genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  101  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29856151--29856309	53	3.0	54	81	7	173	44	21	15	18	1.86
29856177--29856359	27	6.8	27	78	5	174	40	21	16	20	1.91
29861435--29861532	40	2.5	40	77	3	108	37	24	16	21	1.93
29861588--29861746	41	3.9	41	92	0	255	16	21	30	31	1.96
29862116--29862169	7	7.6	7	77	4	54	20	0	29	50	1.49
29862157--29862196	21	1.9	21	89	0	62	20	0	37	42	1.52
29862116--29862241	7	17.7	7	70	12	51	20	0	33	46	1.51
29862152--29862239	28	3.1	28	73	15	72	19	0	32	47	1.50
29862054--29862240	14	13.1	14	66	15	53	22	0	30	45	1.57
29862915--29862946	13	2.3	15	89	10	50	43	0	0	56	0.99
29865472--29865622	81	1.9	80	98	1	293	30	9	13	46	1.75
29867713--29867985	43	6.3	43	91	1	404	19	17	34	29	1.94
29868030--29868073	22	2.0	22	95	0	79	47	27	15	9	1.76
29872660--29873764	554	2.0	553	89	2	1691	36	14	12	36	1.83
29883216--29883317	46	2.2	46	82	0	123	29	15	12	42	1.84
29884212--29884268	22	2.6	22	82	0	69	28	21	15	35	1.94
29884321--29884362	21	2.0	21	95	0	75	28	19	16	35	1.93
29888305--29888360	27	2.1	27	93	0	94	37	10	21	30	1.87
29889588--29889630	20	2.2	20	87	8	61	34	16	18	30	1.93
29893299--29893355	10	5.2	11	74	21	57	21	35	0	43	1.52
29893316--29893371	22	2.5	22	97	2	103	28	32	0	39	1.57
29893365--29893451	29	3.2	29	64	26	82	29	27	0	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29893343--29893458	51	2.3	51	100	0	232	27	28	0	43	1.55
29893378--29893454	22	3.2	22	64	22	55	28	24	0	46	1.53
29894222--29894246	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
29894895--29894929	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
29895352--29895438	44	2.0	45	90	2	140	37	0	12	49	1.41
29895406--29895473	25	2.7	25	100	0	136	44	0	14	41	1.45
29895470--29895792	23	13.5	23	73	17	113	47	24	0	28	1.52
29895519--29895876	51	7.2	51	78	13	229	47	24	0	28	1.52
29895489--29895674	74	2.5	74	93	0	318	47	24	0	27	1.52
29895469--29895879	125	3.4	121	88	6	593	47	24	0	28	1.52
29895709--29895815	44	2.4	44	98	1	205	47	25	0	27	1.52
29895489--29895872	74	5.2	74	80	13	302	47	24	0	27	1.52
29895709--29895814	23	4.8	21	82	14	117	48	24	0	27	1.52
29895737--29895826	21	4.2	22	80	14	73	48	26	0	24	1.51
29896019--29896124	23	4.4	23	72	23	94	46	22	0	31	1.52
29896027--29896091	21	3.0	20	84	10	76	46	24	0	29	1.53
29896027--29896116	50	1.9	46	84	13	121	47	22	0	30	1.51
29899322--29899673	126	2.8	126	88	4	534	33	21	15	29	1.95
29900437--29900509	11	7.1	10	74	11	51	53	1	1	43	1.17
29900443--29900519	33	2.5	29	80	12	82	55	1	2	40	1.22
29900465--29900528	21	3.0	21	77	15	69	54	0	1	43	1.09
29900438--29900528	42	2.1	42	82	9	105	51	1	2	45	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29900437--29900510	10	7.3	10	72	15	55	52	1	1	44	1.17
29900438--29900551	43	2.7	40	75	15	104	50	1	1	45	1.22
29902385--29902426	18	2.3	18	88	8	59	35	2	0	61	1.09
29902382--29902425	19	2.4	19	84	3	63	34	2	0	63	1.07
29909777--29909801	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
29912331--29912569	49	4.7	49	77	10	171	29	20	26	23	1.99
29916803--29916898	40	2.3	42	75	15	101	23	26	30	19	1.98
29923944--29924077	45	3.0	45	84	2	173	20	16	27	35	1.94
29929564--29929663	27	3.7	27	70	5	67	26	24	11	39	1.88
29932799--29932946	43	3.5	42	76	12	142	29	22	17	30	1.97
29932832--29932936	43	2.5	43	87	9	146	27	24	18	29	1.98
29933284--29933504	68	3.2	68	90	1	336	40	15	16	27	1.89
29936359--29936402	20	2.2	20	84	11	56	54	0	2	43	1.12
29936883--29936927	20	2.2	20	84	8	54	66	4	0	28	1.11
29936941--29937025	28	3.1	27	68	17	75	60	4	4	30	1.38
29936966--29936995	15	2.0	15	93	0	51	66	0	3	30	1.07
29937020--29937070	26	2.0	26	92	4	77	41	7	0	50	1.31
29937145--29937189	23	2.0	23	86	8	65	35	11	0	53	1.37
29937166--29937233	34	2.0	34	85	2	93	35	2	4	57	1.34
29937227--29937288	29	2.1	29	82	11	74	35	4	1	58	1.29
29937274--29937313	20	2.0	20	85	9	55	30	7	2	60	1.38
29937857--29937925	33	2.2	31	80	10	77	34	1	1	62	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29938112--29938144	16	2.0	17	88	5	50	15	3	6	75	1.11
29962477--29962504	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
29962866--29962904	19	2.1	19	100	0	78	23	10	15	51	1.73
29964469--29964606	40	3.5	40	80	0	168	27	23	21	26	1.99
29964840--29964892	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
29964921--29964970	20	2.5	20	83	9	66	64	10	2	24	1.35
29964990--29965083	9	10.4	9	84	0	125	26	11	21	40	1.87
29966816--29966861	2	23.0	2	90	0	74	54	0	0	45	0.99
29968712--29968750	18	2.2	18	86	9	53	41	2	0	56	1.13
29971561--29971914	23	15.2	23	71	15	192	41	18	12	27	1.87
29971506--29971937	93	4.6	93	95	0	756	40	18	12	27	1.88
29971928--29971955	14	2.0	14	100	0	56	42	14	7	35	1.73
29972652--29972773	28	4.4	28	86	6	167	33	24	9	31	1.88
29972652--29972773	55	2.2	56	86	4	167	33	24	9	31	1.88
29972827--29972877	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
29978076--29979514	70	20.6	70	83	1	1614	28	28	19	24	1.98
29979982--29980007	7	3.7	7	100	0	52	26	0	0	73	0.84
29980483--29980552	25	2.6	26	80	15	72	62	0	0	37	0.95
29984995--29985031	17	2.1	18	90	5	58	29	5	5	59	1.42
29990385--29990417	15	2.2	15	94	0	57	15	15	0	69	1.19
29992273--29992373	27	3.7	27	77	2	96	29	28	11	29	1.92
29996489--29996742	91	2.6	98	77	15	267	46	2	2	48	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29996393--29996665	91	3.0	91	97	0	510	46	3	3	46	1.35
29996757--29996926	38	4.7	35	68	20	100	43	1	5	48	1.37
29996681--29997077	120	3.4	119	87	8	620	43	2	4	49	1.36
29996815--29996860	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
29996922--29996968	16	3.0	16	78	12	53	46	0	2	51	1.13
29996550--29997085	227	2.4	221	88	5	751	44	2	4	48	1.36
29997042--29997083	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
29997033--29997074	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
29999421--29999496	9	8.4	9	85	0	107	42	22	10	25	1.85
29999720--29999767	18	2.7	18	86	0	60	31	18	18	31	1.95
30006890--30007035	41	3.6	40	80	9	145	23	19	28	28	1.98
30009793--30009822	15	1.9	16	93	6	53	46	10	10	33	1.71
30017928--30017971	13	3.4	13	84	9	54	4	25	0	70	1.06
30018041--30018072	13	2.5	13	94	0	55	56	0	3	40	1.15
30030353--30030396	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
30038110--30038143	17	2.0	17	100	0	68	52	5	0	41	1.25
30038479--30038535	23	2.5	22	82	2	69	31	8	14	45	1.75
30039453--30039479	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
30045503--30045550	18	2.7	18	96	0	87	35	12	12	39	1.81
30045979--30046217	72	3.3	72	90	1	365	23	6	15	54	1.63
30053617--30053646	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
30054464--30054593	41	3.2	41	83	9	176	29	20	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30054758--30054853	44	2.1	45	84	7	124	33	8	19	38	1.82
30058948--30059397	120	3.8	120	91	2	694	50	12	2	34	1.54
30059436--30059512	16	4.5	16	70	24	50	51	12	0	35	1.40
30068354--30068401	23	2.1	23	100	0	96	33	14	8	43	1.75
30068423--30068498	31	2.5	31	88	0	116	42	17	13	27	1.86
30068897--30068997	40	2.5	40	95	0	184	33	25	17	22	1.96
30069955--30070017	29	2.3	27	83	10	74	31	23	3	41	1.70
30075827--30075867	17	2.4	17	95	0	73	29	19	12	39	1.88
30078822--30078860	20	2.0	20	85	10	53	38	17	10	33	1.84
30084440--30084681	28	8.6	28	85	0	268	24	18	14	42	1.88

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