1.76
22682528--22682575	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
22690581--22691148	214	2.7	210	83	9	654	24	19	21	34	1.96
22700614--22700795	91	2.0	91	97	0	346	44	11	10	33	1.75
22708476--22708526	16	3.2	16	91	0	75	52	13	11	21	1.72
22718797--22718871	30	2.5	30	86	0	105	18	26	16	38	1.91
22726374--22726408	16	2.1	17	89	5	54	45	0	11	42	1.40
22733746--22733809	21	2.9	23	75	17	64	43	4	3	48	1.39
22737649--22738399	40	18.8	39	81	6	751	20	27	17	33	1.96
22737649--22738399	120	6.3	119	82	4	827	20	27	17	33	1.96
22740754--22740787	16	2.2	16	89	5	52	50	14	8	26	1.72
22743284--22743323	17	2.4	17	82	0	53	32	27	15	25	1.95
22743690--22743714	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
22765789--22765827	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
22765932--22765960	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22766047--22766122	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
22767613--22767731	60	2.0	62	85	6	163	36	12	4	46	1.61
22767881--22767948	29	2.3	31	80	12	79	23	5	2	67	1.26
22767881--22767927	24	2.0	24	83	8	60	21	4	2	72	1.12
22772571--22772622	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
22772505--22772966	104	4.5	104	94	1	770	19	19	29	30	1.97
22781573--22781607	8	4.5	8	85	7	54	85	2	11	0	0.69
22781572--22781610	20	2.0	20	85	10	53	84	2	12	0	0.72
22782939--22783115	89	2.0	89	85	2	239	27	24	23	24	2.00
22782939--22783145	89	2.3	89	83	1	227	27	22	23	27	1.99
22783311--22783492	44	4.2	44	68	12	113	28	20	24	26	1.99
22783177--22783448	88	3.1	86	70	9	244	28	18	23	29	1.98
22783144--22783492	175	2.0	176	84	2	461	29	18	24	26	1.98
22783311--22783580	131	2.1	131	81	4	312	30	20	22	27	1.98
22783526--22783950	128	3.3	128	86	1	546	31	21	20	27	1.98
22783512--22783950	44	10.2	43	68	9	155	31	21	19	27	1.98
22783781--22783940	85	1.9	85	82	2	205	26	25	20	27	1.99
22784787--22784822	4	8.8	4	87	6	54	22	2	0	75	0.94
22784786--22784823	17	2.2	17	95	0	67	21	2	0	76	0.91
22785566--22785602	16	2.3	16	90	0	56	13	5	10	70	1.32
22785677--22785807	62	2.1	63	85	5	176	36	11	3	48	1.55
22785949--22786016	29	2.3	31	80	12	79	23	5	2	67	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22785949--22785995	24	2.0	24	83	8	60	21	4	2	72	1.12
22789019--22789059	21	2.0	21	90	0	64	31	34	12	21	1.91
22795228--22795283	29	2.0	26	83	16	69	55	0	1	42	1.10
22795361--22795409	16	3.1	16	93	0	89	36	4	36	22	1.73
22795388--22795478	45	2.0	44	89	6	139	31	5	28	34	1.80
22795623--22795690	16	4.2	16	74	20	54	54	1	0	44	1.09
22795643--22795690	18	2.8	18	74	22	50	56	0	0	43	0.99
22795632--22795673	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
22795621--22795897	120	2.3	121	92	1	450	49	4	2	43	1.35
22795739--22795784	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
22795739--22795793	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
22795671--22795858	61	3.1	61	67	17	156	48	6	2	42	1.42
22797237--22797272	16	2.2	17	90	5	56	69	5	13	11	1.34
22798429--22798607	43	4.2	43	83	0	214	23	30	19	26	1.98
22800770--22801152	9	44.7	9	67	18	144	31	1	18	48	1.57
22800818--22801172	16	21.6	16	68	19	118	30	1	18	49	1.57
22800799--22801180	25	15.2	25	71	16	190	30	1	18	49	1.56
22800895--22800998	7	13.7	7	70	25	61	28	0	17	52	1.51
22800929--22801031	51	2.0	51	100	0	206	31	0	15	53	1.42
22801088--22801153	34	1.9	34	87	0	96	31	3	18	46	1.64
22801138--22801204	12	6.2	12	68	29	53	32	0	13	53	1.40
22801138--22801190	20	2.7	20	100	0	106	30	0	15	54	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22801457--22801506	18	2.8	18	87	3	75	42	2	12	44	1.53
22801490--22801603	47	2.5	45	86	8	169	43	2	14	39	1.59
22803125--22803346	84	2.7	84	84	4	279	33	21	17	27	1.96
22803125--22803371	84	3.0	82	81	7	248	31	20	17	30	1.96
22803197--22803441	84	2.9	82	80	7	235	31	20	15	31	1.94
22803674--22803866	84	2.3	84	82	4	212	34	22	14	29	1.93
22803719--22803884	84	2.0	84	89	0	251	32	22	16	28	1.96
22803719--22803947	84	2.7	83	81	5	228	32	20	15	31	1.94
22804074--22804313	83	2.9	81	79	11	281	42	24	2	30	1.67
22804143--22804324	83	2.1	87	89	6	282	42	26	1	28	1.65
22804305--22804344	14	2.9	14	88	0	62	32	47	0	20	1.50
22804305--22804338	7	4.9	7	85	0	50	32	50	0	17	1.47
22804468--22804535	14	4.6	14	75	10	55	41	30	0	27	1.56
22804588--22804631	21	2.1	21	87	4	63	43	25	2	29	1.67
22805049--22805513	114	4.1	114	81	3	463	27	26	20	25	1.99
22805049--22805481	227	1.9	229	81	4	536	27	26	21	25	1.99
22805411--22805581	74	2.3	73	80	6	211	25	23	22	27	2.00
22806094--22806144	22	2.4	20	84	15	75	31	0	3	64	1.11
22806097--22806179	23	3.6	24	87	8	109	26	1	4	67	1.18
22806976--22807107	49	2.7	49	82	2	149	28	28	15	28	1.96
22808367--22808427	28	2.2	27	82	11	70	45	0	3	50	1.17
22811424--22811453	8	3.9	8	95	4	53	40	0	20	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22819549--22819602	22	2.4	23	81	6	58	51	9	0	38	1.34
22819831--22819862	14	2.1	16	88	11	50	34	12	9	43	1.75
22831246--22831281	17	2.1	18	94	5	65	41	16	5	36	1.72
22834640--22834703	31	2.1	29	88	5	92	28	1	0	70	0.97
22834679--22834719	20	1.9	22	85	14	59	39	0	0	60	0.96
22835630--22835665	16	2.2	16	95	0	63	41	2	33	22	1.68
22835647--22835739	44	2.1	46	85	4	127	32	5	26	35	1.79
22835899--22835945	18	2.6	18	90	6	69	57	0	0	42	0.98
22835914--22836089	37	4.5	37	67	17	113	51	3	0	44	1.24
22835877--22836108	120	1.9	121	95	0	421	51	4	0	43	1.27
22835877--22836065	60	3.1	62	73	14	212	52	3	0	44	1.17
22836207--22836246	16	2.6	16	88	7	57	72	2	0	25	0.97
22838727--22838771	9	4.7	10	76	18	51	37	0	0	62	0.96
22839228--22839252	10	2.5	10	100	0	50	44	28	8	20	1.79
22839506--22839543	13	3.0	13	81	18	53	44	15	0	39	1.47
22847659--22847701	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
22847810--22847848	8	4.9	8	81	12	53	61	0	2	35	1.10
22851316--22851341	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
22856394--22856433	9	4.2	9	84	9	53	55	7	5	32	1.50
22856398--22856437	19	2.2	18	86	13	55	52	5	5	37	1.45
22857791--22857849	31	1.9	31	100	0	118	33	16	15	33	1.91
22861008--22861033	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22860982--22861033	26	2.0	26	81	7	61	34	15	26	23	1.94
22863775--22863824	25	2.0	25	92	0	82	20	0	56	24	1.43
22864134--22864164	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
22864273--22864393	27	4.5	27	66	15	79	34	14	26	23	1.94
22866480--22866534	24	2.3	24	100	0	110	21	18	40	20	1.92
22867727--22867777	12	4.2	12	85	10	68	21	3	5	68	1.27
22874308--22874405	44	2.2	44	85	5	135	30	5	28	35	1.79
22877106--22877138	16	2.1	16	88	11	50	42	36	0	21	1.53
22877828--22878020	50	3.8	50	86	3	262	21	31	21	25	1.98
22877828--22878020	100	1.9	101	88	3	291	21	31	21	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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