genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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This is table  86  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25564561--25564635	37	2.0	37	92	0	123	24	18	36	21	1.95
25579576--25579673	43	2.3	43	83	3	126	32	17	18	31	1.94
25580989--25581034	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
25588347--25588398	19	2.6	19	82	11	61	75	5	5	13	1.18
25588334--25588389	27	2.2	25	80	6	58	75	3	7	14	1.16
25588360--25588394	6	5.7	6	86	6	52	80	2	2	14	0.95
25589354--25589378	9	2.8	9	100	0	50	56	24	0	20	1.43
25590410--25590448	14	2.8	13	88	7	51	74	2	10	12	1.17
25592215--25592262	20	2.4	20	86	10	71	37	14	31	16	1.89
25592245--25592388	40	3.6	40	83	1	173	36	16	31	15	1.91
25598782--25598834	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
25598938--25599013	9	8.4	9	85	5	109	27	11	19	40	1.87
25612566--25612593	14	2.0	14	100	0	56	50	7	28	14	1.69
25614553--25614615	22	2.8	23	78	9	67	33	9	14	42	1.78
25618297--25618336	13	3.1	13	88	0	53	25	22	5	47	1.71
25631926--25631964	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
25632114--25632177	21	3.1	21	66	20	62	26	23	14	35	1.93
25632110--25632194	41	2.1	41	95	0	152	30	21	14	34	1.93
25633298--25633347	20	2.5	20	77	9	57	62	14	6	18	1.51
25639753--25639808	23	2.4	24	82	11	64	32	0	3	64	1.11
25645910--25645965	12	4.7	12	82	4	51	85	1	8	3	0.78
25646460--25646506	14	3.3	14	80	14	51	74	2	10	12	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25647709--25647882	88	2.0	88	88	0	258	27	20	25	25	1.99
25648078--25648269	50	3.9	49	73	2	150	28	23	25	22	1.99
25647917--25648477	267	2.1	267	92	0	924	27	20	26	25	1.99
25649655--25649690	19	1.9	20	88	11	58	36	0	0	63	0.94
25652643--25652685	13	3.5	13	81	18	65	34	0	16	48	1.46
25652641--25652687	23	2.0	23	100	0	94	36	0	17	46	1.48
25654064--25654140	36	2.1	36	100	0	154	41	10	2	45	1.52
25658231--25658526	42	7.0	42	80	5	301	34	21	19	24	1.96
25658231--25658526	43	7.0	43	80	4	271	34	21	19	24	1.96
25658231--25658521	85	3.4	84	82	3	289	34	21	19	24	1.96
25658232--25658587	85	4.2	85	78	8	242	34	22	18	24	1.96
25658958--25658984	12	2.2	12	100	0	54	0	40	18	40	1.51
25658970--25659038	21	3.3	21	81	0	75	7	40	14	37	1.74
25661636--25661676	6	6.8	6	91	0	64	21	14	46	17	1.84
25661637--25661676	12	3.3	12	96	0	71	22	15	45	17	1.85
25663006--25663070	22	3.0	21	84	2	76	46	40	0	13	1.44
25663324--25663358	17	2.1	17	89	5	54	60	8	0	31	1.27
25663485--25664150	114	5.9	114	86	0	825	25	22	18	32	1.97
25665095--25665155	31	2.0	31	100	0	122	39	16	16	27	1.90
25672085--25672121	19	1.9	19	100	0	74	32	21	5	40	1.76
25673690--25673827	70	2.0	70	97	0	258	21	15	12	50	1.76
25678289--25678318	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25687234--25687297	32	2.0	32	100	0	128	28	15	21	34	1.94
25688827--25688864	16	2.4	16	95	0	67	47	26	5	21	1.71
25700827--25700925	52	1.9	51	83	2	126	49	1	10	39	1.43
25701203--25701244	22	2.0	22	86	9	61	52	2	9	35	1.47
25716328--25716403	22	3.4	23	83	8	86	25	27	1	46	1.61
25716327--25716403	11	6.9	11	76	19	72	24	27	1	46	1.60
25716363--25716462	51	2.0	50	86	7	139	26	26	3	45	1.68
25716759--25717011	124	2.0	126	90	1	402	29	23	17	29	1.97
25719560--25719699	64	2.2	64	89	2	212	48	5	7	37	1.56
25722948--25722999	23	2.3	23	86	6	70	28	7	21	42	1.80
25724012--25724082	30	2.3	31	78	2	81	42	1	21	35	1.62
25729232--25729415	99	1.9	98	94	1	323	39	11	14	34	1.82
25730375--25730457	42	2.0	42	82	0	103	26	16	27	28	1.97
25744351--25744415	17	3.7	17	76	13	69	69	4	4	21	1.25
25750576--25750627	27	1.9	27	84	7	70	63	7	3	25	1.38
25762563--25762901	168	2.0	168	97	0	633	32	20	8	38	1.82
25766297--25766338	20	2.1	20	100	0	84	21	4	23	50	1.68
25786206--25786238	17	2.0	17	88	5	50	45	9	0	45	1.35
25788108--25788155	24	2.0	24	95	0	87	25	10	25	39	1.87
25800829--25800905	12	6.7	12	68	19	56	37	0	2	59	1.11
25800832--25800890	25	2.6	23	87	12	79	37	0	1	61	1.07
25800860--25801009	9	15.3	9	67	21	54	33	3	3	60	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25802061--25802095	18	1.9	18	88	0	52	5	2	5	85	0.81
25803217--25803272	21	2.8	19	87	10	85	33	10	19	35	1.87
25810181--25811057	88	10.0	88	88	1	1127	25	22	26	24	2.00
25810994--25811336	44	7.8	44	81	3	386	30	13	25	30	1.94
25810996--25811292	89	3.4	88	88	3	420	29	13	25	30	1.94
25810997--25811364	131	2.8	133	86	1	481	30	14	25	29	1.94
25811709--25811780	19	3.7	19	87	7	108	33	11	18	37	1.86
25821871--25821943	6	12.2	6	100	0	146	50	16	0	32	1.45
25822806--25822859	25	2.2	25	83	6	65	16	9	7	66	1.42
25822806--25822867	26	2.4	26	81	5	72	16	9	6	67	1.39
25825749--25825774	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
25835522--25835593	3	24.0	3	70	16	51	29	5	1	63	1.25
25835532--25835573	16	2.7	15	88	7	57	28	4	0	66	1.12
25845006--25845065	12	5.5	11	82	9	61	85	1	13	0	0.69
25845761--25845802	10	3.8	11	80	20	52	38	0	7	54	1.28
25845937--25845979	22	2.0	22	81	9	52	37	9	0	53	1.33
25860855--25860901	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
25862322--25862370	26	1.9	25	87	4	71	32	16	12	38	1.86
25862583--25862611	9	3.0	10	90	10	51	20	20	0	58	1.39
25889804--25889845	15	2.9	15	79	13	52	64	0	7	28	1.20
25898152--25898286	38	3.4	38	70	15	101	40	14	2	42	1.58
25899523--25899565	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25899526--25899569	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
25900876--25900930	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
25902999--25903033	18	2.0	18	94	5	63	68	0	0	31	0.90
25903319--25903372	18	3.1	18	79	15	58	29	3	0	66	1.09
25903395--25903432	7	5.3	7	93	6	67	42	0	0	57	0.98
25903330--25903437	7	12.5	8	73	19	60	34	0	1	62	1.12
25905326--25905359	17	2.0	17	88	0	50	79	5	0	14	0.91
25905326--25905376	27	1.9	26	88	4	75	74	7	0	17	1.05
25907316--25907340	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25919600--25919633	17	2.0	17	88	0	50	79	5	0	14	0.91
25919600--25919650	27	1.9	26	88	4	75	74	7	0	17	1.05
25919998--25920026	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
25921603--25921627	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25923121--25923150	9	3.3	9	90	0	51	46	13	10	30	1.75
25923229--25923298	19	3.6	19	78	14	72	52	7	0	40	1.29
25923269--25923304	19	1.9	19	94	5	65	55	5	0	38	1.23
25923307--25923375	20	3.4	20	78	9	77	57	0	2	39	1.13
25923478--25923508	16	1.9	16	93	0	53	38	6	6	48	1.55
25925889--25925961	4	18.0	4	87	5	103	50	27	0	21	1.49
25935905--25935986	31	2.7	30	75	9	76	42	12	9	35	1.75
25936961--25937126	40	4.2	40	80	0	206	18	27	18	34	1.95
25936961--25937158	80	2.5	80	85	4	240	19	28	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25937030--25937142	40	2.8	40	78	0	127	23	27	15	34	1.94
25937112--25937178	20	3.3	21	81	8	77	19	32	16	31	1.94
25937553--25937618	20	3.3	20	72	8	71	10	33	22	33	1.89
25938416--25938449	15	2.3	15	100	0	68	29	8	29	32	1.87
25942400--25942446	14	2.9	16	74	25	53	23	21	14	40	1.90
25942481--25942514	18	2.0	17	88	11	52	17	26	17	38	1.92
25948469--25948519	17	3.2	17	68	21	56	17	33	27	21	1.96
25948464--25948531	30	2.3	30	89	0	109	14	33	32	19	1.92
25950909--25950944	19	1.9	18	88	5	54	72	0	0	27	0.85
25961144--25961181	19	2.0	19	89	0	58	26	5	13	55	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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