genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14431371--14431395	11	2.3	11	100	0	50	28	0	16	56	1.41
14437420--14437450	16	1.9	16	100	0	62	35	0	19	45	1.51
14454839--14454885	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
14455357--14455430	39	2.0	37	89	7	114	56	10	5	27	1.55
14455769--14455812	11	4.1	10	81	16	52	22	31	0	45	1.53
14455772--14455819	22	2.2	22	81	7	53	20	37	0	41	1.53
14457357--14457653	126	2.4	126	90	0	479	28	20	18	32	1.96
14458464--14458516	20	2.5	22	76	14	58	54	1	0	43	1.11
14459832--14460136	23	13.5	23	65	16	102	31	20	15	32	1.93
14459807--14460136	91	3.7	91	88	2	463	31	20	15	33	1.93
14460175--14460244	30	2.3	30	90	0	104	25	28	22	22	1.99
14460175--14460244	15	4.7	15	78	7	79	25	28	22	22	1.99
14470321--14470373	18	2.8	19	94	5	99	35	11	16	35	1.85
14470321--14470396	18	3.7	22	86	10	76	35	9	17	38	1.81
14473264--14474689	707	2.0	707	97	0	2719	29	16	24	29	1.96
14481503--14481556	14	3.6	14	73	22	56	62	0	3	33	1.12
14481517--14481590	17	4.6	17	75	21	88	63	0	1	35	1.03
14481499--14481628	31	4.4	30	77	18	139	63	0	3	33	1.13
14481517--14481594	16	5.0	16	78	9	90	65	0	1	33	1.01
14481595--14481619	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
14485523--14485560	6	6.3	6	88	11	60	0	50	2	47	1.15
14490972--14491022	18	2.8	20	71	17	56	31	7	0	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14493312--14493349	6	6.3	6	88	11	60	0	50	2	47	1.15
14500271--14500446	87	2.0	87	84	4	230	33	15	26	24	1.95
14501409--14501458	25	2.0	25	100	0	100	32	20	12	36	1.89
14506814--14506858	20	2.4	19	85	10	58	44	4	6	44	1.50
14506770--14506898	69	1.9	69	85	1	179	39	3	6	49	1.48
14511009--14511225	107	2.0	107	99	0	425	33	14	13	37	1.86
14513565--14513594	7	4.3	7	91	0	51	26	10	46	16	1.78
14515246--14515310	29	2.2	29	83	10	78	27	12	7	52	1.66
14521403--14521482	29	2.6	30	86	5	99	32	6	13	47	1.68
14521424--14521492	29	2.3	29	85	7	86	30	8	13	47	1.72
14523588--14523647	31	1.9	31	86	0	84	35	10	20	35	1.86
14528321--14528352	12	2.4	14	90	10	50	56	6	0	37	1.25
14529020--14529054	18	2.0	18	94	5	63	57	0	2	40	1.14
14529013--14529093	29	2.8	29	87	9	105	58	0	4	37	1.20
14529013--14529065	11	5.2	11	73	17	51	54	0	5	39	1.24
14533025--14533071	23	2.1	23	84	4	60	42	2	4	51	1.33
14534706--14534754	25	2.0	25	85	14	68	40	6	12	40	1.67
14537701--14538238	81	6.7	79	79	6	467	34	16	21	27	1.95
14537694--14538238	162	3.4	161	86	3	684	34	16	22	26	1.95
14538175--14538304	66	2.0	66	87	3	190	33	16	21	29	1.95
14538094--14538370	147	1.9	147	85	3	387	35	16	23	25	1.95
14545683--14545709	14	1.9	14	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14550956--14550988	17	1.9	18	88	11	52	48	0	9	42	1.35
14563515--14563576	23	2.8	21	76	11	70	54	4	3	37	1.38
14563558--14563590	17	1.9	17	93	0	57	57	3	3	36	1.29
14565867--14565891	11	2.3	11	100	0	50	48	8	8	36	1.62
14568953--14568992	18	2.2	18	86	0	53	65	2	25	7	1.32
14571938--14571968	12	2.7	11	90	9	53	67	0	3	29	1.06
14571903--14572022	44	2.7	44	76	5	116	57	6	8	27	1.53
14584842--14584920	21	3.9	20	74	12	72	54	5	1	39	1.30
14584842--14584919	20	3.8	21	75	14	74	53	5	1	39	1.31
14589067--14589112	20	2.3	20	78	14	51	63	10	15	10	1.53
14592907--14593284	125	3.0	126	86	3	541	29	17	22	30	1.97
14594787--14594936	25	6.2	25	80	10	177	46	15	0	38	1.46
14594809--14594988	45	3.9	45	80	9	218	48	14	0	37	1.44
14594787--14594981	95	2.1	95	97	0	363	47	14	0	37	1.45
14594854--14594978	25	5.2	25	77	9	134	45	14	0	40	1.45
14597291--14597367	11	6.9	11	76	19	63	42	3	28	24	1.72
14597291--14597367	33	2.3	34	80	10	95	42	3	28	24	1.72
14597312--14597366	22	2.4	23	84	6	76	43	5	27	23	1.75
14599111--14599468	94	3.8	94	81	4	247	31	17	19	31	1.95
14599259--14599703	44	9.6	44	67	19	178	28	18	19	32	1.96
14599165--14599468	94	3.2	91	83	4	347	30	18	20	30	1.96
14599360--14599698	141	2.4	138	80	5	369	29	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14599344--14599762	138	3.0	137	77	6	398	29	18	17	33	1.95
14599656--14599840	93	2.0	94	84	1	246	27	21	14	37	1.92
14599482--14599978	231	2.1	232	83	4	619	29	20	16	33	1.95
14599825--14599935	44	2.5	43	78	8	107	28	18	18	34	1.95
14604379--14604464	30	3.2	25	75	16	82	27	8	15	48	1.73
14604414--14604464	25	2.0	25	84	3	66	25	9	15	49	1.75
14604384--14604841	61	7.6	61	76	11	333	31	8	17	42	1.78
14604513--14604816	31	9.9	31	77	10	268	31	7	17	43	1.77
14604468--14604816	92	3.8	92	89	2	506	31	8	18	42	1.79
14604483--14604841	31	11.7	30	78	9	201	31	7	18	42	1.78
14604986--14605141	43	3.7	42	75	9	131	30	17	25	26	1.98
14624318--14624346	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
14625716--14625932	119	1.9	114	91	4	353	33	15	16	35	1.90
14628182--14628253	27	2.5	30	80	8	78	34	15	1	48	1.54
14628814--14628936	61	2.0	61	98	0	237	21	11	17	49	1.77
14633870--14633946	33	2.3	32	82	6	91	37	18	18	25	1.93
14633765--14633961	105	1.9	105	83	2	261	34	16	22	26	1.95
14639674--14639721	18	2.7	17	81	15	53	43	2	14	39	1.57
14657785--14657840	30	2.0	27	83	13	69	62	1	30	5	1.28
14659601--14659645	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
14662258--14662445	10	19.8	9	69	18	57	61	3	2	32	1.25
14662258--14662334	18	4.3	17	77	19	68	67	1	1	29	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14662269--14662334	25	2.5	24	81	13	78	66	0	1	31	1.01
14662239--14662365	37	3.4	36	78	10	105	67	3	2	26	1.17
14662257--14662355	9	10.5	10	74	12	50	68	2	1	28	1.07
14662617--14662653	15	2.4	16	86	9	58	24	0	0	75	0.80
14662875--14662913	20	2.0	20	94	0	69	74	2	0	23	0.94
14663023--14663123	10	10.1	10	71	16	66	29	0	6	62	1.28
14663026--14663129	20	5.2	20	75	8	86	28	0	6	63	1.26
14663046--14663122	40	1.9	41	86	2	111	28	1	6	63	1.27
14670203--14670259	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
14670785--14670829	20	2.2	20	100	0	90	42	8	4	44	1.56
14670970--14671215	20	12.4	20	69	9	90	42	17	6	33	1.74
14671661--14671717	25	2.2	26	78	3	62	49	7	21	22	1.73
14672141--14672192	26	2.0	26	100	0	104	46	19	11	23	1.82
14673740--14673827	40	2.2	40	83	4	115	43	13	6	36	1.71
14673755--14673888	20	6.7	20	71	3	74	41	14	5	39	1.68
14673755--14673842	40	2.2	40	81	4	106	42	15	4	37	1.68
14673960--14674092	20	6.7	20	75	11	103	36	14	6	42	1.70
14673942--14674092	40	3.8	40	69	11	121	38	13	5	42	1.68
14673939--14674094	80	1.9	81	84	6	210	37	14	5	42	1.69
14673939--14674128	80	2.4	79	77	11	190	37	14	6	41	1.72
14674301--14674349	25	1.9	25	84	12	64	44	10	6	38	1.63
14674492--14674562	16	4.4	16	89	0	106	39	5	26	28	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14674544--14674636	44	2.1	44	90	6	143	34	4	24	36	1.75
14674749--14674870	56	2.2	56	80	8	149	51	4	0	43	1.26
14677594--14677727	67	2.0	67	100	0	268	46	7	22	23	1.77
14678997--14679026	15	1.9	15	93	6	51	30	0	0	70	0.88
14683482--14683517	17	2.1	17	94	0	63	16	2	0	80	0.83
14683477--14683533	27	2.1	28	83	9	73	17	1	5	75	1.07
14683477--14683517	5	7.8	5	84	10	55	17	2	0	80	0.82
14685696--14685739	19	2.3	19	80	4	52	29	9	13	47	1.74
14693588--14693632	15	3.0	15	96	0	81	20	6	31	42	1.77
14694107--14694157	26	1.9	26	88	11	77	19	15	11	52	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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