genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  58  of  187  ( 22383 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17023923--17023953	16	1.9	16	93	0	53	29	16	0	54	1.42
17024154--17024202	21	2.3	21	83	13	57	46	0	4	48	1.20
17026873--17026921	25	2.0	25	84	8	64	63	4	4	28	1.31
17027449--17027481	6	5.5	6	100	0	66	84	0	0	15	0.61
17027510--17027676	10	17.6	10	66	18	65	63	1	5	29	1.27
17027864--17027950	10	8.7	9	73	18	57	35	1	1	62	1.11
17027864--17027940	21	3.7	22	76	10	83	37	1	0	61	1.05
17027864--17027938	31	2.4	32	80	10	84	37	1	0	61	1.05
17028066--17028338	92	3.1	91	85	6	348	32	8	19	39	1.82
17031896--17031937	18	2.4	18	84	4	59	38	23	0	38	1.55
17041257--17041314	30	1.9	31	86	10	84	62	0	3	34	1.12
17041284--17041328	21	2.0	23	83	8	58	64	0	2	33	1.06
17045060--17045100	21	2.0	21	85	4	57	48	12	9	29	1.72
17059444--17059484	19	2.3	17	84	12	55	2	12	7	78	1.06
17062319--17062453	63	2.2	63	98	1	263	48	13	12	25	1.77
17062503--17062537	17	2.1	17	94	0	61	28	17	8	45	1.77
17066669--17066721	27	2.0	27	92	0	88	47	9	3	39	1.54
17066926--17066963	17	2.1	19	85	9	53	31	0	15	52	1.43
17068579--17068641	23	2.9	23	79	11	71	58	11	0	30	1.32
17074045--17074086	22	1.9	22	90	0	66	21	28	35	14	1.92
17077289--17077321	15	2.2	15	94	0	57	36	3	18	42	1.66
17081707--17081748	21	2.0	22	85	4	59	64	11	16	7	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17082827--17082867	17	2.6	15	85	11	55	21	2	7	68	1.26
17083577--17083773	98	2.0	98	95	0	358	27	10	24	36	1.89
17084748--17084787	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
17085068--17085130	35	1.9	32	84	12	83	28	19	7	44	1.78
17085193--17085244	23	2.5	22	87	12	74	51	9	0	38	1.35
17085248--17085280	17	1.9	17	100	0	66	54	9	6	30	1.56
17088546--17088847	152	2.0	152	96	0	550	37	6	15	40	1.74
17095699--17095735	17	2.1	18	90	5	58	43	0	2	54	1.14
17104382--17104539	43	3.7	42	80	9	153	29	28	17	24	1.97
17104382--17104540	86	1.9	84	83	11	207	30	28	17	23	1.97
17108644--17108702	9	6.4	9	77	11	57	40	23	10	25	1.86
17108842--17108871	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
17115805--17116193	208	1.9	208	91	3	649	33	14	19	32	1.92
17116112--17116304	103	1.9	103	87	0	287	36	16	17	29	1.92
17118842--17118875	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
17128640--17128696	29	2.0	29	100	0	114	31	3	15	49	1.62
17128835--17128946	25	4.5	25	81	1	127	20	28	20	30	1.98
17131268--17131304	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
17136337--17136430	9	10.4	9	94	0	143	43	24	8	23	1.81
17141526--17141630	44	2.4	44	90	1	156	35	6	4	53	1.48
17144923--17144951	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
17149685--17149719	18	1.9	18	88	0	52	62	11	2	22	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17158044--17158081	15	2.6	14	84	15	51	42	2	0	55	1.14
17158048--17158081	15	2.3	15	90	10	52	44	2	0	52	1.16
17161632--17161847	87	2.5	87	88	1	335	32	12	12	43	1.78
17164447--17164486	18	2.1	18	86	9	53	42	15	5	37	1.68
17168713--17168755	22	1.9	23	90	4	70	44	20	6	27	1.77
17174228--17174279	14	3.6	14	77	10	59	28	0	11	59	1.32
17174206--17174281	30	2.5	30	91	2	125	30	2	14	52	1.55
17174218--17174265	16	3.1	16	76	11	64	27	0	16	56	1.41
17176305--17176338	17	2.1	16	88	5	50	64	2	0	32	1.08
17176307--17176349	13	3.4	13	77	6	52	60	2	0	37	1.10
17178096--17178122	5	5.4	5	100	0	54	62	18	0	18	1.32
17179571--17179603	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
17191585--17193135	44	35.7	45	66	13	298	29	19	23	27	1.98
17191507--17192572	89	12.3	84	65	17	218	29	19	23	27	1.98
17191492--17192416	390	2.4	389	86	4	1255	30	19	23	27	1.98
17192192--17192572	89	4.3	87	71	13	323	29	19	24	26	1.98
17191978--17192959	479	2.1	479	94	0	1730	29	19	23	27	1.98
17192195--17192698	133	3.9	132	82	7	561	29	19	23	27	1.98
17191493--17192829	217	6.2	214	76	11	766	29	19	23	27	1.98
17192759--17193211	217	2.1	217	86	4	639	27	18	23	29	1.98
17191627--17193305	173	9.7	171	76	11	1032	29	18	23	28	1.98
17191978--17193176	479	2.5	476	87	4	1443	29	19	23	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17192410--17193388	44	22.5	44	66	14	218	28	18	23	28	1.98
17192840--17193266	217	2.0	217	93	2	743	27	19	24	28	1.98
17192844--17193358	217	2.4	217	88	4	720	27	18	24	28	1.98
17193326--17193521	40	4.5	40	71	17	133	27	20	21	30	1.98
17191798--17193396	346	4.6	347	77	9	1445	29	19	23	27	1.98
17193153--17193530	91	4.4	84	74	13	336	27	19	23	29	1.98
17194893--17194950	25	2.3	24	82	11	71	20	3	1	74	1.06
17195209--17195247	2	20.0	2	86	5	53	46	0	2	51	1.14
17195411--17195449	13	3.2	12	86	13	53	15	2	7	74	1.15
17205311--17205335	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17206853--17206890	13	2.8	13	88	4	58	42	2	2	52	1.29
17207811--17207839	13	2.1	14	93	6	51	34	0	3	62	1.12
17209246--17209289	23	1.9	23	95	0	79	56	0	0	43	0.99
17209303--17209328	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
17214615--17214650	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
17217150--17217198	14	3.5	14	91	0	71	40	12	20	26	1.87
17231092--17231125	13	2.8	12	86	8	50	11	17	0	70	1.16
17239713--17239907	96	2.1	94	97	1	363	26	14	10	48	1.76
17241680--17241743	27	2.3	27	78	5	83	40	17	4	37	1.70
17250695--17250736	18	2.3	19	95	4	77	57	11	0	30	1.35
17251192--17251297	53	2.0	55	85	7	146	45	4	0	49	1.29
17259157--17259208	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17267581--17267668	34	2.6	34	81	0	104	30	7	15	45	1.75
17270310--17270428	25	4.8	25	76	4	80	38	20	24	16	1.92
17277890--17278029	49	2.8	49	81	7	158	33	19	27	20	1.96
17277914--17278029	25	4.8	24	73	8	108	34	19	25	19	1.96
17277913--17278077	50	3.3	49	78	9	149	38	19	23	18	1.93
17277883--17278094	25	8.6	25	67	13	80	38	18	23	19	1.93
17279580--17279626	21	2.3	21	85	7	62	2	48	27	21	1.61
17280619--17280677	30	2.0	30	100	0	118	27	5	10	57	1.52
17280660--17280713	23	2.3	24	84	9	67	25	5	11	57	1.55
17280657--17280765	24	4.6	23	80	8	87	28	4	10	56	1.52
17280723--17280777	24	2.3	24	84	12	69	32	5	5	56	1.45
17284180--17284233	3	18.7	3	80	14	60	68	0	27	3	1.06
17285657--17285782	60	2.1	60	85	1	164	38	6	13	42	1.70
17288520--17288577	12	4.8	12	76	0	62	25	13	15	44	1.83
17288526--17288577	24	2.2	24	92	0	86	25	15	15	44	1.85
17290244--17290379	59	2.3	59	83	3	166	39	8	17	34	1.79
17294778--17294822	23	2.0	23	82	8	56	60	15	4	20	1.52
17296419--17296453	7	5.0	7	92	0	61	31	14	25	28	1.95
17300059--17300152	35	2.7	35	75	11	84	42	1	5	51	1.31
17301723--17301756	6	5.8	6	86	6	52	55	0	26	17	1.42
17301723--17301757	17	2.1	17	94	0	61	57	0	25	17	1.40
17303161--17303210	25	1.9	27	84	8	68	52	14	14	20	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17319119--17319150	16	2.0	16	93	0	55	46	28	0	25	1.53
17324689--17324723	17	2.2	15	90	10	52	57	14	0	28	1.38
17325891--17325938	20	2.4	19	83	10	60	8	14	4	72	1.23
17329149--17329478	27	12.3	27	84	3	407	22	16	18	42	1.89
17335421--17335462	18	2.2	18	87	8	57	4	42	0	52	1.22
17336193--17336570	27	14.1	27	80	3	354	46	18	15	19	1.84
17336193--17336556	81	4.6	80	84	2	410	46	18	15	18	1.84
17336748--17336819	26	2.8	26	84	0	90	20	20	18	40	1.92
17336936--17336996	28	2.2	28	91	2	97	22	26	22	27	1.99
17344414--17344651	27	8.8	27	83	4	248	43	18	14	23	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187