genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27808162--27808238	33	2.4	32	81	12	86	28	9	15	46	1.76
27809050--27809152	53	1.9	52	82	7	127	41	17	20	20	1.90
27809509--27809537	13	2.2	13	100	0	58	44	6	0	48	1.29
27810173--27810222	22	2.3	22	89	3	75	20	4	12	64	1.43
27810415--27810489	29	2.5	30	93	4	125	22	38	29	9	1.85
27810939--27811035	49	2.0	49	89	0	149	24	27	6	41	1.79
27812357--27812421	16	4.4	16	69	25	52	21	23	3	52	1.61
27812341--27812426	43	2.0	43	95	0	154	24	22	2	51	1.60
27815444--27815498	12	4.6	12	88	0	65	21	36	0	41	1.54
27815461--27815492	3	10.7	3	100	0	64	31	34	0	34	1.58
27815938--27816010	36	2.0	36	100	0	146	20	2	32	43	1.66
27824880--27824926	21	2.2	21	84	0	58	29	4	29	36	1.77
27826653--27826691	14	2.8	14	88	0	60	38	7	20	33	1.81
27827424--27827472	26	2.0	24	88	11	73	34	6	12	46	1.66
27827510--27827548	21	1.9	20	89	5	60	51	41	0	7	1.31
27828528--27828596	3	23.0	3	75	11	61	27	2	1	68	1.13
27829473--27829677	111	1.8	111	95	0	374	32	15	19	33	1.92
27830082--27830146	27	2.5	27	82	7	73	27	7	18	46	1.76
27831746--27831783	20	1.9	20	88	0	58	55	0	0	44	0.99
27836372--27836461	7	12.9	7	83	0	108	42	1	25	31	1.62
27837476--27837516	12	3.7	11	81	18	50	73	9	9	7	1.26
27837562--27837590	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27843806--27843992	65	2.9	65	84	0	232	38	2	5	52	1.40
27843949--27843986	18	2.0	20	85	10	53	42	2	5	50	1.39
27847433--27847754	161	2.0	157	85	2	428	27	14	10	46	1.78
27850132--27850165	17	1.9	17	88	5	50	44	0	2	52	1.16
27850090--27850170	40	2.0	41	83	11	105	38	2	2	56	1.26
27850140--27850184	18	2.6	18	85	3	56	51	0	0	48	1.00
27850835--27850865	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
27853391--27853462	36	2.0	35	89	2	108	36	22	8	33	1.84
27857488--27857677	26	7.5	26	69	13	128	37	21	21	19	1.95
27857729--27857910	65	2.8	64	78	1	204	34	25	19	20	1.96
27863056--27863081	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27864342--27864375	6	5.7	6	89	0	50	14	38	2	44	1.61
27875422--27875483	20	3.0	20	83	4	79	24	1	9	64	1.33
27879234--27879263	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
27879453--27879497	20	2.3	20	84	3	56	46	0	4	48	1.22
27881978--27882042	3	21.0	3	73	17	53	63	1	3	32	1.19
27881984--27882042	13	4.5	13	79	12	75	64	1	3	30	1.20
27883490--27883606	44	2.7	44	94	1	200	29	27	11	30	1.92
27883706--27884066	44	8.2	44	67	10	184	27	24	19	28	1.99
27883647--27884115	132	3.6	132	93	0	769	27	24	19	28	1.99
27884914--27884938	13	1.9	13	100	0	50	56	8	24	12	1.62
27888270--27888295	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27890341--27890405	3	21.0	3	73	17	53	63	1	3	32	1.19
27890347--27890405	13	4.5	13	79	12	75	64	1	3	30	1.20
27890655--27891229	114	5.2	107	76	17	486	36	15	16	31	1.90
27890787--27891007	113	1.9	112	86	6	309	36	15	16	31	1.91
27892316--27893106	220	3.6	219	89	6	1179	28	16	14	40	1.88
27892316--27893093	112	7.1	111	86	8	1071	28	16	14	40	1.88
27898459--27898516	4	14.5	4	96	0	107	48	25	0	25	1.52
27915810--27915857	24	2.0	23	84	4	60	47	0	0	52	1.00
27918356--27918390	16	2.1	17	89	5	54	42	8	0	48	1.33
27919238--27919272	17	2.1	17	94	0	61	28	8	25	37	1.85
27921564--27922251	238	2.9	238	90	1	1058	28	23	13	35	1.92
27924059--27924084	12	2.2	12	100	0	52	61	23	0	15	1.33
27927808--27927856	15	3.0	16	77	22	57	48	12	2	36	1.52
27932912--27932970	24	2.5	24	86	2	75	64	0	1	33	1.04
27932982--27933033	26	2.0	26	88	7	79	44	0	0	55	0.99
27933085--27933120	8	4.5	8	86	13	56	36	0	0	63	0.94
27933072--27933122	16	2.9	17	88	8	68	37	1	0	60	1.08
27936361--27936440	24	3.3	24	78	5	81	37	20	25	17	1.94
27937186--27937228	20	2.2	20	87	8	61	37	16	4	41	1.69
27940155--27940225	27	2.6	27	79	0	79	33	15	29	21	1.94
27945499--27945549	23	2.2	23	92	0	84	21	15	21	41	1.90
27945512--27945565	23	2.4	22	87	12	74	24	16	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27945948--27945992	3	14.7	3	95	4	81	33	0	0	66	0.92
27949988--27950041	8	7.0	8	72	16	51	68	1	1	27	1.10
27949988--27950051	21	3.0	21	80	10	69	67	3	3	26	1.21
27951686--27952749	89	12.0	89	84	1	1272	28	22	17	31	1.97
27959026--27959055	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
27959799--27959832	15	2.5	13	90	9	50	79	2	0	17	0.86
27964545--27964569	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
27983646--27983699	25	2.2	25	86	0	72	29	9	42	18	1.81
27985195--27985245	26	1.9	27	88	4	77	23	21	21	33	1.97
27986371--27986458	25	3.5	25	78	6	88	26	21	22	29	1.99
27986360--27986458	50	2.0	49	84	2	126	25	22	22	30	1.99
27986388--27986462	25	3.0	25	78	7	89	25	22	22	29	1.99
27987585--27987614	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
27990882--27990925	20	2.2	20	83	0	52	75	0	11	13	1.06
27994211--27994252	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
28004570--28004639	21	3.2	21	69	21	54	22	17	14	45	1.84
28004469--28004769	45	6.7	45	84	4	308	21	19	15	43	1.88
28004514--28004762	135	1.9	134	84	5	342	21	17	16	44	1.86
28004491--28004769	135	2.1	134	81	6	341	21	17	15	44	1.86
28007548--28007752	73	2.8	72	84	4	250	27	22	18	31	1.97
28010766--28010818	16	3.3	16	91	0	88	37	5	35	20	1.77
28010800--28010893	44	2.1	44	92	4	152	30	4	29	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28011052--28011185	18	7.9	18	67	17	81	57	2	0	38	1.19
28011086--28011401	120	2.6	120	96	0	587	50	4	2	42	1.35
28011167--28011357	61	3.2	59	72	14	192	48	5	3	42	1.41
28011244--28011307	28	2.4	28	86	5	87	56	0	0	43	0.99
28019548--28019607	30	2.0	30	83	3	75	41	0	38	20	1.52
28019823--28019862	9	4.4	9	96	0	71	30	10	12	47	1.74
28019888--28019918	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
28021868--28021933	34	1.9	34	87	6	98	40	6	6	46	1.53
28023270--28023338	35	1.9	36	97	2	131	52	18	2	26	1.60
28023306--28023375	27	2.5	28	81	6	81	52	21	2	22	1.60
28026410--28026535	41	3.1	41	84	0	153	31	17	23	27	1.97
28026770--28026836	32	2.1	33	85	2	91	38	7	13	40	1.73
28029248--28029273	10	2.6	10	100	0	52	57	23	0	19	1.40
28031715--28031772	28	2.1	28	84	12	75	39	0	17	43	1.49
28031728--28031788	28	2.2	28	82	5	70	39	0	16	44	1.48
28035762--28035797	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28050601--28050660	6	10.3	6	81	15	65	50	1	0	48	1.11
28054570--28054700	41	3.2	40	90	4	210	34	2	0	63	1.07
28054598--28054661	30	2.1	30	82	5	76	34	3	0	62	1.11
28054587--28054694	11	10.4	11	71	19	72	36	2	0	61	1.11
28054570--28054703	40	3.3	40	89	6	225	33	2	0	64	1.06
28054677--28054716	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28054676--28054730	21	2.5	20	80	13	56	38	1	3	56	1.28
28055123--28055155	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
28055135--28055224	45	2.0	44	89	6	137	32	5	28	33	1.80
28055369--28055410	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28055378--28055419	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28055372--28055807	120	3.6	120	98	0	836	48	6	2	42	1.41
28055707--28055909	103	2.0	102	92	0	334	49	4	1	43	1.35
28055852--28055885	18	1.9	17	88	5	50	55	0	0	44	0.99
28055810--28055995	59	3.1	59	68	13	173	50	4	3	41	1.38
28055587--28056006	222	1.9	223	92	0	716	50	5	2	42	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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