genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr01 ID=Chr01-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  55868233

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  17  of  187  ( 22383 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5930266--5930468	33	6.0	33	68	11	113	26	24	17	32	1.97
5940092--5940184	30	3.1	29	75	9	80	46	9	5	38	1.60
5942631--5942701	33	2.2	33	100	0	142	35	9	12	42	1.76
5943802--5943872	28	2.5	29	88	6	101	36	11	0	52	1.38
5944171--5944359	37	5.1	37	100	0	378	40	10	0	49	1.37
5944479--5944575	37	2.6	37	98	0	185	50	0	11	38	1.38
5944479--5944579	18	5.5	19	77	5	118	52	0	10	36	1.37
5944859--5944925	26	2.5	26	83	7	82	50	0	10	38	1.37
5955009--5955038	15	2.0	15	100	0	60	20	6	13	60	1.55
5963324--5963368	13	3.1	14	81	15	56	48	0	2	48	1.13
5963816--5963904	38	2.3	38	86	5	115	39	3	4	52	1.38
5963959--5963988	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
5968053--5968166	61	1.9	60	87	1	165	38	20	7	34	1.79
5969173--5969209	18	2.1	18	100	0	74	32	5	16	45	1.70
5970134--5970179	24	1.9	24	100	0	92	32	6	13	47	1.68
5970276--5970301	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
5970899--5970954	26	2.4	22	76	11	58	50	7	0	42	1.30
5981240--5981429	84	2.3	85	79	4	233	39	5	10	44	1.62
5985654--5985689	12	3.1	12	92	4	56	38	8	5	47	1.57
5985943--5985979	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
5995985--5996096	58	2.0	58	83	11	144	32	18	11	37	1.87
5997388--5997441	26	2.0	27	86	10	76	27	0	12	59	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5998133--5998213	29	2.9	30	76	8	82	64	9	2	23	1.36
5998133--5998211	27	2.9	27	73	12	79	64	10	1	24	1.32
5999843--5999890	18	2.6	17	75	12	51	35	0	4	60	1.16
6012312--6012353	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
6017168--6017283	56	2.1	57	86	4	164	45	12	14	27	1.80
6031689--6031743	27	2.1	25	83	6	65	40	1	1	56	1.21
6031793--6031835	16	2.6	18	78	17	56	62	0	2	34	1.08
6031793--6031834	17	2.6	16	82	14	50	61	0	2	35	1.09
6035470--6035523	28	1.9	28	85	7	74	44	0	11	44	1.39
6035469--6035529	28	2.2	28	79	5	70	49	1	9	39	1.46
6035700--6035733	17	1.9	18	88	5	52	58	0	2	38	1.13
6035883--6036071	98	1.9	97	88	3	281	39	7	12	39	1.73
6039247--6039271	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
6045062--6045174	29	3.9	29	80	4	120	34	17	5	42	1.72
6045061--6045205	29	5.0	29	75	8	87	33	17	6	42	1.75
6045840--6045881	14	2.8	15	85	10	59	30	38	30	0	1.58
6045882--6045937	17	3.4	17	85	11	64	82	0	17	0	0.68
6045887--6045937	9	5.8	9	86	9	70	80	0	19	0	0.71
6045885--6045937	14	3.5	15	82	7	54	81	0	18	0	0.70
6045882--6045937	24	2.3	25	84	6	71	82	0	17	0	0.68
6045896--6045938	8	5.1	8	80	8	50	79	0	20	0	0.74
6046414--6046709	17	16.2	18	68	16	130	34	13	9	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6046413--6046509	34	2.8	35	90	6	162	32	13	10	43	1.78
6046487--6046531	22	2.1	22	87	4	65	40	11	8	40	1.72
6046487--6046627	21	7.1	21	66	19	63	39	14	7	39	1.75
6046462--6046569	57	1.9	56	88	1	162	35	13	10	40	1.79
6046527--6046645	40	3.1	37	77	13	109	42	13	6	37	1.71
6046464--6046595	57	2.3	56	82	6	149	35	14	9	40	1.78
6046527--6046702	35	4.7	38	75	13	134	37	14	8	39	1.76
6046470--6046647	97	1.8	98	84	3	243	38	13	7	39	1.74
6046739--6046771	16	2.0	17	88	5	50	45	9	9	36	1.68
6054193--6054251	9	6.8	9	81	14	70	88	8	0	3	0.63
6054192--6054254	24	2.6	24	90	9	85	85	9	0	4	0.72
6054193--6054269	27	2.9	26	77	11	84	84	7	3	3	0.86
6054193--6054252	1	60.0	1	76	0	57	88	8	0	3	0.62
6055182--6055974	73	10.6	74	91	5	1158	26	15	19	37	1.92
6055180--6055974	149	5.3	149	91	5	1232	26	15	19	37	1.92
6056178--6056290	29	3.9	29	82	4	138	34	19	5	40	1.74
6056177--6056291	58	2.0	59	87	1	169	34	20	5	40	1.75
6056655--6056722	17	3.9	17	76	14	68	70	0	29	0	0.87
6056822--6056879	27	2.1	26	84	9	71	75	10	13	0	1.04
6056994--6057034	10	3.8	12	78	21	54	82	0	17	0	0.66
6056996--6057048	8	5.8	9	79	16	56	81	0	18	0	0.70
6056992--6057031	11	3.5	11	86	3	53	85	0	15	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6056992--6057039	20	2.3	21	86	13	73	85	0	14	0	0.60
6057004--6057048	7	6.3	7	80	14	56	82	0	17	0	0.68
6056992--6057047	27	2.2	24	84	9	67	83	0	16	0	0.64
6056992--6057039	12	4.6	10	76	19	53	85	0	14	0	0.60
6057204--6057231	5	5.6	5	100	0	56	35	0	0	64	0.94
6057370--6057404	16	2.2	16	89	0	52	31	11	5	51	1.61
6057523--6057619	34	2.8	34	90	4	151	31	13	10	44	1.77
6057524--6057676	17	8.5	18	71	13	118	32	14	9	43	1.77
6057655--6057738	20	4.1	22	71	18	65	41	11	4	41	1.63
6057637--6057720	40	2.1	40	84	4	107	41	14	5	38	1.70
6064955--6065122	42	3.8	42	80	14	178	36	2	0	61	1.09
6065011--6065122	11	10.9	11	75	18	82	38	1	0	59	1.08
6066535--6066599	27	2.6	25	78	9	69	52	3	1	43	1.26
6074810--6074851	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
6075255--6075326	35	2.2	33	82	12	85	15	33	16	34	1.90
6076886--6076981	9	10.4	9	74	15	81	66	2	0	31	1.03
6076884--6076982	28	3.6	27	78	17	89	66	2	0	31	1.03
6076886--6076981	19	5.2	18	72	15	63	66	2	0	31	1.03
6077205--6077268	29	2.2	30	85	2	85	34	7	3	54	1.45
6077205--6077276	30	2.4	29	86	2	90	33	6	4	55	1.46
6077326--6077402	8	9.0	8	73	17	57	29	2	0	67	1.04
6077264--6077389	9	13.7	9	66	15	53	32	3	2	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6077498--6077680	93	2.0	94	85	3	253	38	9	17	34	1.82
6077843--6077885	4	10.8	4	100	0	86	25	0	0	74	0.82
6090360--6090400	21	2.0	21	95	0	73	46	19	12	21	1.82
6094367--6094402	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
6097131--6097461	135	2.5	128	82	10	391	52	15	15	16	1.74
6097133--6097502	135	2.8	130	79	9	324	54	15	14	16	1.72
6097726--6097756	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
6100571--6100595	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
6108806--6108895	46	2.0	46	95	0	162	30	10	14	45	1.77
6109286--6109347	30	2.1	30	84	6	81	27	0	6	66	1.16
6109286--6109347	10	6.2	10	81	7	72	27	0	6	66	1.16
6114197--6114227	15	2.1	15	93	0	53	35	22	12	29	1.91
6116966--6117039	29	2.5	29	82	4	85	25	14	13	45	1.82
6117898--6117976	26	3.1	26	73	10	74	41	2	8	46	1.48
6117924--6117977	27	2.0	27	85	3	74	40	3	7	48	1.49
6120665--6120722	30	2.0	29	96	3	107	34	10	17	37	1.84
6134441--6134499	30	2.0	31	87	12	88	30	6	22	40	1.79
6137887--6137956	27	2.6	27	88	4	106	28	28	27	15	1.96
6137998--6138151	4	38.8	4	73	19	119	72	0	26	0	0.89
6138009--6138162	44	3.7	42	79	17	176	72	0	27	0	0.90
6137987--6138192	83	2.5	84	77	15	228	70	0	29	0	0.91
6139677--6139705	14	2.1	14	100	0	58	24	27	34	13	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6143525--6143567	18	2.4	18	88	0	68	16	48	6	27	1.71
6144352--6144435	3	28.0	3	97	0	159	65	33	1	0	1.00
6144536--6144580	3	15.0	3	95	0	81	64	33	2	0	1.06
6144650--6144688	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
6144713--6144742	11	2.7	11	89	0	51	0	30	0	70	0.88
6144847--6144921	27	2.8	27	93	4	125	16	29	29	25	1.96
6145002--6145044	21	2.0	21	100	0	86	53	0	9	37	1.33
6145885--6145924	20	2.0	20	95	0	71	62	10	2	25	1.39
6146754--6146804	18	2.8	19	80	11	63	43	0	0	56	0.99
6148913--6148976	31	2.1	31	84	0	83	45	7	10	35	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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