genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27486110--27486357	81	3.1	82	84	4	308	22	17	20	39	1.93
27492111--27492165	28	2.0	28	85	7	76	38	7	5	49	1.54
27492740--27492779	18	2.2	19	90	4	64	60	0	0	40	0.97
27493084--27493131	22	2.1	24	84	7	64	54	2	2	41	1.24
27496422--27496502	17	4.4	17	77	19	90	12	18	11	58	1.63
27496407--27496490	41	2.0	41	97	0	159	14	17	9	58	1.62
27498959--27499111	66	2.3	66	87	2	218	24	18	24	33	1.97
27509375--27509486	43	2.6	43	80	8	138	23	20	26	29	1.99
27512718--27512769	24	2.2	24	82	6	61	46	11	13	28	1.78
27526029--27526061	14	2.3	15	94	5	59	69	6	0	24	1.10
27526013--27526061	12	3.9	12	79	10	53	65	4	6	24	1.33
27533213--27533294	34	2.5	33	86	6	112	32	8	15	42	1.78
27533213--27533295	33	2.5	33	86	5	114	32	8	15	43	1.77
27533535--27533575	18	2.2	18	86	4	55	9	4	24	60	1.47
27537477--27537520	20	2.2	20	84	12	54	36	2	0	61	1.09
27540769--27540809	20	2.0	20	85	0	55	53	0	0	46	1.00
27548091--27548235	47	3.1	47	67	20	133	44	2	3	48	1.33
27548140--27548279	44	3.1	43	67	22	117	47	3	2	46	1.34
27548077--27548340	91	2.8	90	90	8	406	45	2	3	48	1.34
27548107--27548250	47	3.1	47	65	22	115	44	2	2	50	1.31
27548564--27548598	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27548443--27548972	120	4.4	120	97	0	988	43	2	5	48	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27548693--27548734	14	2.8	16	82	17	54	50	0	0	50	1.00
27548804--27548838	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
27548925--27548958	18	1.9	17	88	5	50	41	0	2	55	1.15
27549110--27549205	44	2.1	46	94	3	169	35	31	4	29	1.76
27549187--27549240	16	3.4	16	92	0	90	25	33	1	38	1.67
27553219--27553276	10	5.6	10	84	8	53	60	3	1	34	1.24
27554321--27554360	21	1.9	21	85	10	55	45	22	15	17	1.85
27554817--27554898	25	3.3	25	91	0	119	24	20	19	35	1.96
27556085--27556137	25	2.1	25	89	6	81	24	15	20	39	1.91
27563472--27563561	20	4.4	20	69	15	58	62	3	17	16	1.46
27568954--27569042	44	2.0	44	100	0	178	52	20	13	13	1.73
27573327--27573399	37	2.0	37	100	0	146	27	10	21	39	1.87
27574914--27574958	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
27575529--27575579	24	2.1	25	92	3	86	19	5	5	68	1.31
27584298--27584438	39	3.6	39	93	0	237	43	21	4	30	1.71
27584348--27584409	17	3.4	17	69	26	54	46	24	1	27	1.62
27587559--27587631	20	3.6	20	79	3	65	20	9	13	56	1.65
27590650--27590686	18	2.1	18	94	0	65	51	10	16	21	1.74
27600067--27600105	16	2.4	16	95	0	69	38	7	33	20	1.81
27600091--27600177	44	2.0	43	88	8	131	31	5	27	35	1.80
27600266--27600326	32	1.9	32	86	6	88	52	0	1	45	1.10
27600457--27600490	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27600317--27600720	119	3.4	120	98	0	785	53	3	0	42	1.22
27600576--27600609	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
27605831--27605879	14	3.7	14	76	15	59	20	12	14	53	1.73
27605831--27605894	25	2.5	25	97	2	119	21	10	15	51	1.74
27605831--27605894	14	5.0	13	71	21	55	21	10	15	51	1.74
27608126--27608367	120	2.0	119	95	0	439	47	5	27	19	1.72
27609332--27609422	41	2.2	42	84	7	123	23	0	30	46	1.53
27609414--27609471	28	2.1	27	83	3	71	46	0	12	41	1.41
27609438--27609572	34	4.0	33	78	6	139	40	0	13	46	1.43
27609677--27609703	12	2.2	12	100	0	54	55	7	14	22	1.64
27609763--27609819	25	2.3	23	81	18	71	54	1	0	43	1.10
27624800--27625029	108	2.1	109	83	4	277	35	11	14	38	1.83
27624846--27625054	109	1.9	108	85	0	283	35	13	13	37	1.84
27625306--27625451	73	2.0	73	100	0	292	41	15	15	28	1.87
27627000--27627336	51	6.6	51	86	1	408	38	22	10	28	1.88
27627055--27627133	24	3.2	24	66	22	63	36	25	11	26	1.90
27627069--27627197	24	5.1	24	68	17	91	37	24	10	27	1.88
27627000--27627344	153	2.3	153	85	3	453	37	22	11	28	1.88
27631055--27631100	21	2.2	21	88	0	65	67	0	0	32	0.91
27633886--27633952	25	2.5	26	90	9	109	55	0	4	40	1.20
27634035--27634217	90	2.0	90	100	0	366	24	32	17	25	1.97
27635372--27635406	9	3.9	9	100	0	70	11	34	20	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27637944--27637980	16	2.3	16	95	0	65	32	10	8	48	1.67
27637944--27637989	16	3.1	15	82	14	51	30	8	8	52	1.62
27661197--27661349	82	1.9	81	86	4	218	29	21	13	35	1.92
27681433--27681478	23	2.0	23	91	0	74	28	10	32	28	1.91
27689655--27689694	18	2.2	18	100	0	80	67	5	12	15	1.38
27689652--27689688	9	4.1	9	86	13	58	67	2	10	18	1.32
27692932--27693067	41	3.5	40	71	10	111	30	24	19	25	1.98
27696049--27696100	20	2.5	20	76	11	61	75	3	3	17	1.11
27697147--27697214	34	2.0	34	94	0	118	32	14	20	32	1.93
27697519--27697554	15	2.4	15	86	13	56	66	0	2	30	1.06
27697554--27697580	11	2.5	11	100	0	54	33	0	7	59	1.25
27698120--27698165	22	2.1	22	100	0	92	39	13	17	30	1.87
27698640--27698674	15	2.2	16	90	5	54	77	20	2	0	0.90
27708552--27708681	63	2.1	63	82	0	152	20	19	30	30	1.97
27726384--27726444	30	2.0	32	83	6	81	36	0	40	22	1.55
27726656--27726692	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
27727654--27727725	34	2.1	34	82	10	85	15	11	11	62	1.54
27729489--27729603	25	4.6	26	78	6	112	40	24	12	22	1.88
27729480--27729654	50	3.5	50	80	8	160	40	21	13	24	1.89
27729513--27729624	25	4.5	25	73	9	104	39	25	13	22	1.90
27736931--27737000	33	2.2	32	89	2	104	27	27	30	15	1.96
27740405--27740498	26	3.7	26	73	14	65	15	24	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27742420--27742656	25	9.6	25	71	21	135	37	19	13	29	1.89
27742477--27742631	50	3.1	49	83	3	195	38	16	12	32	1.87
27742425--27742581	75	2.1	73	80	10	167	37	19	12	29	1.89
27742406--27742665	124	2.1	124	81	5	303	37	20	12	29	1.89
27742420--27742665	99	2.5	99	74	13	261	37	19	13	29	1.89
27744601--27744645	16	2.8	16	80	9	56	33	15	13	37	1.86
27746241--27746291	15	3.4	14	75	21	50	60	0	1	37	1.08
27746506--27746538	17	1.9	17	88	11	50	66	12	0	21	1.23
27746604--27746659	16	3.5	16	74	13	53	57	1	0	41	1.09
27749306--27749331	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
27753650--27753732	42	2.0	42	83	4	105	48	26	6	19	1.72
27755243--27755305	30	2.1	30	93	0	108	25	3	14	57	1.52
27757546--27757616	5	14.6	5	74	21	62	38	0	4	57	1.18
27757574--27757616	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
27757626--27757667	15	2.7	15	88	3	57	73	2	19	4	1.12
27759629--27759662	17	2.0	17	88	0	50	35	11	17	35	1.87
27763536--27763563	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27770455--27770511	30	1.9	30	92	0	96	50	28	0	21	1.48
27773032--27773069	19	2.0	19	89	0	58	13	2	39	44	1.57
27778074--27778132	19	3.1	19	83	11	68	33	0	8	57	1.29
27778064--27778135	20	3.6	19	75	16	65	37	0	6	55	1.27
27778079--27778136	20	2.9	20	84	5	73	36	0	8	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27778248--27778301	23	2.3	23	81	6	65	31	18	14	35	1.91
27780338--27780401	25	2.5	26	80	15	78	21	25	15	37	1.93
27780346--27780402	25	2.3	25	81	6	80	22	24	15	36	1.94
27782940--27783026	31	2.8	31	78	0	102	27	13	19	39	1.90
27788778--27788876	50	2.0	50	97	0	189	29	14	15	41	1.86
27788778--27788858	27	3.1	27	67	25	84	29	13	16	40	1.86
27808098--27808137	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
27808121--27808160	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
27808106--27808172	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
27808100--27808176	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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